化学信息学杂志,第7卷
2015年第7卷
伊西德罗·科尔特斯·西里亚诺 , 丹尼尔·穆雷尔 , 杰拉德·J·P·范·韦斯顿 , 安德烈亚斯·本德 , 塞雷斯·马利亚文 :
利用集成蛋白质化学模型预测哺乳动物环氧合酶抑制剂的效力。 1 亚历山大·多尔 , 拉尔斯·罗森鲍姆 , 安德烈亚斯·泽尔 :
一种用于同时学习具有各种活性特征的化合物的排序方法。 2 马亨德拉·阿维尔 , 西安 , 让·路易斯·雷蒙 :
使用原子对3D指纹对ZINC数据库进行立体选择性虚拟筛选。 三 刘瑞峰 , 余雪萍 , 安德斯·沃克维斯特 :
数据驱动的结构警报识别,以降低药物引起的人类肝损伤风险。 4 张伟(音译) , 丽娟记 , 陈亚南 , 唐凯林 , 王海平(Haiping Wang) , 朱瑞欣 , 魏佳 , 曹志伟 , 齐柳 :
当药物发现遇到网络搜索:学习为基于配体的虚拟筛选排名。 5 亚历克斯·阿尔夫斯·弗雷塔斯 , 克里蒂·林布 , 塔拉瓦特·加福里安 :
使用预测的组织:血浆分配系数,使用基于决策树的回归方法预测分布体积。 6 凯伦·雷尔 , 艾克·乔恩·谭(Aik Choon Tan) :
推进有效药物组合发现的系统生物学方法。 7 保罗·卡里奥 , Oriol López公司 , 费兰·桑兹 , 帕斯特 :
eTOXlab是一个开源建模框架,用于在生产环境中实现预测模型。 8 亚历克斯·M·克拉克 , 安东尼·威廉姆斯 , 肖恩·埃金斯 :
机器第一,人类第二:关于开放化学数据算法解释的重要性。 9 彼得·埃特尔 , 吕克·帕蒂尼 , 托马斯·桑德 , 克里斯蒂安·鲁芬纳 , 米夏埃尔·扎索 :
维基百科化学结构探索者:维基分子的亚结构和相似性搜索。 10 阿尔贝托·戈比 , 安东尼·吉安内蒂 , 陈慧芬 , 李曼玲 :
原子-原子-路径相似性和球体排除聚类:确定碎片命中优先级的工具。 11 拉多斯拉夫·克里瓦克 , 大卫·霍克萨 :
利用局部特征对内袋点进行分类,提高蛋白质结合位点预测的准确性。 12 斯特凡·莫达尔斯基 , 贾格纳·维特克 , 萨宾娜·斯穆斯 , Krzysztof Rataj公司 , 安德烈·博贾尔斯基(Andrzej J.Bojarski) :
回顾性虚拟筛选中的多重构象状态-同源模型与晶体结构:β-2肾上腺素能受体案例研究。 13 赵晨 , 杨河 , 吴建辉 , 周晋明 :
创建一个免费的、可上网的数据库:多目标配体数据库。 14:1-14:8 沙杜尔·帕里查拉克 , 伊西德罗·科尔特斯·西里亚诺 , 阿德里安·P·伊杰曼 , 特蕾莎·E·马利亚文 , 安德烈亚斯·本德 :
蛋白质化学建模与电子靶预测相结合:一种同时预测多药和小分子结合亲和力/效力的综合方法。 15 戈兰·科瓦切维奇 , 瓦莱拉·维亚佐夫 :
卢卡斯:分子查看器和MOLCAS编辑。 16:1-16:10 斯蒂芬·贝斯肯 , 巴勃罗·科内萨 , 肯尼思·豪格 , 雷扎·M·萨利克 , 克里斯托夫·斯坦贝克 :
SpeckTackle:光谱的JavaScript图表。 17:1-17:6 魏潘范斯坦 , 米查尔·布莱林斯基 :
根据实验和预测的结合囊,计算配体对接和虚拟筛选的最佳盒尺寸。 18:1-18:10 顾江勇 , 张新庄 , 马益民(Yimin Ma) , 李娜(Na Li) , 方罗 , 梁操 , 王振中 , 顾元 , 陈丽蓉 , 魏晓 , 徐晓杰 :
基于通路网络的剂量反应和药物组合定量建模。 19:1-19:10 达维德·巴朱兹 , 安妮塔·拉茨 , 卡罗利·海伯格(Károly Héberger) :
为什么Tanimoto索引是基于指纹的相似性计算的合适选择? 20:1-20:13 塔梅尔·易卜拉欣 , 马蒂亚斯·鲍尔 , 弗兰克·M·波克勒 :
将DEKOIS 2.0应用于基于结构的虚拟筛选,以探讨准备程序和分数标准化的影响。 21:1-21:16 迈克尔·鲍尔 , 丹尼尔·贝兰特 , 安德鲁·康奈尔 , 罗伯特·贝尔福德 :
WikiHyperGlossary(WHG):一种用于化学文档的信息素养技术。 22:1-22:16 斯蒂芬·海勒 , 阿兰·麦克诺特 , 伊戈尔·普列特涅夫 , 斯蒂芬·斯坦因 , 德米特里·切霍夫斯科 :
InChI,IUPAC国际化学标识。 23:1-23:34 阿维德·阿夫扎尔 , 哈姆斯·穆萨 , 理查德·特纳 , 安德烈亚斯·本德 , 罗伯特·C·格伦 :
一种考虑配体杂乱性的多标记靶点预测方法。 24:1-24:14 董春伟 :
ChemDIS:基于化学-蛋白质相互作用的化学疾病推理系统。 25:1-25:7 马西耶·沃奇科夫斯基 , 彼得·齐伦基维奇 , Pawel Siedlecki公司 :
开放药物发现工具包(ODDT):药物发现领域的一个新的开源参与者。 26:1-26:6 哈姆斯·穆萨 , 大卫·马库斯 , 约翰·B·O·米切尔 , 罗伯特·C·格伦 :
验证完全“拉普拉斯化”的后朴素贝叶斯方法等。 27:1-27:11 帕里萨·阿曼尼 , 托德·斯奈德 , 萨拉·普瑞斯顿 , 尼尔·D·杨 , 林德尔·梅森 , Ulla Maja Bailey公司 , 乔纳森·贝尔 , 大卫·坎普 , 罗宾·B·加斯(Robin B.Gasser) , 阿兰·多米尼克·戈尔斯 , 保罗·泰勒 , 安德烈亚斯·霍夫曼 :
用于小分子化合物评估的实用Java工具。 28:1-28:4 罗文·哈瑟利 , 大卫·K·布朗 , 托马斯·穆西奥卡 , 大卫·L·彭克勒 , 恩戈尼扎什·法亚 , 凯文·洛布 , 奥兹勒姆·塔桑主教 :
SANCDB:南非天然化合物数据库。 29:1-29:9 卡伦·卡拉佩提安 , 科林·巴切勒 , 戴维·夏普 , 瓦列里·特卡琴科 , 安东尼·威廉姆斯 :
化学验证和标准化平台(CVSP):化学结构数据集的大规模自动验证。 30:1-30:13 洛拉·马克 , 大卫·马库斯 , 安德鲁·霍利特 , 加利娜·雅罗娃 , 古斯·杜恰图 , 维尔纳·克拉夫克 , 安德烈亚斯·本德 , 罗伯特·C·格伦 :
Metrabase:用于小分子转运体数据分析和(Q)SAR建模的化学信息学和生物信息学数据库。 31:1-31:12 维尔卢·鲁斯曼 , 苏列夫·希尔德 , Uko Maran公司 :
QSAR数据库存储库:开放和链接的定性和定量结构-活性关系模型。 32:1-32:11 Sunghwan Kim先生 , 联谊汉族 , 薄玉 , 沃尔克·哈恩克 , 埃文·博尔顿 , 斯蒂芬·布莱恩特 :
PubChem结构-活性关系(SAR)簇。 33:1-33:22 冈福 , 科林·巴切勒 , 米歇尔·杜蒙蒂尔 , 詹娜·黑斯廷斯 , 埃贡·L·威利根 , 埃文·博尔顿 :
PubChemRDF:面向PubChem化合物和物质数据库的语义注释。 34:1-34:15 梅勒妮·C·汉堡 :
ChemDoodle网络组件:用于化学图形、界面和信息学的HTML5工具包。 35:1-35:7 理查德·刘易斯 , 拉贾什·古哈 , 塔马斯·科西马罗斯(Tamás Korcsmáros) , 安德烈亚斯·本德 :
Synergy Maps:使用基于网络的可视化探索复合组合。 36:1-36:11 马修·哈维 , 尼古拉斯·梅森 , 安德鲁·麦克莱恩 , 亨利·塞帕 :
基于标准的元数据过程,用于检索数据以便使用持久(data-DOI)标识符进行显示或挖掘。 37:1-37:10 Wojciech M.Czarnecki公司 , 萨宾娜·波德莱斯卡 , 安德烈·博贾尔斯基(Andrzej J.Bojarski) :
生物活性化合物分类中SVM超参数的稳健优化。 38:1-38:15 玛丽亚·吉梅娜·马丁内斯 , 伊格纳西奥·蓬佐尼 , 莫尼卡·法蒂玛·迪亚斯 , 古斯塔沃·E·巴斯克斯 , 阿克塞尔·索托 :
化学信息学中的可视化分析:QSAR方法的用户监督描述符选择。 39:1-39:17 阿比克印章 , 美国哈佛大学的安庸烈 , 大卫·J·怀尔德 :
基于异构网络随机游走优化药物-靶点相互作用预测。 40:1-40:12 沃尔克·哈恩克 , 埃文·博尔顿 , 斯蒂芬·布莱恩特 :
PubChem原子环境。 41:1-41:37 穆罕默德·埃尔加马奇 , 吕克·范·梅维尔 :
一种快速拓扑分析算法,用于配体和结合囊的大规模相似性评估。 42:1-42:14 马修·哈维 , 尼古拉斯·梅森 , 安德鲁·麦克莱恩 , 彼得·默里-鲁斯特 , 亨利·塞帕 , 詹姆斯·J·P·斯图尔特 :
基于标准的分子信息十年数字存储库数据集的管理。 43:1-43:14 詹姆斯·杰弗里斯 , 里卡多·科尔斯塔尼 , 莫娜·埃尔巴达维·西杜 , 托拜厄斯种类 , 托马斯·尼豪斯 , 琳达·J·布罗德贝尔 , 安德鲁·汉森 , 奥利弗·费恩 , 基思·E.J.Tyo , 克里斯托弗·亨利 :
MINEs:用于非目标代谢组学的计算预测酶杂合产物的开放存取数据库。 44:1-44:8 丹尼尔·穆雷尔 , 伊西德罗·科尔特斯·西里亚诺 , 杰拉德·范·韦斯顿 , 伊恩·斯托特 , 安德烈亚斯·本德 , 塞雷斯·马利亚文 , 罗伯特·C·格伦 :
化学感知模型生成器(camb):一个用于小分子特性和生物活性建模的R包。 45:1-45:10 乔治亚·齐利基 , 克里斯蒂安·穆特阿努 , 何塞·塞奥恩 , 卡洛斯·费尔南德斯·洛萨诺 , Haralambos Sarimveis公司 , 埃贡·L·威利根 :
RRegrs:一个R包,用于使用多元回归模型进行计算机辅助模型选择。 46:1-46:16 Sandeepkumar Kothiwale公司 , 杰弗里·门登霍尔 , 延斯·梅勒 :
BCL::Conf:使用基于知识的旋转体库进行小分子构象采样。 47:1-47:15 珍妮斯·科克 , 萨莫·莱斯尼克 , 杜桑卡·詹齐克 :
药物发现中的酶-糖结合模型。 48:1-48:8 斯特凡·森格 , 卢卡·巴托克 , 乔治·帕帕达托斯 , 安娜·高尔顿 :
管理期望:对自动从专利中提取化学结构生成的化学数据库进行评估。 49:1-49:12 Crina-Maria Ionescu公司 , 大卫·塞纳尔 , 弗朗西斯科·法尔吉尼拉 , Purbaj长裤 , 卢卡斯真理报 , 托马斯·布查尔 , Radka SvobodováVareková , 斯坦尼斯拉夫·盖德尔 , 雅罗斯拉夫·科卡 :
原子电荷计算器:基于web的交互式计算大型生物分子复合物和类药物分子中的原子电荷。 50:1-50:13 刘易斯·默文 , 阿维德·阿夫扎尔 , 乔治·德拉卡基斯 , 理查德·刘易斯 , 奥拉·恩克维斯特 , 安德烈亚斯·本德 :
利用覆盖大化学空间的负生物活性数据进行目标预测。 51:1-51:16 Charly Empereur电机 , 赫莱内·吉莱曼 , 奥雷连·拉图什 , Jean-François Zagury女士 , 维维安·维亚龙 , 马蒂厄·蒙特斯 :
虚拟筛选中的预测曲线。 52:1-52:17 严马 , 托拜厄斯种类 , Arpana Vaniya公司 , 英格丽德·詹妮 , 约翰内斯·法尔曼 , 奥利弗·费恩 :
用于新FAHFA脂质自动注释的电子MS/MS库。 53:1-53:5 Saber A.Akhondi公司 , 索雷尔·穆雷桑 , 安东尼·威廉姆斯 , 简·科尔斯 :
小分子数据库内部和之间非系统化学标识符的模糊性。 54:1-54:10 项羽 , 刘易斯·耶尔 , 联谊汉族 , 斯蒂芬·布莱恩特 :
通过使用明确的生物活性注释和剖面,目标增强了2D相似性搜索。 55:1-55:12 穆罕默德·莫赫比瓦尔 , 法塔梅萨达特·萨贾迪 :
Chemozart:一个基于网络的三维分子结构编辑器和可视化平台。 56:1-56:8 Kee-Choo Chung先生 , 黄石公园 :
通过实现分子内氢键效应,提高分子水合自由能估算的准确性。 57:1-57:12 哈姆斯·穆萨 , 约翰·B·O·米切尔 , 罗伯特·C·格伦 :
关于使用二进制特征作为配体描述符的注释。 58:1-58:3 斯坦尼斯拉夫·盖德尔 , 托马斯·布查尔 , 托马斯·拉塞克 , Radka SvobodováVareková , 瓦克拉夫·赫杰雷特 , 亚历斯·克雷内克 , 鲁本·阿巴扬 , 雅罗斯拉夫·科卡 :
化学信息学应用中的高质量和通用经验原子电荷。 59:1-59:10 杰东 , 东升曹 , 苗宏宇 , 邵柳 , 白川登 , 永和云 , 宁宁王 , 爱平路 , 曾文彬 , 亚历克斯·F·陈 :
ChemDes:一个用于分子描述符和指纹计算的集成网络平台。 60:1-60:10 约切维德·吉拉德 , 卡塔琳·纳达西 , Hanoch Senderowitz公司 :
用于选择最佳筛选库的可靠计算工作流。 61:1-61:17 尤安·杜弗兰 , 劳伦特·诺埃 , 瓦莱里·莱克莱尔 , 莫德普平 :
Smiles2单体:聚合物的化学结构和生物结构之间的联系。 62:1-62:11 亚历山德罗·卢西 , 迈克尔·R·布朗宁 , 大卫·福西 , S.Joshua Swamidass公司 , 皮埃尔·巴尔迪 :
使用对效力敏感的影响相关投票器进行准确有效的目标预测。 63:1-63:13