BMC系统生物学，第11卷
第11卷第1期，2017年12月
帕特里夏·阿基诺 
, 布伦特·本田 , 苏马·贾尼 , 安娜·柳贝茨卡娅 , 克鲁蒂卡·霍苏尔 , 乔安娜·G·邱 , Iriny Ekladious公司 , 胡东健 , 林进 , 玛丽安娜·K·赛义格 , 阿里昂·斯特特纳 , 朱莉娅·王 , 布兰登·G·王 , 温妮·S·王 , 斯蒂芬·L·亚历山大 , 丛霸 , 塞斯·本苏森 , 大卫·B·伯恩斯坦 , 达纳·布拉夫 , 苏西·查 , 丹尼尔·程（Daniel I.Cheng） , 张焕秋 , 周肯尼（Kenny Chou） , 詹姆斯·庄 , 丹尼尔·盖斯勒 , 丹尼尔·格拉索 , 约翰·格雷芬伯格 , 陈国 , 安娜·K·霍斯 , 迪维亚·伊斯拉尼 , 萨洛尼·杰恩 , 杰西卡·金 , 雷俊宇 , 郝丽 , 大卫·李 , 钱丽 , 克里斯托弗·曼库索 , 宁茂 , 萨尔瓦·F·马苏德 , 卡里·梅塞尔 , Jing Mi公司 , 克里斯汀·奈基福钦（Christine S.Nykyforchyn） , 民熙公园 , 汉娜·彼得森 , 阿尔弗雷德·拉米雷斯 , 丹尼尔·雷诺兹 , Nae Gyune Rim公司 , 杰瑞德·萨菲 , 杭素 , 温德尔·R·苏 , 苏亚青 , 孟孙 , 梅根·M·托姆斯 , 陶土 , Nitinun Varongchayakul公司 , 泰勒·E·瓦格纳 , 本杰明·温伯格 , 杨柔慧 , 阿纳斯塔西亚·雅罗斯拉夫斯基 , 克里斯汀·尹 , 赵燕玉 , 艾丽西娅·佐林格 , 安妮·斯特林格 , 约翰·福斯特 , 约瑟夫·韦德 , 萨哈达文·拉曼 , 娜塔莎·布劳德 , 威尔逊·W·王 , 詹姆斯·加拉根 :
大肠杆菌耐酸性的协调调节。 1:1-1:15 大卫·M·巴斯森 , 迈克尔·维尔霍沃 , 梅森·米诺特 , 乔纳森·布彻 , 杰弗里·瓦纳 :
JuPOETs：一种用Julia编程语言估计生化模型集合的约束多目标优化方法。 10:1-10:11 安特杰·延什 , 卡特琳娜·托马塞斯 , 妮可·拉德 :
以PC-12细胞系中的MAPK信号通路为例，基于采样的贝叶斯方法揭示了准双稳态行为在细胞决策过程中的重要性。 11:1-11:15 简阳 , 杨廷宏 , 杜志武 , 林丽梅 , 范扬 , 赵静（音译） :
基于链接预测的加权人类基因关联网络集成。 12:1-12:17 Tatsuaki Tsuruyama公司 :
临界点附近中心流形上蛋白质组装的动力学稳定性分析。 13:1-13:9 布赖恩·朱棣文 , 谢霆锋（Margaret J.Tse） , 罗伊斯·佐藤 , 伊丽莎白·L·里德 :
基因调控网络的马尔可夫状态模型。 14:1-14:17 托马斯·斯诺登 , 彼得·范德格拉夫 , 马库斯·丁达尔 :
一种用于受控生物化学系统的组合模型约简算法。 17:1-17:18 路易斯·费尔南多·门德斯·洛佩斯 , 何塞·戴维拉·维尔德兰 , Elisa Domínguez-Hüttinger女士 , 克里斯蒂安·恩里奎斯·奥尔古因 , 胡安·卡洛斯·马丁内斯·加西亚 , 埃琳娜·阿尔瓦雷斯·布伊拉 :
上皮细胞永生化的基因调控网络。 24:1-24:15 萨拉·萨赫布·卡沙夫 , 克劳迪奥·安吉奥内 , 彼得罗·利奥 :
使艰难梭菌难以生存：利用转录组和密码子使用数据增强病原体的代谢模型，以更好地描述治疗靶点。 25:1-25:13 路易斯·阿奎莱拉 , 克里斯托夫·齐默尔 , 乌苏拉·库默 :
以IRF7基因表达模型为例，在高通量实验数据的基础上，提出了一种新的有效的随机模型拟合方法。 26:1-26:14 弗朗西斯科·赛图亚 , 保丽娜·托雷斯 , 何塞·里卡多·佩雷斯·科雷亚 , 爱德华多·阿戈辛 :
酵母毕赤酵母的动态基因组代谢模型。 27:1-27:21 迪莫斯·卡佩蒂斯 , 詹妮·萨索恩 , 杨扬 , 芭芭拉·加尔巴迪 , Markos N.Xenakis公司 , 罗纳德·韦斯特拉 , Radek Szklarczyk公司 , 帕特里克·林赛 , 凯瑟琳·费伯（Catharina G.Faber） , 莫妮克·杰里茨 , 英格玛·S·J·默基斯 , 苏莱曼·迪布·哈吉 , 马西莫·曼特加扎 , 斯蒂芬·G·瓦克斯曼 , 朱塞佩·劳里亚 , 米歇拉·塔亚纳 , 玛格丽塔·马奇 , 拉斐拉·隆巴迪 , 丹尼尔·卡扎托 , 菲利波·马蒂内利·博内西 , 安德烈亚·扎乌利 , 费迪南多·克拉雷利 , 西尔维娅·桑托罗 , 伊格纳齐奥·洛佩兹 , 安吉洛·夸特里尼 , Janneke Hoeijmakers公司 , 莫里斯·索帕卡 , 比安卡·德格里夫 , 休伯特·J·M·斯密茨 , 罗伊达·阿尔·莫马尼 , 乔·米歇尔·瓦诺维伦 , 伊沃·艾伊肯博姆 , Sandrine Cestèle公司 , Oana Chever公司 , 拉亚兹·马利克 , 米特拉·塔瓦科利 , 丹·齐格勒 :
钠通道相关疼痛障碍中NaV1.7突变的网络拓扑。 28:1-28:16 沃尔特·博特杰 , Byung-Whi Kong公司 , 安东尼奥·雷弗特 , 阿什利·沃登伯格 , 肯图·拉斯特 , 尼古拉斯·哈德森 :
肉鸡骨骼肌中的孕酮信号与不同的饲料效率相关。 29:1-29:16 西汉·奥古斯 , 莱恩·T·沃森 , 威廉·鲍曼 , 约翰·泰森 :
使用相对蛋白质丰度统计预测细胞周期调节器的网络模块。 30:1-30:24 西奥菲洛斯·帕帕佐普洛斯 , 奥黛丽·卡塞马尤 , 埃里克·尼奥 , 本杰明·布雷尔 , Cécile Caubet公司 , 丹尼斯·卡利斯 , 芭芭拉·桑希尔 , 玛格达莱娜·巴赫瓦罗娃 , 朱莉·贝利尔 , 罗伯特·谢瓦利埃 , 莫洛斯帕纳焦炎 , 迪姆乔·巴赫瓦罗夫 , 本尼迪克特·布芬·梅耶 , 圣菲消泡剂 , 弗朗索瓦斯·孔特·奥里奥尔 , Jean-Loup Bascands公司 , Joost P.Schanstra先生 , 朱莉·克莱因 :
系统生物学结合人类和动物数据miRNA和mRNA数据确定肾盂输尿管连接部梗阻的新靶点。 31:1-31:11 Raghvendra购物中心 , 路易吉·塞鲁洛 , 哈利玛·本斯梅尔 , 安东尼奥·伊瓦隆 , 米歇尔·切卡雷利 :
检测复杂生物网络中具有统计意义的网络变化。 32:1-32:17 阿纳特·齐默尔 , 什洛米特·阿马尔·法卡什 , 塔玛尔·达农 , 乌里·阿隆 :
动态蛋白质组学揭示了癌细胞对HSP90抑制剂反应的双峰蛋白动力学。 33:1-33:11 S.D.Pavithra贾亚桑达拉 , S.S.N.佩雷拉 , Gathaurie Neelika Malavige公司 , 萨罗伊·贾亚辛哈 :
数学建模和系统科学方法来描述细胞因子在严重登革热进化中的作用。 34:1-34:14 迈克尔·罗兰 , 爱德华·J·帕金斯 , 迈克尔·L·梅奥 :
生理逼真还是模型简约？ 反向毒性动力学建模方法的相对性能。 35:1-35:11 Chihyun公园 , So Jeong Yun先生 , 宋金柳 , 韩国长笛家李素渶 , 年轻的山姆·李 , 杨美妍 , 桑丘公园 :
从时间序列基因表达系统鉴定衰老过程中的综合网络模块。 36:1-36:13 安妮·马蒂尔德·隆德 , 克里斯蒂安·施罗德·卡斯 , 朱利安·布兰德 , Lasse Ebdrup Pedersen女士 , Helene Faustrup Kildegaard公司 , 克劳斯·克里斯滕森 , 米凯尔·罗丹·安德森 :
应用于CHO细胞转录组数据的小鼠分泌途径网络重建。 37:1-37:17 迪亚拉·阿布德·拉博 , 斯蒂芬·米奇尼克 :
描述芽殖酵母中激酶-磷酸酶网络蝴蝶结结构的功能原理。 38:1-38:14 马修·辛普森 , 凯因·罗 , 孙永信 :
使用平流扩散理论对用电场刺激的3T3成纤维细胞迁移测定的随机运动和定向运动的作用进行量化。 39:1-39:9 Eleftherios Avramidis公司 , 奥兹古尔·阿克曼 :
使用在GPU-CPU组合上执行的多目标遗传算法优化示例眼动模型。 40:1-40:23 Saskia Trescher公司 , 詹妮斯·慕尼黑 , 乌尔夫·莱瑟 :
使用数学优化从多组学数据集估计全基因组调控活性。 41:1-41:18 菲利普·库格勒 , M.A.K.Bulelzai先生 , 安德烈·H·埃哈特 :
心脏动作电位模型中极限循环的倍周期级联，作为混沌早期后去极化的前兆。 42:1-42:13 阿萨纳西奥斯·巴洛梅诺斯 , 察卡尼卡斯帕纳焦蒂斯（Panagiotis Tsakanikas） , 扎菲罗·阿斯普里杜 , 阿纳斯塔西娅·坦帕卡基 , Konstantinos P.Koutsoumanis公司 , 埃利亚斯·马诺拉科斯 :
图像分析驱动的系统微生物学单细胞分析。 43:1-43:21 托尔斯滕·威尔 , 沃尔卡德·赫尔姆斯 :
使用PPI比较工具研究血液发育期间推断的蛋白质相互作用组的重新接线。 44:1-44:19 Yunseong Kim（金云盛） , Sea Choi公司 , 东关新 , Kwang-Hyun Cho先生 :
结直肠癌细胞内调节网络吸引子景观的定量评估和逆转分析。 45:1-45:11 皮耶罗·戴尔·佩泽 , 尼古拉斯·勒十一月 :
SBpipe：用于自动化重复模拟和分析任务的管道集合。 46:1-46:5 胡安·博蒂亚 , 贾娜·范德罗夫科娃 , 保拉·福拉博斯科 , 塞巴斯蒂安·盖尔菲 , 卡里什马·德萨 , 约翰·哈迪 , 凯瑟琳·刘易斯 , 米娜·莱顿 , 迈克尔·韦勒 :
另一个k-means聚类步骤改进了WGCNA基因共表达网络的生物学特征。 47:1-47:16 沙布纳姆·卡提比 , 朱红建 , 约翰·华格纳 , Chin Wee Tan公司 , 乔纳森·曼顿 , 安东尼·W·伯吉斯 :
TGF-β信号的数学模型：反馈耦合与信号切换一致。 48:1-48:15 雨果·库托·罗杰斯 , 尼古拉斯·米尔恩 , 沃德·范·赫尔蒙德 , 默文·彼得斯 , 安东尼乌斯·范·马里斯 , Jean-Marc Daran女士 , 塞巴斯蒂安·阿尔乔沙·瓦尔 :
在没有铵渗透酶的情况下，酿酒酵母中NH3的膜电位非依赖性运输。 49:1-49:13 亚伯拉罕·A·拉贝纳 , 袁农业 , 川东 , 张法赞 , 郭凤彪 :
SSER：物种特定基本反应数据库。 50:1-50:8 迪潘维塔·班纳吉 , 达尔梅什库马尔·帕尔马 , Nivedita Bhattacharya公司 , 阿维纳什·加纳特 , Venkateswalu Panchagnula公司 , 阿努·拉胡纳坦 :
针对NAD+/NADH+失衡诱导的耐药病原体紫色杆菌的可扩展代谢物补充策略。 51:1-51:20 伊雷娜·库兹马诺夫斯卡 , 安德烈亚斯·米利亚斯·阿尔盖蒂斯 , 简·迈克尔森 , 克里斯托夫·泽切纳 , 穆斯塔法·坎马什 :
基于谱系树数据的随机单细胞动力学参数推断。 52:1-52:13 王玉林 , 苗宏宇 :
基于参数可辨识性的生物网络最优观测补救。 53:1-53:13 阿提拉·加博 , 亚历杭德罗·费尔南德斯·维拉韦德 , 朱利奥·班加 :
生物系统大规模动力学模型中的参数可识别性分析和可视化。 54:1-54:16 陶鹏 , 刘丽南 , 亚当·L·麦克莱恩 , 黄志武（Chi Wut Wong） , 赵伟安 , 清聂 :
机械传递的数学模型揭示了机械记忆如何调节间充质干细胞的命运决定。 55分55秒15秒 米兰·J·A·范·霍克 , 罗兰·M·H·默克斯 :
肠道微生物代谢空间模型中的交叉喂养相互作用导致微生物多样性的出现。 56:1-56:18 吉格内什·H·帕玛 , 格雷·戴维斯 , 霍普·舍夫丘克 , 柏度·文迪斯 :
小鼠铁体分布动力学建模：庚西啶是必要的，但还不够。 57:1-57:13 路易斯·米格尔·塞拉诺·贝穆德斯 , 安德烈斯·费尔南多·冈萨雷斯·巴里奥斯 , 科斯塔斯·D·马拉纳斯 , 多利·蒙托亚·卡斯塔尼奥 :
酪酸梭状芽孢杆菌最大限度地促进生长，同时最小化酶的使用和ATP的生成：甘油培养菌株的代谢通量分布。 58:1-58:13 尼克·韦尔肯胡森 , 约翰内斯·博格奎斯特 , 马蒂亚斯·贝克曼 , 劳布娜·本德里欧（Loubna Bendrioua） , 马蒂亚斯·高尔 , 卡罗琳·贝克·阿迪尔斯 , 玛丽亚·奇维乔维奇（Marija Cvijovic） , 斯特凡·霍曼 :
单细胞研究将代谢与营养信号联系起来，揭示了变异的来源。 59:1-59:10 蒂埃里·切纳德 , 弗雷德里克·盖纳德神父 , 玛丽·克劳德·沃尔 , 安德烈·卡彭蒂耶 , 安德烈·切尔诺夫 , 拉斐尔·纳吉马诺维奇 :
通过电子调节脂肪储存来重塑脂肪组织，以预防2型糖尿病。 60:1-60:15 杜豪乐 , Van-Huy Pham公司 :
HGPEC：一款细胞景观应用程序，用于预测新的疾病基因和疾病相关性，并基于异构网络上的随机漫步收集证据。 61:1-61:10 郭文斌 , 克里斯蒂安·P·G·卡利克斯托 , 尼古拉·齐乌齐乌 , 林萍（Ping Lin） , 罗比·沃 , 约翰·W·S·布朗 , 张润轩 :
有限样本规模下大型共表达网络调控推断的评估和改进。 62:1-62:12 本杰明·巴伦斯 , 萨宾拥抱 , 凯瑟琳·哈茨 , 莱纳斯·哥利茨 , 简·哈森诺尔 , 费边·J·泰斯 :
动态系统马尔可夫链蒙特卡罗方法的综合基准测试。 63:1-63:18 玛丽亚娜·埃丝特·马丁内斯·桑奇 , 马西娅·希里亚特 , 埃琳娜·阿尔瓦雷斯·布伊拉 :
CD4+T细胞调节网络在急性高胰岛素血症期间介导炎症反应：一项模拟研究。 64:1-64:12 安娜·赫蒂宁 , 维萨·洪伊斯托 , 阿斯塔·莱荷 , 伊莉莎·洛蒂尼埃米 , 德克·皮恩伯格 , 米卡·谢宁 :
α2B-肾上腺素受体诱导血管平滑肌细胞增殖的基因表达谱和信号机制。 65:1-65:30 尼科拉斯·洛拉 , 塞巴斯蒂安·门多萨 , 玛丽亚·帕斯·科尔特斯 , 纳塔莉亚·罗哈斯 , 但丁·特拉维萨尼 , 亚历克斯·迪热诺娃 , 纳塔莉亚·加贾多 , 尼科尔·埃伦菲尔德 , 亚历杭德罗·马斯 :
微藻盐藻基因组尺度代谢模型的重建及其在油脂生产中的应用。 66:1-66:17 安妮·格拉蒂尼 , 菲利普·甘贝特 , Alexa Bourand-Plantefol公司 , 吉纳维耶夫·杜贾丁 , 玛丽·海莱恩·穆奇利·古尔吉 :
一种用于鉴定酿酒酵母多蛋白复合物生物发生中涉及的亚复合物的计算机方法的开发。 67:1-67:12 凯里·安·诺顿 , 特拉维斯·华莱士 , 尼兰詹·潘迪 , 亚历山大·波佩尔 :
基于试剂的三阴性乳腺癌模型：趋化因子受体CCR5表达、肿瘤干细胞和缺氧之间的相互作用。 68:1-68:15 安娜·多洛曼 , 霍尼·瓦尔盖塞 , 查尔斯·D·米勒 , 尼古拉斯·S·弗兰恩 :
厌氧污泥的从头颗粒化建模。 69:1-69:12 赖秀兰 , 授弗里德曼 :
BRAF/MEK抑制剂和免疫检查点抑制剂联合治疗黑色素瘤：一个数学模型。 70:1-70:18 穆斯塔法·赫拉吉 , 刘飞 , 克里斯蒂安·罗尔 , 莫妮卡·海纳 :
史努比的混合模拟器：构建和模拟混合生物模型的工具。 71:1-71:16 莱昂妮·阿姆斯坦 , 约格·阿克曼 , 詹妮弗·谢德尔 , 西蒙·富尔达 , 伊万·迪基奇 , 伊娜·科赫 :
海牛不变量揭示了信号网络中的功能通路。 72:1-72:11 张文飞 , 刘莹（音） , 张明迪 , 程朱 , 岳峰路 :
定量再现性分析，用于从高通量实验中识别可再现目标。 73:1-73:7 兰吉塔·杜塔·罗伊 , 克里斯蒂安·罗森蒙德 , 梅兰妮·斯特凡 :
合作绑定减轻了高剂量挂钩效应。 74:1-74:10 乔亚特·M·萨克 , 塞雷娜·皮尔斯 , 小罗伯特·P·纳尔逊。 , 塔马拉金泽-美国 , 大卫·M·乌穆利斯 , 安·E·伦德尔 :
白细胞减少症和急性髓细胞白血病的综合多谱系变异模型。 78:1-78:18 Jun Hyuk Kang先生 , Kwang-Hyun Cho先生 :
一种新的相互作用扰动分析揭示了各种生物化学振荡器的综合调控原理。 95:1-95:12 马修·拉法罗 , 佩塔尔·斯托亚诺夫 , 文卡塔·克里希纳·皮卢特拉 , 罗汉·瓦尔马 , 齐夫·巴尔·约瑟夫 :
使用多任务学习重建癌症药物反应网络。 96:1-96:15 玛丽莲娜·M·布尔达库 , 乔治·M·斯皮鲁 :
有见识的散步：在网络丛林中向基因搜寻者耳语暗示。 97:1-97:11 尼古拉斯·哈顿 , 乌韦·贝纳里 , 贾娜·沃尔夫 , 本特·科法尔 :
Wnt抑制剂Dickkopf在野生型和突变型肝细胞中对基因表达的旁分泌和自分泌调节。 98:1-98:16
