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第14届ISMB 2006：巴西福塔莱萨（生物信息学增补）

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《2006年第14届分子生物学智能系统国际会议论文集》，巴西福塔莱萨，2006年8月6日至10日。 2006
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菲利普·伯恩,瑟伦·布鲁纳克:
ISMB 2006。 1-2
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ISMB 2006组织。 3-7

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安德烈·阿列克谢延科,伊维卡·塔马斯,刘刚（Gang Liu）,埃里克·L·L·桑纳默:
由多个蛋白质组共享的直系和非直系的自动聚类。 9-15
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虹膜天线,雪莉·W.I.萧,托马斯·伦高:
DynaPred：一种基于结构和序列的方法，用于预测MHC I类结合肽序列和构象。 16-24
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清子F.Aoki-Kinoshita,上田信久,Mamitsuka宏,Minoru Kanehisa公司:
ProfilePSTMM：捕获碳水化合物糖链中的树结构基序。 25-34
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织物防弹衣,塞巴斯蒂安·莫雷蒂,弗拉基米尔·凯杜斯,塞德里克·诺特雷达姆:
iRMSD：使用结构信息对序列比对精度进行局部测量。 35-39
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西塔拉姆·阿苏尔,皮查·拉曼,马修·埃里克·奥蒂,斯里尼瓦桑Parthasarathy:
基于模型的膜蛋白结晶试验挖掘方法。 40-48
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卡斯滕·博格沃德,亚瑟·格雷顿,马尔特·拉什,汉斯·佩特·克里格尔,伯恩哈德·舍尔科夫,亚历山大·斯莫拉:
利用核最大均值差异整合结构化生物数据。第49页至第57页
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乔瓦尼·博特戈尼,沃尔特·罗基亚,毛里齐奥·雷卡纳蒂尼,安德烈亚·卡瓦利:
AClAP，基于自治层次凝聚聚类分析的协议，用于划分构象数据集。 58-65
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帕特里克·布雷克,罗伯特·霍恩多夫,弗兰克·勒贝,约翰·维萨吉,海因里希·赫雷,珍妮特·凯尔索:
顶级功能本体及其在开放生物医学本体中的应用。 66岁至73岁
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布鲁诺·孔特雷拉斯·莫雷拉,胡里奥·科拉多·维德斯:
DNA结合蛋白的比较足迹。 74-80
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弗兰克·迪马约,裘德·沙夫利克,乔治·菲利普斯:
电子密度图中蛋白质骨架追踪的概率方法。 81-89
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Chuong B.Do公司,丹尼尔·伍兹,塞拉菲姆·巴佐格鲁:
CONTRAfold：无物理模型的RNA二级结构预测。 90-98
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蒂莫西·M·D·埃贝尔,伯纳德·巴克斯顿,大卫·T·琼斯:
春季景观：使用spring嵌入和“信息景观”可视化微阵列和上下文生物信息数据。 99-107
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埃琳娜·J·埃德尔曼,亚历山德罗·波雷洛,贾斯汀·吉尼,巴拉·巴拉库马拉,安德烈亚·比尔德,菲利普·费博,萨扬·穆克吉:
样本集富集分数分析：分析基因组表达谱中单个样本的基因集富集。 122-116
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洛根·埃弗雷特,王立三,Sridhar Hannenhalli公司:
通过随机搜索进行密集子图计算：用于检测转录模块。 117-123
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阿德里安·福雷,Aurélien Naldi女士,克劳迪娜·朝伊亚,丹尼斯·蒂夫里:
用于控制哺乳动物细胞周期的通用布尔模型的动态分析。 124至131
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伯恩德·菲舍尔,乔纳斯·格罗斯曼,裁判委员会主席罗斯,威廉·格鲁伊斯姆,萨沙·巴金斯基,约阿希姆·M·布曼:
差异蛋白质组学的半监督LC/MS比对。 132-140
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巴雷特·福亚特,亚历山大·莫罗佐夫,哈门·J·巴斯梅克:
利用MatrixREDUCE对全基因组转录因子占用数据进行统计力学建模。 141-149年
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尤金·弗拉特金,布莱恩·诺顿,道格拉斯·L·布鲁特拉格,塞拉菲姆·巴佐格鲁:
MotifCut：用最大密度子图寻找调控基序。 156-157
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Hendrik Fuß,沃纳·杜比茨基,C.斯蒂芬·唐斯,玛丽·乔·库思:
有丝分裂时Src激活的双稳态开关和兴奋行为。 164-165
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本杰明·格奥尔基,亚历山大·施利普:
位置权重矩阵的上下文独立混合建模。 166-173
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伊夫林·乔治耶夫,Ryan H.Lilien,布鲁斯·兰德尔·唐纳德:
改进的剪枝算法和死端消除的分治策略，应用于蛋白质设计。 174-183
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奥利维尔·格瓦尔特,弗兰克·德·斯米特,德克·蒂默曼,伊夫·莫劳,巴特·德摩尔:
通过将临床和微阵列数据与贝叶斯网络相结合来预测乳腺癌的预后。 184-190
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埃里克·格兰塞斯,哈坎·维克隆德,阿恩·埃洛夫森:
ZPRED：预测α-螺旋膜蛋白中残留物到膜中心的距离。 191-196
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贾娜·赫特尔,彼得·F·斯塔德勒:
干草堆中的发夹：识别比较基因组数据中的microRNA前体。 197-202
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法比安·佩·华德,夏洛特·迪恩,格雷厄姆·R·伍德:
在动力学控制下模拟蛋白质的顺序折叠。 203-210
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李惠贤,哈吉特·沙特凯:
BNTagger：使用贝叶斯网络改进标记SNP选择。 211-219
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张贤哲,Jaesoo Lim公司,Joon Ho Lim公司,Soo-Jun公园,李圭哲,Seon-Hee公园:
从PubMed摘要中寻找蛋白质-蛋白质相互作用的证据。 234-226
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内博伊萨·朱季奇,曼努埃尔·雷耶斯·戈麦斯,戴维·赫克曼,卡尔·迈尔斯·卡迪,奥拉·舒勒·弗曼:
学习MHC I肽结合。 227-235
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  - conf/ismb/JonesP06
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尼尔·C·琼斯,帕维尔·A·佩夫兹纳:
比较基因组学揭示了哺乳动物基因组中异常长的基序。 236至242
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  - conf/ismb/KarakocCS06
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埃姆雷·卡拉科奇,阿尔特姆·切尔卡索夫,Süleyman Cenk Sahinalp女士:
基于距离的生物小分子分类和结构相似性搜索算法。 243-251
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  - conf/ismb/KhatibWR06
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菲拉斯·哈提卜,马修·威拉赫（Matthew T.Weirauch）,卡罗尔·罗尔:
快速节点检测及其在蛋白质结构预测中的应用。 258-259
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穆斯塔法·基拉克,古特金·佐索格鲁,Jiong Yang（杨炯）:
通过挖掘蛋白质相互作用网络注释蛋白质。 260-270
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  - conf/ismb/KohTCHT06
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杰弗里·科,休伊·弗恩·卡罗尔·滕,玛丽·维罗妮克·克莱门特,行政总裁许立庆,P.S.Thiagarajan先生:
通路建模中参数估计的分解方法：Akt和MAPK通路及其串扰的案例研究。 271-280
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  - conf/ismb/KrauseDBEPRMS06
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卢茨·克劳斯,纳里塔扎·迪亚兹,丹尼尔·巴特尔斯,罗伯特·爱德华兹,阿尔弗雷德·普勒,森林流浪汉,福克·梅耶,延斯·斯托伊:
在从环境中分离出来的细菌群落中发现新基因。 281-289
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  - conf/ismb/LassoAM06
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高尔卡·拉索,约翰·安东尼,乔纳森·马林斯:
预测膜浸渍（再进入）回路的组合模式发现方法。 290-297
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  - conf/ismb/LinMX06
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林天浩,尤金·迈尔斯,埃里克·P·星:
解读大规模灾难中的匿名DNA样本-使用遗传标记进行概率法医推断。 298-306
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  - conf/ismb/LiuYSXC06
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刘春梅,伯燕,宋英磊,应旭,蔡黎明:
基于肽序列标签的点过程模型翻译后修饰的盲识别。 307至313
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永鲁,罗纳德·罗森菲尔德,齐夫·巴尔·约瑟夫:
通过结合序列同源性和表达数据来识别循环基因。 314-322
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丹尼尔·L·梅斯,Jiyoung Lee（李继英）,理查德·特威格,朱丽叶·科利纳斯,菲利普·本菲,乌韦·奥勒:
拟南芥图像中转录因子表达的定量。 323-331
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鲁马·马戈里·科恩,约拉姆·卢佐,史蒂文·克莱恩斯坦:
使用谱系树上的图论度量从DNA序列数据中获得的突变参数。 332-340
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丹尼斯·Y·F·马克,叶夫根尼·盖尔芬德,加里·本森:
索引种子以进行同源搜索。 341-349年
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托拜厄斯·曼恩,威廉·斯塔福德·诺布尔:
序列数据库中DNA杂交伙伴的有效识别。 350-358
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维克托·马科维茨,娜塔莉亚·伊万诺娃,克里希纳·帕拉尼亚潘,欧内斯特·泽托,弗兰克·科泽涅夫斯基,阿萨纳西奥斯·利基迪斯,伊恩·安德森,康斯坦蒂诺斯·马夫罗马蒂斯,维克托·库宁,Héctor García Martín,Inna Dubchak酒店,菲利普·胡根霍尔茨,Nikos Kyrpides公司:
实验宏基因组数据管理和分析系统。 359-367
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乔·梅勒,查尔斯·德利西:
连接基因表达和顺式-主题内容。 368-374
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何塞·C·纳彻,Jean-Marc施瓦茨,Minoru Kanehisa公司,阿克苏Tatsuya Akutsu:
识别由环境信号诱导的代谢单位。 375-383
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利拉瓦蒂·纳利卡尔,罗卢卡·戈丹,乌韦·奥勒,亚历山大·哈丁克:
基于转录因子结构类改进的信息先验从头开始基序发现。 384至392
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帕特里克·吴,尼兰扬·纳加拉扬,尼尔·琼斯,乌里·凯奇:
苹果对苹果：改进主题搜索器的性能及其在《暮色地带》中的重要性分析。 393-401
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亚奈·奥夫兰,盖伊·亚奇达夫,埃亚尔·莫泽斯,宋大森,拉杰什·奈尔,Burkhard罗斯特:
通过单个蛋白质的分子特征创建和评估蛋白质网络。 402-407
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安德烈亚·皮尔利奥尼,Luigi Martelli码头,皮耶罗·法里塞利,丽塔·卡萨迪奥:
BaCelLo：平衡亚细胞定位预测因子。 415-416
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袁（艾伦）齐,Patrycja E.Missiuro公司,阿什什·卡普尔,克雷格·P·亨特,托米·贾科拉,大卫·K·吉福德,慧阁:
血统特异性发育的基因表达谱半监督分析秀丽隐杆线虫胚胎。 417-423
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亚历山大·施利普,斯文·拉赫曼:
解码由系统发育树关联的靶点的非唯一寡核苷酸杂交实验。 424-430
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索赫拉布·P·沙阿,向轩,罗纳德·德列乌,Mehrnoush Khojasteh公司,万·林,雷蒙德·T.Ng,凯文·墨菲:
使用稳健HMM将拷贝数多态性整合到阵列CGH分析中。 431-439
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鲍里斯·沙克诺维奇:
重复物分子进化中结构可设计性和功能多样性的相对贡献。 440-445
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哈吉特·沙特凯,陈纳伟（Nawei Chen）,多萝西娅·布洛斯坦:
将图像数据集成到生物医学文本分类中。 446-453
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索拉巴·辛哈:
在计算序列中的位置权重矩阵匹配时，应用于识别基序。 454-463
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拉里萨·索尔达托娃,阿曼达·克莱尔,安德鲁·斯帕克斯,罗斯·D·金:
机器人科学家的本体论。 464-471
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索伦·松嫩堡,亚历山大·齐恩,Gunnar Rätsch公司:
ARTS：准确识别转录始于人类。 472-480
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海旭汤,兰迪·J·阿诺德,佩德罗·阿尔维斯,知音训,大卫·E·克莱默,米洛斯·诺沃特尼,詹姆斯·雷利,Predrag Radivojac公司:
使用预测的肽检测能力实现无标签蛋白质定量的计算方法。 481-488
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涂之洞,李旺,米歇尔·阿贝特曼,陈婷（Ting Chen）,孙凤珠:
因果基因识别和基因调控途径推断的综合方法。 489-496
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维奈·瓦拉丹,大卫·M·米勒三世,迪米特里斯·阿纳斯塔西奥:
神经突触连接的分子逻辑计算推断秀丽线虫. 497-506
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罗伊·瓦沙夫斯基,阿萨夫·戈特利卜,米查尔·利尼尔,大卫·霍恩:
生物数据的新型无监督特征滤波。 507-513
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拉维·维贾亚·萨提亚,阿马尔·穆克吉,加布里埃拉·亚历克斯,拉克米·帕里达,吉安·巴诺特:
构建具有多个同源性事件的近完美系统发育。 514-522
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王平浪,戴满红,魏建轩,理查德·麦克阿钦,安妮·U·杰克逊,劳拉·斯科特,布莱恩·D·阿西,斯坦利·沃森,范萌:
SNP功能门户：用于探索SNP等位基因的功能含义的网络数据库。 523-529
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凯蒂·沃尔斯腾克罗夫特,菲利普·W·洛德,利迪亚·塔伯内罗,安迪·布拉斯,史蒂文斯:
使用本体分类进行蛋白质分类。 530-538
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尼尔·约瑟夫,阿隆·考夫曼,伊坦·鲁宾:
从多扰动数据推断功能通路。 539-546
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洪宇,李明秀（Minsuk Lee）:
从抽象句子中访问生物科学图像。 547-556
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张绍杰,伊利亚·博罗沃克,亚尔·阿哈罗诺维茨,罗德·沙兰,维尼特·巴夫纳:
一种基于序列的非编码RNA筛选方法及其在寻找核糖开关元件中的应用。 557-565

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