IEEE/ACM计算生物学和生物信息学汇刊，第21卷
第21卷第1期，2024年1月至2月
亚马内-埃尔蔡恩 
, 马修·勒梅 , 凯文·胡格宁 :
PrivaTree：生物医学数据决策树的协作隐私保护训练。 1-13 赵图 , 邓惠都 , 曾铁勇 , 张宇 :
利用多分辨率组织病理学全幻灯片图像进行深度多分辨率学习以预测生存率。 14-25 乔丹·莫里斯 , 阿什尔·拉菲耶夫 , 格雷姆·M·布拉格 , 马克·沃斯登 , 大卫·B·托马斯 , 亚历克斯·雅科夫列夫 , 安德鲁·布朗 :
一种在自定义RISC-V集群上进行基因型推测的事件驱动方法。 26-35 Souradipto Choudhuri公司 , Keya Sau公司 :
CodonU：用于Codon使用分析的Python包。 36-44 俞胜鹏 , 洪旺 , 李静（音译） , Jun Zhao（赵军） , 程亮 , 孙燕申 :
用于MiRNA-疾病关联精细预测的多相关图形编码网络。 45-56 芮果 , 徐天 , 林汉和 , 斯蒂芬·麦肯纳 , 李洪东 , 郭飞 , 金柳（Jin Liu） :
基于图形的图像、遗传和临床数据融合用于退行性疾病诊断。 57-68 乔纳斯·克里斯蒂安森·诺兰 , 斯坦纳·托瓦尔森 :
单倍体多等位Wright-Fisher突变模型的精确随机过程。 69-83 温良汤 , 邓兆红 , 周汉文 , 张伟（音译） , 胡富平 , Kup-Sze Choi先生 , 王世通 :
MVDINET：一种具有多视图深度交互学习的新型多水平酶功能预测器。 84-94 董淑杰（Shujie Dong） , 刘元胜（音） , 龚永顺 , 董向军 , 曾向祥 :
scCAN：单细胞RNA-Seq数据的自适应邻域插补聚类。 95-105 尼科尔·罗西 , 尼古拉·吉甘特 , 尼古拉·维塔科隆纳 , 卡拉广场 :
用CIMICE推断马尔可夫链来描述收敛的肿瘤演化。 106-119 李丹丹 , 甄晓 , 韩荪 , 姜兴鹏 , 赵伟忠 , 沈贤君 :
异构图嵌入中基于多核深度学习方法的疾病关联预测。 120-128 余昌勇 , 赵玉海 , 楚昭 , 金建宇 , 毛克明 , 王国仁 :
MiniDBG：一种用于读取映射的新的最小德布鲁因图。 129-142 王伟（音译） , 孟雪玉 , 孙斌（Bin Sun） , 李俊涛 , 刘冬（Dong Liu） , 张红军 , 王贤芳（Xianfang Wang） , Yun Zhou（云舟） :
SMGCN：基于多相似性和多核融合的图卷积神经网络，用于药物-目标相互作用预测。 143-154 Rituparna Sinha公司 , 拉贾特·库马尔·帕尔 , 拉贾特·K·德 :
启示：基因组学和基于NGS的核苷酸水平剖面的可扩展注释数据库。 155-168 埃里克·巴奈特 , 丹尼尔·奥奈特 , 阿西夫·萨利金 , 斯蒂芬·V·法隆 :
基因组机器学习荟萃回归：研究特征与报告模型性能关联的见解。 169-177 刘月瑞 , 江永泉 , 范张（音译） , 燕阳 :
一种用于代谢途径预测的新型多尺度图形神经网络。 178-187 君昌鑫 , 王明灿 , 鲁迅区 , 齐晨 , 王伟一奇 , 王志琼 :
BIC-LP：用于基因调控网络重建的混合高阶动态贝叶斯网络得分函数。 188-199 彭成曾 , 林志祥 :
scICML：基于信息论的协同聚类多视图学习，用于单细胞多组数据的综合分析。 200-207 宾迪·纳格达 , 范明恩（Van Minh Nguyen） , 瑞恩·T·怀特 :
promSEMBLE：用于检测DNA启动子序列的硬模式挖掘和集成学习。 208-214
第21卷第2期，2024年3月-4月
费尔南多·克鲁斯 , 乔·卡佩拉 , 尤格尼奥·费雷拉 , 米盖尔·罗查 , 奥斯卡·迪亚斯 :
BioISO：一种以客观为导向的应用程序，用于帮助治疗基因组尺度的代谢模型。 215-226 张浩（Hao Zhang） , 娇娇 , 赵田恒 , 赵恩双 , 李兰慧 , 李桂华 , 张伯瑞 , 秦清明 :
GERWR：基于图嵌入和随机游动重新启动识别水稻稻瘟病菌感染的关键致病性相关sRNA。 227-239 丹尼尔·马努 , 晶晶瑶 , 刘武吉 , 向阳 :
GraphGANFed：图形结构分子的联邦生成框架，用于高效药物发现。 240-253 胡兆琪 , 袁茂洪 , 李汉晨 , 梁振来 , 潘敏雄 , 埃里克·Y·庄 , Mong-Hsun Tsai先生 :
NURECON：基于微生物组成确定营养需求的新型在线系统。 254-264 司陈进 , 张一佳 , 余慧敏 , 明宇路 :
SADR：自适应去噪的自我监督图形学习用于药物重新定位。 265-277 Alina F.Leuchtenberger女士 , 阿恩特·冯·海斯勒 :
从系统发育遗传学中的人工神经网络学习。 278-288 王文静 , 彭永汉 , 李正伟 , 如聂 , 王康伟 , 王磊（Lei Wang） , 廖红梅 :
LMGATCDA：带有标记技巧的图形神经网络，用于预测circRNA-Disease关联。 289-300 李天天 , 江海涛 , 滨海朱 , 王路生 , 朱大明 :
字符串上的侧翼块交换距离。 301-311
第21卷第3期，2024年5月-6月
乔·保罗·佩雷拉·萨内蒂 , 卢卡斯·佩雷斯·奥利维拉 , 乔·梅达尼斯 , 列奥尼德·钦德列维奇 :
计算排序场景和秩距离的中间基因组。 316-327 南生 , 谢旭平 , Yan Wang（王燕） , 兰黄（Lan Huang） , 张双全 , 凌高 , 王浩（Hao Wang） :
检测miRNA-疾病关联的深度学习调查：数据库、计算方法、挑战和未来方向。 328-347 塔拉·纽曼 , Hiu Fung Kevin Chang先生 , 霍斯纳·贾巴里 :
恐龙结：核酸与假结的双重相互作用。 348-359 王娟（Juan Wang） , 王振昌 , 沙沙苑 , 郑春晖 , 刘进兴 , 尚俊良 :
基于自动加权惩罚和低秩表示的单细胞RNA-Seq数据聚类方法。 360-371 杨晓慧 , 王业通 , 吴明慧 , 范丽 , 周成龙 , 李俊阳 , 陈征 , 李勇 , 直隶 , 四一国 , 宋春鹏 :
SLPA-Net：用于智能气孔定位和表型分析的实时识别网络。 372-382 张山 , 袁周（音） , 裴庚 , 青露 :
用于高维遗传数据分析的功能神经网络。 383-393 程燕 , 段桂华 :
PMDAGS：用图非线性扩散卷积网络和相似性预测miRNA-Disease关联。 394-404 希娜·K·S。 , 马杜·奈尔 :
GenCoder：一种新型基于卷积神经网络的基因组序列数据压缩自动编码器。 405-415 王伟（音译） , 孙振熙 , 刘冬（Dong Liu） , 张红军 , 李俊涛 , 王显芳 , Yun Zhou（云舟） :
MAHyNet：基于多人注意和期望池的RNA-蛋白结合位点预测并行混合网络。 416-427 孙永佑 , 明仁贞 , Subhin Seomun公司 , Kiseong Kim公司 , 韩扬曼 :
使用预先训练的蛋白质语言模型对严重急性呼吸系统综合征冠状病毒2型表位特异性TCR识别的可解释预测。 428-438 帕拉维·桑塔帕 , 内拉杰·维尔马 , 阿努·乔治 , Pawan K.Dhar公司 , Prashanth Athri公司 :
使用生物信息学工作流和分子动力学验证从tRNA编码肽（tREP）计算预测潜在候选疫苗。 439-449 阿纳夫·索兰基 , 詹姆斯·科内特 , 朱莉娅·尤德尔 , 乔治·瓦斯马齐斯 , 马克·里德尔 :
逃避性尖峰变异体阐明了对SARS-CoV-2 Omicron变异体T细胞免疫反应的保护。 450-460 余杭佳 , 李思玉 , 瑞江 , 陈圣泉 :
单细胞染色质可及性数据中区分和不平衡细胞类型的精确注释。 461-471 李明烈 , 周树森 , 刘彤 , 刘禅娟 , 臧慕君 , 王庆军 :
TSVM：用于预测MPRA验证的调节变量的转移支持向量机。 472-479 柯玛 , 李嘉伟 , 赵梦媛 , 易卜拉欣·扎米特 , 林斌（Bin Lin） , 郭飞 , 唐吉军 :
PPRTGI：一种用于TF靶基因相互作用检测的个性化PageRank图神经网络。 480-491 李伟玲 , 劳纳克·马霍特拉 , 史蒂芬·H·吴 , 曼贾里Jha , 艾伦·G·罗德里戈 , 玛丽·珀斯 , 拉杰·阿查里亚 :
ViPRA-Haplo：使用配对末端测序数据重新构建病毒种群。 492-500 加布里埃尔·卡多纳 , 琼·卡尔斯·彭斯 , 杰勒德·里巴斯 , 托马斯·马丁内斯·科罗拉多 :
使用扩展$\mu$μ表示法比较Orchard网络。 501-507 亚历杭德罗·巴尔德斯·吉梅内斯 , 米盖尔·雷耶斯·帕拉达 , 加布里埃尔·努涅斯·维万科 , 丹尼尔·吉梅内斯·冈萨雷斯 :
发现和比较三维蛋白质模式的并行算法。 508-515
