数据库-生物数据库和治疗杂志,2011年第卷
2011年、2011年第卷
阿雷克·卡斯普日克 :
BioMart:推动生物数据管理的范式变革。 帕斯卡尔·高德特 , 阿莫斯·拜洛赫 , 黎明田野 , 苏珊娜·安森塔·桑森 , 克里斯·泰勒 , 特蕾莎·K·阿特伍德 , 亚历克斯·贝特曼 , 朱迪思·布莱克 , 卡罗尔·巴尔特 , J.迈克尔·切里 , 雷克斯·L·奇泽姆 , 盖伊·科克伦 , 查尔斯·库克 , 贾南·T·埃皮格 , 迈克尔·加尔佩林 , 罗伯特绅士 , 卡罗尔·高布尔 , 塔卡希·戈霍博里 , 约翰·汉考克 , 道格拉斯·G·豪 , 塔达什·伊曼尼什 , 珍妮特·凯尔索 , 大卫·兰德斯曼 , 苏珊娜·刘易斯 , Ilene Karsch-Mizrachi公司 , 桑德拉·E·果园 , 弗朗西斯·欧莱特 , 肖巴·兰加纳坦 , 洛娜·J·理查森 , 菲利普·罗卡·塞拉 , 保罗·N·斯科菲尔德 , 达米安·斯梅德利 , 克里斯托弗·索桑 , 天威滩 , 塔蒂亚娜·塔图索娃 , 帕特里夏·L·威策尔 , 欧文·怀特 , 山崎奇佐 :
面向BioDBcore:生物数据库的社区定义信息规范。
郑洁 , 朱莉娅·斯托扬诺维奇 , 伊丽莎白·曼杜奇 , 刘俊敏 , 克里斯蒂安·斯托克特(Christian J.Stoeckert Jr.)。 :
注释计算:基于注释的基因组学实验探索和元分析。 盖伊·查夫纳特 , 约瑟夫·科普提 , 莎莉·R·帕特里奇 :
RAC:抗生素耐药性药盒库。 杜一鹏 , 南方徐 , 明路 , 李婷婷 :
泛素组:实验验证的人类泛素级联数据库。 约翰·P·汉密尔顿 , 埃里克·C·尼诺·埃克沃尔 , 比什沃N.阿迪卡里 , 妮科尔·佩纳 , 内德·蒂塞拉特 , 简·利奇 , C.安德烈·列夫斯克 , C.罗宾·贝尔 :
综合植物病原菌基因组资源:一个基于网络的数据挖掘植物病原菌基因资源。 山本佐子 , 酒井诺里子 , 中村弘美 , 福川浩史 , 肯·福田 , Toshihisa Takagi先生 :
INOH:基于本体论的高度结构化的信号转导途径数据库。 亚历克斯·迪·盖诺瓦 , 安德烈斯·阿拉维纳 , 路易斯·萨帕塔 , 毛里西奥·冈萨雷斯 , 亚历杭德罗·马斯 , 帕特里夏·伊图拉 :
SalmonDB:生物信息学资源 鲑鱼沙拉 和 毒吻吻鱼 . 鸠山由纪夫 , 千叶弘子 , 哈里·阿姆里·莫萨 , Takeaki Taniguchi先生 , 长井佐治 , Koji Yamanegi公司 , Takako Takai-Igarashi塔卡伊加拉什 , 田中浩 , 藤崎和太郎 :
CELLPEDIA:用于细胞研究和分化分析的人类细胞信息库。 纳尔逊·恩德格瓦 , 理查德·科特 , 大卫·奥维利罗 , 彼得·德尤斯塔奇 , 亨宁·赫姆贾科布 , 胡安·安东尼奥·维兹卡诺 , 大卫·克罗夫特 :
蛋白质中的关键氨基酸残基:反应组蛋白注释与PRIDE质谱数据和COSMIC体细胞突变的BioMart集成。 罗宾·霍 , 大卫·克罗夫特 , 克里斯蒂娜·容克 , 纳尔逊·恩德格瓦 , 彼得·德尤斯塔奇 , 亨宁·赫姆贾科布 , 林肯·D·斯坦 :
Reactome BioMart。 查尔斯·F·特纳 , 潘华琴(海伦) , 格雷格·西尔克 , 玛丽安·阿尔迪尼 , 维塞利娜·巴卡洛夫 , 斯蒂芬妮·布莱恩特 , 苏珊娜·坎托 , Kungyen Chang公司 , 迈克尔·德莱特 , 保罗·埃格斯 , Laxminarayana Ganapathi公司 , 苏加塔·拉克什米坎坦 , 约书亚·利维 , 李社平(Sheping Li) , 约瑟夫·普拉特 , 诺玛·普格 , 应钦 , 丽贝卡·拉苏利 , 海伦·雷 , 让·E·理查森 , 阿曼达·弗林·莱利 , 苏珊·罗杰斯 , 夏洛特·谢珀 , 西尔维亚·谭 , Stacie白色 , 菲利普·C·库利 :
NIDDK中央知识库8年——目标、修订、使用和影响。 拉杰什·拉朱 , 维沙拉克什·南贾帕 , 拉瓦尼亚·巴拉克里什南 , 阿内莎·拉达克里什南 , 佐吉·库里安·托马斯 , 乔蒂·夏尔马 , 田茂珍 , 希亚姆·莫汉·帕拉佩塔 , Tejaswini Subbannayya公司 , 尼鲁日吉·拉贾·塞哈尔 , Babylakshmi Muthusamy婴儿奶粉 , 雷努·戈尔 , Yashwanth Subbannayya公司 , Deepthi Telikicherla公司 , 米塔利·巴塔查吉 , 斯内哈·平托 , 纳齐亚·赛义德 , 斯里尼瓦斯·曼达·斯里坎思 , 加亚南·萨特 , 萨尔塔伊·艾哈迈德 , 桑迪普·查万 , Ghantasala S.Sameer Kumar公司 , 阿里武苏达尔·马里穆图 , T.S.Keshava Prasad公司 , H.C.哈莎 , B.阿卜杜勒·拉希曼 , 奥萨穆·奥哈拉 , 加里·巴德 , S.Sujatha Mohan公司 , 威廉·P·希曼 , 阿克希利什·潘迪 :
NetSlim:高置信度策划的信号图。 张俊君 , 赛义德·海德尔 , 约阿希姆·巴兰 , 安东尼·克罗斯 , 乔纳森·古伯曼 , 杰克·许 , 梁勇 , 龙尧 , 阿雷克·卡斯普日克 :
BioMart:大型协作项目的数据联合框架。 乔纳森·古伯曼 , 基耶艾 , 奥利维尔·阿奈兹 , 约阿希姆·巴兰 , 安德鲁·布雷克 , 理查德·巴尔多克 , 克劳德·切拉拉 , 大卫·克罗夫特 , 安东尼·克罗斯 , 罗莎琳德·卡茨 , 亚历克斯·迪·盖诺瓦 , 西蒙·福布斯 , 藤泽隆本 , 伊曼纽拉·加达列塔 , 大卫·M·古德斯坦 , Gunes Gundem枪 , 伯纳德·哈格蒂 , 赛义德·海德尔 , 马修·哈尔 , 托德·哈里斯 , 罗宾·霍 , 沈虎 , 西蒙·哈伯德 , 徐杰客(Jack Hsu) , 维维克·伊耶 , 菲利普·琼斯 , 片山俊一 , 罗达·金塞拉 , 雷孔(Lei Kong) , 丹尼尔·劳森 , 梁勇 , 努里亚·洛佩斯·比加斯 , 杰罗 , 迈克尔·J·卢什 , 杰里米·梅森 , 弗朗索瓦·莫里斯 , 纳尔逊·恩德格瓦 , 达伦·J·奥克利 , 克里斯蒂安·佩雷兹·拉马斯 , 迈克尔·普里米格 , 埃琳娜·里夫金 , 史蒂文·罗萨诺夫 , 丽贝卡·谢泼德 , 莱因哈德·西蒙 , 威廉·斯卡内斯 , 达米安·斯梅德利 , 琳达·斯珀林 , 威廉·斯普纳 , 彼得·史蒂文森 , 凯文·斯通 , 乔恩·提格 , 王军(Jun Wang) , 王建新 , 布雷特·惠蒂 , 大卫·戴伟王 , 玛丽·旺·埃拉斯穆斯 , 龙尧 , 肯·尤恩斯·克拉克 , 克里斯蒂娜·容克 , 张俊君 , 阿雷克·卡斯普日克 :
BioMart Central Portal:生物社区的开放数据库网络。 李·卡茨 , 杰伊·汉弗莱 , 安德鲁·康利 , 维斯瓦特贾·内拉克uditi , 安德烈·基斯柳克 , 索尼娅·阿格拉瓦尔 , 普什卡拉·贾亚拉曼 , 布赖恩·H·哈考特 , 梅丽莎·奥尔森·拉斯穆森 , 迈克尔·弗雷斯 , 尼蒂亚·夏尔马 , 伦纳德·W·迈尔 , I约旦国王 :
内塞里亚 基础:比较基因组数据库 脑膜炎奈瑟菌 . 彼得·史蒂文森 , 洛娜·J·理查森 , Shanmugasundaram Venkataraman公司 , 杨益亚(Yiya Yang) , 理查德·巴尔多克 :
eMouseAtlas基因表达数据库EMAGE的BioMart接口。 达伦·J·奥克利 , 维维克·伊耶 , 威廉·C·斯卡恩斯 , 达米安·斯梅德利 :
BioMart是国际敲除小鼠联盟的集成解决方案。 张俊君 , 约阿希姆·巴兰 , 安东尼·克罗斯 , 乔纳森·古伯曼 , 赛义德·海德尔 , 徐杰客(Jack Hsu) , 梁勇 , 埃琳娜·里夫金 , 王建新 , 布雷特·惠蒂 , 玛丽·旺·埃拉斯穆斯 , 龙耀 , 阿雷克·卡斯普日克 :
国际癌症基因组联盟数据门户-一个癌症基因组数据的一站式商店。 弗朗索瓦·莫里斯 , 盖尔·劳菲特 , 帕特里斯·戴海斯 , 克里斯托夫·克洛普 :
SigReannot-mart:用于表达微阵列探针重新命名的查询环境。 卡琳·古贝尔曼 , 亚历山大·盖蒂克 , 安德烈亚斯·马苏拉斯 , 科尔内尔母鸡 , Fabrice P.A.David公司 , 弗雷德里克解析器 , 雅克·罗杰蒙特 , 巴特·德普兰克 :
GETPrime:用于定量实时PCR的基因或转录物特异性引物数据库。 克里斯蒂安·佩雷兹·拉马斯 , Gunes Gundem枪 , 努里亚·洛佩斯·比加斯 :
Biomart中的综合癌症基因组学(IntOGen)。 妮可·华盛顿 , E.O.斯蒂森 , 马克·D·佩里 , 彼得·鲁扎诺夫 , 塞尔吉奥·孔特里诺 , 理查德·史密斯 , 郑查 , 雷切尔·林恩 , 阿德里安·卡尔 , 保罗·洛伊德 , 艾伦·T·凯普哈特 , 谢尔登·麦凯 , 戈斯·米克伦 , 林肯·D·斯坦 , 苏珊娜·刘易斯 :
modENCODE数据协调中心:获取全面实验细节的经验教训。 菲利普·琼斯 , 大卫·宾斯 , 科诺·麦克梅纳明 , 克雷格·麦卡努拉 , 莎拉·亨特 :
InterPro BioMart:对InterPro资源的联合查询和web服务访问。 罗达·金塞拉 , 安德烈亚斯·卡哈里 , 赛义德·海德尔 , 豪尔赫·萨莫拉 , 格伦·普克托 , 朱利埃塔·斯普迪奇 , 杰夫·阿尔梅达·金 , 丹尼尔·斯坦斯 , 保罗·S·德温特 , 阿诺德·科霍努 , 保罗·凯西 , 保罗·弗利切克 :
Ensembl BioMarts:跨分类空间的数据检索中心。 拉杰什·拉朱 , 拉瓦尼亚·巴拉克里什南 , 维沙拉克什·南贾帕 , 米塔利·巴塔查吉 , 德雷斯·盖特 , Babylakshmi Muthusamy宝宝 , 佐吉·库里安·托马斯 , 乔蒂·夏尔马 , B.阿卜杜勒·拉希曼 , H.C.哈沙 , Subramanian Shankar语 , T.S.Keshava Prasad公司 , S.Sujatha Mohan公司 , 加里·巴德 , 莫汉·R·瓦尼 , 阿克希利什·潘迪 :
RANKL/RANK信号通路的综合人工反应图。 史蒂夫·菲舍尔 , 克里斯蒂娜·奥雷科切亚 , 布莱恩·布伦克 , 新高 , 奥马尔·夏布 , 艾琳·T·克莱默 , Cary Pennington公司 , 查尔斯·特雷特曼 , 杰西卡·基辛格 , 大卫·S·罗斯 , 克里斯蒂安·斯托克特(Christian J.Stoeckert Jr.)。 :
战略WDK:功能基因组数据库的图形搜索界面和web开发工具包。 罗莎琳德·卡茨 , 伊曼纽拉·加达列塔 , 尼古拉斯·R·莱蒙 , 克劳德·切拉拉 :
使用BioMart作为框架来管理和查询胰腺癌数据。 玛丽·谢弗 , 丽莎·哈珀 , 杰克·M·加德纳 , 卡森·M·安多夫 , 达尔文·A·坎贝尔 , 伊莎琳达·K·S·加农 , Taner Z.Sen先生 , 卡罗琳·劳伦斯 :
MaizeGDB:策划和推广齐头并进。 凯特林·墨菲 , 贾斯汀·波沃斯基 , 吴敏(音) , 格雷格·巴特勒 , 曾荫权(Adrian Tsang) :
真菌来源的特征糖苷水解酶的治疗。 丽贝卡·谢泼德 , 西蒙·福布斯 , 大卫·比尔 , 萨利·班福德 , 夏洛特·科尔 , 莎丽病房 , 尼迪·宾达尔 , 普拉萨德·古纳塞卡兰 , 贾明明 , 柴寅角 , 肯里克·梁 , 安德鲁·门齐斯 , 亚当·巴特勒 , 乔恩·提格 , 彼得·坎贝尔 , 迈克尔·R·斯特拉顿 , P.安德鲁·福特雷尔 :
使用癌症BioMart中的体细胞突变目录进行数据挖掘。 Haretsugu Hishigaki先生 , 佐托鲁·库哈拉 :
hERGAPDbase:记录化合物的hERG通道抑制电位和APD延长活性的数据库。 杰森·格林 , 贾图隆·哈恩桑布拉纳 , 玛丽·谢弗 , 卡罗琳·劳伦斯 , 池仁淑 :
玉米突变表型的多源和基于本体的检索引擎。 丽莎·哈珀 , 玛丽·谢弗 , 乔丹·蒂斯特尔 , 杰克·M·加德纳 , 卡森·M·安多夫 , 达尔文·A·坎贝尔 , 伊莎琳达·K·S·加农 , 不来梅·L·布劳恩 , 斯科特·伯科特 , 卡罗琳·劳伦斯 , Taner Z.Sen先生 :
MaizeGDB基因组浏览器教程:通过视频向生物学家扩展数据库的一个示例。 保罗·维森迪 , 万吉库昂阿 , 华莱士·布利莫 , 理查德·毕晓普 , 詹姆斯·奥坎达 , 艾蒂安·皮埃尔·德维利尔斯 :
TparvaDB:支持的数据库 小泰勒虫 疫苗开发。 加里·威廉姆斯 , 保罗·戴维斯 , 安东尼·罗杰斯 , 坦伯林·比里 , 菲利普·奥泽斯基 , 约翰·斯皮斯 :
WormBase中基因结构管理的方法和策略。 丹尼尔·布兰肯伯格 , 内森·科拉尔 , 格雷戈里·冯·库斯特 , 詹姆斯·泰勒 , 安东·内克鲁滕科 :
将不同的数据库整合到一个统一的分析框架中:银河系方法。 山本雅素 , 山口敦子 , 希德马萨·博诺 , Toshihisa Takagi先生 :
艾丽:一个数据库和一个缩写和长格式搜索服务。 德米特·西里姆 , 弗洛里安·瓦格纳 , 王磊(Lei Wang) , 罗尔夫·施密德 , 尤尔根褶皱 :
漆酶工程数据库:漆酶和相关多铜氧化酶的分类和分析系统。 辛莉(Xin Li) , 范武 , 冯琦 , 丹尼尔·A·比尔德 :
糖酵解反应、三羧酸循环和磷酸戊糖途径的热力学特性数据库。 维多利亚·佩特里 , 玛丽·下山 , G.托马斯·海曼 , 詹妮弗·史密斯 , 马雷克·图塔吉 , 杰夫·德·庞斯 , 梅琳达·德温内尔 , 戴安·蒙森梅尔 , 西蒙·特威格 , 霍华德·雅各布 :
大鼠基因组数据库通路入口。 奥古斯托·维洛佐 , Amélie S.Véron公司 , 帕特里斯·巴·普约莱 , 詹姆·韦尔塔-塞帕斯 , 卢多维克·科特雷特 , Gérard二月 , 费德里卡·卡列夫罗 , 伊万·拉赫贝 , 安吉拉·道格拉斯 , 托尼·加巴顿 , 玛丽-法国Sagot , 休伯特·查尔斯 , 斯特凡诺·科尔拉 :
CycADS:一个注释数据库系统,用于简化BioCyc数据库的开发和更新。 米歇尔·马格拉内 :
UniProt知识库:集成蛋白质数据中心。 玛丽亚·科斯坦佐 , 朱莉·帕克 , 拉玛·巴拉克里希南 , J.迈克尔·切里 , 尤里·洪恩(Eurie L.Hong) :
使用计算预测改进基于文献的基因本体注释:一项可行性研究。 沃尔夫冈·布卢姆 , 博扬·贝兰 , 春晓碧 , 迪米特里斯·迪米特罗普洛斯 , 安德烈亚斯·普里奇 , 格雷格·奎因 , 彼得·W·罗斯 , 查塔利·沙阿 , 茉莉花 , 本杰明·尤基奇 , 海伦·M·伯曼 , 菲利普·伯恩 :
RCSB蛋白质数据库查询和分配系统的质量保证。 斯坦利·劳德金 , 玛丽·下山 , G.托马斯·海曼 , 蒂莫西·劳里 , 拉杰尼·尼甘姆 , 维多利亚·佩特里 , 詹妮弗·史密斯 , 王树仁 , 杰夫·德·庞斯 , 乔治·科瓦尔斯基 , 刘伟松 , 韦斯·罗德 , 戴安·蒙森梅尔 , 梅琳达·德温内尔 , 西蒙·特威格 , 霍华德·雅各布 :
大鼠基因组数据库管理工具套件:一套优化的软件工具,能够高效地获取、组织和呈现生物数据。 Gengkon Lum先生 , 向佳敏 :
FunSecKB:真菌分泌物知识库。 贾斯汀娜·米尔克 , 安东尼奥·萨拉 , 索尼娅·贝加马什 , 尼古拉·佩基奥尼 :
谷物标记辅助选择的基因型和表型信息来源:CEREALAB数据库。 露丝·伊塞林 , 拉沙德·巴德拉维 , 加里·巴德 :
PSI-MI 2.5中的生物分子相互作用网络数据库。 贾梅尔·哈比 , 的曼尼施·库马 , 保罗·哈里森 :
LPS注释:蛋白质知识库中成分偏倚区域的完整注释。
淑贞(Sook Jung) , 娜玛·门达 , 塞斯·雷蒙德 , 罗伯特·布尔斯 , 马伦·弗里森 , 尤里·本达纳 , 莱西·安妮·桑德森 , 希尔马尔·拉普 , 泰因·李 , 鲍勃·麦卡勒姆 , Kirstin E.Bett公司 , 斯科特·凯恩 , 戴夫·金文斯 , 卢卡斯·穆勒 , 多里·梅因 :
Chado自然多样性模块:大规模表型和基因分型数据的新通用数据库模式。 舒奇·斯米塔 , 桑格拉姆·凯沙里·伦卡 , 阿米特·卡蒂亚尔 , 潘卡杰·贾斯瓦尔 , 贾斯汀·普雷塞 , 凯拉什·钱德·班萨尔 :
QlicRice:水稻非生物胁迫响应QTL和位点交互通道的网络界面。 斯蒂芬·菲克林 , 莱西·安妮·桑德森 , 郑春晖(Chun-Huai Cheng) , 玛格丽特·斯塔顿 , 泰因·李 , 赵义雄(Ilhyung Cho) , 淑贞(Sook Jung) , 柯斯汀·贝特 , 多琳·梅因 :
Tripal:在线基因组数据库构建工具包。 卡德·沙米尔 , Prashant Shingate公司 , S.C.P.Manjunath公司 , M.卡提卡 , 甘尼桑·普盖伦西 , 拉马纳森·索德哈米尼 :
3DSwap:涉及3D域交换的蛋白质的精选知识库。 艾伦·彼得·戴维斯 , 托马斯·C·威格斯 , 辛西娅·墨菲 , 卡罗琳·马丁利 :
用于比较毒理学数据库中科学文献手动管理的管理范式和应用工具。 阿列克桑达尔·斯托吉米罗维奇 , Yi-Kuo Yu先生 :
ppiTrim:构建非冗余的最新交互。 于S.黄 , 马修·霍顿 , Bjarni J.Vilhjálmsson先生 , 尤米特·塞伦 , Dazhe Meng公司 , 克里斯托弗·梅耶 , 穆罕默德·阿里·阿梅尔 , 贾斯汀·博雷维茨 , 乔伊·贝格尔森 , 马格努斯·诺德堡 :
分析和可视化 拟南芥 使用web 2.0技术的GWAS。 克里斯蒂安·塔奇奥利 , 文森扎·马塞利 , 杰斯珀·特涅尔 , 大卫·戈梅兹·卡布雷罗 , 乔亚·阿尔托贝利 , 沃伦·埃米特 , 弗朗西斯科·莱斯凯 , 斯特凡诺·古斯汀奇 , 埃莉亚·斯塔普卡 :
ParkDB:帕金森病基因表达数据库。 维斯瓦纳达姆·斯里达拉 , 阿伦·马什勒·鲍尔 , 斯蒂芬·布莱恩特 , 刘易斯·耶尔 :
在多个基因组上自动注释实验衍生的、进化上保守的翻译后修饰。
卢志勇 :
PubMed及其他:搜索生物医学文献的网络工具调查。
莱昂纳多·马里诺·拉米雷斯 , 凯文·莱文 , 马里奥·莫拉雷斯 , 张绥远 , 特拉维斯·莫兰德 , 安德烈亚斯·巴克塞瓦尼斯 , 大卫·兰德斯曼 :
组蛋白数据库:组蛋白和组蛋白折叠蛋白的综合资源。