生物信息学和计算生物学杂志，第16卷
第16卷第1期，2018年2月
尤里·奥尔洛夫 
, 塔蒂亚娜·塔塔琳诺娃 , 马克西姆·V·扎克哈特塞夫（Maksim V.Zakhartsev） , 尼古拉·科尔沙诺夫 :
第九届系统生物学和生物信息学青年科学家学院简介（SBB’2017）。 1802001:1-1802001:5
奥尔加·基塞列娃 , 叶卡捷琳娜·波维伦纳亚 , 亚历山大·沙格诺夫 , 安德烈·利西萨 :
蛋白质组灰姑娘：在一个晚上对海量MS/MS数据进行定制分析。 1740011:1-1740011:13 阿特姆·赖西克 , 米哈伊尔·奥尔洛夫 , 叶夫根妮亚·兹科娃 , 蒂莫菲·埃尔马克 , 安纳托利·索罗金 :
细菌启动子预测：选择DNA的动态和静态物理特性以进行可靠的序列分类。 1840003:1-1840003:16 乔治·克拉斯诺夫 , 娜塔莉亚·梅尔尼科娃 , 瓦伦蒂娜·拉库尼娜 , 阿纳斯塔西娅·V·斯内什基纳 , 安娜·库德拉夫采娃 , 阿列克谢·德米特里夫 :
MethyMer：设计特定引物组合，用于全CpG岛亚硫酸氢盐测序。 1840004:1-1840004:15 费多·卡赞采夫（Fedor V.Kazantsev） , 伊利亚·阿克伯丁 , 谢尔盖·A·拉辛 , 纳塔利娅·丽 , 弗拉基米尔·蒂莫诺夫 , 亚历山大·拉图什尼 , 塔马拉·赫勒波达罗娃（Tamara M.Khlebodarova） , 维塔利·利科什瓦伊 :
MAMMOTh：一个新的数据库，用于管理生物分子系统的数学模型。 1740010:1-1740010:16 弗拉基米尔·奥夫钦尼科夫 , 丹尼斯·安东内斯 , 柳德米拉·古利亚耶娃 :
在内含子和基因间microRNA启动子中搜索CAR、AhR、ESR结合位点。 1750029:1-1750029:20 弗拉迪斯拉夫·M·贝真采夫 , 伊万诺夫 , 桑迪普·库马尔 , 拉杰什·库马尔·戈尔 , 弗拉基米尔·波罗里科夫 :
使用网络药理学识别治疗难治性癫痫的潜在药物靶点。 1840002:1-1840002:12 伊万·安东诺夫 , 安德烈·马拉霍诺夫 , 玛丽亚·扎姆科娃 , 尤利娅·梅德韦德娃 :
ASSA：快速识别长RNA之间具有统计意义的相互作用。 1840001:1-1840001:27 奥列格·维什内夫斯基 , 安德烈·波查尼科夫 , 尼古拉·科尔沙诺夫 :
Argo_CUDA：基于穷尽GPU的方法，用于大型DNA数据集中的模体发现。 1740012:1-1740012:23
丹罗（Dan Luo） , 王树林 , 方建文 , 张伟（音译） :
MIMPFC：通过结合相位相关性和改进的粗糙模糊聚类来识别miRNA-mRNA调节模块。 1750028:1-1750028:18 蒋燮 , 东方路 , 李佳欣 , 王娇（音译） , 张勇（音） , 李彦辉 , 清聂 :
核微分子图揭示了生物分子网络的动态变化。 1750027:1-1750027:29
第16卷第2期，2018年4月
米哈伊尔·盖尔芬德 :
2017年MCCMB论文简介。 1802002:1-1802002:2
德米特里·A·苏布拉托夫 , 亚娜·莎拉波娃 , 达丽亚·蒂莫尼娜 , 基里尔·科帕洛夫 , 维塔斯·K·斯维达斯 :
可视化CMAT：一个网络服务器，用于选择和解释蛋白质家族中的相关突变/共同进化残基。 1840005:1-1840005:15 叶卡捷琳娜·格拉夫斯卡娅 , Nadezhda F.Polina公司 , 弗拉迪斯拉夫·巴本科 , 达里亚·D·哈兰皮耶娃 , 帕维尔·A·博布罗夫斯基 , 瓦伦丁·A·曼努维拉 , 塔蒂亚娜·法拉芬诺娃 , 尼古拉·A·阿尼卡诺夫 , 瓦西里·拉扎列夫 :
新型抗菌肽的发现：海葵的转录组学研究 日本爪蟾 . 1840006:1-1840006:17 亚历山大·安德里亚诺夫 , 伊凡·卡申（Ivan A.Kashyn） , 亚历山大·图齐科夫 :
模拟gp41特异性广泛中和抗体10E8的潜在HIV-1融合抑制剂：电子发现和抗病毒效力预测。 1840007:1-1840007:21 叶卡捷琳娜·米亚斯尼科娃 , 亚历山大·斯皮洛夫 :
草率模型预测特性的相对灵敏度分析。 1840008:1-1840008:18 叶夫根尼·阿库拉托夫 , 米哈伊尔·盖尔芬德 , 叶卡捷琳娜·克拉梅娃 :
巴布亚人的尼安德特人和杰尼索娃祖先：功能研究。 1840011:1-1840011:12 奥克萨纳·A·沃尔科娃 , 尤里·孔德拉金 , 帖木儿·A·卡沙波夫 , 鲁斯兰·谢里波夫 :
基于RNA序列特征的蛋白质编码和长非编码转录物的比较分析。 1840013:1-1840013:14
霍萨姆·阿什塔维 , 尼哈尔·马哈帕特拉 :
增强的神经网络评分功能，用于准确的配体对接和排序。 1850004:1-1850004:18 奥斯卡·阿尔瓦雷斯 , 胡安·路易斯·费尔南德斯·马丁内斯 , 西莉亚·费尔南德斯·布里莱特 , 安娜·塞尔尼亚 , 祖利马·费尔南德斯·穆尼兹 , 安德烈·克洛茨科夫斯基 :
蛋白质三级结构预测中的主成分分析。 1850005:1-1850005:34 明治文 , 肯塔·纳凯 :
使用无监督特征提取对基因表达和DNA甲基化进行综合分析，以检测候选癌症生物标记物。 1850006:1-1850006:20
第16卷第3期，2018年6月
李·赛尔 :
GIW2017论文选集简介。 1802003:1-1802003:2
Amr Alhossary公司 , Yaw Awuni公司 , Chee Keong Kwoh先生 , 穆玉光 :
提出登革热病毒NS5蛋白的药物片段。 1840017:1-1840017:20 直井井井 , 吉川顺介 , Nobuaki Yasuo先生 , 吉野良介 , 濑岛正和 :
虚拟化合物合成增强化合物性能。 1840016:1-1840016:13 陆冰心 , 梁伟雄议员 :
GI-Cluster：通过对多个特征的一致聚类来检测基因组岛。 1840010:1-1840010:19 新马 , Jing Guo公司 , 小孙 :
基于序列信息的拉普拉斯支持向量机预测蛋白质中的microRNA-binding残基。 1840009:1-1840009:13 玛丽亚·萨蒂 , 谷泽康弘 , 明仁天皇 , Masanori Arita公司 :
基于核心基因组新定义的益生菌比较分析。 1840012:1-1840012:17 突厥语突厥语 , 志伟 , 杰森·T·L·王 :
基于procutes分析和均值漂移的转移学习方法用于癌症药物敏感性预测。 1840014:1-1840014:31 阿米尔·泽布 , Chanin公园 , Minky儿子 , 谢利马·兰波古 , 赛义德·伊布拉·阿拉姆 , Seok Ju公园 , 李根佑（Keun Woo Lee） :
抗HDAC6抑制的非羟肟酸盐支架的研究：药效团建模、分子对接和分子动力学模拟方法。 1840015:1-1840015:23
海霞窦 , 云芳 , 郑晓琦 :
用于从DNA甲基化微阵列数据推断肿瘤纯度的通用信息CpG位点。 1750030:1-1750030:12 A.Ranjitha Dhanasekaran , 凯瑟琳·加德纳 :
RPPA软件：用于预处理、分析和可视化反向蛋白质阵列数据的软件套件。 1850001:1-1850001:17 苏曼·乔蒂·德卡 , 阿萨拉塔·罗伊 , 德巴斯·曼纳 , 维沙尔·特里维迪 :
整合虚拟筛选和生化实验方法，从药物数据库中识别潜在的抗癌药物。 1850002:1-1850002:20 刘聪（音） , 周武平 , 张涛（Tao Zhang） , 姜克明（Keming Jiang） , 李海文 , 董文飞 :
数字液滴PCR双重分析的自动分类方法。 1850003:1-1850003:14
第16卷第4期，2018年8月
哈桑·费赫米·达纳西 , Rengül Joetin-Atalay公司 , 沃尔坎·阿塔莱 :
EClerize：具有EC属性的生物图形的自定义力定向图形绘制算法。 1850007:1-1850007:12 英德拉尼射线 , 阿比吉特·达斯古普塔 , 拉贾特·K·德 :
琥珀酸在肥胖发病时加重NAFLD进展为肝癌： 生物信息学 模型。 1850008:1-1850008:15 陈奇坎（Chi-Kan Chen） :
使用递归神经网络和稀疏MAP估计从基因表达时间序列推断基因网络。 1850009:1-1850009:30 崔继云 , Kipoong Kim（Kipong Kim） , Hokeun太阳 :
用于分析高维DNA甲基化数据的新变量选择策略。 1850010:1-1850010:18 Bangli路 , 陈丽 , 陈庆峰 , 宋江宁 :
ProBAPred：通过结合蛋白质序列和结构特征推断蛋白质结合亲和力。 1850011:1-1850011:18 Seyed Amir Malekpour公司 , 帕萨·帕克扎德 , 穆罕默德·哈迪（Mohammad-Hadi Foroughmand-Araabi） , 萨马·戈利艾 , Ruzbeh Tusserkani公司 , 巴赫拉姆·戈利艾 , 迈赫迪·萨德吉 :
通过博弈论方法模拟细菌爆发大小的概率分布。 1850012:1-1850012:22 穆罕默德·莫赫比 , 梁鼎 , 罗素·L·马尔伯格 , 科里·莫曼 , 哈立德·拉希德 , 蔡黎明 :
通过miRNA-目标双链的图形建模精确预测人类miRNA目标。 1850013:1-1850013:18 阿卜杜勒·汉南·巴西特 , 瓦吉德·阿尔沙德·阿巴西 , 阿米娜·阿西夫 , 萨达夫海鸥 , Fayyaz ul Amir Afsar Minhas公司 :
训练宿主-猪蛋白-蛋白质相互作用预测因子。 1850014:1-1850014:18 拉米奇·查巴内 :
蛋白质多序列比对问题的混合求解器。 1850015:1-1850015:20 玛丽亚姆·穆萨维扎德根 , 哈桑·穆罕默德卡 :
通过Chou的PseAAC和SVM计算预测抗真菌肽。 1850016:1-1850016:16
第16卷第5期，2018年10月
袁芳任 , 艾哈迈特·艾 , 特拉维斯·A·格尔克 , 塔梅尔·卡维奇 :
联合相关基因集的鉴定。 1840019:1-1840019:23 罗纳德·诺林 , 斯科特·埃姆里奇 :
基因型未知变异的调整似然比检验。 1840020:1-1840020:15 达维德·达布科夫斯基 , 帕维尔·塔巴斯泽夫斯基 , 帕维尔·戈雷基 :
将深层聚结成本降至最低。 1840021:1-1840021:18 奥尔尼 , 亚伦·图尔 , 菲利普·贾戈津斯基 , 布莱恩·哈钦森 :
蛋白质突变稳定性预测机器学习模型中ΔΔG截止范围的系统探索。 1840022:1-1840022:19
阿曼·夏尔马 , Rinkle拉尼 :
识别有效协同抗癌药物组合的综合框架。 1850017:1-1850017:23 森吉·昆玛 , 苏妮塔·阿加瓦尔 , 兰微杰 :
WBFQC：一种新的方法，用于将下一代测序数据分裂压缩为同质流。 1850018:1-1850018:16 Ioannis A.Tamposis公司 , 玛格丽塔·西奥多罗普洛 , Konstantinos D.Tsirigos公司 , 潘泰利斯·G.巴戈斯 :
扩展隐马尔可夫模型，以允许对先前的观察进行调节。 1850019:1-1850019:21 扎费尔·艾丁 , 奥古斯·卡纳尔 , 亚辛·戈麦斯 :
蛋白质二级结构的降维和溶剂可及性预测。 1850020:1-1850020:16 郭延步（Yanbu Guo） , 王炳义 , 李伟华 , 北洋 :
结合二维卷积神经网络的递归神经网络改进了蛋白质二级结构预测。 1850021:1-1850021:19 基尔西·谢蒂 , 阿纳帕B。 :
转录过程：模型和推理。 1850023:1-1850023:17
第16卷第6期，2018年12月
李金燕 , 肯塔·纳凯 , 云正 , 佐藤研吾 , 黄利顺（Limsoon Wong） :
GIW2018精选论文简介。 1802005:1-1802005:2
瑞银（Rui Yin） , 周新瑞 , 郑洁 , Chee Keong Kwoh先生 :
甲型流感病毒向宿主嗜性的物理化学特征的计算鉴定。 1840023:1-1840023:21 杨傲天 , 大卫·米勒 , 青盘 :
约束最大熵模型，用于选择与删失失效时间相关的基因型交互作用。 1840024:1-1840024:23 Manato Akiyama公司 , 佐藤贤吾 , 坂原靖（Yasubumi Sakakibara） :
RNA二级结构预测的最大裕度训练与热力学模型相结合。 1840025:1-1840025:15 Choi Sungkyoung先生 , Sungyoung Lee（李成阳） , 金永康 , Heungsun Hwang先生 , 大兴公园 :
HisCoM-GGI：基因-基因相互作用的层次结构成分分析。 1840026:1-1840026:25 侯文娟 , 班法·塞塞 :
神经包埋法提取药物相互作用。 1840027:1-1840027:22 Joungmin Choi先生 , Yoonjae公园 , 孙金 , Heejoon Chae先生 :
Cloud-BS：云上基于MapReduce的亚硫酸氢盐测序比对仪。 1840028:1-1840028:10 蒋海涛 , 乐土青格 , 朱大明 , 滨海朱 :
基于连续基因组支架填充问题的2-近似算法。 1850022:1-1850022:15 萨比亚萨奇·帕特拉 , 安贾利·莫哈帕特拉 :
使用扩展树在生物网络中发现主题。 1850024:1-1850024:24 苏凡·萨哈 , 阿布希曼尤·普拉萨德 , 皮亚利·查特吉 , 苏巴迪普·巴苏 , 米塔·纳西普里 :
利用基于基因本体的邻域分析和物理化学特征从蛋白质相互作用网络预测蛋白质功能。 1850025:1-1850025:15 江强荣 , 马佳佳 :
一种新的化合物分类图核。 1850026:1-1850026:8 刘全峰 , 李萍（Liping Li） , 费旭 :
抗抗生素耐药性活性位点亚泊位特异性脱氢喹啉合酶抑制剂的系统分析与综合发现 金黄色葡萄球菌 感染。 1850027:1-1850027:20
