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BMC生物信息学，第4卷

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2003年第4卷

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胡振军,马丁·弗里斯,天华牛,翁志平:
SeqVISTA：用于序列特征可视化和比较的图形工具。 1
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加里·巴德,克里斯托弗·霍格:
一种在大型蛋白质相互作用网络中寻找分子复合物的自动化方法。 2
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张培森,盛慧涛,阿尔弗雷多·莫拉比亚,T.康拉德·吉利亚姆:
估计单倍型频率的最优步长EM算法（OSLEM）及其在脂蛋白脂肪酶基因分型中的应用。三
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尤塔·布拉德克,哈拉尔德·巴尔兹,克里斯塔·福纳奇,Barbara Heinze芭芭拉·海因策,安娜·雅奇,布里吉特·莫尔,克劳迪娅·肖赫,哈拉尔德·里德:
使用简化的计算机可读细胞遗传学标记法对费城染色体阳性急性淋巴细胞白血病的额外染色体畸变进行计算机辅助分析。 4
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弗朗西斯科·阿苏阿杰:
基因组数据采样及其对分类性能评估的影响。 5
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尼尔森·D·杨,约翰·赫里:
GapCoder自动使用indel字符进行系统发育分析。 6
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颜红,亚伦·蔡:
AFLP指纹图谱的数据库和比较格式。 7
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马可·贝雷拉,亨丽埃特·莫利纳里,费德里科·福戈拉里:
接触图空间中折叠识别的氨基酸经验接触能量定义。 8
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米歇尔·库洛夫斯基（Michal A.Kurowski）,乔安娜·M·萨辛,马金·费德,Janusz Debski公司,Janusz M.Bujnicki公司:
SPOUT折叠甲基转移酶中辅因子结合位点的计算对接表征S公司-腺苷甲硫氨酸为三种晶体结构。 9
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科尔比尼安前锋:
基因表达测量误差建模：一种准似然方法。 10
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伊恩·唐纳森,乔尔·马丁,贝里·德布鲁因,谢丽尔·沃尔廷,维奇·雷,布里吉特·图卡姆,张树东,贝里凡·巴斯金,加里·巴德,卡特琳娜·米查利科娃,托尼·鲍森,克里斯托弗·W·V·霍格:
PreBIND和Textomy-使用支持向量机挖掘生物医学文献中的蛋白质相互作用。 11
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查尔斯·C·金,斯坦利·福尔科夫:
微阵列数据中词汇偏差的显著性分析。 12
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迈克尔·C·奥尼尔,李松:
淋巴瘤微阵列数据的神经网络分析：预后和诊断接近完美。 13
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何约瑟芬,松田富美彦,徐鹏,丹妮拉·马尔科维奇,马克·拉思罗普,于尔格·奥特:
来自两个个体DNA库的SNP单倍型标记。 14
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雅克·罗杰蒙特,帕斯卡铰链放大器:
DNA微阵列数据和相关图的上下文分析。 15
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Kevin Truong先生,Ikura三彦:
将关系代数应用于蛋白质序列和结构域数据库的结构域融合分析。 16
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大卫·J·斯塔德霍姆,尼尔·D·罗林斯,阿兰·巴雷特,亚历克斯·贝特曼:
Pfam和MEROPS的比较：两个数据库，一个是综合数据库，另一个是专门数据库。 17
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迈克尔·姆万吉,埃里克·西贾:
枯草芽孢杆菌调控基序的全基因组鉴定。 18
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赫曼特·普洛希特,Dhananjay V.Raje公司,A.卡普利:
属特异性特征和引物的鉴定假单胞菌属使用16S rDNA序列的不匹配模式。 19
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Parantu K.Shah先生,卡罗琳娜·佩雷兹·伊拉特塞塔,而参与研究的伯克,米盖尔·安德拉德:
从全文科学文章中提取信息：关键词在哪里？ 20
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托马斯·肖·拉森,安德斯·克罗格:
EasyGene-一个根据统计意义对ORF进行排序的原核基因发现者。 21
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杰夫·W·比扎罗,肯尼思·马克思:
Poly：DNA中简单序列重复序列（SSR）束的定量分析工具。 22
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高塔姆·阿加瓦尔,E.A.沃特,保罗·D·麦克唐纳,彼得·迈勒:
将统计方法引入Artemis中可增强利什曼原虫基因组计划。 23
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詹姆斯·索拉斯,闵战（音）:
卵巢癌血清蛋白质组分析的数据回顾和重新评估。 24
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拉马纳V.达武卢里,孙浩,Saranyan K.Palaniswamy公司,尼科尔·马修斯,卡洛斯·莫利纳,迈克·库尔茨,埃里希·格罗特沃尔德:
AGRIS：拟南芥基因调控信息服务器顺式-调控元件和转录因子。 25
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彭学军,康斯坦斯·L·伍德,埃里克·布莱克,Kuey Chu Chen先生,菲利普·兰德菲尔德,阿诺德·斯特隆伯格:
微阵列实验中合并RNA样本的统计意义。 26
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Ashish Nimgaonkar公司,德斯皮纳·萨努杜,阿图·J·巴特,朱迪思·哈斯利特,路易斯·昆克尔,艾伦·H·贝格斯,艾萨克·科哈内:
各代Affymetrix微阵列中基因表达的再现性。 27
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玛丽琳·D·里奇,比尔·C·怀特,乔尔·帕克,兰斯·W·哈恩,杰森·H·摩尔:
使用遗传编程优化神经网络结构可以改进人类疾病研究中基因-基因相互作用的检测和建模。 28
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詹姆斯·坎帕内拉,莱迪昂·比廷卡,约翰·斯莫利:
MatGAT：使用蛋白质或DNA序列生成相似性/身份矩阵的应用程序。 29
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罗伯特·M·哈布里,埃卡特·齐兹勒,杰瑞德·罗奇:
单核苷酸多态性选择的进化算法。 30
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布莱尔·赫奇斯,普拉奇·沙阿:
模式估计方法的比较及其在分子钟分析中的应用。 31
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帕特里克·J·基林,加文·夏洛克,维什瓦纳斯·艾耶（Vishwanath R.Iyer）:
Longhorn阵列数据库（LAD）：斯坦福微阵列数据库（SMD）的开源、MIAME兼容实现。 32
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朴泰成,宋国毅,宋贤康,Seung Yeoun Lee（李承宪）,李永生,理查·赛门:
微阵列数据标准化方法的评估。 33
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鲍里斯·沙克诺维奇,约翰·M·哈维,史蒂夫·科莫,大卫·洛伦兹,查尔斯·德利西,尤金·沙克诺维奇:
ELISA：基于统计意义和进化启发观察的结构-功能推断。 34
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史蒂文·坎农,内文·D·杨:
OrthoParaMap：通过整合比较基因组数据和基因系统发育来区分直系生物和副直系生物。 35
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马克·斯莫尔金,德巴希斯·戈什:
癌症研究中微阵列数据的聚类稳定性得分。 36
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Hanga C.Galfalvy公司,Loubna Erraji-Benchekroun楼,佩吉·斯米尼奥托普洛斯,保罗·帕夫利迪斯,史蒂文·埃利斯,约翰·曼,艾蒂安·西比尔,维多利亚·阿兰戈:
用于人脑基因组分析的性基因：用于比较探针级数据提取的内部控制。 37
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萨希达尔·加迪拉朱,卡莉·维利达尔,J.史蒂文·利德,彼得·罗根:
利用基于信息理论的模型对结合位点进行全基因组预测、显示和精炼。 38
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山谷珊瑚,卡尔·海因茨玻璃,桑多尔·苏海:
cDNA2Genome：一种绘制和注释cDNA的工具。 39
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斯文·比尔克,托马斯·布雷斯林,米凯尔·西格瓦德森:
微阵列数据可靠性和潜在基因表达的概率估计。 40
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罗曼·塔图索夫,娜塔莉·费多罗娃,约翰·杰克逊,阿维瓦·雅各布斯,鲍里斯·基里尤廷,尤金·V·库宁,德米特里·克里洛夫,拉贾·马祖姆德,谢尔盖·梅赫多夫,Anastasia N.Nikolskaya公司,B.斯里达尔·拉奥,谢尔盖·谢米诺夫,亚历山大·斯维尔德洛夫,索纳·瓦苏德万,尤里·沃尔夫,朱迪·尹,达伦·纳塔莱:
COG数据库：更新版本包括真核生物。 41
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索伦·布拉格,约瑟芬·C·亚当斯:
海带-海带超家族的分子系统发育揭示了BTB/海带蛋白在动物中的扩展。 42
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Yee Leng Yap公司,张学武,安托万·丹钦:
通过四核苷酸使用谱研究SARS-CoV与其他致病RNA病毒的关系。 43
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罗伯特·J·克莱恩,肖恩·埃迪:
RSEARCH：寻找单结构RNA序列的同源物。 44
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丹·博尔泽（Dan M.Bolser）,帕诺斯·达法斯,理查德·哈林顿,Jong-Chan公园,迈克尔·施罗德:
大规模蛋白质结构相互作用组的可视化和图形理论分析。 45
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玛辛·格林伯格,卢卡斯·雅罗斯泽夫斯基,亚当·戈兹克:
微管蛋白辅因子系统的结构域分析：微管蛋白折叠和二聚化模型。 46
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G.P.S.拉加瓦,斯蒂芬·M·J·塞尔,帕特里克·C·奥德利,乔纳森·巴伯,杰弗里·巴顿:
OXBench：评估蛋白质多序列比对准确性的基准。 47
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塞缪尔·卡斯基,珍妮·尼基拉,梅加·奥哈,贾科·维纳,佩特里Törönen,埃罗·卡斯特伦:
可视化基因表达相似性的可信度和度量。 48
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亚历克斯·贝特曼,瓦莱丽·基奇霍弗:
TROVE模块：端粒酶、Ro和Vault核糖核蛋白中的一种常见元素。 49
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埃文·凯布勒,迈克尔·布伦特:
评估：用于分析基因组注释的软件包。 50
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斯科特·祖德杜恩（Scott D.Zuyderduyn）,史蒂芬·J·M·琼斯:
Java知识发现对象模型API。 51
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迈克尔·怀斯:
得出结论：对晚期胚胎发生丰富蛋白质及其可能作用的计算再分析。 52
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乔治奥斯·维尔尼科斯（Georgios S.Vernikos）,克里斯托斯·戈卡斯,Vasilis J.Promponas公司,斯塔夫罗斯·哈莫德拉卡斯:
GeneViTo：可视化基因组数据集中的基因-产品功能和结构特征。 53
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塞萨尔·富兰内洛,玛丽亚·塞拉菲尼,斯特凡诺·梅勒,朱塞佩·朱尔曼:
微阵列数据预测分类中无选择偏差的基于熵的基因排序。 54
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斯特凡·瓦西特尔,弗兰克·艾森哈伯:
CELO基因组的重新命名表征了一组先前未指定的开放阅读框，并指出了禽腺病毒中宿主相互作用的新模式。 55
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潘德云,宁阳,Kei-Hoi Cheung先生,钟观,李根马,马修·霍尔福德,兴旺登,赵红玉:
PathMAPA：一种用于显示基因表达和对代谢途径进行多水平统计测试的工具拟南芥. 56
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埃尔登·恩贝里,尼古拉·拉杰夫斯基,埃里克·西贾:
两种果蝇之间调节元件的保护。 57
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托尔斯滕·佩舍尔,科尼利厄斯·弗罗梅尔,克里斯托夫·吉尔:
用于区分均匀分布的在线工具。 58
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  - 期刊/bmcbi/CulhanePH03
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艾丁·库哈内,盖·佩里埃,德斯蒙德·希金斯:
使用共同惯性分析对基因表达数据进行跨平台比较和可视化。 59
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王俊白,特隆·海伦·博伊,英格·乔纳森,奥拉·米克尔博斯特,艾文德·霍维格:
利用微阵列数据通过特征选择和模糊c-均值聚类进行肿瘤分类和标记基因预测。 60
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凯文·贝克尔,道格拉斯·A·霍萨克,小格林·丹尼斯。,理查德·莱姆皮基,蒂凡尼·J·布莱特,克里斯·钱德尔,詹姆斯·恩格尔:
PubMatrix：一个用于多元文献挖掘的工具。 61
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马克·莱文斯坦,杨延宁,于尔格·奥特:
遗传关联和微阵列表达研究中分层聚类的统计意义。 62
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埃勒比·巴迪迪,克里斯蒂娜·德索萨,B.弗兰兹·朗,Gertraud汉堡:
AnaBench：基于Web/CORBA的生物分子序列分析工作台。 63
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  - 期刊/bmcbi/CiccarelliIB03
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弗朗西丝卡·D·西卡雷利,莉莎·伊萨拉尔德,而参与研究的伯克:
PAM结构域，一个具有全α-螺旋折叠的多蛋白复合物相关模块。 64
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  - 期刊/bmcbi/NazinaP03
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安娜·纳西娜,德米特里·帕帕琴科:
的统计提取顺式果蝇-监管模块使用本地词频的详尽评估。 65
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  - 期刊/bmcbi/BrudnoCGBM03
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迈克尔·布鲁德诺,迈克尔·查普曼,伯托尔·戈特根斯,塞拉菲姆·巴佐格鲁,伯克哈德·摩根斯顿:
快速、敏感的大基因组序列多重比对。 66

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