计算机辅助分子设计杂志，第33卷
第33卷第1期，2019年1月
齐德·盖布 , 康纳·D·帕克斯 , 迈克尔·邱 
, 杨焕旺 , 邵成华 , W·帕特里克·沃尔特斯 , 米勒德·兰伯特 , 内萨·尼文斯 , 斯科特·本内克 , 迈克尔·K·亚美利克斯 , 塔拉·米尔扎德甘 , 史蒂芬·K·伯里 , 罗姆·E·阿玛罗 , 迈克尔·吉尔森 :
D3R大挑战3：蛋白质-甘露型的盲预测和亲和力排名。 1-18 乔斯琳·桑塞里 , 乔纳森·金 , 保罗·G·佛朗哥 , 大卫·瑞恩·科斯 :
2017年D3R社区挑战中的卷积神经网络评分和最小化。 19-34 林春红 , 鲁本·阿巴扬 , 马克西姆·托特罗夫 :
ICM中基于杂交受体结构/配体的对接和活性预测：D3R大挑战3的开发和评估。 35-46 阿舒托什·库马尔 , Kam Y.J.Zhang先生 :
形状相似性引导的姿势预测：D3R大挑战3的经验教训。 47-59 谢冰冰（Bing Xie） , 大卫·D·L·明 :
D3R大挑战3中炼金术网格坞（AlGDock）的计算-柔性配体和刚性受体之间的结合自由能。 61-69 Duy Nguyen公爵 , 紫轩仓 , 吴可迪 , 王梦伦 , 尹操 , 郭伟伟 :
D3R大挑战中姿势和结合亲和力预测和排名的数学深度学习。 71-82 Panagiotis I.库科斯 , 李春雪 , 亚历山大·M·J·J·邦文 :
蛋白质-甘氨酸位姿和亲和力预测：来自D3R大挑战3的教训。 83-91 卢多维克·查普特 , 伊迪丝·塞尔瓦 , 埃迪·埃利塞 , 博格丹·I·奥尔加 :
使用分子对接和自由能计算对来自D3RGC3数据集的组织蛋白酶S抑制剂进行盲法评估。 93-103 西宾河 , 越黄人 , 《北虹记》 , 向群谢 , 王俊美 :
用扩展的线性相互作用能法计算蛋白质-甘氨酸结合亲和力：应用于D3R大挑战3中的组织蛋白酶S集合。 105-117 米哈伊尔·伊格纳托夫 , 刘聪（音） , 安德烈·阿列克申科 , 朱耶子·孙 , Dzmitry Padhorny公司 , 谢尔盖·科特利尼科夫 , 安德烈·卡森诺夫 , 伊凡·格雷本金 , 雅罗斯拉夫·霍洛多夫 , 伊斯特万·科洛斯瓦里 , 阿尔贝托·佩雷斯 , 肯·迪尔 , 迪马·科扎科夫 :
Monte Carlo关于蛋白质-甘氨酸复合物结合位姿预测的流形和MD改进：2017年D3R大挑战。 119-127
第33卷第2期，2019年2月
特里·理查德·斯托赫 :
我们化学计算的基础。 129-131 Pnina Dauber-O合著者 , 阿诺德·哈格勒 :
生物分子力场：我们过去在哪里，现在在哪里，我们需要去哪里，我们如何到达那里？ 133-203 阿诺德·哈格勒 :
力场发展第二阶段：放松基于物理的标准……或将更严格的物理纳入分子能量学的表示中。 205-264 Kostas A.Triantaphyllopoulos公司 , Fotis A.Baltoumas公司 , 斯塔夫罗斯·哈莫德拉卡斯 :
山羊和牛溶质载体家族11A1（SLC11A1）的结构表征和分子动力学模拟。 265-285 露西娅·福萨尼 , 阿尔瓦罗·科尔特斯·卡布雷拉 :
结合COMBINE分析的主动学习策略：老狗的新技巧。 287-294 弗朗西斯卡·斯皮拉基斯 , 皮耶朗基罗·贝利奥 , 安东尼奥·夸塔达莫 , 帕斯奎尔·林奇亚诺 , 保罗·贝内代蒂 , 朱利亚·达里戈 , 马西莫·巴罗尼 , 劳拉·森德隆 , 朱塞佩·塞伦萨 , 多纳泰拉·通迪 :
针对GES-5碳青霉烯酶抑制剂的首次虚拟筛选和实验验证。 295-305
第33卷第3期，2019年3月
伊娃·尼廷格 , 保罗·吉本斯 , 查尔斯·艾根布罗特 , 道格·R·戴维斯 , 碧姬·莫勒 , 克里斯汀·L·余 , 詹姆斯·基弗 , 安德烈亚斯·库格斯塔特 , 杰里米·默里 , 丹尼尔·奥特温 , 永唐 , Vickie Tsui :
蛋白质和界面中的水分子。 软件工具评估和SAR比较。 307-330 阿卡迪·I·林 , Dragos Horvath公司 , 吉尔斯·马库 , 伯恩德·贝克 , 亚历山大·瓦内克 :
虚拟筛选中的多任务生成地形图。 331-343 刘凯（Kai Liu） , Hironori Kokubo公司 :
使用分子动力学模拟揭示氟化后logP的异常变化。 345-356 瓦格鲁湿婆奎师那 , 单正 , Estharla Madhu Rekha公司 , 卢克·古达特 , Dharmarajan Sriram公司 :
新型结核分枝杆菌酮酸还原异构酶抑制剂作为治疗药物先导的发现和评价。 357-366 徐贤进 , 马志伟 , 芮端 , 邹晓琴 :
预测CELPP和GC3的蛋白-甘氨酸结合模式：工作流程和见解。 367-374 宋嘉欣 , 陈秀琴 , Theam Soon Lim先生 , Yee-Siew Choong先生 :
结核分枝杆菌热休克蛋白（HSP16.3）特异性人类VH域抗体的优化。 375-385
第33卷第4期，2019年4月
帕加达拉·纳塔拉吉·塞哈尔 :
AZT作为一种抗流感核苷酸三磷酸，靶向A/PR/8/34/H1N1 RNA依赖性RNA聚合酶的催化位点。 387-404 新虎 , 张亚琴 , 奥利维亚·W·李 , 李柳 , 曼殊汤 , 赖肯特（Kent Lai） , 马修·博克瑟 , 马修·D·霍尔 , 沈敏（音） :
通过虚拟筛选发现新型人类半乳激酶抑制剂。 405-417 P.切拉潘迪 , R.普拉蒂维拉吉 , A.普里西拉 :
从进化印记中解读疟原虫IspD同源物的结构、功能和机制。 419-436 韩晨（Han Chen） , Yan Wang（王燕） , 郑高 , 文阳（Wen Yang） , Jian Gao公司 :
通过分子动力学模拟和MM/GBSA方法评估三种白藜芦醇与SIRT1结合的性能：白藜芦》3与SIRTl结合最弱，可能引发其结合位点分离。 437-446 葛海霞 , 卞月敏 , 西宾河 , 向群谢 , 王俊美 :
通过实验研究揭示了四氢berrubine对映体对多巴胺D1/D2受体的显著不同影响，并整合到了电子模拟中。 447-459
第33卷第5期，2019年5月
萨阿德·拉扎 , 卡拉·拉纳汉 , 马克·范德坎普 , 克里斯托弗·伍兹 , 阿德里安·穆霍兰德 , 赛义德·西坎德·阿扎姆 :
可视化蛋白质与化学能量分解结合（CHEWD）：应用于激肽释放酶-8 S1位点的配体结合。 461-475 Oanh Vu公司 , 杰弗里·门登霍尔 , 多亚·阿特拉维 , 延斯·梅勒 :
BCL:：Mol2D-用于QSAR建模和潜在客户优化的健壮原子环境描述符。 477-486 梅倩瑶 , 阿比盖尔·埃姆塔奇 , 纳撒尼尔·J·Y·陈 , 斯蒂芬·W·道蒂 , 杰森·S·E·鲁 :
使用A类GPCR晶体结构评估MM/PBSA的结合亲和力预测性能。 487-496 山崎聪 , Takayuki Amemiya公司 , Yukimitsu Yabuki公司 , Katsuhisa Horimoto公司 , 福井和彦 :
ToGo-WF：使用KNIME工作流预测RNA三级结构和RNA-RNA/蛋白质相互作用。 497-507 奥马尔·卡纳 , 米查尔·布莱林斯基 :
利用eFindSite阐明人类蛋白质组的药物敏感性。 509-519 程世江 , 永熙阁 , 程志强 , 宋佳丽 , 殷殷王 , 孔凯朱 , 华章 :
新型多功能选择性乙酰胆碱酯酶抑制剂的发现：基于结构的虚拟筛选和生物学评价。 521-530
第33卷第6期，2019年6月
阿杰·N·贾恩 , 安·E·克利夫斯 , 齐高 , 小王 , 刘益洲 , 爱德华·谢勒 , 米哈伊尔·雷巴赫 :
复杂宏循环探索：使用ForceGen进行并行、启发式和基于约束的整合器生成。 531-558 菲利普·米利科维奇 , 弗格特 , 尤尔根·巴约拉斯 :
人类kinome抑制剂形成的混杂悬崖通路的系统计算鉴定。 559-572 Lee H.Wink（李·温克） , 丹尼尔·贝克 , 朱迪思·科尔 , 艾比·帕里尔 :
应用于G蛋白偶联受体的回路建模方法的基准研究。 573-595 约瑟芬·阿尔巴 , 埃多尔多·米拉内蒂 , 马可·达布拉莫 :
Lck激酶结构域激活和失活途径的计算研究。 597-603 Vijaya Kumar铰链 , 迪潘卡·罗伊 , 安德烈·科瓦伦科 :
使用基于3D-RISM-KH理论的溶剂化能量描述符预测多种化合物的皮肤渗透性。 605-611
第33卷第7期，2019年7月
丹尼尔·索勒 , 伊冯娜·韦斯特迈尔 , 罗伯特·索利瓦 :
rDock作为肽蛋白对接工具的广泛基准。 613-626 佩德罗·桑切斯·穆尔西亚 , 阿尔贝托·米尔斯 , 阿尔瓦罗·科尔特斯·卡布雷拉 , 费德里科·加戈 :
解开赞帕内酯和他卡诺内酯AJ与人体微管的共价结合。 627-644 法尔曼·阿里 , 赛义德·艾哈迈德 , 扎尔·纳瓦布·汗·斯瓦蒂 , 沙希德·阿克巴 :
DP-BINDER：通过融合进化和物理化学信息预测DNA结合蛋白的机器学习模型。 645-658 刘光浦 , 杨娇 , 黄春熙 , 平昌 :
通过虚拟筛选和生物学评价鉴定具有抗肿瘤活性的新型强效微管蛋白小分子抑制剂。 659-664 艾伦娜·罗特曼 , 达维德·杜拉克 , 马尔戈扎塔·加扎拉 , 马特乌斯·巴纳赫 , 莱斯泽克·科涅茨尼 :
基于疏水性分布的Aβ（11-42）淀粉样纤维的结构分析。 665-675 阿西玛·哈米德 , 萨拉·马苏德 , 阿米尔·哈米德 , 埃贾斯·艾哈迈德 , 阿赫桑·谢里夫 , 穆罕默德·伊姆兰·阿卜杜拉 :
喹啉查尔酮作为潜在抗疟疾药物的抗疟疾、细胞毒性和分子对接研究。 677-688 韩敏（音） , 孙东东 :
宫颈癌激酶抑制剂结合谱的合理建立和系统分析。 689-698
第33卷第8期，2019年8月
加布里埃尔·克里西尼 , 伊冯·马丁 , 安迪·文特 , 理查德·刘易斯 , 费德里科·加戈 , 特里·斯托奇 :
计算化学是如何发展的：向彼得·古德福德致敬。 699-703 Minh Khoa Nguyen先生 , 莱昂纳德·贾利特 , 圣埃芬·雷登 :
ART-RRT：As-Rigd-As-Possible蛋白质构象转换路径搜索。 705-727 宫崎富美 , 斯瓦里特·贾西亚尔 , 尤尔根·巴约拉斯 , Kimito Funatsu公司 :
基于具有特征核心分布和不同关系的复合集对不同虚拟筛选策略进行评估。 729-743 锯西蒙 , 内贾南·琼肯 , Warot Chotpatiwetchkul公司 , 马修·保罗·格里森 :
利用量子力学成对互作用能深入了解N-苯基喹唑啉-4-胺衍生物的EGFR SAR。 745-757 刘文山 , Wen-Yan Jin公司 , 梁舟 , 兴华路 , 李伟雅 , 英马 , 王润玲 :
通过从头设计、合成和生物评价对选择性SHP2抑制剂进行基于结构的设计。 759-774 孔凯朱 , 邵京伟 , 陶洪瑞 , 薛燕 , 程洛 , 华章 , 文湖段 :
新型三唑衍生物作为具有抗肿瘤活性的强选择性PRMT5抑制剂的合理设计、合成和生物学评价。 775-785
第33卷第9期，2019年9月
佐尔坦·奥尔戈文 , 吉尔吉斯·费伦奇（György G.Ferenczy） , György M.Keserü :
水和蛋白质灵活性在变构GPCR调节剂基于结构的虚拟筛选中的作用：一项mGlu5受体案例研究。 787-797 尼扎尔·阿尔·沙里 , Qosay A.E.Al-Balas公司 , 兰德·A·阿尔瓦菲 , 穆罕默德·哈桑 , 阿梅尔·阿尔卡利法 , 内哈德·M·阿尤布 :
使用基于结构的多药芯模型和分子对接发现人类乙醛酸酶-I酶的纳米抑制剂。 799-815 乔丹·普雷托 , 弗朗西斯科·詹蒂莱 :
使用DockBox包评估和改进共识对接策略的性能。 817-829 乔纳森·卡多索·西尔瓦 , 拉扎罗斯·G·帕帕乔治奥 , 索菲亚·措卡 :
用于QSAR建模的基于网络的分段线性回归。 831-844 克里斯蒂安·布斯塔曼特 , 罗德里戈·奥乔亚 , 克劳迪娅·阿塞拉 , 卡洛斯·马斯库斯 :
利用生物信息学预测、体外验证和药代动力学模拟重新利用已知药物治疗利什曼病。 845-854 里诺·拉格诺 :
www.3d-qsar.com：一个门户网站，将三维qsar引入所有电子设备——Py-CoMFA网络应用程序，作为从预先对齐的数据集构建模型的工具。 855-864
第33卷第10期，2019年10月
安·E·克利夫斯 , 斯蒂芬·约翰逊 , 阿杰·N·贾恩 :
用于虚拟筛选和姿势预测的静电场和表面形状相似性。 865-886 加布里埃尔·马卡里 , 丹尼尔·托蒂 , 法比奥·波提切利 :
蛋白质和小分子结合位点识别的计算方法和工具：从经典几何方法到现代机器学习策略。 887-903 迪潘卡·罗伊 , 安德烈·科瓦伦科 :
3D-RISM-KH分子溶剂化理论在二甲基亚砜溶剂中的应用。 905-912 Vijaya Kumar铰链 , 尼古拉·布林诺夫 , 迪潘卡·罗伊 , 大卫·S·威斯哈特 , 安德烈·科瓦伦科 :
水合作用在5-氟尿苷与SOD1结合中的作用：基于3D-RISM-KH的新协议的见解，该协议将结构水纳入对接模拟。 913-926 范妮·克雷布斯 , 杰里米·埃斯克 , 罗兰·斯托特 :
DXR突变株抗生素耐药性分子基础的计算研究。 927-940
第33卷第11期，2019年11月
丹尼尔·雷克 , 理查德·刘易斯 :
高级编辑宣布JCAMD人工智能和机器学习专刊。 941 埃德米罗·莫曼 , 玛丽亚·格里希纳 , 弗拉基米尔·波将金 :
使用机器学习评分函数计算配体-生物聚合物亲和力的非参数化学描述符。 943-953 Galyna P.Volynets公司 , Sergiy A.Starosyla公司 , 玛丽亚·余（Maria Yu）。 雷巴克 , Volodymyr G.Bdzhola公司 , 奥克萨娜·科瓦连科 , Vasyl S.Vdovin公司 , 塞尔吉·亚莫卢克 , 米歇尔·图卡洛 :
使用药效团筛选进行双靶向命中识别。 955-964 Vijaya Kumar铰链 , 迪潘卡·罗伊 , 安德烈·科瓦伦科 :
利用机器学习分类模型和基于3D-RISM-KH理论的溶剂化能量描述符预测P-糖蛋白抑制剂。 965-971 Tejashree Redij公司 , 马健（Jian Ma） , 李志宇 , Xianxin Hua公司 , 李志军 :
通过虚拟筛选和实验研究发现胰高血糖素样肽1受体的潜在正变构调节剂。 973-981 安东内拉·西安塞塔 , 普里西拉·鲁比奥 , 大卫·I·利伯曼 , 肯尼思·雅各布森 :
A类 三 腺苷受体激活机制：非活性、活性和完全活性状态的分子动力学分析。 983-996 斯蒂芬·巴里杰 , 何塞·曼努埃尔·加西亚（JoséManuel García de la Vega） , 胡安·卡斯蒂略-加里特 :
采样不足：黄病毒抑制活性的案例研究。 997-1008
第33卷第12期，2019年12月
迈克尔·K·吉尔森 :
本期：药物设计数据资源大挑战4，两期中的第一期。 1009 Lea El-Khoury公司 , 迪奥戈·桑托斯·马丁斯 , 苏卡尼亚·萨斯马尔 , 杰尔·埃伯哈特 , 朱利娅·比安科 , 弗朗西丝卡·亚历山德拉·安布罗西奥 , 莱昂纳多·索利斯·瓦斯克 , 安德烈亚斯·科赫 , 斯特凡诺·福尔利 , 大卫·L·莫布里 :
使用AutoDock-GPU和MM-GBSA评分比较D3R大挑战4中BACE-1抑制剂的亲和力排序。 1011-1020 邹俊杰 , 川田 , 卡洛斯·辛默林 :
利用Amber热力学积分对2018年D3R重大挑战4的蛋白质-甘氨酸结合亲和力进行盲预测。 1021-1029 埃迪·埃利塞 , Vytautas Gapsys公司 , 纳维尔·梅勒 , 卢多维克·查普特 , 伊迪丝·塞尔瓦 , 伯特·L·德·格罗 , 博格丹·I·奥尔加 :
使用D3R Grand Challenge 4数据集对分子对接和自由能计算协议进行性能评估。 1031-1043 阿舒托什·库马尔 , Kam Y.J.Zhang先生 :
使用连续溶剂模型改进基于配体三维形状相似性的位姿预测。 1045-1055 林春红 , 鲁本·阿巴扬 , 马克西姆·托特罗夫 :
ICM中的宏观周期建模：D3R大挑战4中的基准和评估。 1057-1069 迪奥戈·桑托斯·马丁斯 , 杰尔·埃伯哈特 , 朱利娅·比安科 , 莱昂纳多·索利斯·瓦斯克 , 弗朗西丝卡·亚历山德拉·安布罗西奥 , 安德烈亚斯·科赫 , 斯特凡诺·福尔利 :
D3R大挑战4：使用AutoDock-GPU对BACE1配体进行前瞻性姿势预测。 1071-1081 吴喜新 , 大辅木原 :
使用PL-PatchSurfer2.0预测D3R大挑战中的绑定姿势和亲和力排名。 1083-1094 杨宇伟（Yuwei Yang） , 陆嘉宁 , 朝阳 , 张英凯 :
在组织蛋白酶S上利用机器学习探索基于片段的目标特定排序协议。 1095-1105
