BMC系统生物学,第9卷
2015年第9卷
Chao Ye公司 , 南旭 , 陈海琴 , 陈勇强(音) , 魏晨 , 刘黎明 :
产油真菌高山被孢霉基因组代谢模型的重建和分析。 1 A.K.M.阿扎德 , 阿尔芬斯·劳恩 , 乔纳森·基思 :
通过贝叶斯统计模型预测信号交叉谈话对乳腺癌细胞获得性耐药的影响。 2 塔卡希德·奥塔 , Masayo Maeda先生 , 冈本真美 , Masaaki Tatsuka公司 :
RhoGDI与GAPs直接相互作用对Rho-GTPase活性的正向调节。 三 文娟·莫 , 昭通 , 张燕(音译) , 洪路 :
microRNAs的差异调节调节人乳头瘤病毒(HPV)诱导的宫颈上皮内瘤变(CIN)的进展。 4 高萨姆·维韦克·斯里德哈兰 , 埃桑·乌拉 , 苏哈·哈松 , Kyongbum Lee先生 :
使用层次模块化在大规模代谢网络中发现底物循环。 5 斯蒂娜·列恩 , 塞巴斯蒂安·尼登夫 , 哈瓦德·斯莱塔 , 凯萨琳娜·诺赫 , 佩尔·布鲁海姆 :
荧光假单胞菌的通量组研究揭示了抗igma因子MucA失活后,碳通量通过中枢代谢途径的主要重组。 6 蒂姆·桑兹 :
审核人员的年度确认。 7 亚历杭德罗·费尔南德斯·维拉弗德 , 大卫·亨利克斯 , 基兰·斯莫尔博内 , 索菲亚·邦加德 , 专家施密特 , Damjan Cicin-Sain公司 , 安东·克朗巴赫 , 朱利奥·塞兹·罗德里格斯 , 克劳斯·莫赫 , 伊娃·巴尔萨-坎托 , 柏度·文迪斯 , 约翰内斯·耶格尔 , 朱利奥·班加 :
BioPreDyn-bench:系统生物学动态建模的一套基准问题。 8 帕特里克·韦伯 , 玛丽亚娜·霍恩吉克 , 莫尼洛拉·奥莱约耶 , 安吉丽卡·豪瑟 , 妮可·拉德 :
哺乳动物细胞跨高尔基网络PKD和CERT相互作用的计算模型。 9 安娜·朱科娃 , 大卫·詹姆斯·谢尔曼 :
Mimoza:基于web的新陈代谢网络语义缩放和导航。 10 王丽英 , 刘军(Jun Liu) , 袁丽(音) , 李冰冰 , 张莹莹 , 《知伟经》 , 亚南玉 , 李海霞 , 郭珊珊 , 赵一军 , 钟旺 , 王永艳(Yongyan Wang) :
脑缺血再灌注损伤后24小时窗口内通路和网络的时间依赖性变化。 11 Avichai Tendler公司 , Avraham E.梅奥 , 乌里·阿隆 :
进化权衡、帕累托最优和菊石壳的形态。 12 特蕾西·马林 , 布伦丹·贡戈尔 , 马西·马丁 , 斯蒂芬妮·金 , 莱马尔·史密斯 , 大卫·A·约翰逊 , Shankar Subramaniam公司 , 舒健 , 约翰·谢伊 :
通过蛋白质组的一致序列搜索鉴定AMP激活的蛋白激酶靶点。 13 长谷川(Takanori Hasegawa) , 森智美(Tomoya Mori) , 山口芮 , 岛村特佩 , 宫野佐治 , Seiya Imoto公司 , 阿克苏Tatsuya Akutsu :
利用高阶矩滤波技术进行基因组数据同化,以恢复基因调控网络。 14 约翰·科尔 , 拉尔斯·科勒 , 贾米拉·赫德利 , Zaida Luthey Schulten公司 :
密集菌落内的空间解析代谢协同性。 15 黄丽芳 , 湛江元 , 刘培江 , 周天寿 :
启动子泄漏对基因表达动力学的影响。 16 约瑟夫·德克斯特 , 徐平 , 杰里米·冈瓦德纳 , 梅根·N·麦克林 :
Sln1-Ypd1-Ssk1三组分磷酸再释放的坚固网络结构可防止酿酒酵母中HOG-MAPK途径的意外激活。 17 安德烈·舒尔茨 , 阿米娜·库图布 :
预测次优生长时的内部细胞通量。 18 麦迪逊·布兰登 , 布拉德霍华德 , 克里斯托弗·劳伦斯 , 莱因哈德·劳本巴赫 :
烟曲霉的铁获取和氧化应激反应。 19 何塞·戴维拉·维尔德兰 , 卡洛斯·比利亚雷亚尔 , 埃琳娜·拉瓦雷斯-巴伊拉 :
重塑早期花朵发育过程中的表观遗传学景观:基因衰变率的相对差异诱导吸引器转变。 20 里卡多·德·马托斯·西蒙斯 , 萨宾·达洛 , 凯特·E·威廉姆森 , 弗兰克·埃默特·斯特里布 :
从大规模RNAseq、Bead和Oligo基因表达数据推断的尿路上皮癌基因调控网络。 21 埃里森达·费利乌 , 卡斯滕·沃夫 :
发现多稳态下的正反馈回路。 22 阿里·谢里菲·扎奇 , Mehdi Totonchi公司 , 基努什·哈洛基 , 拉齐埃·卡拉姆扎德 , 马科斯·阿劳佐-布拉沃 , 侯赛因·巴哈瓦德 , Ruzbeh Tusserkani公司 , 哈米德·佩泽什克 , 哈米德雷扎·奇萨兹 , 梅迪·萨德吉 :
通过关键转录因子的集体决策提高早期胚胎发生的稳健性。 23 雅各布·维克佐雷克 , Rahuman S.Malik警长 , 叶西卡·费尔明 , 埃尔南·格雷科 , 伊莱·扎米尔 , 卡贾·伊克斯塔特 :
揭示异质细胞群中不同的蛋白质网络拓扑结构。 24 Cielito Reyes-Gibby公司 , Christine Yuan(克里斯汀·袁) , 王健(Jian Wang) , 西青杨 , 桑杰·谢特 :
基因网络分析显示免疫接种和ERK1/2是多种成瘾表型的新基因标记:酒精、吸烟和阿片类成瘾。 25 王子晨 , 尼尔·R·克拉克 , 阿维·马扬 :
低含量研究中蛋白质相互作用发现过程的动力学。 26 王庆(音) , 大卫·J·克林克二世 , 王志军 :
CD8(CD8) + T细胞对腺病毒疫苗接种和随后抑制肿瘤生长的反应:建模、模拟和分析。 27 Clémence Chamard Jovenin先生 , 阿兰·荣格 , 阿曼德·切斯内尔 , 约瑟夫·阿贝卡西斯 , 圣菲火焰 , 索尼娅·莱德拉皮尔 , 克里斯汀·马卡布雷 , 塔哈·布霍布扎 , 赫莱恩·杜蒙德 :
从ERα66到ERα36:验证乳腺肿瘤进展预后标志物的通用方法。 28 叶晨 , 程吕 , 李芳婷 , 李铁军 :
区分基因激活率和表型变异。 29 德文·H·库里 , 巴布·拉曼 , 克里斯托弗·戈文 , 蒂莫西·查普林斯基 , 米里亚姆·L·兰德 , 史蒂文·布朗 , 肖恩·科瓦拉 , 道恩·M·克林格曼 , 扎敏·K·杨 , 南希·L·恩格尔 , 考特尼·M·约翰逊 , 公辩律师罗德利格 , A.肖 , 威廉·基内利 , 李·林德 , 史蒂芬·S·方 , 乔纳森·米伦茨 , 布莱恩·戴维森 , 大卫·A·霍格塞特 , 克里斯托弗·D·海岭 :
解糖热厌氧菌的基因组资源。 30 约万·塔内夫斯基 , 柳普科·托多罗夫斯基 , 亚尼斯·卡莱齐迪斯 , 萨索·德泽洛斯基 :
Rab5-Rab7内吞动力学结构鉴定的领域特异性模型选择。 31 Dicle Hasdemir公司 , 胡布·C·J·霍夫斯洛特 , 年龄K.Smiled :
基于ODE的系统生物学模型的验证和选择:如何获得更可靠的决策。 32 凯瑟琳·沃尔斯腾克罗夫特 , 斯图亚特·欧文 , 奥尔加·克雷布斯 , Quyen Nguyen女士 , 娜塔莉·J·斯坦福 , 马丁·戈勒比夫斯基 , 安德烈亚斯·魏德曼 , 梅克·比特考夫斯基 , 李华安 , 大卫·肖克利 , 杰基·斯诺普 , 沃尔夫冈·米勒 , 卡罗尔·高布尔 :
SEEK:系统生物学数据和模型管理平台。 33 亚里士多德利斯·基塔斯 , 阿梅利·巴罗泽特 , 叶卡捷琳娜·塞雷什蒂 , 尼尔斯·格雷布 , 索菲亚·佐卡 :
CytoASP:用于生物网络中定性一致性推理、预测和修复的Cytoscape应用程序。 34 曼纽尔·加西亚·阿尔博诺兹 , 延斯·尼尔森 :
在疾病关联中发现方向性和基因疾病预测。 35 伦道夫·福斯蒂诺 , 萨兰亚·怀尔斯 , 乔迪·格罗恩迪克 , 迈克拉克 , 安德烈·泰尔齐奇 , 卡门·佩雷兹·特齐克 :
系统生物学监测解密病理转录组重塑。 36 Soudabeh Sabetian公司 , Mohd Shahir Shamsir先生 :
利用蛋白质网络方法识别人类精卵相互作用缺陷的潜在药物靶点。 37 斯图亚特·约翰斯顿 , 埃沙·沙阿 , 丽莎·肖邦 , D.L.肖恩·麦克尔文 , 马修·辛普森 :
通过使用Fisher-Kolmogorov模型解释IncuCyte ZOOM™分析数据来估算细胞扩散率和细胞增殖率。 38 卡维·优素福 , 亚当·斯特雷克 , 克里斯托夫·舒特 , 海克·西伯特 , 雷金·亨格 , 马克斯·冯·克莱斯特 :
大肠杆菌中卷曲纤维表达翻译后调节双稳态的逻辑控制模型。 39 苏希尔·特里帕西 , 奥斯蒙德·弗洛巴克 , 科尼卡·查拉 , 安娜·波多 , 托伦·布鲁兰 , 利夫·托梅斯 , 马丁·库伊伯 , 阿斯特丽德·格雷德 :
胃泌素和胆囊收缩素受体介导的信号网络:数据分析和调节机制新假设的支架。 40 约瑟夫·柯森 , 杰里·高 , 丹尼尔·赫利 , Cristin G.印花 , P.罗德·邓巴 , 马克•雅可布 , 埃德蒙·克拉宾 :
人类表皮ERK-MAPK信号的调节。 41 塞尔吉奥·佩雷兹·兰德罗 , 圣地亚哥·桑多瓦尔-莫塔 , 克劳迪娅·马丁内斯·阿纳亚 , 杨润英 , 豪尔赫·福克·马洛 , 卢斯·马丁内斯 , 拉里萨·文图拉 , 卡琳娜·吉利恩·纳瓦罗 , 马克西米诺·阿尔达纳·冈萨雷斯 , 豪尔赫·尼托·索特洛 :
酿酒酵母中PKA催化亚基对Hsf1-Skn7活性的复杂调节:实验和计算证据。 42 穆罕默德·塔杰帕拉斯特 , 多米尼克·弗里贡 :
jostii Rhodococcus RHA1(iMT1174)的基因组尺度代谢模型,用于研究氮限制条件下贮藏化合物的积累。 43 库拉姆·沙哈扎德 , 杰伊·米坦塔尔 , 古斯塔沃·凯塔诺·阿诺利斯 :
蛋白质结构域的组织遵循Menzerath Altmann的语言定律。 44 森智美(Tomoya Mori) , 马克斯·弗勒特曼 , 马库斯·坎茨 , 阿克苏Tatsuya Akutsu , 埃达·克利普 :
布尔rxncon模型的随机模拟:用于大型信号网络的定量分析。 45 乌尔苏拉·切尔文斯卡 , 劳伦斯·卡尔松 , 伊曼纽尔·巴里略 , Andrei Yu。 季诺维也夫 :
DeDaL:Cytoscape 3应用程序,用于生成和变形数据驱动和结构驱动的网络布局。 46 韦罗妮卡·罗诺夫斯卡 , 阿加塔·查津斯卡 , 卡罗尔·尼纳尔托夫斯基 , 安娜·甘宾 :
鞘脂代谢的计算模型。 47 菲利普·埃尔德里奇 , 拉尔夫·施泰尔 , 斯特芬·克拉姆 :
将基因组尺度的代谢网络模型简化为有意义的核心模型的算法。 48 魏伟贤 , 斯威莎·加里马拉 , 阿尔贝托·莫雷诺 , 玛丽·加林斯基 , 马克·P·斯泰辛斯基 :
复杂生物模型系统小样本数据集的树状贝叶斯结构学习算法。 49 岳登 , 林高 , 王冰波 :
ppiPre勘误表:通过结合异质特征预测蛋白质相互作用。 50 斯坦尼斯拉夫·索科伦科 , 马克·奥科因 :
一种系统误差的修正方法 1 通过随机细胞培养模拟验证了H-NMR时间进程数据。 51 马库斯·卡尔松 , 大卫·詹森 , 露西娅·杜里欧 , 亚历杭德罗·科尔曼·勒纳 , 玛丽亚·凯尔森 , 冈纳·塞德松德 :
单细胞估计的非线性混合效应建模:何时、为何以及如何使用。 52 贾斯汀·M·费尔 , 米歇尔·阿贝特曼 , 马修·所罗门 , 贾斯汀·道尔顿 , 约翰·托尔 , 谢尔盖·努日丁 , 劳伦·麦金太尔 :
赖特的故事:重新定义路径分析揭示了果蝇性别决定层次的新组成部分。 53 蔡坤男 , 舒希林 , 刘威忠 , 达里·王 :
使用RMN算法从微生物组数据推断微生物相互作用网络。 54 约瑟夫·本德 , Feilim Mac Gabhann公司 :
血管内皮生长因子和信号蛋白配体受体家族在前列腺癌转移中的失调。 55 狄晨 , 西刘 , 杨一平 , 杨红军 , 彭璐 :
系统协同建模:从系统生物学角度理解药物协同作用。 56 克里斯托弗·加里 , 乔纳森·德雷福斯 , 詹姆斯·加拉根 :
代谢模型预测结核分枝杆菌代谢产物的变化。 57 弗朗西斯科·佩尼亚加里卡诺 , 布鲁诺·瓦伦特 , 胡安·斯泰贝尔 , 罗纳德·贝茨 , 凯瑟琳·恩斯特 , 哈桑·哈提卜 , 吉尔赫默·J·M·罗莎 :
通过整合表型、基因型和转录组数据,探索猪脂肪沉积和肌肉发达的因果网络。 58 安德鲁·布兰查德 , Ting Lu公司 :
细菌与社会的相互作用推动了差异化空间群体结构的出现。 59 莉迪亚·里克特 , 尼克·普伦 , 马修·哈特利 , 西里尔·齐菲尔 , 索菲安·卡蒙 , 约瑟夫·巴拉尼 , 理查德·莫里斯 :
结合先验知识可以改进对细菌生长速度差异的检测。 60 迈克尔·K·斯特拉瑟 , 贾斯汀·菲格曼 , 费边·J·泰斯 , 卡斯滕·马尔 :
从时间推移显微镜推断细胞状态转变的时空效应。 61 克劳迪娅·卡瓦 , 格洛丽亚·贝托利 , 伊莎贝拉·卡斯蒂格里奥尼 :
在乳腺癌中整合遗传学和表观遗传学:生物学见解、实验、计算方法和治疗潜力。 62 丹尼尔·博特曼 , 弗雷德里克·詹森 , 埃里克·罗廷格 , 马克·马丁代尔 , 约翰·德容 , 雅普·A·坎多普 :
海葵维氏线虫发育早期空间基因表达数据库分析。 63 皮埃尔·米拉德 , Jean-Charles Portais公司 , 柏度·文迪斯 :
动力学同位素效应对代谢系统同位素研究的影响。 64 卡罗尔·尼纳尔托夫斯基 , 米歇尔·沃洛达尔茨克(Michal Wlodarczyk) , 托马斯·利普尼亚基 , 米查尔·科莫罗夫斯基 :
聚类揭示了生化动力学多参数模型中参数可识别性的局限性。 65 张伟若 , Ritesh Kolte公司 , 大卫·L·迪尔 :
使用高通量代谢组学数据进行体内反应动力学评估:最大似然法。 66 伊凡·克里文 , 苏珊娜·罗布利茨 , 克里斯托夫·舒特 :
通过径向基函数逼近和界面跟踪求解化学主方程。 67 安德烈亚斯·德格 , 丹尼尔·齐林斯基 , 罗兰德·凯勒 , 马蒂亚斯拉力赛 , 约翰内斯·艾希纳 , 伯恩哈德·奥·帕尔森 , 安德烈亚斯·泽尔 :
SBMLsquezer 2:生化网络中动力学方程的上下文敏感创建。 68 麦克里德 , 玛丽·甘布尔 , 梅根·霍尔 , H.尼杰霍特 :
竞争性甲基转移酶调控的数学分析。 69 福图纳托·比安科尼 , 伊丽莎·巴尔德利 , 维也纳卢多维尼 , 伊曼纽尔·佩特里金 , 卢西奥·克林 , 保罗·瓦利吉 :
生化网络和癌症系统生物学中脆弱性发现和目标识别的条件稳健性分析。 70 丹尼尔·库克 , Babatunde A.Ogunnaike公司 , 拉贾尼坎斯·瓦迪盖帕利 :
跨多种再生模式的肝脏修复非实质细胞调节的系统分析。 71 马丁·卡夫切克 , 戈文德拉萨德·布塔达 , 托比亚斯·马德尔 , 克劳斯·纳特 :
利用基因组模型优化脂质生产 溶脂雅罗华 . 72 Meiyappan Lakshmanan公司 , Tae Yong Kim先生 , 钟启胜 , 李相烨 , 李冬雨 :
通量和分析确定菌株改良的代谢物目标。 73 阿提拉·加博 , 朱利奥·班加 :
生物系统动力学模型中稳健有效的参数估计。 74 克里斯托弗·米切尔 , 德雷斯·盖特 , Min Sik Kim女士 , 斯里尼瓦斯·曼达·斯里坎思 , 库马尔 , 黄泰昌 , 斯内哈·平托 , 尼鲁日吉·拉贾·塞哈尔 , Mio Iwasaki先生 , 帕特里克·G·肖 , 吴新燕 , 钟军(音) , Raghothama Chaerkady公司 , 阿里武苏达尔·马里穆图 , Babylakshmi Muthusamy婴儿奶粉 , Nandini A.Sahasrabuddhe , 拉杰什·拉朱 , 凯特琳·鲍曼 , Ludmila V.Danilova公司 , 杰冯·卡特勒 , 达纳什雷·S·凯尔卡尔 , 查尔斯·德雷克 , T.S.Keshava Prasad公司 , 路易吉·马尔基奥尼 , 彼得·村上春树 , 艾伦·F·斯科特 , 勒明石 , 让·蒂里·米格 , 丹妮尔·蒂里·米格 , 拉斐尔·艾里扎里 , 莱斯利·科普 , 石滨靖国 , 王嘉廉 , 哈沙·戈达 , 阿克希利什·潘迪 :
人类原始CD4+T细胞的多组学分析。 75 莎拉·菲尔德 , 如来达斯古普塔 , 米歇尔·卡明斯 , 理查德·萨维奇 , 朱利叶斯·阿德巴约 , 赫玛·麦克萨拉 , 杰里米·冈瓦德纳 , 尼古拉斯·奥尔西 :
贝叶斯模型表明IL-12(p40)、IL-13和MCP-1驱动小鼠细胞因子网络 体内 . 76 D.B.R.K.古普塔·乌达塔 , 埃文格洛斯·托帕克斯 , 玛格丽塔·萨拉查 , 利斯贝思·奥尔森 , 米凯尔·R·安徒生 , 吉安尼·帕纳吉奥图 :
解读植物细胞壁降解机制的信号机制 米曲霉 . 77 Anuprabha Bhargava公司 , 汉斯彼得·赫泽尔 , 巴拉斯·阿南塔苏布拉曼尼亚 :
在昼夜节律调节网络中挖掘新的候选时钟基因。 78 埃尔斯杰·皮纳尔 , 维罗尼克·达图瓦 , 詹妮弗·林德曼 , 丹尼斯·柯什纳 :
生物信息学 结核病抗生素治疗方案的评价与探索。 79 梅加·帕迪 , 约翰·奎肯布什 :
整合转录和蛋白质相互作用网络,优先考虑条件特异性主调控因子。 80 Jukka Intosalmi公司 , 海伦娜·阿尔福尔斯 , 西尼·劳西奥 , 亨利克·曼内斯特罗姆 , 陈志珍 , 丽塔·拉赫斯马 , 布里吉塔·斯托金格 , 哈里·莱赫德斯梅基 :
使用时间进程RNA测序数据的新型集成建模框架分析Th17细胞分化动力学。 81 安藤达也 , 加藤良治 , Hiroyuki Honda本田 :
基因表达的差异变异性和相关性确定了参与神经元分化的关键基因。 82 科尔斯汀·阿布沙根 , 马蒂亚斯·科尼格 , 安德烈亚斯·霍普 , 伊莎贝尔·米勒 , 马蒂亚斯·埃伯特 , 翁洪磊 , 赫尔曼·乔治·霍尔日特 , 乌尔里希·赞格 , 约翰内斯·博德 , 布里吉特·沃尔马 , 玛丽亚·托马斯 , 史蒂文·杜利 :
胆道结扎小鼠胆汁淤积性肝病的病理生化特征。 83 马赫萨·甘巴里 , 朱莉娅·拉塞尔 , 马丁·文格伦 :
利用先验知识重建基因网络。 84 Sonja E.M.Boas公司 , 玛丽亚·纳瓦罗·希梅内斯 , 罗兰·M·H·默克斯 , 笑话G.Blom :
形态发生模型的全局敏感性分析方法。 85 Sonja E.M.Boas公司 , 罗兰·M·H·默克斯 :
在血管生成的计算模型中,叶尖细胞超载作为芽生的副作用发生。 86 金在京 , 克雷西米尔·约西奇 , 马修·本内特 :
随机和确定性准静态近似之间的关系。 87 尼玛·阿贝德普尔 , 马库斯·科尔曼 :
资源约束流量平衡分析预测了全球代谢网络结构的选择性压力。 88 卡尔·D·克里斯滕森 , 詹·亨德里克·霍夫梅尔 , 约翰·罗威尔(Johann M.Rohwer) :
使用广义供需分析追踪新陈代谢中的调控途径。 89 Yuya Hattori公司 , Akinari Yokoya公司 , 渡边立辅 :
基于细胞自动机的辐射诱导旁观者效应模型。 90 宋瑞杰 , 彭伟林 , 刘萍(Ping Liu) , 穆拉特·阿卡尔 :
一种细胞大小和细胞周期感知的随机模型,用于预测单个细胞中的时间动态基因网络活动。 91 普利 , 郭东武 :
一种识别部分观测线性动力学模型中参数相关性的简单方法。 92 卢卡斯·马尔米塞 , 雷米·佩拉德 , 卢多维克·科特雷特 :
FlexFlux:结合代谢流量和调节网络分析。 93 蒙娜·尤索夫沙希 , 萨拉·曼蒂加 , 查米安·吴 , Kyongbum Lee先生 , 苏哈·哈松 :
PROXIMAL:一种预测异种代谢的方法。 94 阿利达·帕尔米萨诺 , 斯特凡·霍普斯 , 莱恩·T·沃森 , 托马斯·琼斯 , 约翰·泰森 , 克利福德·A·沙弗 :
JigCell运行管理器(JC-RM):用于管理大型生化模型参数化集的工具。 95 沙欣·穆罕默德 , 巴哈拉克·萨贝里多赫特 , Shankar Subramaniam公司 , 格兰马 :
酵母作为研究人类组织特异性途径的模型生物的范围和局限性。 96 卡贾·科拉尔 , 汉娜·M·维希胡森 , 康拉德·米勒 , 玛丽亚·卡尔森 , 威尔弗里德·韦伯 , 马蒂亚斯·祖布里根 :
基于工程互惠细胞间通信计算种群边界的合成哺乳动物网络。 97
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