BIBM 2008：美国宾夕法尼亚州费城
陈学文 , 胡晓华 , 孙金 :
2008年IEEE生物信息学和生物医学国际会议，BIBM 2008，美国宾夕法尼亚州费城，2008年11月3-5日。 IEEE计算机学会 2008 ，国际标准图书编号 978-0-7695-3452-7
常规论文： 疾病生物信息学
金小文（Young Bun Kim） , 让·高 , 英东 , 杨钦朗 :
低剂量电离辐射下的功能蛋白质组模式鉴定。 3-8
常规论文： 生物数据库和本体
洪洋（Hong Yang） , 拉杰谢哈尔·桑德拉曼 , 郝天 :
bcnQL：一种生化网络查询语言。 11-16 周晓华 , 胡晓华 , 张晓丹 , 丹尼尔·段庆武 , 何婷婷 , 罗爱静 :
生物医学文献数字图书馆分类属性挖掘的混合语言模型。 17-22 李安 , 谢洪波先生 
, 马克·H·琴 , 佐兰·奥布拉多维奇 , 德斯蒙德·史密斯 , 瓦西里奥斯·梅加卢伊科诺穆 :
通过呼气获得的多重基因表达图谱的分析。 23-28
常规论文： 生物数据挖掘与可视化
周宏 , 肖曾 :
能量分布和二级结构影响shRNA的效力。 31-36 赛拉·阿里·卡兹米 , 金友阿 , 白康培 , 拉维·诺里 , 大卫·W·罗 , 王欣薇 , 阿兰·王 , Dong-Guk Shin先生 :
利用基因调控途径对微阵列数据进行Meta分析。 37-42 安卡I.D.布库尔 , 贾斯珀·范·吕文 , 内文卡·迪米特洛娃 , 切坦·米塔尔 :
DNA序列光谱分析的频率排序方法。 43-50 约翰·黑瓦德 , 塞尔吉奥·阿尔瓦雷斯 , 卡罗琳娜·鲁伊斯 , 玛丽·沙利文 , 詹妮弗·曾荫权 , 贾尔斯·沃伦 :
癌症患者临床表现中的知识发现。 51-58 Young-Rae Cho（杨瑞秋） , 张爱东 :
在蛋白质相互作用网络中发现功能关联的频繁模式以进行功能预测。 59-65 郑晨 , 简唐 :
使用基因本体增强微阵列数据相似性度量的有效性。 66-71 雷切尔·考德威尔 , 林燕霞 , 任章 :
拟南芥非编码序列和编码序列长度分布的相关性。 72-77 克里斯廷·马丁 , 安托万·科努约尔斯 :
使用统计测试和频繁项目集识别蛋白质-蛋白质相互作用中隐含的界面元素。 78-83 帕特里克·C·H·马 , 基思·C.·陈 :
挖掘基因表达数据中的模糊关联模式以进行基因功能预测。 84-89 杰弗里·德·勒布朗德 , 安德鲁·拉西特 , 岑立 , 拉米罗·洛加雷斯 , 卡林·伦格福斯 , 特伦斯·J·埃文斯 :
基于甾醇组成的聚类和系统发育分析在甲藻研究中的应用。 90-97 伯纳德·陈 , 何洁月 , 斯蒂芬·佩利瑟 , 易潘 :
用混合层次K-均值聚类算法构建蛋白质序列主题超规则树（SRT）结构。 98-103 Cornelia Caragea公司 , 吉夫科·西纳波夫 , 德雷娜·多布斯 , 瓦桑特·霍纳瓦尔 :
利用全局序列相似性增强生物序列标记。 104-111
常规论文： 比较基因组学
Nurul Haque Mollah马里兰州 , 平口真道（Shinto Eguchi） :
最小β-发散法QTL分析的稳健复合区间映射。 115-120 贾曾 , 雷达·阿哈吉 , 道格拉斯·J·德米特里克 :
应用密码子使用偏差预测翻译起始位点的有效性。 121-126
常规论文： 计算系统生物学
白康培 , 大卫·W·罗 , Dong-Guk Shin先生 :
通过整合先前的全球基因调控信息对基因调控网络进行反向工程。 129-134 贾米尔·艾哈迈德 , 奥利维尔·F·鲁 :
生物调控网络的不变核。 135-140 Vinthuy Phan公司 , 苏迪普·萨哈 , 阿舒托什·潘迪 , 王铁仪 :
具有大量隐藏终止密码子的合成基因设计。 141-146 琼成 , 彼得·伯曼 , 罗伯特·哈里森 , 亚历山大·泽利科夫斯基 :
代谢网络的快速校准。 147-152
常规论文： 微阵列数据分析
亚历克斯·科索鲁科夫 , 索拉巴·辛哈 :
问题的核心：发现多重聚类结果的一致性。 155-162 魏代 , 奥利吉卡·米伦科维奇 , 蒙娜·谢赫 , 理查德·巴拉纽克 :
压缩传感DNA微阵列的探针设计。 163-169 方晓武 :
从时间-过程表达谱中检测重要表达基因及其验证。 170-175
常规论文： 蛋白质结构、功能和相互作用
托马斯·格林廷格 , 冯洛 , 秀凤湾 , 理查德·谢尔曼 :
探索蛋白质相互作用网络中的核心/外围结构提供了结构-属性关系的见解。 179-186 林晓桐 , 刘梅 , 陈学文 :
模型生物的蛋白质相互作用预测和评估。 187-192 西克·费雷 , 君欢 :
走向基于位点的蛋白质功能注释。 193-198 Deepak Bandyopadhyay公司 , 君欢 , 刘金泽 , 简·F·普林斯 , 杰克·斯诺因克 , 王伟（音译） , 亚历山大·特罗普沙 :
功能邻居：使用家族特异性包装基序推断非同源蛋白家族之间的关系。 199-206 安德鲁·多克西 , 郑振宇（音） , 布伦丹·J·麦康基 :
用3D基序检测法鉴别不溶性碳水化合物结合蛋白及其结合位点。 207-213
常规论文： 序列分析、进化和系统发育
帕维尔·P·库克萨 , Pai-Hsi Huang先生 , 弗拉基米尔·帕夫洛维奇 :
局部匹配在高效半监督蛋白质序列分类中的作用。 217-222 尼兰扬·纳加拉扬 , 卡尔·金斯福德 :
通过列举最大双链体发现流感菌株之间的基因组重组。 223-230 景霞 , 多伊娜·卡拉赫亚 , 苏珊·J·布朗 :
使用支持向量机探索替代拼接特征。 231-238 Seung-Jin Sul公司 , 苏珊·马修斯 , 蒂凡尼·L·威廉姆斯 :
比较系统发育搜索启发式的新方法。 239-245
常规论文： 健康信息学
常规论文： 生物医学文本挖掘与本体
Snehasis Mukhopadhyay公司 , 马修·帕拉卡尔 , Kalyan Maddu公司 :
使用超G图从生物文本文档中进行多路径关联提取。 257-262 石井Natsu Ishii , 小池百合子 , 山本雅素 , Toshihisa Takagi先生 :
面向图形挖掘的生物医学文献中的图形分类。 263-269
短文： 疾病的生物信息学
乌迪·鲁宾斯坦 , 伊法特·费尔德 , 娜娜·金兹堡 , 迈克尔·古雷维奇 , 塔米尔·图勒 :
编辑贝叶斯网络：一种将先验知识和基因表达测量结合起来用于疾病研究的新方法。 273-277 安东尼娜·米特罗芬诺娃 , 萨曼莎·克莱恩伯格 , 简·卡尔顿 , 西蒙·卡西夫 , 巴德·米什拉 :
通过重新描述和本体论的系统生物学（III）：利用疟疾寄生虫的时间转录组特征进行蛋白质分类。 278-283 马贾·哈季奇 , 陈美芳（Meifania Chen） , 塔拉姆·S·狄龙 :
走向心理健康本体论。 284-288 亚瑟·埃尔·曼萨莱 , 德雷娜·多布斯 , 瓦桑特·霍纳瓦尔 :
利用进化信息预测保护性线性B细胞表位。 289-292
短文： 生物数据库和本体
短文： 生物数据挖掘与可视化
王强（Qiang Wang） , 叶云明 , 黄哲学教授 :
探索基因表达模式的可变窗口方法。 301-304 林刘（Lin Liu） , 李雄 , 詹姆斯·J·卢 , 金·格内特（Kim M.Gernert） , 维奇·赫兹伯格 :
流式细胞术数据的比较和聚类。 305-309 贾瑞丁 , 金红石 , 邹安民 , 方晓武 :
串联质谱质量评估的特征选择。 310-313 安东尼娜·米特罗芬诺娃 , 弗拉基米尔·帕夫洛维奇 , 巴德·米什拉 :
使用因子图和异质数据源的集成蛋白质功能转移。 314-318
短文： 计算系统生物学
温妮·W·M·拉姆 , 基思·C.·陈 :
一种用于化合物分类的图挖掘算法。 321-324 佩里·埃文斯 , 泰德·桑德勒 , 莱尔·昂加 :
定量模拟蛋白质-蛋白质相互作用网络比对。 325-328 彭宇 , 席晨 , 大卫·Z·潘 , 安德鲁·艾灵顿 :
合成生物学设计与分析：频率携带生物钟的案例研究。 329-334 Taehyong Kim先生 , Woochang黄 , 张爱东 , 苏拉吉特·森 , 穆拉利·拉马纳桑 :
韩国禽流感控制策略的多主体模型分析。 335-338 王瑞生 , 金光绪 , 张向孙 , 陈洛南 :
大肠杆菌转录后过程中调节活性的重建。 339-342 曾二良 , 吉里·纳拉辛汉 , 丽莎·施奈珀 , 卡莱·马西 :
利用基因本体信息构建酵母基因的功能网络。 343-346
短文： 基因调控与转录组学
郑勋宇 , 恩吉·李 , 宋邦秋 , 朱汉金 :
评估淋巴母细胞基因组位点和生物途径的调控关联。 349-352 Hyojin Kang（健康） , 恩奎奥噢 , Giltsu Choi先生 , Doheon Lee公司 :
拟南芥碱性螺旋环螺旋（bHLH）转录因子PIL5的基因组DNA结合特异性。 353-356 Kazuyuki Numata公司 , Seiya Imoto公司 , 宫野佐治 :
用于估计基因网络的基于偏序的贝叶斯网络学习算法。 357-360
短文： 微阵列数据分析
刘俊万 , 李周军 , 刘菲菲 , 陈一鸣 :
微阵列数据的多目标粒子群优化双聚类。 363-366 吉安·普拉卡什·斯利瓦斯塔瓦 , 景秋 , 董旭 :
微阵列数据集元分析的功能注释。 367-371 任思源 , 佐兰·奥布拉多维奇 :
通过挖掘先验知识改进基因表达谱的生存预测。 372-375 高拉夫·潘迪 , 拉克希米·纳亚拉亚南·罗马克里希南（Lakshmi Naarayanan Ramakrishnan） , 迈克尔·斯坦巴赫 , 维平·库马尔 :
基因表达数据缩放方法的系统评估。 376-381 阿扎德·穆罕默德 , 穆罕默德·侯赛因·萨拉伊 :
利用模糊聚类和基因本体估计微阵列数据中的缺失值。 382-385 忻州 , 吴新余 , 柯志茂 , 大卫·P·塔克 :
基于支持向量机的评估标准用于微阵列数据的快速基因选择。 386-389
短文： 蛋白质结构、功能和相互作用
雅珍·克里希纳拉（Yazhene Krishnaraj） , 钱丹·雷迪 :
蛋白质折叠识别的增强方法：经验比较。 393-396 伊万·梅雷利 , 保罗·科齐 , 丹尼尔·达戈斯蒂诺 , 安德烈亚·铁线莲 , 卢西亚诺·米拉内西 :
基于图像的高分子筛选表面匹配系统。 397-401 马吉德·马索 , 埃维数学 , 尼达·帕尔韦斯 , 卡克珊·希贾齐 , Iosif I.维斯曼 :
噬菌体f1基因V蛋白的基于结构的功能分析。 402-406 刘慧（音） , 海登 :
用氧-碳壳层几何和化学标准识别钙结合位点——一种基于图形的方法。 407-410 姜晓宇（Xiaoyu Jiang） , Naoki Nariai先生 , 马丁·斯特芬 , 西蒙·卡西夫 , 大卫·戈尔德 , 埃里克·科拉奇克 :
将本体论中的层次推理与异构数据源相结合，改进了基因功能预测。 411-416 Osamu Maruyama公司 , 平川秀树 , Iwayanagi高雄 , 石田义子 , 武田世祖 , 朱·奥托莫 , 佐托鲁·库哈拉 :
通过基因本体注释评估从蛋白质相互作用数据推断的蛋白质序列特征。 417-420 维托尔·桑托斯·科斯塔 , 努诺·A·丰塞卡 , 鲁伊·卡马乔 :
LogCHEM：化学结构的交互式鉴别挖掘。 421-426
短文： 序列分析、进化和系统发育
维沙尔·塔帕尔 , 桑古瑟瓦·拉贾塞卡兰 :
用于精确多序列比对的基于采样的元算法。 429-432 安基特·阿格拉瓦尔 , 黄晓秋 :
局部序列比对的保守、非保守和平均成对统计意义。 433-436 张瑞南 , Huzefa Rangwala公司 , 乔治·卡里皮斯 :
使用MPI-LAGAN进行基因组比对。 437-440
短文： 健康信息学
田米 , 罗伯特·阿塞尔廷 , 桑古瑟瓦·拉贾塞卡兰 :
多数据集上的数据集成。 443-446
短文： 生物医学文本挖掘与本体
Vasileios Kandylas公司 , 莱尔·昂加 , 泰德·桑德勒 , 谢恩·詹森 :
用于创建生物医学术语集的多路聚类。 449-452 劳伦斯·里夫 , Hyoil Han公司 , 阿里·布鲁克斯 :
使用语言模型映射的在线生物医学概念注释。 453-456 Min Song（民歌） , 亚历克斯·鲁德尼 :
基于马尔可夫随机场的编辑距离检测重复生物实体。 457-460 徐桂仙 , 尹兰兰 , Manabu Torii公司 , 牛振东 , 凯西·H·吴 , 张志虎 , 刘洪芳 :
挖掘宿主病原体蛋白质-蛋白质相互作用的文档分类。 461-466 张志虎 , K.Bretonel Cohen公司 , 勒奈特·赫希曼 , 阿方索·巴伦西亚 , 刘洪芳 , 米歇尔·吉利奥 , 凯西·H·吴 :
iProLINK：将文本挖掘与本体论和系统生物学联系起来的框架。 467-472 赛义德·图菲埃克·艾哈迈德 , 哈桑·达武尔库 , 奇塔·巴拉尔 :
使用句法角色从MEDLINE中提取蛋白质相互作用。 473-476
