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数据库-生物数据库和治疗杂志，2011年第卷

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2011年、2011年第卷

社论

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阿雷克·卡斯普日克:
BioMart：推动生物数据管理的范式变革。
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帕斯卡尔·高德特,阿莫斯·拜洛赫,黎明田野,苏珊娜·安森塔·桑森,克里斯·泰勒,特蕾莎·K·阿特伍德,亚历克斯·贝特曼,朱迪思·布莱克,卡罗尔·巴尔特,J.迈克尔·切里,雷克斯·L·奇索姆,盖伊·科克伦,查尔斯·库克,贾南·T·埃皮格,迈克尔·加尔佩林,罗伯特绅士,卡罗尔·高布尔,塔卡希·戈霍博里,约翰·汉考克,道格拉斯·G·豪,塔达什·伊曼尼什,珍妮特·凯尔索,大卫·兰德斯曼,苏珊娜·刘易斯,Ilene Karsch-Mizrachi公司,桑德拉·E·果园,B.F.弗朗西斯·欧莱特,肖巴·兰加纳坦,洛娜·J·理查森,菲利普·罗卡·塞拉,保罗·N·斯科菲尔德,达米安·斯梅德利,克里斯托弗·索桑,天威滩,塔蒂亚娜·塔图索娃,帕特里夏·L·威策尔,欧文·怀特,山崎奇佐:
面向BioDBcore：生物数据库的社区定义信息规范。

原始文章

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郑洁,朱莉娅·斯托扬诺维奇,伊丽莎白·曼杜奇,刘俊敏,克里斯蒂安·斯托克特（Christian J.Stoeckert Jr.）。:
注释计算：基于注释的基因组学实验探索和元分析。
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盖伊·查夫纳特,约瑟夫·科普提,莎莉·R·帕特里奇:
RAC：抗生素耐药性药盒库。
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杜一鹏,徐南方,明路,李婷婷:
泛素组：实验验证的人类泛素级联数据库。
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约翰·P·汉密尔顿,埃里克·C·内诺·埃克沃尔,比什沃N.阿迪卡里,妮科尔·佩纳,内德·蒂塞拉特,简·利奇,C.安德烈·列夫斯克,C.罗宾·贝尔:
综合植物病原菌基因组资源：一个基于网络的数据挖掘植物病原菌基因资源。
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山本佐子,酒井法子,中村弘美,福川浩史,肯·福田,Toshihisa Takagi先生:
INOH：基于本体的高度结构化的信号转导途径数据库。
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  - 期刊/biodb/GenovaAZGMI11
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亚历克斯·迪·盖诺瓦,安德烈斯·阿拉维纳,路易斯·萨帕塔,毛里西奥·冈萨雷斯,亚历杭德罗·马斯,帕特里夏·伊图拉:
SalmonDB：生物信息学资源鲑鱼沙拉和Oncorhynchus mykiss公司.
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鸠山由纪夫,千叶弘子,哈里·阿姆里·莫萨,Takeaki Taniguchi先生,长井佐治,Koji Yamanegi公司,Takako Takai-Igarashi塔卡伊加拉什,田中宏,藤崎和太郎:
CELLPEDIA：用于细胞研究和分化分析的人类细胞信息库。
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  - 期刊/biodb/NdegwaCODHVC11
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纳尔逊·恩德格瓦,理查德·科特,大卫·奥维利罗,彼得·德尤斯塔奇,亨宁·赫姆贾科布,胡安·安东尼奥·维兹卡诺,大卫·克罗夫特:
蛋白质中的关键氨基酸残基：反应组蛋白注释与PRIDE质谱数据和COSMIC体细胞突变的BioMart集成。
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罗宾·霍,大卫·克罗夫特,克里斯蒂娜·容克,纳尔逊·恩德格瓦,彼得·德尤斯塔奇,亨宁·赫姆贾科布,林肯·D·斯坦:
Reactome BioMart。
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查尔斯·特纳,潘华琴（海伦）,格雷格·西尔克,玛丽安·阿尔迪尼,Vesselina D.巴卡洛夫,斯蒂芬妮·布莱恩特,苏珊娜·坎托,Kungyen Chang公司,迈克尔·德莱特,保罗·埃格斯,Laxminarayana Ganapathi公司,苏加塔·拉克什米坎坦,约书亚·利维,李社平（Sheping Li）,约瑟夫·普拉特,诺玛·普格,应钦,丽贝卡·拉苏利,海伦·雷,让·理查德森,阿曼达·弗林·莱利,苏珊·罗杰斯,夏洛特·谢珀,西尔维亚·谭,Stacie白色,菲利普·库利:
NIDDK中央知识库8年——目标、修订、使用和影响。
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拉杰什·拉朱,维沙拉克什·南贾帕,拉瓦尼亚·巴拉克里什南,阿内莎·拉达克里什南,佐吉·库里安·托马斯,乔蒂·夏尔马,田茂珍,希亚姆·莫汉·帕拉佩塔,Tejaswini Subbannayya公司,尼鲁日吉·拉贾·塞哈尔,Babylakshmi Muthusamy宝宝,雷努·戈尔,Yashwanth Subbannayya公司,Deepthi Telikicherla公司,米塔利·巴塔查吉,斯内哈·平托,纳齐亚·赛义德,斯里尼瓦斯·曼达·斯里坎思,加加南·J·萨蒂,萨塔吉·艾哈迈德,桑迪普·查万,Ghantasala S.Sameer Kumar公司,阿里武苏达尔·马里穆图,T.S.Keshava Prasad公司,H.C.哈莎,B.阿卜杜勒·拉希曼,大原大藏,加里·巴德,S.Sujatha Mohan公司,威廉·P·希曼,阿克希利什·潘迪:
NetSlim：高置信令地图。
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张俊君,赛义德·海德尔,约阿希姆·巴兰,安东尼·克罗斯,乔纳森·古伯曼,徐杰客（Jack Hsu）,梁勇,龙尧,阿雷克·卡斯普日克:
BioMart：大型协作项目的数据联合框架。
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乔纳森·古伯曼,艾纪业,奥利维尔·阿奈兹,约阿希姆·巴兰,安德鲁·布雷克,理查德·巴尔多克,克劳德·切拉拉,大卫·克罗夫特,安东尼·克罗斯,罗莎琳德·卡茨,亚历克斯·迪·盖诺瓦,西蒙·福布斯,藤泽隆本,伊曼纽拉·加达列塔,大卫·M·古德斯坦,Gunes Gundem枪,伯纳德·哈格蒂,赛义德·海德尔,马修·哈尔,托德·哈里斯,罗宾·霍,沈虎,西蒙·哈伯德,徐杰客（Jack Hsu）,维维克·伊耶,菲利普·琼斯,片山俊一,罗达·金塞拉,雷孔（Lei Kong）,丹尼尔·劳森,梁勇,努里亚·洛佩斯·比加斯,杰罗,迈克尔·J·卢什,杰里米·梅森,弗朗索瓦·莫里斯,纳尔逊·恩德格瓦,达伦·J·奥克利,克里斯蒂安·佩雷兹·拉马斯,迈克尔·普里米格,埃琳娜·里夫金,史蒂文·罗萨诺夫,丽贝卡·谢泼德,莱因哈德·西蒙,威廉·斯卡内斯,达米安·斯梅德利,琳达·斯珀林,威廉·斯普纳,彼得·史蒂文森,凯文·斯通,乔恩·提格,王军（Jun Wang）,王建新,布雷特·惠蒂,大卫·戴伟王,玛丽·旺·埃拉斯穆斯,龙尧,肯·尤恩斯·克拉克,克里斯蒂娜·容克,张俊君,阿雷克·卡斯普日克:
BioMart Central Portal：生物社区的开放数据库网络。
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李·卡茨,杰伊·汉弗莱,安德鲁·B·康利,维斯瓦特贾·内拉库迪蒂,安德烈·基斯柳克,索尼娅·阿格拉瓦尔,普什卡拉·贾亚拉曼,布莱恩·哈考特,梅丽莎·奥尔森·拉斯穆森,迈克尔·弗雷斯,尼蒂亚·V·夏尔马,伦纳德·W·迈尔,I约旦国王:
内塞里亚基础：比较基因组数据库脑膜炎奈瑟菌.
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彼得·史蒂文森,洛娜·J·理查森,Shanmugasundaram Venkataraman公司,杨益亚（Yiya Yang）,理查德·巴尔多克:
BioMart与eMouseAtlas基因表达数据库EMAGE的接口。
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达伦·J·奥克利,维维克·伊耶,威廉·斯卡内斯,达米安·斯梅德利:
BioMart是国际敲除小鼠联盟的集成解决方案。
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张俊君,约阿希姆·巴兰,安东尼·克罗斯,乔纳森·古伯曼,赛义德·海德尔,徐杰客（Jack Hsu）,梁勇,埃琳娜·里夫金,王建新,布雷特·惠蒂,玛丽·旺·埃拉斯穆斯,龙尧,阿雷克·卡斯普日克:
国际癌症基因组联盟数据门户-一个癌症基因组数据的一站式商店。
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  - 期刊/biodb/MorewsRDK11
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弗朗索瓦·莫里斯,盖尔·拉菲特,帕特里斯·戴海斯,克里斯托夫·克洛普:
SigReannot-mart：用于表达微阵列探针重新命名的查询环境。
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  - 期刊/biodb/GubelmannGMHDDRD11
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卡琳·古贝尔曼,亚历山大·盖蒂克,安德烈亚斯·马苏拉斯,科尔内尔母鸡,Fabrice P.A.David公司,弗雷德里克解析器,雅克·罗杰蒙特,巴特·德普兰克:
GETPrime：用于定量实时PCR的基因或转录特异性引物数据库。
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克里斯蒂安·佩雷兹·拉马斯,Gunes Gundem枪,努里亚·洛佩斯·比加斯:
Biomart中的综合癌症基因组学（IntOGen）。
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妮科尔·华盛顿,E.O.斯蒂森,马克·佩里,彼得·鲁扎诺夫,塞尔吉奥·孔特里诺,理查德·史密斯,郑查,雷切尔·林恩,阿德里安·卡尔,保罗·洛伊德,埃伦·凯普哈特（Ellen T.Kephart）,谢尔顿·J·麦凯,戈斯·米克伦,林肯·D·斯坦,苏珊娜·刘易斯:
modENCODE数据协调中心：获取全面实验细节的经验教训。
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  - 期刊/生物数据库/琼斯BMMH11
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菲利普·琼斯,大卫·宾斯,康纳·麦克默纳明,克雷格·麦卡努拉,莎拉·亨特:
InterPro BioMart：对InterPro资源的联合查询和web服务访问。
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  - 期刊/biodb/KinsellaKHZPSASDKKKF11
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罗达·金塞拉,安德烈亚斯·卡哈里,赛义德·海德尔,豪尔赫·萨莫拉,格伦·普克托,朱利埃塔·斯普迪奇,杰夫·阿尔梅达·金,丹尼尔·斯坦斯,保罗·S·德温特,阿诺德·科霍努,保罗·J·凯西,保罗·弗利克:
Ensembl BioMarts：跨分类空间的数据检索中心。
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拉杰什·拉朱,拉瓦尼亚·巴拉克里什南,维沙拉克什·南贾帕,米塔利·巴塔查吉,德雷斯·盖特,Babylakshmi Muthusamy婴儿奶粉,乔吉·库里安·托马斯,乔蒂·夏尔马,B.阿卜杜勒·拉希曼,H.C.哈莎,Subramanian Shankar语,T.S.Keshava Prasad公司,S.Sujatha Mohan公司,加里·巴德,莫汉·瓦尼,阿克希利什·潘迪:
RANKL/RANK信号通路的综合人工反应图。
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  - 期刊/biodb/FischerABGHKPTKRS11
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史蒂夫·菲舍尔,克里斯蒂娜·奥雷切查,布莱恩·布伦克,新高,奥马尔·夏布,艾琳·T·克莱默,Cary Pennington公司,查尔斯·特雷特曼,杰西卡·基辛格,大卫·S·罗斯,克里斯蒂安·斯托克特（Christian J.Stoeckert Jr.）。:
战略WDK：功能基因组数据库的图形搜索界面和web开发工具包。
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罗莎琳德·卡茨,伊曼纽拉·加达列塔,尼古拉斯·R·莱蒙,克劳德·切拉拉:
使用BioMart作为框架来管理和查询胰腺癌数据。
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  - 期刊/生物数据库/谢弗HGACCSL11
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玛丽·谢弗,丽莎·哈珀,杰克·M·加德纳,卡森·M·安多夫,达尔文·A·坎贝尔,伊莎琳达·K·S·加农,Taner Z.Sen先生,卡罗琳·劳伦斯:
MaizeGDB：策划和推广齐头并进。
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凯特林·墨菲,贾斯汀·波沃斯基,吴敏（音）,格雷格·巴特勒,曾荫权（Adrian Tsang）:
真菌来源的特征糖苷水解酶的治疗。
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丽贝卡·谢泼德,西蒙·福布斯,大卫·比尔,萨利·班福德,夏洛特·科尔,莎丽病房,尼迪·宾达尔,普拉萨德·古纳塞卡兰,贾明明,柴寅角,Kenric Leung先生,安德鲁·门齐斯,亚当·巴特勒,乔恩·提格,彼得·坎贝尔,迈克尔·斯特拉顿,P.安德鲁·福特雷尔:
使用癌症BioMart中的体细胞突变目录进行数据挖掘。
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  - 期刊/生物数据库/HishigakiK11
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Haretsugu Hishigaki公司,佐托鲁·库哈拉:
hERGAPDbase：一个记录化合物的hERG通道抑制电位和APD延长活性的数据库。
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杰森·格林,贾图隆·哈恩桑布拉纳,玛丽·谢弗,卡罗琳·劳伦斯,池仁淑:
玉米突变表型的多源和基于本体的检索引擎。
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丽莎·C·哈珀,玛丽·谢弗,乔丹·蒂斯特尔,杰克·M·加德纳,卡森·M·安多夫,达尔文·A·坎贝尔,伊莎琳达·K·S·加农,不来梅·L·布劳恩,斯科特·M·伯基特,卡罗琳·劳伦斯,Taner Z.Sen先生:
MaizeGDB基因组浏览器教程：通过视频向生物学家扩展数据库的一个示例。
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保罗·维森迪,万吉库昂阿,华莱士·布利莫,理查德·毕晓普,詹姆斯·奥坎达,艾蒂安·德维利尔斯:
TparvaDB：支持的数据库小泰勒虫疫苗开发。
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加里·威廉姆斯,保罗·戴维斯,安东尼·罗杰斯,坦伯林·比里,菲利普·奥泽斯基,约翰·斯皮斯:
WormBase中基因结构管理的方法和策略。
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丹尼尔·布兰肯伯格,内森·科拉尔,格雷戈里·冯·库斯特,詹姆斯·泰勒,安东·内克鲁滕科:
将不同的数据库整合到一个统一的分析框架中：银河系方法。
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山本雅素,山口敦子,希德马萨·博诺,Toshihisa Takagi先生:
艾丽：一个数据库和一个缩写和长格式搜索服务。
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德米特·西里姆,弗洛里安·瓦格纳,王磊（Lei Wang）,罗尔夫·施密德,尤尔根褶皱:
漆酶工程数据库：漆酶和相关多铜氧化酶的分类和分析系统。
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辛莉（Xin Li）,范武,冯琦,丹尼尔·A·比尔德:
糖酵解反应、三羧酸循环和磷酸戊糖途径的热力学特性数据库。
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维多利亚佩特里,玛丽·下山,G.托马斯·海曼,詹妮弗·史密斯,马雷克·图塔吉,杰夫·德·庞斯,梅琳达·德温内尔,戴安·蒙森梅尔,西蒙·特威格,霍华德·雅各布:
大鼠基因组数据库通路入口。
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奥古斯托·维洛佐,Amélie S.Véron公司,帕特里斯·巴·普约莱,詹姆·韦尔塔-塞帕斯,卢多维克·科特雷特,Gérard二月,费德里卡·卡列夫罗,伊万·拉赫贝,安吉拉·道格拉斯,托尼·加巴顿,玛丽-法国Sagot,休伯特·查尔斯,斯特凡诺·科尔拉:
CycADS：一个注释数据库系统，用于简化BioCyc数据库的开发和更新。
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米歇尔·马格拉内:
UniProt知识库：集成蛋白质数据中心。
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玛丽亚·科斯坦佐,朱莉·帕克,拉玛·巴拉克里希南,J.迈克尔·切里,尤里·洪恩（Eurie L.Hong）:
使用计算预测改进基于文献的基因本体注释：一项可行性研究。
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沃尔夫冈·布卢姆,博扬·贝兰,春晓碧,迪米特里斯·迪米特罗普洛斯,安德烈亚斯·普里奇,格雷格·奎因,彼得·W·罗斯,查塔利·沙阿,茉莉花,本杰明·尤基奇,海伦·M·伯曼,菲利普·伯恩:
RCSB蛋白质数据库查询和分配系统的质量保证。
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斯坦利·劳德金,玛丽·下山,G.托马斯·海曼,蒂莫西·劳里,拉杰尼·尼甘姆,维多利亚·佩特里,詹妮弗·史密斯,王树仁,杰夫·德庞斯,乔治·科瓦尔斯基,刘伟松,韦斯·罗德,戴安·蒙森梅尔,梅琳达·德温内尔,西蒙·特威格,霍华德·雅各布:
大鼠基因组数据库管理工具套件：一套优化的软件工具，能够高效地获取、组织和呈现生物数据。
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Gengkon Lum先生,向佳敏:
FunSecKB：真菌分泌物知识库。
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Justyna Milc公司,安东尼奥·萨拉,索尼娅·贝加马什,尼古拉·佩基奥尼:
谷物标记辅助选择的基因型和表型信息来源：CEREALAB数据库。
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露丝·伊塞林,拉沙德·巴德拉维,加里·巴德:
PSI-MI 2.5中的生物分子相互作用网络数据库。
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贾梅尔·哈比,的曼尼施·库马,保罗·哈里森:
LPS注释：蛋白质知识库中成分偏倚区域的完整注释。

数据库工具

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淑贞（Sook Jung）,娜玛·门达,塞斯·雷蒙德,罗伯特·布尔斯,马伦·弗里森,尤里·本达纳,莱西·安妮·桑德森,希尔马尔·拉普,泰因·李,鲍勃·麦卡勒姆,柯斯汀·贝特,斯科特·凯恩,戴夫·金文斯,卢卡斯·穆勒,多里·梅因:
Chado自然多样性模块：大规模表型和基因分型数据的新通用数据库模式。
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舒奇·斯米塔,桑格拉姆·凯萨里·伦卡,阿米特·卡蒂亚尔,潘卡杰·贾斯瓦尔,贾斯汀·普雷塞,凯拉什·钱德·班萨尔:
QlicRice：水稻非生物胁迫响应QTL和基因座相互作用通道的网络界面。
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斯蒂芬·菲克林,莱西·安妮·桑德森,郑春晖（Chun-Huai Cheng）,玛格丽特·斯塔顿,泰因·李,赵义雄（Ilhyung Cho）,淑贞（Sook Jung）,Kirstin E.Bett公司,多琳·梅因:
Tripal：在线基因组数据库构建工具包。
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卡德·沙米尔,Prashant Shingate公司,S.C.P.Manjunath公司,M.卡提卡,甘尼桑·普盖伦西,拉马纳森·索德哈米尼:
3DSwap：涉及3D域交换的蛋白质的精选知识库。
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艾伦·彼得·戴维斯,托马斯·C·威格斯,辛西娅·墨菲,卡罗琳·马丁利:
用于比较毒理学数据库中科学文献手动管理的管理范式和应用工具。
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阿列克桑达尔·斯托吉米罗维奇,Yi-Kuo Yu先生:
ppiTrim：构建非冗余的最新交互。
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于S.黄,马修·霍顿,比亚尼·J·维尔姆森,尤米特·塞伦,Dazhe Meng公司,克里斯托弗·梅耶,穆罕默德·阿里·阿默尔,贾斯汀·博雷维茨,乔伊·贝格尔森,马格努斯·诺德堡:
分析和可视化拟南芥使用web 2.0技术的GWAS。
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克里斯蒂安·塔奇奥利,文森扎·马塞利,杰斯珀·特涅尔,大卫·戈梅兹·卡布雷罗,乔亚·阿尔托贝利,沃伦·埃米特,弗朗西斯科·莱斯凯,斯特凡诺·古斯汀奇,埃莉亚·斯塔普卡:
ParkDB：帕金森病基因表达数据库。
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维斯瓦纳达姆·斯里达拉,阿伦·马什勒·鲍尔,斯蒂芬·布莱恩特,刘易斯·Y·吉尔:
实验衍生的进化保守翻译后修饰到多个基因组上的自动注释。

审查

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卢志勇:
PubMed及其他：搜索生物医学文献的网络工具调查。

数据库更新

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莱昂纳多·马里诺·拉米雷斯,凯文·莱文,马里奥·莫拉雷斯,张绥远,特拉维斯·莫兰德,安德烈亚斯·巴克塞瓦尼斯,大卫·兰德斯曼:
组蛋白数据库：组蛋白和组蛋白折叠蛋白的综合资源。

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