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F1000研究，第9卷

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2020年第9卷

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赛义夫·阿尔丁·阿勒亚拉特,奥萨马·埃尔·哈提卜,奥拉·卡瓦斯米,哈迪尔·阿尔卡斯拉维,拉尼姆·祖比,马拉姆·阿布·哈拉韦,雅拉阿尔卡纳什,易卜拉欣·哈巴什:
国家心脏、肺和血液研究所数据的影响：分析使用BioLINCC开放存取数据的已发表文章。 30
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斯特凡·阿罗德:
内在负反馈是高级智能进化的限制因素。 34
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科尔比·T·福特,丹尼尔·詹妮斯:
用于预测疟疾中青蒿素耐药性的集成机器学习模型。 62
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马克西姆·加西亚,Szilveszter Juhos公司,马林·拉尔森,帕利斯·索尔弗·奥斯拉森,马尔丹,杰斯珀·艾斯菲尔德,塞巴斯蒂安·迪洛伦佐,约翰娜·桑格伦,圣赫勒特蕾西塔·迪亚兹,菲利普·埃维尔斯,瓦尔特里·维塔,莫妮卡·尼斯特,马克斯·卡勒,比约恩·尼斯特特:
Sarek：一种便携式工作流程，用于种系和体细胞变体的全基因组测序分析。 63
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桑德·德·里德,杰罗恩·A·M·贝利:
iCRF生成器：使用在线代码簿生成可互操作的电子案例报告表格。 81
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弗格特,尤尔根·巴约拉斯:
ccbmlib-一个用于建模Tanimoto相似性值分布的Python包。 100
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马塞尔·巴尔特鲁沙特,保罗·佐卓夫斯基:
机器学习符合pK_一. 113
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罗格斯A.沃斯,片山俊一,Hiroyuki Mishima先生,申卡瓦诺,水池川岛,金东金（Jin-Dong Kim）,森谷由纪夫（Yuki Moriya）,Toshiaki Tokimatsu,山口敦子,山本雅素,吴红艳,彼得·阿姆斯图茨,埃里克·安塔扎纳,青木信树,荒川县（Kazuharu Arakawa）,杰文·博勒曼,埃文·博尔顿,拉乌尔·让·皮埃尔·博纳尔,希德马萨·博诺,Kees汉堡,千叶弘子,凯文·布雷通内·科恩,埃里克·W·多伊奇,杰苏亚尔多·托马斯·费尔南德斯·布雷斯,冈福,藤泽隆本,福岛Atsushi Fukushima,亚历山大·加西亚·卡斯特罗,Naohisa Goto先生,都铎·格罗扎,科林·赫库斯,罗伯特·霍恩多夫,科托内·伊塔亚,尼克·S·朱蒂,川岛武,Jee-Hyub Kim先生,阿基拉·R·金珠,Masaaki Kotera公司,Kouji Kozaki公司,久马吉（Sadahiro Kumagai）,Tatsuya Kushida公司,托马斯·吕特克,Masaaki Matsubara公司,乔·宫本骏（Joe Miyamoto）,阿塔耶布·莫森,森博嗣,内藤由贵,中泽武鲁,杰里米·阮轩,西田科佐,西田直树,Hiroyo Nishide西德,小岛纯一,塔兹罗·奥塔,大田修二郎,本尼迪克特·佩顿,珍妮·卢克·佩雷特,菲利普·普拉蒂帕蒂,Pjotr普林斯,努里亚·奎拉尔特·罗西纳赫,新町大辅,铃木信雅,Tsuyosi Tabata公司,Terue Takatsuki先生,基伦·泰勒,马克·汤普森,Ikuo Uchiyama先生,布鲁诺·维埃拉,志宣伟,马克·威尔金森,Issaku Yamada公司,山中良田,吉藤和尊（Kazutoshi Yoshitake）,Akiyasu C.Yoshizawa公司,米歇尔·杜蒙蒂尔,小崎健二郎,Toshihisa Takagi先生:
2015年生物黑客马拉松：生命科学和可复制研究的数据语义。 136
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安·科克伦,查理·韦尔奇,卡罗琳·费尔赫斯特,莎拉·科卡恩,大卫·J·托格森,奥的斯研究小组:
比较个性化短信提醒和标准短信对邮政问卷回复率的评估：一项嵌入式随机对照试验。 154
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马克·莱盖,纳德扎达·顿切娃（Nadezhda T.Doncheva）,约翰·莫里斯,拉尔斯·朱尔·延森:
使用Cytoscape应用程序omics Visualizer在网络上可视化组学数据。 157
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马可·比卢卡利亚,吉安·马克·杜马,乔瓦尼·曼托,卢卡·塞门扎托,帕特里齐奥·特雷索尔迪:
将机器学习脑电信号分类应用于情绪相关的大脑预期活动。 173
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莉娜·施密特,Babatunde K.Olorisade公司,卢克·麦吉尼斯,朱利安·希金斯:
系统评审（半）自动化的数据提取方法：实时评审协议。 210
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Roc规则,Yevgeniy Antipin公司,罗伯特·谢里丹,克里斯蒂安·达尔拉戈,德鲁·迪亚曼图科斯,奥古斯汀·卢纳,克里斯·桑德,尼古拉斯·保罗·高瑟:
AlignmentViewer:大蛋白家族的序列分析。 213
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弗雷德里克·贾利埃,尼古拉·卓利,尼古拉斯·费迪,托马斯·马加拉斯,利昂诺·西罗蒂,保罗·帕加尼班,菲尔敏·马丁,迈克尔·麦克马纳斯,菲利普·胡佩:
四次方：高通量序列数据处理的QUick-pArallel算法。 240
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阿利夫·乔扬,阿西克·拉赫曼,马里兰州Hasanuzzaman,马里兰州Dewan Farid,斯瓦克哈尔·沙塔巴达:
PRESa2i：预测腺苷到肌苷RNA编辑位点的增量决策树。 262
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哈特维格·安斯特,费利克斯·巴赫,斯蒂芬·德鲁斯卡特,弗兰克·洛夫勒,阿克塞尔·洛伊,伯恩哈德·雷纳德,冈纳·西曼,亚历山大·斯特鲁克,埃尔克·阿奇哈默尔,皮乌什·阿加瓦尔,弗兰齐斯卡·阿佩尔,迈克尔·贝德,卢兹·布鲁什,克里斯蒂安·布斯,杰拉西莫斯·乔尔达基斯,彼得·沃伊切赫·达布罗斯基,彼得·埃伯特,伯恩德·弗莱米什,斯文·弗里德尔,伯纳黛特·弗里奇,马克西米利安·芬克,沃尔克·加斯特,弗洛里安·哥特,Jean-Noél Grad女士,西比尔·赫尔曼,弗洛里安·霍曼,斯蒂芬·贾诺什,多米尼克·库特拉,简·林克斯韦勒,蒂洛·穆思,沃尔夫冈·彼得斯·科蒂格,费边机架,Fabian H.C.Raters公司,斯蒂芬·雷夫,吉多·雷纳,麦芽酒,蒂莫·罗宾斯基,Jörg Schaarschmidt,海蒂·塞博尔德,简·P·蒂勒,本杰明·尤克曼,斯特凡·昂格,鲁道夫·韦伯:
德国及其他国家的可持续研究软件环境：现状、面临的挑战和行动要求。 295
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萨里·萨巴恩,米哈伊尔·马尔科夫斯基:
RamaNet：计算从头开始使用长短期记忆生成对抗性神经网络设计螺旋蛋白骨架。 298
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安德鲁·麦凯,阿什利·P·琼斯,卡罗尔·甘布尔,安德鲁·J·法默,保拉·威廉姆森:
在英国公共资助的随机临床试验队列中使用常规收集的数据。 323
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桑迪普·卡萨拉戈德,瓦尔沙斯纳塔·莫汉蒂,Ankur Tyagi公司,桑托什·库马尔·贝赫拉,阿伦·帕蒂尔,斯内哈·平托,T.S.Keshava Prasad公司,普拉桑特·库马尔·莫迪,哈沙·戈达:
CusVarDB：一种从下一代测序数据集构建定制样本特异性变体蛋白质数据库的工具。 344
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马修·伯恩斯坦,阿里埃拉·格莱斯顿,Khun Zaw Latt公司,艾米莉·克劳夫,本·巴斯比,艾莉莎·迪尔曼:
基于Jupyter笔记本的工具，用于从序列读取存档构建结构化数据集。 376
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艾莎·罗哈,马拉维卡·阿纳卡蒂尔·阿尼尔,贾亚什雷·巴特:
图片胜于文字：一项关于儿童短期记忆能力的横断面研究。 380
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贾斯汀·埃利希,尚卡尔·吉米尔:
新冠肺炎对策、大联盟棒球和主场优势：使用logit回归和神经网络模拟2020赛季。 414
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马蒂亚斯·卡拉斯科（Matias Carrasco Kind）,曼塔斯·苏劳斯卡斯,阿内斯·亚历克斯,玛丽娜·马亚诺维奇,普拉巴达·穆克吉,Minh Doan公司,小达罗德·斯皮尔曼。,史蒂夫·胡德,斯蒂芬·博帕特:
flimview（飞行视图）：处理、可视化和分析FLIM数据的软件框架。 574
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保拉·桑切斯·桑切斯,何塞·拉斐尔·加西亚·冈萨雷斯,胡安·曼努埃尔·鲁亚·阿斯卡尔:
使用人工神经网络自动分类偏头痛。 618
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Choumouss Kamoun公司,朱利安·罗梅洪,亨利·德·索尔斯,阿波琳·加洛瓦,埃洛迪·吉拉德,菲利普·胡佩:
生物itflow：使用git和GitLab开发生物信息学管道的工作流程协议。 632
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迈克尔·休埃拉,Ann-Christin Nickel公司,尼娜·尼克普拉斯,萨贾德·穆罕默德,范小龙,汉斯·雅各布·斯泰格,丹尼尔·哈吉,乌尔夫·迪特里希·卡勒特:
提高临床前研究价值的措施——一种廉价且易于实施的学术研究实验室质量管理体系方法。 660
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利斯·科尔伯格,Uku Raudvere公司,伊凡·库兹明,贾克·维洛,赫迪·彼得森:
gprofiler2-一个用于基因列表功能丰富分析和名称空间转换工具集g:Profiler的R包。 709
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安蒂·瓦朗宁,Keijo Haataja公司,佩卡·J·托瓦宁:
针对医疗保健AI服务实用性的医疗保健专业人员调查。 760
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玛莎·福斯,帕洛马·冈萨雷斯:
谁正在进行治疗或预防新冠肺炎的临床试验？《临床学评论》，2020年5月。 823
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Finn Kuusisto公司,丹尼尔·吴,约翰·斯泰尔,伊恩·罗斯,米伦·利夫尼,詹姆斯·汤姆森,大卫·佩奇,罗恩·斯图尔特:
KinderMiner Web：一个简单的网络工具，用于对生物医学应用中的成对关联进行排名。 832
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利斯贝思·弗朗索瓦,乔纳森·范·艾尔,帕特里斯·戈达尔:
疾病本体词典（DODO）：一个图形数据库，用于促进与疾病和表型本体的访问和交互。 942
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艾曼纽尔·阿达博（Emmanuel S.Adabor）,乔治·K·阿夸亚·梅萨,加斯顿·K·马赞杜:
MSclassifier：用于自动知识发现的基于媒体供应模型的分类工具。 1114
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安东尼·纳什,M.Zameel Cader先生:
使用R。 1124
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克里斯托弗·P·程,雅罗斯拉夫·哈尔琴科:
幻影MRI数据的一个新优点：解释人类参与者数据的差异。 1131
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南晓,Soner Koc公司,大卫·罗伯逊,菲立普·布鲁克斯,马尼沙·雷,丹尼斯·A·迪恩:
BCO应用程序：用于从下一代测序工作流和计算中生成生物计算对象的工具。 1144
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凯特琳·E·库姆斯,扎卡里·阿布拉姆斯,萨曼莎·纳卡伊扎,盖伊·N·布鲁克,凯文·库姆斯:
Umpire 2.0：为机器学习模拟真实的混合类型临床数据。 1186
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卡罗琳·杰伊,罗伯特·海因斯,丹尼尔·卡茨,杰弗里·卡弗,桑德拉·格辛,史蒂文·勃兰特,詹姆斯·豪森,安舒·杜比,詹姆斯·菲利普斯,惠婉,马修·特克:
理论软件翻译的挑战。 1192
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丹妮尔·库廷,丹尼尔·帕森斯,斯科特·斯塔格:
VTES：一种基于Python的随机工具，用于模拟病毒传播。 1198
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阿莱西亚·戴维,瓦莱里·巴比,马塞拉·阿提莫利,罗伯托·普雷斯特,Enni Makkonen公司,海蒂·马尔琼,Mats R.K.Lindstedt公司,卡蒂·克里斯蒂安森,莎拉·亨特,菲奥娜·坎宁安,伊尔卡·拉帕莱宁,迈克尔·斯特恩伯格:
人类基因组变异的注释和管理：ELIXIR实施研究。 1207
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达斯汀·米勒,斯蒂芬·皮科洛:
CompoundHetVIP：复合杂合变异体识别管道。 1211
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亨利·伊内格比顿,伊曼纽尔·伊内格贝迪翁,阿比奥拉·阿萨利,埃西奥萨·奥巴迪亚鲁,费斯图斯·阿萨姆:
在尼日利亚南部农产品营销和农民营业额中使用社交媒体。 1220
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大卫·萨尔加多,Irina M.亚美尼亚,迈克尔·鲍迪斯,Sergi Beltran公司,萨尔瓦多·卡佩拉·古蒂雷兹,丹尼斯·卡瓦霍·西尔瓦,维多利亚·多明格斯·德尔·安吉尔,约阿金·多帕佐,劳拉·弗隆,博高,莱拉·贾尔·加西亚·卡斯特罗,迪特林德·格洛夫,伊沃·古特,阿提拉·盖内塞,尼娜·哈伯曼,约翰·汉考克,马克·哈诺尔,艾文德·霍维格,伦纳特·约翰逊,托马斯·基恩,扬·科尔贝尔,凯萨琳娜·劳尔,史蒂夫·劳里,Brane Leskosek公司,大卫·劳埃德,汤姆玛奎斯·博内,海良美,Katalin单篇小说,珍妮特·皮涅罗,克日什托夫·波特洛维奇,安娜·拉思,普布杜·萨马拉孔,费兰·桑兹,加里·桑德斯,Daoud Sie公司,莫里斯·斯威茨,基里尔·楚卡诺夫,阿方索·巴伦西亚,马克·维达克,克里斯蒂娜·耶尼克斯·冈萨雷斯,鲍克·伊斯特拉,克里斯托夫·贝鲁德:
ELIXIR人类拷贝数变异社区：构建用于研究的生物信息学基础设施。 1229
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阿洛克·阿特里亚,Samata尼泊尔,普拉卡什·塔帕:
对尼泊尔人群样本进行的脸书成瘾跨部门研究。 1237
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Shraddha Pai公司,菲利普·韦伯,露丝·伊塞林,胡萨姆·卡卡,许雪莉（Shirley Hui）,穆罕默德·艾哈迈德·沙阿,卢卡·朱迪斯,罗莎尔巴·朱格诺,安妮·克罗夫·诺尔,扬·鲍姆巴赫,加里·巴德:
netDx：通过使用患者相似性网络的多个医学数据集成来构建可解释的患者分类器的软件。 1239
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黄瑞珠,夏洛特·索尼森,费利克斯·G·M·恩斯特,Kevin C.Rue-Albrecht先生,广创语,斯蒂芬妮·希克斯,马克·D·罗宾逊:
TreeSummarizedExperiment：具有层次结构的数据的S4类。 1246
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劳伦特·S·V·托马斯,弗兰兹·谢弗,Jochen Gehrig公司:
斐济定性图像注释插件：常规分析和图像分类应用。 1248
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马利克·尤瑟夫,布尔库·巴基尔·贡戈,阿姆哈·贾比尔,戈坎·戈伊,雷赫曼·库雷希,Louise C.秀:
KNIME中实现的基于递归聚类消除的秩函数（SVM-RCE-R）。 1255
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海伦娜·克劳威尔,圣埃芬·雪佛里埃,安德烈亚·雅各布斯,苏贾娜·西瓦帕坦,肿瘤探查器联盟,伯恩德·博登米勒,马克·D·罗宾逊:
CyTOF数据的基于R的可复制且用户友好的预处理管道。 1263
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乔纳森·布莱克,乔纳森·科勒,凯文·布莱克:
TicTimer Web：用于远程测量抽动抑制的软件。 1264
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里克·塞弗特,塞巴斯蒂安·M·马克特,塞巴斯蒂安·布里茨,维罗妮卡·珀尔钦,克里斯托夫·埃尔巴赫,克里斯蒂安·斯蒂格洛尔,菲利普·科尔曼斯伯格:
DeepCLEM：使用深度学习实现相关光学和电子显微镜的自动注册。 1275
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埃尔纳兹·法泽利,内森·罗伊,戈蒂埃·福林,罗曼·莱恩,卢卡斯·冯·查米尔,佩卡·E·哈宁宁,约翰·埃里克森,珍妮·伊夫·蒂内夫兹,纪尧姆·杰奎梅:
使用StarDist和TrackMate进行自动小区跟踪。 1279
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路易丝·贝祖因霍特,约翰娜·哈夫曼:
数字开放科学工具的不同开放性。 1292
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朱迪·沃尔特斯,凯特·莱特,内森·罗宾逊:
使用农业元数据：使用在线农场试验数据库对农场研究试验中播种日期的趋势进行新的调查。 1305
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杰西卡·汤姆森,艾丽西娅·兰德里:
美国密西西比河下游三角洲地区食品店营养环境测量的三个数据集。 1307
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塞巴斯蒂安·托西,利迪亚·巴迪亚,玛丽亚·何塞·巴拉勒布雷,安排穆尼奥斯-巴鲁西亚,玛丽亚·路易斯·索托-黑山,朱利安·科伦贝利:
MosaicExplorerJ：来自光片显微镜的TB大小拼接数据集的交互式拼接。 1308
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克里斯托弗·施密德,海伦娜·克拉拉·贾博尔:
出版物的有效图像可视化-使用开放存取工具和概念的工作流。 1373
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Minh Son Phan公司,阿纳托勒·切塞尔:
GeNePy3D：用于大规模生物成像的定量几何python工具箱。 1374
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罗曼·吉特,奥利维尔·伯里,尼古拉斯·奇亚鲁蒂尼,奥利维尔·哈根斯,阿恩·塞茨:
DEVILS：一种用于可视化具有高动态范围的大型数据集的工具。 1380
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安娜·H·克莱姆:
使用ImageJ/Fiji对斑点印迹进行半自动分析。 1385
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朱利安·希尔特,托马斯·诺德豪森,克里斯蒂安·阿彭策勒-赫尔佐格,汉娜·埃瓦尔德:
使用引文追踪进行系统的文献检索——方法学研究的范围审查和专家调查的研究方案。 1386
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丹尼斯·普萨鲁达基斯,刘峰（音）,帕特里克·科尼格,乌韦·舒尔茨,阿斯特里德·容克,马蒂亚斯·兰格,丹尼尔·阿伦德:
isa4j：用于创建ISA-Tab元数据的可扩展Java库。 1388
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苏珊娜·霍尔曼,安德烈亚斯·克雷默,斯佩拉·贝布勒,克里斯托夫·特雷福伊斯,克里斯蒂娜·格鲁登,威托尔德·鲁德尼基,威达通,亚历克桑德拉·格鲁卡,埃里克·邦卡姆·鲁德洛夫,克里斯·T·A·伊芙洛,Alina S.Neccophrenko,马库斯·弗罗姆,大卫·萨法内克,巴贝特登记员,多梅尼卡·德埃利亚:
生命科学研究标准化的必要性——追求卓越和信任的途径。 1398
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  - 期刊/f1000research/JamshidiF20
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玛丽亚姆·贾姆希迪,卡夫斯·法拉马基:
仿生水凝胶异质性和孔隙度表征的图像分析方法。 1461
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詹娜·奥伯斯特勒,Swamy Rakesh Adapa公司,盖伊·戴霍夫二世,贾斯汀·吉本斯,托马斯·凯勒,常丽,沈让林（Shen Jean Lim）,明范,阿努吉特·萨卡尔,拉维·夏尔马,阿加兹·H·瓦尼,安德烈亚·维亚内洛,林明阳（Linh M.Duong）,王成吉,席琳·格雷斯·F·阿特金森,马德琳·巴罗,内森·范·比伯,简·达伦多夫,大卫·A·E·迪恩,Omkar Dokur公司,格洛丽亚·费雷拉,米切尔·黑斯廷斯,格雷戈里·赫伯特,坎达克·塔斯尼姆·胡克,Youngchul Kim先生,廖祥云,刘晓明,法哈德·曼苏里,林恩·马丁,伊丽莎白·M·米勒,奥哈斯·纳塔拉扬,彭金勇,弗朗西丝卡·普列托,彼得·拉杜洛维奇,维奥马·谢斯,马修·萨姆普特,德西雷·萨瑟兰,尼沙·维贾亚库玛,Rays H.Y.Jiang公司:
通过协作编程揭示全球系统中的宿主-微生物相互作用：一种整合社会科学和数据科学的新方法。 1478
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  - 期刊/f1000research/CaparCAEAKT20
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阿卜杜勒克里姆·沙帕尔,西贝尔·西门,泽尼普·阿拉达格,杜松·阿里·伊金奇,Umut Engin Ayten公司,比拉尔·埃尔森·科尔曼,Behçet Ugur Töreyin公司:
用于基于机器学习的髓磷脂量化的多光谱髓磷脂注释工具。 1492

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