数据库-生物数据库与治疗杂志，2012年第卷
2012年、2012年第卷
艾伦·彼得·戴维斯 , 罗宾·约翰逊 , 凯莉·列侬-霍普金斯 , 丹妮拉·西亚基 
, 迈克尔·罗森斯坦 , 托马斯·C·威格斯 , 卡罗琳·马丁利 :
有针对性的期刊管理是提高比较毒理学数据库数据流通性的一种方法。 李东辉 , 塔尼亚·贝拉迪尼 , 罗伯特·穆勒 , 伊娃·华拉 :
为 拟南芥 文献语料库。 迪娜·维什尼亚科娃 , 艾米莉·帕西 , 帕特里克·鲁克 :
使用二进制分类为比较毒理学数据库确定文章的优先顺序并对其进行管理。 卡特琳娜·O·都铎 , 塞西莉亚·阿里吉 , 王庆华 , 凯西·H·吴 , K.Vijay-Shanker先生 :
磷酸化蛋白质相互作用网络文本挖掘的eFIP系统。 哈罗德·德拉布金 , 朱迪思·布莱克 :
小鼠基因组信息数据库中的手动基因本体注释工作流。 托马斯·C·威格斯 , 艾伦·彼得·戴维斯 , 卡罗琳·马丁利 :
协同生物化——文本开发任务，用于文件优先化管理。 拉克希米·R·皮莱 , 菲利普·乔瓦林 , 卡特琳娜·O·都铎 , 卡尔·施密特 , K.Vijay-Shanker先生 , 菲奥娜·麦卡锡 :
为非模型生物数据库AgBase开发生物化工作流。 彼得·麦克奎尔顿 :
在FlyBase基因文献管理工作流程中进行文本挖掘的机会。 金伯利·范·奥肯 , 佩特拉·菲 , 塔尼亚·贝拉迪尼 , 罗伯特·多德森 , 劳雷尔·库珀 , 李东辉 , Juancarlos Chan先生 , 李玉玲 , 悉达多·巴苏 , 汉斯·迈克尔·米勒 , 雷克斯·L·奇索姆 , 伊娃·华拉 , 保罗·斯特恩伯格 :
生物化工作流程中的文本挖掘：在WormBase、dictyBase和TAIR中的文献管理应用程序。 志宣伟 , 贝萨尼·R·哈里斯 , 李东辉 , 塔尼亚·贝拉迪尼 , 伊娃·华拉 , 洪玉高 , 卢志勇 :
使用文本管理工具加速文献管理：使用PubTator管理PubMed摘要中的基因的案例研究。 孙金 , Won Kim公司 , 志宣伟 , 卢志勇 , W.约翰·威尔伯 :
利用语义信息为比较毒理学基因组数据库确定PubMed文章的优先级。 卢志勇 , 勒奈特·赫希曼 :
Biocuration工作流和文本挖掘：BioCreative 2012 Workshop Track II概述。 玛格丽达·朱利亚·萨佩 , 米盖尔·卢奇 , 玛丽奥拉·迈尔 , 弗朗西斯科·埃斯坦尼奥 , 泽维尔·拉斐尔·巴鲁 , Ana-Paula Candiota公司 , 安娜·巴塞洛 , 阿里娜·加西亚 , 卡门·马丁内斯·比斯巴尔 , 鲁宾·费雷尔·卢纳 , 天使莫雷诺-托雷斯 , 贝尔纳多·塞尔达 , 卡莱斯·阿鲁斯 :
翻译数据库的注释和管理策略：eTUMOUR项目。 帕斯卡尔·高德特 , 塞西莉亚·阿里吉 , 弗雷德里克·巴斯蒂安 , 亚历克斯·贝特曼 , 朱迪思·布莱克 , J.迈克尔·切里 , 彼得·德尤斯塔奇 , 罗伯特·D·芬恩 , 米歇尔·吉利奥 , 勒奈特·赫希曼 , 雷娜特·卡尼亚 , 威廉·克里姆克 , 玛丽亚·耶稣·马丁 , Ilene Karsch-Mizrachi公司 , 莫妮卡·穆诺兹·托雷斯 , 达伦·纳塔莱 , 克莱尔·奥多诺万 , B.F.弗朗西斯·欧莱特 , 金·D·普鲁特 , 马克·罗宾森·里查维 , 苏珊娜·安森塔·桑森 , 保罗·N·斯科菲尔德 , 格兰杰·G·萨顿 , 金伯利·范·奥肯 , 索纳·瓦苏德万 , 凯西·H·吴 , 茉莉花 , 拉贾·马祖姆德 :
生物化学的最新进展：第五届国际生物保护会议的会议报告。 陶璐 , 博耀 , 张驰（Chi Zhang） :
DFVF：真菌毒力因子数据库。 乔治奥斯·格库托斯 , 保罗·N·斯科菲尔德 , 罗伯特·霍恩多夫 :
单位本体：集成科学中测量单位的工具。 Tanya Z.贝拉迪尼 , 李东辉 , 罗伯特·穆勒 , 雷蒙德·切蒂 , 拉里·普洛茨 , 尚克尔·辛格 , 四月温塞尔 , 伊娃·华拉 :
从新型数据库-期刊伙伴关系中评估社区提交的本体注释。 克里斯蒂娜·钱德拉斯 , 迈克尔·佐伯拉基斯 , 叶卡捷琳娜·萨利莫娃 , 达米安·斯梅德利 , 纳迪娅·罗森塔尔 , 瓦西里斯·艾迪尼斯 :
CreZOO-Cre和其他目标条件驱动菌株的欧洲虚拟存储库。 安德雷亚思·布劳恩 , 贝蒂娜·哈尔瓦奇斯 , 马蒂娜·盖尔 , 凯特琳·温汉德 , 迈克尔·古根莫斯 , 简·马里恩哈根 , 安娜·乔尔·拉夫 , 乌尔里希·施瓦内贝格 , 文森特·拉宾 , 丹尼尔·托雷斯·帕兹米诺 , 格哈德·塔林格 , 安东·格利德 :
MuteinDB：将底物、产物和酶反应直接与酶的遗传变体连接起来的mutein数据库。 奥雷利·内维尔 , W.约翰·威尔伯 , 卢志勇 :
通过文本挖掘改善文献和生物数据之间的联系：GEO、PDB和MEDLINE的案例研究。 斯蒂芬妮·邦特 , 加里·格鲁布林 , 海伦·I·菲尔德 , 史蒂文·马里戈尔德（Steven J.Marygold） , 尼古拉斯·H·布朗 , 吉莉安·米尔本 :
直接给新发表论文的作者发电子邮件鼓励社区管理。 丹尼尔·杰米森 , 马丁·格纳 , Farzaneh Sarafraz公司 , 戈兰·内纳迪奇 , 大卫·罗伯逊 :
走向半自动化管理：使用文本挖掘重新创建HIV-1人类蛋白质交互数据库。 法比奥·里纳尔迪 , 西蒙·铁线莲 , 耶尔·加滕 , 米歇尔·惠尔·卡里略 , 李功 , 琼·M·赫伯特 , 凯特琳·桑库尔 , 卡罗琳·F·索恩 , 泰瑞·E·克莱恩 , 俄罗斯·B·奥尔特曼 :
使用ODIN进行PharmGKB再验证实验。 勒奈特·赫希曼 , 峡谷A.P.C.烧伤 , 马丁·克莱林格 , 塞西莉亚·阿里吉 , K.Bretonel Cohen公司 , 阿方索·巴伦西亚 , 凯西·H·吴 , 安德鲁·查特·阿里亚蒙特里 , 凯伦·道尔 , 伊娃·华拉 , 阿纳利亚·卢伦索 , 罗伯特·纳什 , 安妮·利斯·维西 , 托马斯·C·威格斯 , 安德鲁·温特 :
生物化工作流的文本挖掘。 特蕾莎·K·阿特伍德 , 阿兰·科莱塔 , 加雷思·缪尔黑德 , 阿萨纳西亚·帕夫洛波卢 , 彼得·菲利普 , 伊万波波夫 , 卡洛斯·罗马-马特奥 , 阿提娜·狄奥多西 , 亚历克斯·L·米切尔 :
PRINTS数据库：一个细粒度蛋白质序列注释和分析资源——2012年的状态。 安巴利什纳格 , 塔蒂亚娜·卡皮内茨（Tatiana V.Karpinets） , 克里斯托弗·H·张 , Maor Bar-Peled公司 :
增强路径基因组数据库（PGDB）以捕获代谢物和酶的亚细胞定位： 毛果杨 . 马丁·克莱林格 , 弗洛里安·莱特纳 , 米盖尔·巴斯克斯 , 大卫·萨尔加多 , 克里斯托夫·马赛尔 , 迈克·泰尔斯 , 阿方索·巴伦西亚 , 安德鲁·查特·阿里亚蒙特里 :
如何将本体论和蛋白质相互作用与文学联系起来：文本思维方法和生物创意体验。 威廉·斯普纳 , 肯·尤恩斯·克拉克 , 丹尼尔·斯坦斯 , Doreen Ware公司 :
GrameneMart：Gramene项目的BioMart数据门户。 苏迪尔土木 , 阿什什·帕蒂尔 , 威廉·汤斯 , Madhu Dyavaiah公司 , 托马斯·贝格利 :
基因特异性密码子计数数据库：基于基因组的一、二、三、四和五密码子组合目录 酿酒酵母 基因。 阿尔珀·乌尊 , 艾丽斯·拉利伯特 , 杰瑞米·帕克 , 卡罗琳·安德鲁 , 艾米丽·温特罗 , 苏伦德拉·夏尔马 , 索林·伊斯特拉尔 , 詹姆斯·帕德伯里 :
dbPTB：早产数据库。 莎拉·W·伯格 , 伊丽莎白·凯利 , 大卫隆司戴尔 , 普鲁登斯·穆托沃·梅勒内特 , 克雷格·麦卡努拉 , 亚历克斯·L·米切尔 , 阿米娅·桑格拉多·维格斯 , 谢义勇 , 尼古拉·穆德 , 莎拉·亨特 :
预测性蛋白质信号的人工GO注释：GO调控的InterPro方法。 凯文·柴尔德（Kevin L.Childs） , 克兰蒂·孔甘蒂 , C.罗宾·贝尔 :
生物燃料原料基因组学资源：一个基于网络的门户网站和数据库，用于实现植物生物燃料原料物种的功能基因组学。 亚当·弗兰基什 , 乔纳森·穆奇 , 马克·托马斯 , 詹妮弗·哈罗 :
脊椎动物基因组注释中识别选择性剪接的重要性。 斯坦利·劳德金 , 马雷克·图塔吉 , 玛丽·下山 , G.托马斯·海曼 , 蒂莫西·劳里 , 拉杰尼·尼甘姆 , 维多利亚佩特里 , 詹妮弗·史密斯 , 王树仁 , 杰夫·德·庞斯 , 梅琳达·德温内尔 , 霍华德·雅各布 :
在大鼠基因组数据库中进行本体搜索和浏览。 王庆华 , 塞西莉亚·阿里吉 , 本杰明·L·金 , 肖恩·波尔森 , 詹姆斯·文森特 , 陈楚明 , 黄洪战 , 布鲁斯特·F·金姆 , Shallee T.页码 , 马克·法纳姆·伦迪诺 , 威廉·凯利·托马斯 , 丹尼尔·尤德维 , 凯西·H·吴 :
社区注释和生物信息学劳动力发展协调一致-小滑板基因组注释研讨会和大聚会。 米拉·K·德比郡 , 克里斯托弗·兰茨基 , 斯蒂芬·布莱恩特 , 阿伦·马什勒·鲍尔 :
使用保护域数据库注释功能站点。 安妮塔·班德罗斯基 , 乔纳森·卡查特 , 李玉玲 , 汉斯·迈克尔·米勒 , 保罗·斯特恩伯格 , 保罗·西卡雷塞 , 提姆-克拉克 , 路易斯·马兰科 , 王日新 , 瓦迪姆·阿斯塔霍夫 , 杰弗里·格雷特 , 玛丽安·E·马顿 :
神经科学信息框架的混合人力和机器资源管理管道。 阿提拉·索尔达斯 , 大卫·奥维利罗 , 王瑞（Rui Wang） , 约瑟夫·M·福斯特 , 丹尼尔·里奥斯 , 胡安·安东尼奥·维兹卡诺 , 亨宁·赫姆贾科布 :
荣誉：蛋白质组学数据仓库中的质量控制。 拉玛·巴拉克里希南 , 朱莉·帕克 , 卡尔帕纳·卡拉 , 本杰明·希茨 , 盖尔·宾克利 , Eurie L.洪 , 朱莉·M·沙利文 , 戈斯·米克伦 , J.迈克尔·切里 :
YeastMine-集成数据仓库 酿酒酵母 数据作为多用途工具包。 拉斐尔·拉克 , 安德鲁·罗利 , 威廉·J·布莱克 , 索菲亚·阿纳尼亚杜 :
Argo：一个集成的、交互式的、基于文本挖掘的工作台，支持策展。 尼古拉斯·斯托弗 , Ravinder S.Punia公司 , 迈克尔·S·鲍恩 , 史蒂文·多林斯 , 西奥多·克拉克 :
四膜虫 基因组数据库Wiki：一个由社区维护的模式生物数据库。 朱莉·帕克 , 玛丽亚·科斯坦佐 , 拉玛·巴拉克里希南 , J.迈克尔·切里 , Eurie L.洪 :
CvManGO，一种利用计算预测改进基于文献的基因本体注释的方法。 本杰明·M·好 , 埃里克·L·克拉克 , 萨尔瓦多·洛盖尔西奥 , 安德鲁·苏 :
使用语义维基链接在维基百科中构建生物医学语义网络。 苏珊·M·贝洛 , 乔尔·理查德森 , 艾伦·彼得·戴维斯 , 托马斯·C·威格斯 , 卡罗琳·马丁利 , 玛丽·多兰 , 辛西娅·史密斯 , 朱迪思·布莱克 , 贾南·T·埃皮格 :
小鼠基因组信息学的疾病模型管理改进。 简·E·洛夫兰 , 詹姆斯·吉尔伯特 , 埃德·格里菲斯 , 詹妮弗·哈罗 :
实践中的社区基因注释。 瑞秋·A·哈特 , 凯瑟琳·法雷尔 , 简·E·洛夫兰 , 玛丽·马尔特·苏纳 , 劳伦斯·G·威尔明 , 布朗文·L·阿肯 , 丹尼尔·巴雷尔 , 亚当·弗兰基什 , 克雷格·沃林 , 史蒂夫·塞尔 , 马克·迪坎 , 詹妮弗·哈罗 , 金·D·普鲁特 :
跟踪和协调CCDS项目的国际策划工作。 何塞·克鲁兹·托莱多 , 莫琳·麦基格 , 张学如 , 阿曼达·贾姆贝拉迪诺 , 艾琳·麦康奈尔 , 塔里克·弗朗西斯 , 玛丽亚·德罗莎 , 米歇尔·杜蒙蒂尔 :
适配子库：描述适配子和SELEX实验的协作知识库。 特里·哈亚米祖 , 谢里·德·科罗纳多 , 吉尔伯托·弗拉戈索 , 尼古拉斯·西奥托斯 , 詹姆斯·卡丁 , 马丁·林沃尔德 :
鼠标-人体解剖本体映射项目。 艾伦·彼得·戴维斯 , 托马斯·C·威格斯 , 迈克尔·罗森斯坦 , 卡罗琳·马丁利 :
MEDIC：比较毒理学数据库中使用的实用疾病词汇。 Esther T.Chan女士 , J.迈克尔·切里 :
在SGD创建和注释芽殖酵母基因组图的注意事项：进展报告。 鲁思·伊伯哈特 , 丹尼尔·哈夫特 , 马可·蓬塔 , 玛丽亚·耶稣·马丁 , 克莱尔·奥多诺万 , 亚历克斯·贝特曼 :
AntiFam：一种帮助识别蛋白质注释中虚假ORF的工具。 尼科尔·瓦西列夫斯基 , 特妮尔·约翰逊 , 凯伦·科尔迪 , 卡洛·托尼艾 , 马修·H·布鲁斯 , 埃里克·塞格德尔 , 梅兰妮·威尔逊 , 克里斯·沙弗 , 大卫·罗宾逊 , 梅丽莎·海德尔 :
研究资源：策划新的鹰i发现系统。 莎拉·W·伯格 , 特蕾莎·K·阿特伍德 , 亚历克斯·贝特曼 , Tanya Z.贝拉迪尼 , J.迈克尔·切里 , 克莱尔·奥多诺万 , Ioannis Xenarios公司 , 帕斯卡尔·高德特 :
生物馆长和生物馆藏：审视21世纪的挑战。
Nobuyoshi Sugaya先生 , 金井聪 , Toshio Furuya先生 :
PIAS 2.0博士：预测可药物化蛋白质相互作用数据库的更新。 约瑟夫·罗思韦尔 , 米雷亚·乌尔皮·萨达 , 玛丽亚·博托·奥多涅斯 , 克雷格·诺克斯 , 拉斐尔·洛拉奇 , 罗曼·艾斯纳 , 约瑟夫·克鲁兹 , 凡妮莎·内韦 , 大卫·S·威斯哈特 , 克劳迪娜·马纳赫 , 克里斯蒂娜·安德烈斯·拉库娃 , 奥古斯汀·斯卡伯特 :
Phenol-Explorer 2.0：整合人类和实验动物多酚代谢和药代动力学数据的Phenol-Replorer数据库的主要更新。
朱莉娅·费希丁格 , 拉姆齐·J·麦克法兰 , 李·D·拉科姆 :
CancerMA：一个基于网络的工具，用于公共癌症微阵列数据的自动荟萃分析。 维克多·曾（Victor Zeng） , 卡桑德拉·G.Extavour :
ASGARD：新兴模式节肢动物物种注释转录组的开放存取数据库。 斯拉威克迷宫 , 加博·库克斯 , 卡罗尔·科扎克 :
RNAiAtlas：RNAi（siRNA）文库及其特异性的数据库。 贝诺·特·范德佩尔 , Jean-François Lucier女士 , 泽维尔·鲁库 :
HAltORF：一个预测人类帧外可选开放阅读帧的数据库。 彼得·索普 , 约翰·迪特玛 , 罗德尼·罗斯斯坦 :
ScreenTroll：一个比较全基因组酵母筛选的可搜索数据库。 天津路 , 阿林·米海·鲁苏 , 文森特·沃尔特 , 雷蒙德·里普 , 吕克·穆利尼尔 , 让·穆勒 , 蒂埃里·图塞尔 , 朱莉·道恩·汤普森 , Olivier Poch公司 , Hoan Nguyen先生 :
MSV3d：映射到3D蛋白质结构的人类MisSense变体数据库。 安库尔·高塔姆 , 哈林德·辛格 , 阿图尔·泰吉 , 库马代普·乔杜里 , 拉胡尔·库马尔 , 帕拉维·卡普尔 , G.P.S.拉加瓦 :
CPP网站：细胞穿透肽的精选数据库。
凯西·H·吴 , 塞西莉亚·阿里吉 , 凯文·布雷东纳尔·科恩 , 勒奈特·赫希曼 , 马丁·克莱林格 , 卢志勇 , 卡罗琳·马丁利 , 阿方索·巴伦西亚 , 托马斯·C·威格斯 , W.约翰·威尔伯 :
BioCreative-2012虚拟版。 帕斯卡尔·高德特 , 拉贾·马祖姆德 :
2012年生物保护虚拟版。
