ICBO 2011:美国纽约州布法罗
奥利维尔·博登瑞德 , 玛丽安·E·马顿 , 阿兰·拉特伯格 :
2011年7月26日至30日在美国纽约州布法罗举行的第二届国际生物医学本体论会议记录。 CEUR研讨会记录 833, CEUR-WS.org公司 2012
ICBO演示
Catia Pesquita公司 , 弗朗西斯科·库托 :
GO的发展方向及其对本体扩展的意义。 特伦斯·F·米恩 , 克里斯托弗·蒙格尔 , 亚历山大·迪尔 :
修改细胞本体。 赵鹏 , 托马斯·阿达穆萨克 , 海伦·E·帕金森 , 詹姆斯·马龙 :
Coriell细胞系本体的快速发展。 Sirarat Sarntivijai公司 , 左双香 , 特伦斯·F·米恩 , 亚历山大·迪尔 , 乌玛·范帕蒂 , 斯蒂芬·舒勒 , 赵鹏 , 詹姆斯·马龙 , 海伦·E·帕金森 , 布莱恩·D·阿西 , 何永群 :
细胞系本体论:重新设计细胞系知识库,以帮助整合翻译信息学。 于林 , 左双香 , 何永群 :
面向语义Web应用程序:本体驱动的正交聚类分析。 丹尼尔·库克 , 米查尔·加尔季基奇 , 麦克斯韦尔·刘易斯·尼尔 , 小何塞·L·V·梅吉诺。 , 约翰·根纳里 :
心脏循环:基于生物学物理本体的心脏循环过程本体。 塔里克·阿卜杜拉 , 瑞安·A·伊姆斯 , Jean-Marc Schleich公司 , 罗恩·萨默斯 :
心脏发育综合注释。 格温·A·弗里什科夫 , 罗伯特·M·弗兰克 , Paea LePendu公司 :
基于本体论的事件相关电位分析。 沟口利一郎 , 小崎口二 , Hiroko Kou先生 , 山形由纪 , 木井武史 , Kayo Waki公司 , Kazuhiko Ohe先生 :
疾病的河流流动模型。 詹娜·黑斯廷斯 , 沃纳·切斯特斯 , 巴瑞·史密斯 , 凯文·穆利根 :
情绪本体论中的倾向和过程。 Hiroshi Masuya先生 , 乔治奥斯·格库托斯 , 田中信彦 , Kazunori Waki公司 , 大田义弘 , Tatsuya Kushida公司 , 诺里奥·小林 , Koji Doi公司 , 小崎口二 , 罗伯特·霍恩多夫 , Shigeharu Wakana公司 , 丰田章男 , 沟口利一郎 :
生物测量数据集成的高级策略。 亚历山大·加西亚·卡斯特罗 , 奥尔加·L·吉拉尔多 , 莱拉·加西亚 :
使用本体对实验记录进行注释。 杰正 , 奥马尔·夏布 , 小克里斯蒂安·J·斯托克特。 :
EuPathDB的本体驱动数据收集。 卡洛·托尼艾 , 马修·H·布鲁斯 , 尼科尔·瓦西列夫斯基 , 埃里克·塞格德尔 , 梅兰妮·威尔逊 , 特妮尔·约翰逊 , 凯伦·科迪 , 克里斯·沙弗 , 梅丽莎·海德尔 :
开发生物医学资源注释和检索的应用本体:挑战和经验教训。 Anika Groß , 迈克尔·哈顿 , 托拉夫·克里斯滕 , 埃哈德·拉姆 :
用于匹配大型生命科学本体的映射合成。 乔·迪·费雷拉 , 弗朗西斯科·库托 :
生物医学本体的通用语义相关性度量。 瓦莱丽·克罗斯 , 科斯敏·斯特罗 , 胡雪恒 , Pramit Silwal公司 , 玛丽亚姆·帕纳希亚扎 , 伊莎贝尔·F·克鲁兹 , 普里蒂·帕里克 , 阿米特·谢斯(Amit P.Sheth) :
使用AgreementMaker协调寄生虫实验本体和生物医学调查本体。 蒋国谦 , 哈罗德·索尔布里格 , 罗伯特·J·G·查尔默斯 , 肯特·斯帕克曼 , 艾伦·L·雷克托 , 克里斯托弗·G·丘特 :
从SNOMED CT中提取ICD-11解剖值集的案例研究。 Jobst Landgrebe公司 , 巴瑞·史密斯 :
HL7语义互操作性方法。 威廉·R·霍根 , 斯威莎·加里马拉 , Shariq A.塔里克 :
代表人口数据背后的现实。 丹尼尔·卡尔森 , 马丁·贝泽尔 , 斯特凡·舒尔茨 :
用于表示电子健康记录的信息模型和本体论。 吕克·施耐德 , 马蒂亚斯·布罗赫豪森 :
慢性本体套件:方法和设计原则。 帕特里斯·赛义德 , 斯图亚特·夏皮罗 :
应用刚性标准化海外建筑运营管理局铸造候选实体。 斯特凡·舒尔茨 , 马蒂亚斯·布罗赫豪森 , 罗伯特·霍恩多夫 :
希格斯玻色子、火星任务和独角兽错觉:如何处理科学本体论中可疑的参考术语。 杰米·麦库斯克 , 乔安娜·卢西亚诺 , 黛博拉·麦吉尼斯 :
面向概念建模的本体。 詹娜·黑斯廷斯 , 科林·巴切勒 , 费边·纽豪斯 , 克里斯托夫·斯坦贝克 :
“关于”链接中有什么? 化学图与信息人工物本体。 乌玛·范帕蒂 , 乌博Visser , 萨明达·阿贝鲁万 , 樱井坤(Kunie Sakurai) , Magdalena Przydzial公司 , 凯蒂·钟 , 罗宾·史密斯 , 阿马尔·科莱蒂 , 克里斯托弗·麦德 , 万斯·P·莱蒙 , 斯蒂芬·舒勒 :
描述高通量筛选分析及其结果的生物分析本体。 奇姆齐·奥格布吉 :
基于计算机的病历系统的框架本体。
海报纸和摘要
毛里西奥·巴切洛斯·阿尔梅达 , 安娜·巴巴拉·德·弗雷塔斯·卡内罗·普罗埃蒂 , 基耶艾 , 巴瑞·史密斯 :
血液本体:血液学领域的本体。 詹姆斯·巴尔霍夫 , 瓦西拉·达杜尔 , 希尔马尔·拉普 , 彼得·米德福德 , 托德·J·Vision , 蒙特·韦斯特菲尔德 , 保拉·马比 :
在Phenoscape知识库中使用推理。 苏珊·M·贝洛 , 艾伦·彼得·戴维斯 , 托马斯·C·威格斯 , 玛丽·多兰 , 辛西娅·史密斯 , 乔尔·理查德森 , 朱迪思·A·布莱克 , 卡罗琳·马丁利 , 贾南·T·埃皮格 :
等待强大的疾病本体:OMIM和MeSH的合并作为一种实用的临时解决方案。 马修·H·布鲁斯 , 尼科尔·瓦西列夫斯基 , 卡洛·托尼艾 , 特妮尔·约翰逊 , 克里斯·沙弗 , 梅丽莎·海德尔 :
在海外建筑运营管理局铸造框架内开发试剂应用本体。 马库斯·奇布科斯 , 阿德里安·兹韦费尔 , 黛博拉·西格尔 , 彼得·尤兹 , 米歇尔·吉利奥 , 詹姆斯·C·胡 :
微生物表型本体(OMP):基于多个外部本体交叉积的预合成本体,用于指导微生物表型注释。 梅拉妮·考特 , 瑞安·雷米·布林克曼 :
走向不良事件报告本体。 费迪南·德霍布雷斯 , 皮埃尔·伊夫·范登布西奇 , 安娜·拉思 , 马克·哈诺尔 , 安妮·奥利 , 布鲁诺·乌尔贝罗 , 雷米巧克力 , 让·查莱特 :
OntoOrpha:支持ORPHANET中罕见疾病知识的编辑和审核的本体。 沙希姆·埃萨德 :
胃肠内窥镜的本体论。 柴塔尼亚·古图拉 , 阿洛克·达马纳斯卡 , 王瑞(Rui Wang) , 约翰·米勒 , 杰西卡·基辛格 , 杰正 , 小克里斯蒂安·J·斯托克特。 :
丰富生物医学调查(OBI)的本体以提高其对Web服务注释的适用性。 詹娜·黑斯廷斯 , 保拉·德·马托斯 , 阿德里亚诺·德克尔 , 马库斯·埃尼斯 , 肯尼思·豪格 , 扎拉·约瑟夫斯 , 加雷思·欧文 , 史蒂夫·特纳 , 克里斯托夫·斯坦贝克 :
ChEBI本体的最新发展。 威廉·R·霍根 , 斯威莎·加里马拉 , Shariq A.塔里克 , 沃纳·切斯特斯 :
在参考跟踪系统中表示本地标识符。 米哈伊尔·莱文 , 阿兰·拉特伯格 , 安娜·玛丽亚·马斯奇 , 林赛·G·考威尔 :
owl_cpp ,一个用于处理OWL本体的C++库。 特伦斯·F·米恩 , 克里斯托弗·蒙格尔 , 朱迪思·A·布莱克 , 亚历山大·迪尔 :
通过基因表达分析推断的免疫细胞类型的基因本体特征。 斯特拉·米切尔 , 卡洛·托尼艾 , 布赖恩·洛 , 乔恩·科森·里克特 , 梅兰妮·威尔逊 , 曼苏尔·艾哈迈德 , 陈珊珊 , 英定 , 尼古拉斯·雷杰克 , 梅丽莎·海德尔 :
调整研究资源和研究人员表示:eagle-i和VIVO用例。 克里斯·蒙格尔 , 大卫·安德森 , 安妮塔·班德罗斯基 , Brian A.加拿大 , 安德鲁·查特·阿里亚蒙特里 , 基思·C·程 , P.迈克尔·康恩 , 卡拉·多林斯基 , 马克·埃利斯曼 , 贾南·T·埃皮格 , 杰弗里·格雷特 , 约瑟夫·凯姆尼茨 , 肖恩·亚多纳托 , 斯蒂芬·D·拉尔森 , 查尔斯·马格内斯 , 玛丽安·E·马顿 , 迈克·泰尔斯 , 卡洛·托尼艾 , 奥尔加·G.特洛伊恩斯卡亚 , 朱迪思·特纳 , 蒙特·韦斯特菲尔德 , 梅丽莎·海德尔 :
基于本体论的方法,将模型生物和资源与人类疾病联系起来。 乔蒂什曼·巴萨克 , 肖恩·P·墨菲 , 布莱恩·威廉特 , 希拉尔·克雷默斯 , 克里斯托弗·G·丘特 , 芭芭拉·P·哈恩 , 沃尔特·罗卡 :
在罗切斯特流行病学项目中使用RxNorm从电子健康记录中提取药物数据。 萨蒂亚·桑科特·萨胡 :
生物医药起源本体论的渴求。 帕特里斯·赛义德 , 约翰·帕切科 , 安德鲁·戈尔登克兰兹 , 维奈·K·乔德里 :
建模问题和解决方案:从生物学教科书构建分类法。 皮埃尔·伊夫·范登布西奇 , 费迪南·德霍布雷斯 , 西尔维·科尔蒙特 , 让·查莱特 , 埃里克·勒佩奇 :
生物医学分析:基于OWL模型的版本。 左双香 , 克里斯·蒙格尔 , 阿兰·拉特伯格 , 何永群 :
Ontobe:一个用于本体术语的链接数据服务器和浏览器。
软件演示
塞西莉亚·阿里吉 , 达伦·纳塔莱 , 朱迪思·A·布莱克 , 卡罗尔·巴尔特 , 迈克尔·考迪 , 亚历山大·迪尔 , 哈罗德·德拉布金 , 彼得·德尤斯塔奇 , 阿列克谢·埃夫西科夫 , 黄洪展 , 娜塔莉亚·罗伯茨 , 阿兰·拉特伯格 , 巴瑞·史密斯 , 张健(Jian Zhang) , 凯西·H·吴 :
生物医学知识的蛋白质中心联系:蛋白质本体(PRO)研究和注释工具。 Brian A.加拿大 , 乔治亚·K·托马斯 , 约翰·施莱彻 , 詹姆斯·泽王 , 基思·C·程 :
SHIRAZ和CABERNET:利用自动化、众包和本体论提高斑马鱼组织表型注释的准确性和吞吐量。 伊莎贝尔·F·克鲁兹 , 科斯敏·斯特罗 , Catia Pesquita公司 , 弗朗西斯科·库托 , 瓦莱丽·克罗斯 :
使用AgreementMaker系统进行生物医学本体匹配。 帕特里夏·L·威策尔 , 娜塔莎·F·诺伊 , 尼甘·沙阿 , 保罗·R·亚历山大 , 多尔夫 , 雷·弗格森 , 玛格丽特·安妮·D·斯托里 , 巴瑞·史密斯 , 克里斯托弗·G·丘特 , 马克·穆森 :
生物门户:鼠标点击即可获得本体论和集成数据资源。 西蒙·朱普 , 马修·霍里奇 , 路易吉·伊安农 , 朱莉·克莱因 , 斯图亚特·欧文 , Joost Schanstra先生 , 凯蒂·沃尔斯腾克罗夫特 , 史蒂文斯 :
Populous:一个用于填充本体的工具。 布赖恩·洛 , 布莱恩·卡鲁索 , 尼克·卡帕多纳 , 迈尔斯·沃辛顿 , 斯特拉·米切尔 , 乔恩·科森·里克特 :
体外集成本体编辑器和语义Web应用程序。 吉图恩·奈尔 , 塔妮娅·塔多拉奇 , 特里什·惠策尔 , 娜塔莉亚·弗里德曼·诺伊 , 马克·穆森 :
Protégé的BioPortal导入插件。 布鲁诺·塔瓦雷斯 , 雨果·巴斯托斯 , 丹尼尔·法里亚 , 乔·迪·费雷拉 , 蒂亚戈·格雷戈 , Catia Pesquita公司 , 弗朗西斯科·库托 :
生物医学本体应用程序(BOA)框架。 帕特里夏·L·威策尔 , Clément Jonquet公司 , 切丽·杨 , 多尔夫 , 雷·弗格森 , 马克·穆森 , 尼甘·沙阿 :
NCBO注解器:作为Web服务的基于本体的注解。 左双香 , 于林 , 何永群 :
OntoFox及其在布鲁氏菌病本体研究中的应用。
代表不良事件
何永群 , 左双香 , Sirarat Sarntivijai公司 , 卢卡·托尔多 , 沃纳·切斯特斯 :
AEO:用于不良事件表示的基于现实的生物医学本体。 梅拉妮·考特 , 瑞安·雷米·布林克曼 , 阿兰·拉特伯格 :
报告不良事件:共同陈述的基础。 皮亚·埃米尔森 , 科尔斯汀·福斯伯格 :
药物研发临床研究中的不良事件。 伯纳德·拉萨尔 , 理查德·布拉德肖 :
临床试验中不良事件的分类。 蒋国谦 , 乔恩·杜克 , 乔蒂什曼·巴萨克 , 克里斯托弗·G·丘特 :
药物不良事件的本体论表征。 崔涛 , 蒋国谦 , 金佰利 , 迪帕克·K·夏尔马 , 克里斯托弗·G·丘特 :
使用本体论方法回答不良事件报告中与时间相关的问题。 大卫·阿尔尼 , 桑迪·威宁格 , 苏珊·怀特黑德 , 朱利安·戈德曼 :
在可互操作的临床环境中支持医疗器械不良事件分析:数据记录和回放系统的设计。 程顺峰 , Diganta Das公司 , 迈克尔·佩希特 :
在医疗器械不良事件调查中使用失效模式、机制和影响分析。
使用多种生物医学本体
法希姆·T·伊玛目 , 斯蒂芬·D·拉尔森 , 杰弗里·格雷特 , 阿玛纳特·古普塔 , 安妮塔·班德罗斯基 , 玛丽安·E·马顿 :
NIFSTD和NeuroLex:基于多种生物医学本体论和社区参与的综合神经科学本体论开发。 应燕 , 詹娜·黑斯廷斯 , 金智贤 , 斯特凡·舒尔茨 , 克里斯托夫·斯坦贝克 , 迪特里希·雷霍尔兹·舒曼 :
利用多种本体论表征小分子的生物活性。 拉维·帕拉 , 丹·特库西 , 维奈·D·谢特 , Mathäus德约里 :
查询多种生物医学本体的元数据方法。 科林·普里 , 卡西克·戈达姆 , Pratek Jain公司 , 彼得·Z·耶 , 库纳尔·维尔玛 :
医疗信息技术中的多重本体:本体映射和对齐的动机和建议。 克里斯托弗·蒙格尔 , 梅丽莎·海德尔 , 阿梅利亚爱尔兰 , 沙希德·曼祖尔 , 特里·米恩 , 大卫·奥苏米·苏特兰 , 卡洛·托尼艾 , 亚历山大·迪尔 :
细胞本体的模块化。 梅拉妮·考特 , 克里斯·蒙格尔 , 瑞安·雷米·布林克曼 , 阿兰·拉特伯格 :
建设海外建筑运营管理局铸造厂——一次一项政策。 基耶艾 , 毛里西奥·巴切洛斯·阿尔梅达 , 安德烈·奎罗斯·德·安德拉德 , 阿兰·拉特伯格 , 大卫·戴伟王 , 巴瑞·史密斯 :
走向体液本体:基础科学和转化科学的统一应用本体。 安娜·玛丽亚·马斯奇 , 米哈伊尔·莱文 , 阿兰·拉特伯格 , 林赛·G·考威尔 :
连接本体论以表示生物路径。 安娜·玛丽亚·马斯奇 , 家罗奇 , 伯纳德·博诺 , 皮埃尔·格雷农 , 林赛·G·考威尔 :
桥接多重本体:肝脏免疫反应的表现。 奥利弗·库茨 , 蒂尔·莫萨科夫斯基 , 詹娜·黑斯廷斯 , 亚历山大·加西亚·卡斯特罗 , 亚历山大·索季奇 :
生物医学肿瘤学家的超本体:草图和一些例子。
促进解剖本体互操作
特里·哈亚米祖 , 马丁·林沃尔德 :
小鼠解剖本体论和GXD。 大卫·奥苏米·苏特兰 :
FUNCARO:CARO的功能扩展。 拉文萨拉·特拉维利安 , 詹姆斯·马龙 , 赵鹏 , 约翰·汉考克 , 彼得·W·H·霍兰德 , 保罗·N·斯科菲尔德 , 海伦·E·帕金森 :
脊椎动物桥接本体(VBO)。 伊斯特万·米科 , 马修·约德 , 马修·A·伯顿 , 卡佳·C·塞尔特曼 , 安德鲁·迪恩斯 :
多物种解剖本体开发需要一种多元化的标签类映射方法。 大卫·奥苏米·苏特兰 :
CARO 2.0。 詹姆斯·巴尔霍夫 , 彼得·米德福德 , 希尔马尔·拉普 :
将解剖学和表型本体论与分类层次相结合。 瓦西拉·达杜尔 , 詹姆斯·巴尔霍夫 , 希尔马尔·拉普 , 彼得·米德福德 , 托德·J·Vision , 蒙特·韦斯特菲尔德 , 保拉·马比 :
现象景观:连接进化和模型生物表型的用例和解剖学本体论要求。 伊冯·布拉德福德 , 塞里·范·斯莱克 :
鱼缸中的本体:使用斑马鱼解剖本体和其他海外建筑运营管理局本体注释表达和表型。
博士和博士后联合会
米拉·彼得罗娃 :
一项实证研究,三项翻译测试,生物医学本体论的许多问题:MeSH术语对“健康相关价值观”有效文献搜索的贡献有限。 Paea LePendu公司 , 马克·穆森 , 尼甘·沙阿 :
数据驱动医学时代:挖掘电子健康记录。 新浪马达尼 , 院长F.Sittig , 帕萨·米哈吉 , 金·邓恩 :
癌症护理质量领域建模:语义方法。 詹姆斯·奥弗顿 :
哲学、本体论和科学解释。 于林 :
完善葡萄糖代谢障碍的本体论。 Brian A.加拿大 , 乔治亚·K·托马斯 , 蒂莫西·库珀 , 基思·C·程 :
使用ZFA和PATO描述斑马鱼幼鱼组织表型的案例研究。 安德烈·奎罗斯·德·安德拉德 , 毛里西奥·巴切洛斯·阿尔梅达 :
信息组织工具中的认识论问题:本体论和健康信息模型。 B.诺兰·尼科尔斯 , 小何塞·L·V·梅吉诺。 , 詹姆斯·布林克利 :
神经解剖学本体的基础模型:支持神经解剖学数据集成的本体框架。 马修·兰格 , J.布鲁斯德语 , 吉姆·卡布特 :
营养/代谢表型/基因型和食品-健康知识整合的工作流和框架。 罗伯特·姚 , 格雷西拉·冈萨雷斯 :
翻译生物医学本体模型的应用。
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