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20.2013年欧洲MPI：西班牙马德里

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杰克·J·东加拉,哈维尔·加西亚·布拉斯,杰苏斯·卡雷特罗:
2013年9月15日至18日，第20届欧洲MPI用户小组会议，2013年欧洲MPI，西班牙马德里。 ACM公司 2013，国际标准图书编号978-1-4503-1903-4

欧洲MPI用户小组会议（EuroMPI 2013）：编程模型和新的实现技术

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  - conf/pvm/WozniakPADLWF13
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贾斯汀·沃兹尼亚克,汤姆·彼得卡,蒂莫西·G·阿姆斯特朗,詹姆斯·迪南,尤因·L·卢斯克,迈克尔·王尔德,伊恩·福斯特:
通过MPI 3.0协调数据并行任务的数据流。 1-6
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  - conf/pvm/Calderon公司CCFHB13
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亚历杭德罗·卡尔德龙,杰苏斯·卡雷特罗,费利克斯·加西亚·卡巴列拉,哈维尔·费尔南德斯,丹尼尔·希格罗,博尔贾·贝瓜:
使用新的MPI_Info和记忆功能改进MPI应用程序。 7-12
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  - conf/pvm/DinanBGMST13
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詹姆斯·迪南,巴凡·巴拉吉,大卫·古德尔,道格拉斯·米勒,史尼亚,拉杰夫·塔库尔:
通过灵活的通信端点实现MPI互操作性。 13-18
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蒂莫·施奈德,弗雷德里克·克约尔斯塔德,托尔斯滕·霍夫勒:
使用运行时编译进行MPI数据类型处理。 19-24
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丹尼尔·霍姆斯,斯蒂芬·布思:
McMPI：纯C#中的托管代码MPI库。 25-30

欧洲MPI用户小组会议（EuroMPI 2013）：I/O和内存管理

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  - conf/pvm/VenkatesanASG13公司
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维什瓦纳斯·文凯特桑,拉基·阿南德,Jaspal Subhlok公司,埃德加·加布里埃尔:
优化了用于集体I/O操作的进程布局。 31-36
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  - conf/pvm/SehrishSLCS13
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萨巴·塞里什,承佑子,廖维坑,Alok N.Choudhary公司,凯伦·舒查特:
通过管道化请求聚合和文件访问来提高集体I/O性能。 37-42
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朱迪卡尔·佐姆梅沃,Dries Kimpe公司,罗伯特·B·罗斯,艾哈迈德·阿夫萨希:
在高性能计算服务中使用MPI。 43-48
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克里斯蒂·西梅尼杜,波利维奥斯·普拉蒂卡基斯,安吉洛斯·比拉斯,迪米特里奥斯·尼科洛普洛斯:
DRASync：基于区域的分布式内存分配和同步。 49-54

欧洲MPI用户小组会议（EuroMPI 2013）：基准测试和性能分析

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  - conf/pvm/HassaniSB13
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阿明·哈萨尼,安东尼·斯凯勒姆,罗恩·布赖特威尔,布莱恩·巴雷特:
门户4.0上MPI 3.0的设计、实施和性能评估。 55-60
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  - conf/pvm/PenaCDBTG13
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安东尼奥·佩尼亚,拉尔夫·科雷亚·卡瓦略,詹姆斯·迪南,巴凡·巴拉吉,拉杰夫·塔库尔,威廉·格罗普:
Gemini网络上拓扑相关MPI性能分析。 61-66
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布莱恩·巴雷特,西蒙·哈蒙德,罗恩·布赖特威尔,K·斯科特·赫默特:
混合核心处理器对MPI消息速率的影响。 67-71
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马克·安德烈·赫尔曼斯,曼弗雷德·米克罗什,大卫·伯姆,菲利克斯·沃尔夫:
了解使用单边通信的应用程序中等待状态的形成。 73-78

欧洲MPI用户小组会议（EuroMPI 2013）：网络和通信协议

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Masayuki Hatanaka公司,Atsushi Hori公司,石川裕隆:
MPI持久通信的优化。 79-84
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高木正明,中村由一,Atsushi Hori公司,巴拉兹·杰罗菲,石川裕隆:
在可使用RDMA的主机通道适配器和多核处理器的上下文中重新查看集合协议。 85-90
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李明哲,斯雷拉姆·波特鲁里,哈立德·哈米杜切,吉辛·何塞,Dhabaleswar K.熊猫:
使用InfiniBand原子的高效、真正被动的MPI-3 RMA。 91-96

欧洲MPI用户小组会议（EuroMPI 2013）：算法和优化

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萨米尔·库马尔,丹尼尔·法拉杰:
蓝色Gene/Q超级计算机上MPI_Allreduce的优化。 97-103
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米切尔·霍夫曼,古杜拉·伦格:
用于与MPI进行对称全对全交换的就地算法。 105-110
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穆罕默德·迈赫迪·迪乌里,奥利维尔·格吕克,Jean-Christophe Mignot女士,劳伦·莱夫维尔（Laurent Lefèvre）:
大规模HPC系统中MPI广播算法的能量估计。 111-116

欧洲MPI用户小组会议（EuroMPI 2013）：痕迹分析和验证

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  - conf/pvm/SaillardCB13
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艾曼纽尔·塞拉德,帕特里克·卡里鲍特,丹尼斯·巴托:
结合MPI集体通信的静态和动态验证。 117-122
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迈克尔·瓦格纳,Jens Doleschal公司,沃尔夫冈·纳格尔,安德烈亚斯·克努普费尔:
未完成MPI事件跟踪的准确通信分析的运行时消息未确定。 123-128
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  - conf/pvm/HilbrichSHMSN13
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托比亚斯·希尔布里奇,布朗尼斯·德苏宾斯基,费比安·哈塞尔,马蒂亚斯·穆勒,马丁·舒尔茨,沃尔夫冈·纳格尔:
使用基于树的覆盖网络进行运行时MPI集体检查。 129-134

欧洲MPI用户小组会议（EuroMPI 2013）：壁报展示

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Daiki Fukudome公司,Toshiya Takami先生:
科学应用的并行bucket-brigade通信接口。 135-136
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休伯特·里兹多夫:
在MVAPICH中首次使用非阻塞集合进行观察。 137-138
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弗朗西斯科·罗德里戈·杜罗,哈维尔·加西亚·布拉斯,杰苏斯·卡雷特罗:
用于大规模系统的基于分布式内存的分层并行存储系统。 139-140
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奥斯卡·韦嘉-吉斯伯特,何塞·E·罗曼,Siegmar Groß,杰弗里·斯奎尔斯:
在开放MPI中实现Java绑定的可用性。 141-142
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胡安·安东尼奥·里科·加列戈,胡安·卡洛斯·迪亚斯·马汀:
关于集体算法中并发传输的性能。 143-144
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  - conf/pvm/PimentaCS13
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  - https://dblp.org/rec/conf/pvm/PimentaC13
安东尼奥·皮门塔,爱德华多·塞萨尔,安娜·西科拉:
MPI应用程序自动调整的方法。 145-146
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  - conf/pvm/岛崎MS13
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  - https://dblp.org/rec/conf/pvm/ShimosakaMS13
下坂武诺,Hitoshi Murai先生,佐藤三久:
MPMD模型的多组MPI进程之间的通信库。 147-148
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  - conf/pvm/SumimotoOAAAM13型
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  - https://dblp.org/rec/conf/pvm/SumimotoOAAAM13
铃本信治,冈本孝幸,秋本秀吉,Tomoya Adachi先生,Ajima一郎,三浦研一:
使用DMATP-MPI对MPI库进行动态内存使用分析。 149-150

关于改进MPI用户和开发人员交互（IMUDI）的特别会议

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  - conf/pvm/GrahamGK13型
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  - https://dblp.org/rec/conf/pvm/GrahamGK13
杰森·格雷厄姆,爱德华·吉维尔伯格,卡林·卡诺夫:
使用MPI-DB通过HPC模拟运行时创建湍流通道流量数据库。 151-156
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  - conf/pvm/MichaelsenPG13
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  - https://dblp.org/rec/conf/pvm/MichaelsenPG13
巴勃罗·莫斯克拉·迈克尔森,巴拉兹·普里茨,马丁·加比:
通过耦合现有代码实现的流体-结构交互工具。 157-162
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  - conf/pvm/Hursey公司13
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  - https://dblp.org/rec/conf/pvm/HurseyS13
约书亚·赫西,杰弗里·斯奎尔斯:
推进应用程序进程亲和力实验：打开MPI基于LAMA的亲和力接口。 163-168

生物信息学平行性国际研讨会（PBio）：生物信息学中的硬件加速器

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  - conf/pvm/NowakBSK13
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法比安·诺瓦克,迈克尔·布朗伯格,马丁·辛德沃尔夫,沃尔夫冈·卡尔:
输送HC-1上的多平行预过滤，用于支持同源性检测。 169-174
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  - conf/pvm/GarciaIBPT13
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卡洛斯·加西亚,弗朗西斯科·D·伊瓜尔,吉列尔莫肉毒杆菌,曼努埃尔·普列托,弗朗西斯科·蒂拉多:
低功耗架构上的非负矩阵分解：一项比较研究。 175-178
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  - conf/pvm/DiasG13
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塞尔吉奥·迪亚斯,阿贝尔·若昂·帕德朗·戈麦斯:
在多个GPU上三角化分子表面。 181-186
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  - conf/pvm/Valero-Lara13
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  - https://dblp.org/rec/conf/pvm/Valero-Lara13
佩德罗·瓦莱罗·拉拉:
一种用于加速脑生物医学图像三维变形配准（DARTEL）的GPU方法。 187-192

生物信息学平行性国际研讨会（PBio）：生物信息学中的MPI实现

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  - conf/pvm/桑坦德-吉梅内兹V13
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  - https://dblp.org/rec/conf/pvm/Santander-JimenezV13网站
塞尔吉奥·桑坦德-吉梅内斯,米盖尔·维加·罗德里格斯:
使用MPI/OpenMP混合方案将多目标群体智能方法并行化到系统发育学中。 193-198
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马可·费雷蒂,米尔托·穆西:
蛋白质二级结构的整体模体搜索：一项并行化研究。 199-204
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  - conf/pvm/MartinSMC13
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冈萨洛·马汀,大卫·E·辛格,玛丽亚·克里斯蒂娜V.马林内斯库,杰苏斯·卡雷特罗:
在EpiGraph中模拟流感空间传播的并行算法。 205-210
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  - conf/pvm/CominF13
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马泰奥·科明,蒙特斯·法雷拉斯:
高效并行构建大于主内存的基因组后缀树。 211-216
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弗朗西斯科·哈维尔·加西亚·布拉斯,弗洛琳·伊莎拉,莫尼卡·阿贝拉,杰苏斯·卡雷特罗,埃内斯托·利里亚,曼纽尔·德斯科:
基于MPI和CUDA的X射线层析重建算法的并行实现。 217-222

生物信息学平行性国际研讨会（PBio）：生物信息学中的多核计算

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大卫·L·冈萨雷斯-阿尔瓦雷斯,米盖尔·维加·罗德里格斯:
用于识别顺式调控元件的混合多目标微分进化的并行化。 223-228
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Elmar Peise公司,迭戈·法布雷特-旅行者,尤里·奥琴科,保罗·比伦蒂内西:
大规模全基因组关联分析算法。 229-234
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赫克特·马丁内斯,约阿金·塔拉加,伊格纳西奥·麦地那,塞尔吉奥·巴拉奇纳,玛丽贝尔·卡斯蒂略,约阿金·多帕佐,恩里克·金塔纳·奥尔蒂:
在多核处理器上进行RNA测序的动态管道。 235-240
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米盖尔·科英布拉,弗朗西斯科·费尔南德斯,路易斯·鲁索,安娜·T·弗里塔斯:
焦磷酸测序读数的并行高效对准器。 241-246
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伊万·泰西多,阿纳贝尔·尤西,约塞普·莱里达,弗朗西斯科·索尔索纳,科马斯,内斯托尔·托里斯,希伦·卡拉提亚,鲁伊·阿尔维斯:
P-Biblio-MetReS，用于重建分子网络的并行数据挖掘工具。 247-252

生物信息学平行性国际研讨会（PBio）：生物信息学中的并行工具及其应用

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罗曼·瓦瑟尔,圣埃芬妮·波德,路易斯·安吉洛·斯特芬尔,泽维尔·维古鲁,劳伦特·马蒂尼,米夏埃尔·克拉耶基,曼努埃尔·道切斯:
反向对接方法的并行策略。 253-258
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Miquel Orobitg公司,乔迪·拉多斯,费尔南多·吉拉多,费尔南多·科尔斯,塞德里克·诺特雷达姆:
基于一致性的多序列比对工具的可扩展性和准确性改进。 259-264
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艾哈迈德·萨拉赫,李垦利:
具有通用内置工作流的数据分解中间件工具。 265-269
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阿皮吉奥·贝泽拉,波菲迪奥·埃尔南德斯,安东尼奥·埃斯皮诺萨,胡安·卡洛斯·穆尔:
用于优化Hadoop集群中数据位置的作业调度。 271-276
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弗朗索瓦·莫里斯,多米尼克·拉文尼尔:
密集生物信息学工作流中的无缝粗粒度并行集成。 277-282

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