生物信息学简报，第12卷
第12卷第1期，2011年1月
被遗弃的公主 , 李玉然 , 池莉（Chih Lee） , 黄春熙 :
将mtDNA分类为单倍型群的集成学习算法。 1-9 马克·范·德维尔 
, 弗兰克·皮卡德 , 韦塞尔·范·维林根 , 鲍克·伊斯特拉 :
微阵列DNA拷贝数谱的预处理和下游分析。 10-21 莱昂·查尔斯·特兰契文 , 弗朗西斯科·博纳奇拉·卡普德维拉 , 丹妮拉·尼奇 , 巴特·德摩尔 , 帕特里克·德·考斯梅克 , 伊夫·莫劳 :
优先考虑候选基因的网络工具指南。 22-32 双鸽马 , 小松 :
癌症基因组研究中预后标记物的排名。 33-40 梅丽莎·胡比斯 , 凯瑟琳·波拉德 , 亚当·C·西佩尔 :
PHAST和RPHAST：利用空间/时间模型进行系统发育分析。 41-51 伊曼纽拉·加达列塔 , 尼古拉斯·R·莱蒙 , 克劳德·切拉拉 :
癌症数据在线资源：障碍、益处和教训。 52-63 弗朗西斯科·阿苏阿杰 :
组织生长和再生的计算离散模型。 64-77
梅德哈·巴格瓦特 , 林恩·杨 :
生物信息学。 Charlie Hodgman、Andrew French和David Westhead Instant。 78-79 张翔（音） :
蛋白质组生物信息学。 西蒙·J·哈伯德和安德鲁·R·琼斯编辑。 80-81 Seonho Kim先生 :
基于知识的生物信息学——从分析到解释。 吉尔·阿尔特罗维茨（Gil Alterovitz）和马可·拉莫尼（Marco Ramoni）编辑。 82-85
Malu Luz Calle公司 , Víctor Urrea公司 :
致编辑的信：随机森林重要性指标的稳定性。 86-89
第12卷第2期，2011年3月
阿纳利亚·卢伦索 , 索尼娅·卡内罗 , 米盖尔·罗查 , 尤格尼奥·费雷拉 , 伊莎贝尔·罗查 :
集成方面的挑战 大肠杆菌 分子生物学数据。 91-103 丹尼·巴拉什 , 亚历山大·丘尔金 :
RNA突变分析：比较RNA有害突变预测程序。 104-114 戴新宾 , 赵洪庄 , 赵学春（Patrick Xuechun Zhao） :
植物中miRNA靶点的计算分析：现状和挑战。 115-121 乔治·费伦 :
基因调控的进化——走向计算推理的道路。 122-131 西燕平 , 陈一平菲比 , 陈倩 , 王飞（音译） :
生化网络中检测相关反应集的计算方法的比较研究。 132-150 安德烈斯·平佐·贝拉斯科 , 路易斯·米格尔·罗德里格斯-罗哈斯 , 安德烈斯·冈萨雷斯 , 阿德里亚娜·伯纳尔 , 西尔维娅·雷斯特雷波 :
靶向代谢重建：一种表征植物-蛋白质相互作用的新方法。 151-162 Singaravelu Kalaimathy公司 , 拉马纳森·索德哈米尼 , 卡鲁皮亚·卡纳加拉贾杜赖 :
远距离关系下基于结构的序列比对方法的关键评估。 163-175 帕斯卡·罗伊 , 卡罗琳·特伦策 , Delphine Maucort-Boulch公司 , 托马斯·乔夫 , 尼古拉斯·莫利纳里 :
临床生物标志物发现的蛋白质质谱数据分析：全球综述。 176-186
第12卷第3期，2011年5月
Anne-Laure Boulesteix公司 :
编辑。 187-188
彼得·卡斯塔尔迪 , 伊萨·达哈布雷赫 , 约翰·P·A·约安尼迪斯 :
分子分类器验证实践的实证评估。 189-202 理查德·西蒙 , Jyothi Subramanian语 , 李明昌 , Supriya Menezes公司 :
使用交叉验证评估基于高维数据的生存风险分类器的预测准确性。 203-214 Anne-Laure Boulesteix公司 , 威利·索尔布雷 :
为临床数据及其验证增加了高通量分子数据的预测价值。 215-229 乌尔里希·曼斯曼 , 文迪·尤里诺维奇 :
微阵列数据估计基因相互作用网络的生物学特征验证：淋巴瘤MYC的个案研究。 230-244 爱德华·多尔蒂 :
基因调控网络的验证：科学和推断。 245-252 Inke R.König公司 :
遗传关联研究的验证。 253-258 约翰·汤普森 , 约翰·阿提亚 , 科塞塔·米内利 :
全基因组关联研究的荟萃分析。 259至269 亚历山大·斯塔马塔基斯 , 费尔南多·伊兹基尔多·卡拉斯科 :
系统发育学中的结果验证、代码验证和支持值计算。 270-279 致德坊 , 崔香琴 :
RNA-seq实验中的设计和验证问题。 280-287 托尔斯滕·霍特霍恩 , 弗里德里希·利什 :
再现性案例研究。 288-300
第12卷第4期，2011年7月
菲利普·桑索 , 雅各布·科勒 :
编辑：药物再利用的计算方法。 301-302 乔尔·达德利 , 塔兰吉尼·德什潘德 , 阿图·J·巴特 :
利用药物-疾病关系进行计算药物重新定位。 303-311 V.约阿希姆·哈普特 , 迈克尔·施罗德 :
新的老朋友：用结构生物信息学重新定位已知药物。 312-326 桑杰·约书亚·斯瓦米达斯 :
挖掘小分子筛以重新利用药物。 327-335 Fabrice Moriaud公司 , 斯特芬·B·理查德 , 斯图尔特·A·阿德科克 , 莱蒂蒂亚·查纳斯-马汀 , Jean-Sébastien Surgand女士 , 马鲁安·本·杰卢尔 , 弗朗索瓦·德尔法德 :
通过挖掘蛋白质数据库来确定药物重新用途的候选药物。 336-340 奎旭 , 蒂莫西·科特 :
数据库确定了FDA批准的可能用于治疗孤儿疾病的药物。 341-345 迪维亚·萨达纳 , 程朱 , 张敏璐 , 兰加·钱德拉·古迪瓦达 , 杨伦（Lun Yang） , 阿尼尔·G·杰加 :
孤儿疾病药物重新定位。 346-356 克里斯托斯·安德洛尼斯 , 教练阿努杰·沙玛 , 瓦西里斯·维维利斯 , Spyros Deftereos公司 , 阿里斯·佩西迪斯 :
药物再利用的文献挖掘、本体论和信息可视化。 357-368 克里斯汀·尼科迪默斯 :
致编辑的信：关于随机森林变量重要性测度预测因子的稳定性和排名。 369-373年
第12卷第5期，2011年9月
克里斯托夫·德斯莫斯 :
编辑：矫形学和应用。 375-376
尤金·V·库宁 :
讣闻：沃尔特·菲奇和正形学范式。 377-378
大卫·M·克里斯滕森 , 尤里·沃尔夫 , 阿卡迪·R·穆塞基安（Arcady R.Mushegian） , 尤金·V·库宁 :
基因矫正推断的计算方法。 379-391 Jean-Philippe Doyon女士 , 文森特·兰维兹 , 文森特·道宾 , 文森特·贝里 :
系统发育和解的模型、算法和程序。 392-400 科林·杜威 :
位置正畸学：将基因组进化关系置于背景中。 401-412 Kimmen Sjölander公司 , 鲁奇拉·达塔 , 沈耀庆 , 格兰特·肖夫纳 :
存在领域架构重排的正交标识。 413-422 布里吉特·博克曼 , 马克·罗宾森·里查维 , Ioannis Xenarios公司 , 克里斯托夫·德斯莫斯 :
基于参考基因树的系统发育数据库基准的概念框架和初步研究。 423-435 瓦利德·加里布 , 马克·罗宾森·里查维 :
当人类和老鼠之间的直系图发生分歧时。 436-441 詹姆·韦尔塔-塞帕斯 , 约阿金·多帕佐 , Martijn A.Huynen公司 , 托尼·加巴顿 :
基因复制后组织特异性表达的短期差异和长期保存的证据。 442-448 帕斯卡尔·高德特 , 迈克尔·S·利夫斯通 , 苏珊娜·刘易斯 , 保罗·D·托马斯 :
基因本体联盟内基于系统发育的功能注释传播。 449-462 克里斯托弗·福斯伦德 , 费比安·施赖伯 , 纳塔普·塔因托恩 , 埃里克·L·L·桑纳默 :
OrthoDisease：追踪100个物种的疾病基因同源序列。 463-473 克里斯托夫·德斯莫斯 , 行官斯特凡·佐勒 , 特丽莎·马努萨基 , 寰球 , 阿克塞尔·梅耶 , Kuraku志宏 :
检测低覆盖率基因组中分裂编码区的比较基因组学方法：嵌合体的经验教训 叶吻银鲛 （全新目，软骨鱼类）。 474至484
托马斯·施密特 , 大卫·N·墨西拿 , 费比安·施赖伯 , 埃里克·L·L·桑纳默 :
给编辑的信：SeqXML和OrthoXML：序列和正形信息标准。 485至488
克里斯蒂安·莱德格尔（Christian Ledergerber） , 克里斯托夫·德斯莫斯 :
下一代测序平台的基本呼叫。 489-497 Alan Wee-Chang Liew先生 , Ngai-Fong法律 , 洪燕 :
基因表达数据的缺失值插补：从可用信息中恢复缺失数据的计算技术。 498-513 尼古拉斯·冯·阿赫森 , 卡尔·威特沃 , 埃克哈德·施瓦茨 :
一价和二价盐校正算法 T型 米 预测-Primer3使用建议。 514-517 罗伯·杰利尔 , 杰尔·戈曼 , 克里斯蒂娜·M·赫特纳 , 马蒂恩·舒米（Martijn J.Schuemie） , 约翰·登·邓宁（Johan T.den Dunnen） , 彼得·A·C·t·霍恩 :
利用加权全局检验对基因表达数据进行文献辅助解释。 第518页至第529页 伊夫·苏凯特 , 塔鲁·德瓦 :
植物途径资源和数据库的演变和应用。 530-544
第12卷第6期，2011年11月
保罗·罗曼诺 , 罗莎尔巴·朱格诺 , 阿尔弗雷多·普维伦蒂 :
编辑。 547-548
保罗·罗曼诺 , 罗莎尔巴·朱格诺 , 阿尔弗雷多·普维伦蒂 :
生物信息学研究的工具和协作环境。 549-561 安德烈亚·斯普伦迪亚尼 , 迈克尔·甘德尔 , 乔纳森·奥斯汀 , 杜西奥·卡瓦列里 , Circo Scognamiglio公司 , 马可·布兰迪兹 :
翻译研究方面的知识共享和合作，以及DC-THERA目录。 562-575 伊斯梅尔·纳瓦斯·德尔加多 , 亚历杭德罗·雷亚·奇查罗 , 米盖尔·安吉尔·麦地那 , 弗朗西斯卡·桑切斯·吉梅内斯 , 何塞·弗朗西斯科·阿尔达纳·蒙特斯 :
社会途径注释：系统生物学代谢建模助手的扩展。 576-587 达里奥·科拉达 , 费德里卡·维蒂 , 伊万·梅雷利 , 克里斯蒂娜·巴塔利亚 , 卢西亚诺·米拉内西 :
myMIR：全基因组microRNA靶点识别和注释工具。 588-600 玛格达莱娜·罗瑟 , 克里斯蒂安·罗瑟 , 托马斯·普顿 , Janusz M.Bujnicki公司 :
用ModeRNA预测RNA三级结构。 601-613 保罗·里贝卡 , 加布里埃尔·瓦连特 :
微生物数据中序列分类的计算挑战。 614-625
亚当·萨勒科夫斯基（Adam M.Szalkowski） , 克里斯托夫·施密德 :
ChIP-seq峰值调用算法的快速创新正在超越基准测试工作。 626-633 海伦·E·洛克斯通 :
使用Affymetrix电动工具和R统计软件进行外显子阵列数据分析。 634-644 孟一军（Yijun Meng） , 邵朝刚 , 陈明（Ming Chen） :
植物中microRNA-介导的基因调控网络。 645-659 香农·L·N·梅恩 , 休·乔治·帕特顿 :
生物信息学工具，用于通过蛋白质-蛋白质交联的质谱分析来解释多亚单位蛋白质复合物的结构。 660-671 华章 , 拓章 , 柯晨 , 卡纳卡·杜尔加·凯达里塞蒂 , 马钦·米齐安蒂（Marcin J.Mizianty） , 青波宝 , Wojciech Stach公司 , 卢卡斯·库根 :
二级结构预测的高通量独立方法的关键评估。 672-688 马蒂厄·查文特 , 布鲁诺·莱维 , 迈克尔·克朗 , 凯特琳·比德蒙 , Jean-Philippe Nomine女士 , 托马斯·厄特尔 , 马克·巴登 :
GPU驱动的工具促进了分子可视化。 689-701 托马斯·克林斯特罗姆 , Dariusz Plewczynski先生 :
蛋白质相互作用和途径数据库，图形综述。 702-713 双鸽马 , 英代 :
生物信息学研究中基于主成分分析的方法。 714-722 路易斯·杜普莱西斯 , 尼夫·斯卡纳 , 克里斯托夫·德斯莫斯 :
基因本体论的内容、地点、方式和原因——生物信息学家的入门读物。 723-735
