《硅生物学》第7卷
2007年第7卷第1期
Rajaiah Paramasivan公司 , 拉玛莫西·西瓦佩鲁马尔 , 库蒂·杰加德斯瓦兰·达南杰扬 , Velayutham Thenmozhi公司 , Brij Kishore Tyagi公司 :
人类淋巴丝虫病媒介致倦库蚊唾液气味结合蛋白-2的三维结构预测。 1-6 迪普纳拉扬·萨哈 , 阿南德·普拉萨德 , Thankeswaran P.Sujatha女士 , 瓦金德·库马尔 , Pradeep K.Jain公司 , 斯里帕德·R·巴特 , 拉穆尔西·斯里尼瓦桑 :
拟南芥侧器官连接（LOJ）基因和启动子的硅片分析。 7-19 卡根·通凯 , 丽莎·恩斯曼 , 孙景军 , 阿拉·阿比·海达尔 , 弗兰克·斯坦利 , 迈克尔·特雷林斯基 , 彼得·奥尔托列娃 :
通过基因本体和表达数据的转录调控网络。 21-34 迪德里克·W·J·博斯曼 , Evert-Jan Blom公司 , 帕特里克·J·奥高 , 奥斯卡·P·柯伊伯 , 乔斯·B.T.M.罗丁克 :
MOVE：一个基于多层次本体论的基因组网络可视化和探索框架。 35-59 杨宇晨 , 埃尔文·坦托索 , Gek Huey Chua先生 , 甄选Yeo , Felicia Soo Lee Ng女士 , Sum Thai Wong先生 , 卓王忠 , 李国斌 :
在P53的硅胶分析中使用P53知识库：突变、多态性、微RNA和通路。 61-75 Waiming Kong公司 , Tsu Soo Tan先生 , 劳伦斯·塔姆 , Keng Wah Choo先生 :
通过多序列基序组合改进过敏性预测。 77-86 帕拉斯·乔普拉 , 安德烈亚斯·本德 :
蛋白质二级结构预测的进化细胞自动机模拟了自然界中观察到的折叠决定因素。 87-93 Pradeep Kota公司 :
GUIMACS—用于GROMACS的基于Java的前端。 95-99 塔西西奥·德·索扎·佩雷斯 , 费尔南多·费雷拉·科斯塔 , 费尔南多·洛佩斯·阿尔贝托 :
LyM：在基因表达比较中获得最佳因子的工具。 101-104 兰布罗斯V.斯卡拉斯 , 帕诺斯·伊奥尼迪斯 , 螺旋体D.Likothanasis :
用人工神经网络预测沃尔巴赫菌的编码电位。 105-113 金华岭 , Shu San Loo公司 , 罗齐塔·罗斯利 , 玛丽亚娜·诺·沙姆苏丁 , 拉赫玛·穆罕默德 , 基辅-连湾 :
柔嫩艾美耳球虫中一个推定的磷脂酰肌醇4-磷酸5-激酶（PIP5K）基因的原位鉴定和鉴定。 115-121
2007年第2期第7卷
Kalyan Gayen公司 , 马尼什·古普塔 , 卡伦哈利·文卡泰什 :
初步模式分析研究预培养对鼠李糖乳杆菌在混合基质上生长期间代谢状态的影响。 123-139 根岸吉祥 , 中村弘之 , 诺佐穆·亚奇 , 斋藤仁太郎 , 丰田正男 :
eXpanda：网络分析和可视化的集成平台。 141-144 J.林恩·芬克 , 尼古拉斯·A·汉密尔顿 :
DomainDraw：一个高分子特征绘制程序。 145-150 丹尼尔·格拉赫 , 马提亚斯·沃尔夫 , 托马斯·丹德卡 , 托比亚斯·米勒 , 安德烈亚斯·波科尼 , 斯文·拉赫曼 :
深后生动物系统发育。 151-154 艾哈迈德·艾哈迈德 , 加布里埃尔·弗雷 , 克里斯蒂安·米歇尔 :
与循环码相关的基因中的移码信号。 155-168 阿鲁纳·兰加纳思 , K.C.Shet公司 , 纳加多内·维迪亚瓦蒂 :
三维蛋白质结构特征提取的高效形状描述符。 169-174 苏坎塔·蒙达尔 , 拉贾塞卡兰·莫汉·巴布 , 拉贾塞卡兰·巴夫纳 , S.Ramakumar公司 :
J超家族芋螺毒素pl14a与Kv1.6通道结合模式的硅胶检测。 175-186 巴拉斯·斯里尼瓦桑 , 赫马拉塔·巴拉姆 :
ISN1核苷酸酶和HAD超家族蛋白折叠：电子序列和结构分析。 187-193 姚继强 , 洪琳 , 哈沙·多达帕尼尼 , 埃德温·西维罗洛 :
nWayComp：一种用于多种系统发育相关微生物菌株/物种的全基因组序列比较工具。 195-200 阿图尔·格罗弗 , 普拉卡什·C·夏尔马 :
具有中等GC含量的微卫星基序聚集在拟南芥2号染色体上的基因周围。 201-213 罗扎娜·奥斯曼 , 哈比巴·A·瓦哈布 , 罗哈娜尤索夫 , 努萨达·阿卜杜勒·拉赫曼 :
登革热病毒2型NS2B/NS3对晶体结构的二级结构预测分析，以评估硅内方法的预测能力。 215-224 苏珊·伊迪卡拉·托马斯 , Petery V.Balaji公司 :
蛋白质结构稳定性与聚集倾向的相关性。 225-237
2007年第7卷第3期
谢尔盖·N·罗丹 , 尼古拉·科尔沙诺夫 :
2006年第五届基因组调控和结构生物信息学国际会议-BGRS。 239-240 尤里·奥尔洛夫 , 周江涛 , 伦纳德·利波维奇 , 阿蒂夫·沙哈卜 , 弗拉基米尔·库兹涅佐夫 :
通过目标序列映射和表达数据分析对Affymetrix U133A&B探针进行质量评估。 241-260 谢尔盖·拉申 , 瓦伦丁·V·苏斯洛夫 , 尼古拉·科尔沙诺夫 , 尤里·马图什金 :
使用“进化构造器”程序模拟社区中的协同进化。 261-275 陪审团Sergeevich Bukin , 塔蒂亚娜·阿纳托尔杰夫娜·普多夫基纳（Tatyana Anatoljevna Pudovkina） , 德米特里·朱尔耶维奇·谢尔巴科夫 , 塔蒂亚娜·雅科夫列夫娜·西特尼科娃 :
结构化一维种群中的遗传流：贝加利安多毛类M.Godlewskii的模拟和实际数据。 277-284 列夫·鲁巴诺夫 , 瓦西里·柳贝茨基 :
RNAmodel Web服务器：细菌经典衰减建模。 285-308 安德烈·罗丁 , 谢尔盖·N·罗丹 :
两条互补链的翻译可能控制遗传密码的早期进化。 309-318 谢尔盖·平特斯 , 爱德华·福明 , 伊万·奥斯赫科夫 , 弗拉基米尔·伊万尼森科 :
p53和p63/p73基因家族的系统发育分析。 319-332 康斯坦丁·V·冈宾 , 德米特里·阿丰尼科夫 , 尼古拉·科尔沙诺夫 :
Hh信号通路基因的进化：一项计算机辅助研究。 333-354
第7卷，编号4-52007
阿比纳什·帕迪 , 宾杜·维盖塞 , Subhendu K.Otta公司 , 比努·瓦尔盖塞 , 卡里·拉穆 :
绿洲蟹甲壳类高血糖激素的达尔文正选择。 355-367 苏迪普托·萨哈 , 加詹德拉P.S.拉加瓦 :
基于功能和来源的神经毒素预测。 369-387 Boon-San Lim公司 , Chan-Eng Chong公司 , 祖尔凯夫利·扎姆罗德 , 希拉·内森 , 拉赫玛·穆罕默德 :
伪鼻疽伯克霍尔德菌AraC/XylS家族转录调控因子的全基因组预测和注释。 389-397 安贾利·巴杰帕伊 , 塞图·斯里达尔 , Hemakumar M.Reddy公司 , Rachel A.Jesudasan女士 :
BRM-Parser：一个综合分析BLAST和重复屏蔽结果的工具。 399-403 苏丹萨哈 , 加詹德拉P.S.拉加瓦 :
BTXfred：细菌毒素预测。 405-412 伦加拉杰·拉杰什 , 卡西纳桑·古纳塞卡兰 , 苏布拉曼尼亚语Muthukumaravel , Kothandapani Balaraman公司 , Purusothaman Jambulingam公司 :
媒介蚊子中电压门控钠通道与滴滴涕耐药性关系的硅分析。 413-421 阿什图什·兰扬 , 安巴里什·莎兰·维迪亚尔蒂 , 拉朱·波达尔 :
多变量分析评价结核分枝杆菌噬菌体治疗中的密码子偏倚观点。 423-431 班加利·卡巴 , 尼古拉斯·皮内 , 勒兰代斯 , 阿兰·西盖尔特 , 安妮·贝瑞 :
使用图形分隔符对基因表达数据进行聚类。 433-452 Deepak Perumal公司 , 朱新林 , 基肖尔·萨哈卡 , 米娜·萨哈卡 :
铜绿假单胞菌代谢酶差异基因组分析用于药物靶点鉴定。 453-465 西尔万·布拉科恩 , 鲁格罗·彭萨 , 杰雷米·贝松 , 塞琳·罗伯德 , Jean-François Boulicaut公司 , 奥利维尔·甘迪里隆 :
聚类形式概念以从基因表达数据中发现生物学相关知识。 467-483 贾玉文 , 布莱恩·帕克 , 乔治·F·威勒 :
截形苜蓿中mRNA-Like非编码转录物的电子鉴定和表征。 485-505 马泰奥·拉马佐蒂 , 马泰奥·布里利 , 雷纳托·法尼 , Giampaolo Manao公司 , 多纳泰拉·德格尔·安诺琴蒂 :
CAI分析软件包：从原始基因组数据推断基因表达。 507-526 李廖 , 李中伟 :
基因沉默活性与反义寡核苷酸和靶RNA结构特征的相关性。 527-534 奥拉夫·齐默尔曼 , 王龙辉 , 乌尔里希·H·E·汉斯曼 :
贝蒂：贝塔预测- 序列中的绞线类型。 535-542 索玛·S·马拉 , 维奈·库马尔·辛格 :
PGV-原核生物基因组查看器。 543-545 迦琪·森 , 苏尔索巴什亚 , 黛巴丁·博斯 , 乌塔姆Kr.蒙达尔 , 青色Furnholm , 阿西姆·博特拉 , 路易斯·蒂萨 , 阿纳布·森 :
对六个植物病原黄单胞菌基因组的密码子使用模式和预测的高表达基因的分析显示出高度的保守性。 547-558
2007年第6期第7卷
库纳尔·贾斯瓦尔 :
使用人工神经网络、隐马尔可夫模型和支持向量机预测泛素蛋白质。 559-568 舒晨（Shu Chen） , Arunkumar Chinnaswamy公司 , 苏布拉·比斯瓦斯 , 安德鲁·戈亚切夫 , Choon-Kong Yap公司 , Koi-Yau Lam公司 , 程培泰 , Hong Sang Low公司 , 亚历山大·波基尔科 , 大君渡 , 桑托什·K·米什拉 :
细胞相互作用知识库：天然免疫细胞、细胞因子和趋化因子的在线数据库。 569-574 伊安妮斯·库尔姆佩蒂斯 , 阿特·范德伯格 , 马可·C·A·M·宾克 , Cajo J.F.ter Braak公司 , 罗兰·C·H·J·范·汉姆 :
多层次独立基因本体术语在基因功能预测和基因组注释中的应用。 575-582 桑吉塔·昆都 , 德比亚尼·罗伊 :
设计腺苷类似物作为毛滴虫甘油醛-3-磷酸脱氢酶选择性抑制剂的结构考虑。 583-593 乔森·法尔 , 马丁·帕克 , 克里斯托弗·亨特 :
预测器：一种基于网络的工具，用于从多达150个碱基对的双螺旋DNA序列预测原子结构。 595-600 贾亚维尔·斯里达尔 , 齐奥丁·阿哈迈德·拉菲 :
与小RNA相关的新基因组岛的鉴定。 601-611 马丁·斯蒂芬 , 弗里德里希·莫勒 , 托马斯·威赫 , 于尔根·克莱夫 :
自我比对检测互斥外显子的使用。 613-621 尤娜·琼 , 长崎Masao , 斋藤雅木 , 宫野佐治 :
细胞系统本体：用于建模、可视化和模拟生物路径的表示。 623-638 阿米塔娃·卡马克 , 斯蒂芬·奎克 :
CGH扫描：一种使用aCGH轮廓分析基因组染色体畸变的算法。 639-649 阿布舍克-蒂瓦里 , 苏尼尔·帕尼格拉希 :
HBAT：分析高分子晶体结构中强弱氢键的完整软件包。 651-661
2007年第7卷增补2
伊莎贝尔·罗哈斯 , 乌尔里克·维蒂格 :
“反应动力学数据的存储和注释”研讨会，海德堡博世别墅，2007年5月21日至23日。 1-2 曼努埃尔·卡诺瓦 , 维森特·伯纳尔 , 安吉尔·塞维利亚 , 何塞·伊波拉 :
湿式实验设计在数据生成中的作用：从体内到硅胶和背部。 3-16 埃德加·温根德 , 詹妮弗·霍根 , 弗兰克·沙切勒 , 安纳托利·波塔波夫 , 奥尔加·V·克尔-马古利斯 :
系统病理学的集成路径数据。 17-25 卡雷尔·范·根德 , Riaan Conradie公司 , 佛朗哥·B·杜·普雷兹 , 杰基·斯诺普 :
使用JWS Online进行数据和模型集成。 27-35 伊莎贝尔·罗哈斯 , 马丁·戈列别夫斯基 , 雷娜特·卡尼亚 , 奥尔加·克雷布斯 , 萨基布·米尔 , 安德烈亚斯·魏德曼 , 乌尔里克·维蒂格 :
动力学数据的存储和注释。 37-44 基里尔·德吉亚伦科 , 马库斯·埃尼斯 , 约翰·加拉维利 :
生物化学数据的“良好注释实践”。 45-56 卡斯滕·凯特纳 :
良好的出版规范是可比较酶数据的先决条件？ 57-64 乌苏拉·库默 :
数据库中存储的反应动力学数据的使用-建模者的观点。 65-71 西蒙·博格 , 詹尼斯·乌伦多夫 , 安塞尔姆·赫尔比格 , 沃尔夫拉姆·利伯梅斯特 :
整合各种来源的酶动力学数据。 73-79 阿基拉·福纳哈西 , Akiya Jouraku公司 , 松冈由纪子 , 北野博树 :
CellDesigner与SABIO-RK的集成。 81-90
