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国际高性能计算应用杂志，第32卷

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第32卷第1期，2018年1月

特别问题：2016年科学计算的集群、云和数据
介绍

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杰克·J·东加拉,伯纳德·图兰乔:
客座编辑注释。三

研究论文

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尤因·L·卢斯克,拉尔夫·巴特勒,史蒂芬·C·派珀:
最小并行编程模型的演变。 4-13
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伊安尼斯·乔治乌,伊曼纽尔·詹诺,纪尧姆·梅西耶,阿代尔·维利尔梅特:
拓扑感知作业映射。 14-27
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布里斯·维多,凯文·普吉,路易吉·吉诺维斯,蒂埃里·德意志,迪米特里·科马蒂奇,弗雷德里克·德斯普雷斯,Jean-François梅奥:
BOAST：一个元编程框架，用于为HPC应用程序生成可移植且高效的计算内核。 28-44
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哈维尔·科内杰罗,桑德拉·科雷拉,罗莎·巴迪亚,杰苏斯·拉巴特:
COMPS中基于任务的编程，从HPC收敛到大数据。 45-60
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苏普恩·坎布鲁加穆夫,普拉什·维克拉马辛格,萨利亚·埃卡纳亚克,杰弗里·福克斯:
剖析MPI、Spark和Flink中的机器学习算法实现。 61-73
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查拉兰波斯·查利奥斯,乔治·乔治库迪斯,Konstantinos Tovletoglou公司,乔治奥斯·卡拉康斯坦蒂斯,汉斯·范迪伦敦克,迪米特里奥斯·尼科洛普洛斯:
勇敢。 74-88
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安妮·本诺特,洛伊克·波蒂埃,伊维斯·罗勃特:
可延展应用程序的弹性联合调度。 89-103
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穆斯塔法·阿卜杜勒巴基,哈维尔·迪亚兹·蒙特斯,Manish Parashar公司:
软件定义的科学和工程环境。 104-122
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纪尧姆·奥皮,安妮·本诺特,四川代,洛伊克·波蒂埃,帕德玛·拉加万,伊维斯·罗勃特,马努·桑塔拉姆:
在缓存分区系统上共同调度Amdahl应用程序。 123-138
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乔治·博西尔卡,奥雷连·布特伊勒,阿米娜·格尔穆切,托马斯·赫罗特,伊维斯·罗勃特,皮埃尔·桑斯,杰克·J·东加拉:
HPC平台的故障检测器。 139-158
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埃瓦·迪尔曼,汤姆·佩特卡,伊尔凯·阿提塔斯,克里斯托弗·卡托尔斯,Kerstin Kleese van Dam公司,肯尼思·莫兰德,Manish Parashar公司,拉瓦尼亚·拉马克里希南,米歇拉·托弗,杰弗里·维特:
科学工作流的未来。 159-175
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安妮·本诺特,劳伦·莱夫维尔（Laurent Lefèvre）,安妮·塞西尔·奥格里,伊萨姆·拉伊斯:
通过具有多重约束的组合关机策略降低大型计算系统的能耗。 176-188
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大卫·沃克:
二维数组的莫顿排序，用于高效访问分层内存。 189-203

第32卷第2期，2018年3月

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研究论文

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范德孔,蔡晓川:
三维非结构网格流固耦合问题隐式求解器的可扩展性研究。 207-219
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哈特维格·安斯特,莫里茨·克鲁泽,爱德华多·蓬斯,格雷戈里·彼得森,格哈德·韦利恩,杰克·J·东加拉:
GPU上IDR迭代Krylov求解器的优化和性能评估。 220-230
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迈克尔·O·林,杰弗里·霍林斯沃思:
细粒度浮点精度分析。 231-245
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丽迪娅·宽,弗雷德里科·普拉塔斯,莱昂内尔·索萨,佩德罗·托马斯:
贝叶斯先生^三. 246-265
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马丁·克伦比希勒,阿巴巴卡尔对角,汉娜·霍尔姆格伦:
用于微流控芯片模拟的快速大规模并行两相流求解器。 266-287
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阿兰·格雷,凯文·斯特拉福德:
使用targetDP实现性能可移植性的轻量级方法。 288-301
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卡门·科特罗,玛丽亚·阿兰扎祖·阿莫·巴拉德龙,罗兰·阿兹纳尔,巴勃罗·洛伦特,巴勃罗·雷伊,奥雷里奥·罗德里格斯:
关于海洋学业务服务与其他计算工作量的成功共存。 302-313

第32卷第3期，2018年5月

特刊：ISPA–2015年PBio
专题论文

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米盖尔·维加·罗德里格斯,阿尔瓦罗·鲁比奥·拉戈:
计算生物学中的并行性。 317-320
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内森·T·威克斯,格伦·鲁克,布兰登·M·格罗斯,玛丽娜·克莱娃,李玛,卢克·克莱默,詹姆斯·科尔特斯,詹姆斯·里西:
数量性状GWAS中的高性能上位性检测。 321-336
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恩佐·鲁奇,卡洛斯·加西亚,吉列尔莫肉毒杆菌,阿曼多·德·朱斯蒂,马塞洛·纳伊夫,曼努埃尔·普列托:
奥斯瓦尔德。 337-350
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费迪南多·奥里奇奥,马可·费雷蒂,阿德里安·勒菲厄,米尔托·穆西,亚历山德罗·雷亚尔,桑蒂·特里马奇,亚历山德罗·维内齐亚尼:
并行化计算血液动力学中的有限元解算器。 351-362
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苏伊布·梅梅蒂,萨布里·普拉纳:
加速DNA序列分析的机器学习方法。 363-379
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弗朗西斯科·阿斯尼察,卢卡·马塞拉,伊曼纽拉·科勒,卡特琳娜·加洛,纳迪尔·塞拉,托马斯·托利奥,保罗·莫雷廷,卢卡·埃库利亚尼,弗朗西丝卡·加兰特,斯坦尼斯劳·塞梅纽塔,朱利娅·马拉卡内,克里斯托夫·恩格伦,安德烈亚·阿根廷尼,瓦尔特·卡维奇亚,克劳迪奥·莫瑟,恩里科·布兰齐里:
NES公司²拉脱维亚。 380-392
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赫克特·马丁内斯,塞尔吉奥·巴拉奇纳,玛丽贝尔·卡斯蒂略,约阿金·塔拉加,伊格纳西奥·麦地那,约阿金·多帕佐,恩里克·金塔纳·奥尔蒂:
多核和多核处理器集群上的基因组测序框架。 393-406
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塞巴斯蒂安·达伯达库,卡洛·费拉里:
计算大分子表面的体素化表示。 407-432

第32卷，第4期，2018

研究论文

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马克·阿什,特里穆尔,罗莎·巴迪亚,迈卡·贝克,彼得·贝克曼,T.比多特,弗朗索瓦·博丹,弗兰克·卡佩罗,Alok N.Choudhary公司,布朗尼斯·德苏宾斯基,埃瓦·迪尔曼,杰克·J·东加拉,安舒·杜比,杰弗里·福克斯,H.Fu先生,塞尔吉·吉罗纳,威廉·格罗普,迈克尔·赫罗克斯（Michael A.Heroux）,石川裕隆,Katarzyna Keahey公司,大卫·E·凯斯,比尔·克莱默,J.-F.拉维翁,Y.Lu先生,松冈佐治,伯恩德·莫尔,丹尼尔·A·里德,S.雷克纳,乔尔·萨尔茨,托马斯·舒尔赫斯,里克·L·史蒂文斯,D.马丁·斯旺伊,亚历山大·萨莱,威廉·M·唐,G.瓦罗佐,吉恩·皮埃尔·维洛特,罗伯特·维斯涅夫斯基,Z.Xu先生,伊戈尔·扎查洛夫:
大数据和极值计算。 435-479

评论文章

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罗曼·威兹科夫斯基,埃瓦·迪尔曼:
客座编辑笔记。 480-481

研究文章

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  - 期刊/ijhpca/KlusekTWL18
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阿德里安·克鲁塞克,Pawel托帕,雅罗斯劳曾经,罗伯特·卢巴斯:
使用多GPU系统实现社会距离模型。 482-495
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Krzysztof Jurczuk公司,马雷克·克雷托夫斯基,约翰内·贝齐·温德林:
基于GPU的血管结构磁共振成像计算建模。 496-511
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Mindaugas Radziunas公司:
宽面积边发射半导体器件的建模与仿真。 512-522
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卢卡斯·苏斯塔克,卡米尔·哈尔比尼亚克,卢卡斯·库钦斯基,乔安娜·沃贝尔,亚当·库拉维克:
CPU-MIC混合平台固化应用的移植和优化。 523-539
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海克·贾戈德,安东尼·达纳利斯,杰克·J·东加拉:
通过基于数据流的执行加速NWChem耦合集群。 540-551

介绍

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汤姆·斯科格兰,大卫·贝金赛尔:
引言。 553-554

评论文章

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汤姆·迪肯,西蒙·麦金托什-史密斯,马特·马丁诺,韦恩·高丁:
一种改进的确定性离散坐标传输并行方案。 555-569
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罗伯特·F·伯德,帕特里克·吉利斯,迈克尔·巴里福德,安迪·赫德曼,斯蒂芬·贾维斯:
使用微型应用程序的惯性约束聚变码性能优化。 570-581
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O.E.Bronson Messer先生,爱德华多·达泽维多,朱迪·希尔,韦恩·朱伯特,马克·A·贝里尔,克里斯托弗·齐默:
MiniApps源自使用多个编程模型的生产HPC应用程序。 582-593

2018年第5期第32卷

FTS 2015特刊

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韦斯利·布兰德,马坦·埃雷斯:
FTS特刊。 597
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大卫·E·伯恩霍尔德,瓦尔·埃尔瓦西夫,克里斯托斯·卡察克利斯,李赛永（Seyong Lee）,蒂凡尼·M·明茨:
程序员指导的极端规模应用的可靠性。 598-612
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费萨尔·沙哈扎德,莫里茨·克鲁泽,托马斯·泽塞,鲁伊·马查多,安德烈亚斯·皮埃尔,格奥尔格·哈格,格哈德·韦利恩:
为GASPI应用程序构建和使用容错支持工具。 613-626
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西蒙·麦金托什-史密斯,罗伯·亨特,詹姆斯·普莱斯,Alex Warwick Vesztrocy公司:
稀疏矩阵求解器的基于应用程序的容错技术。 627-640
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奥马尔·苏巴西,塔蒂亚娜·马尔辛基维奇,费拉德·兹尤尔基亚洛夫,奥斯曼·S·安萨尔,杰苏斯·拉巴特,弗兰克·卡佩罗:
用于混合任务并行消息传递应用程序的统一容错框架。 641-657
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弗朗西斯科·里齐,卡拉·莫里斯,哈奇克·萨尔基扬,保罗·迈切克,Cosmin Safta公司,Olivier P.Le Maêtre（奥利维尔·P·勒马）,奥马尔·克尼奥,伯特·J·德彪舍尔:
偏微分方程预处理器对软故障和硬故障具有弹性。 658-673

EvoPar16特刊

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何塞·伊格纳西奥·伊达尔戈,弗朗西斯科·费尔南德斯·德·维加:
“并行体系结构和分布式基础设施上的进化算法”专题。 674-675
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拉斐尔·诺格拉斯,卡洛斯·科塔:
分析异构不稳定环境中基于self-★岛的模因算法。 676-692
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迭戈·泰杰罗,Xoán C.帕尔多,帕特里夏·冈萨雷斯,朱利奥·班加,拉蒙·多亚洛:
面向基于云的并行元启发式。 693-705
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弗朗西斯科·查韦斯·德拉奥,弗朗西斯科·费尔南德斯·德·维加,丹尼尔·兰扎,塞萨尔·贝纳维德斯-阿尔瓦雷斯,胡安·维莱加斯·科尔特斯,莱昂纳多·特鲁希略,古斯塔沃·奥拉格,格雷西拉·罗曼·阿隆索:
使用ECJ和Hadoop部署大量进化算法：减少人脸识别所需的兴趣点。 706-720
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在分布式计算环境中使用粒子群优化算法校准描述人类乳头瘤病毒传播动力学的大型网络模型。 721-728

EuroMPI 2015特别版

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阿莫·卡蒂,朱塞佩·迪法塔,托马斯·诺顿,克里斯蒂安·恩格曼:
流行病故障检测和极端并行共识。 729-743
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杰里米·艾弗森,乔治·卡里皮斯:
一种针对内存受限系统中的节点级协作多任务优化的虚拟内存管理器。 744-759
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塔伦·帕布,威廉·格罗普:
DAME：用于数据移动的运行时编译。 760-774

2018年第6期第32卷

PMAM 2016特刊

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巴凡·巴拉吉,梁启祥:
导言。
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大卫·德尔·里奥·阿斯托加,曼纽尔·多尔兹,路易斯·米盖尔·桑切斯,何塞·丹尼尔·加西亚,马可·丹拉托托,马西莫·托夸蒂:
通过C++应用程序中的静态分析找到并行模式。
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巴尔多梅罗·伊姆贝隆,何塞·M·塞西莉亚,霍拉西奥·埃米利奥·佩雷斯·桑切斯,多明戈·吉梅内斯:
METADOCK：虚拟筛选方法的并行元启发式模式。

HLPGPU 2016特别版

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哈维尔·加西亚·布拉斯,克里斯托弗·布朗:
异构和分层并行系统的高级编程。
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马可·丹拉托托,彼得·基尔帕特里克,加布里埃尔·门卡格利,马西莫·托夸蒂:
流并行计算中的状态访问模式。
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伊萨姆·赛义德,皮埃尔·福廷,让·吕克·拉莫特,亨利·卡兰德拉:
利用加速处理单元进行地震成像：与CPU和GPU的性能和能效比较。
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安娜·莫雷顿·费尔南德斯,赫克托尔·奥尔特加·阿伦茨,阿图罗·冈萨雷斯-埃斯克里巴诺:
控制器：简化硬件加速器使用的抽象。
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大卫·德尔里奥·阿斯托尔加,曼纽尔·多尔兹,路易斯·米盖尔·桑切斯,哈维尔·费尔南德斯,何塞·丹尼尔·加西亚:
异构并行平台的自适应离线实现选择器。

研究论文

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伊塔洛·埃皮科科,西尔维娅·莫卡韦罗,安德鲁·R·波特,斯蒂芬·皮克尔斯,迈克·阿什沃思,乔瓦尼·阿洛伊西奥:
NEMO海洋模型的混合策略和数据结构。
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埃斯特拉·加拉多,杰罗姆·维纳,莱昂纳多·菲亚略,帕特里夏·J·泰勒,詹姆斯·布朗:
在MPI Advisor中使用MPI_T来优化应用程序性能。
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米尔科·阿滕伯恩德,多米尼克·哥德克:
多重网格的软故障检测与纠正。
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马丁·施赖伯,佩德罗·佩克索托,特里·豪特,贝丝·A·温盖特:
用大规模并行方法解决线性振荡问题，超越了空间可扩展性限制。

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