化学信息学杂志,第6卷
2014年第6卷第1期
阿拉·卡巴亚 , 穆罕默德·阿尔沙拉法 , 艾萨·阿拉纳齐 , 雷达·阿哈吉 :
使用网络驱动的生物数据优先级和集成预测新药适应症。 1 Hulda S.Haraldsdóttir公司 , 伊内斯·蒂尔 , 罗南·弗莱明 :
代谢网络重建中代谢产物标识符之间映射的开源软件的比较评估:应用于Recon 2。 2 约翰·W·梅 , 克里斯托夫·斯坦贝克 :
化学开发工具包的有效环感知。 三 朱利安·西鲍特 , 丹尼尔·罗伊 , 朱利奥·法塞利 , 托马斯·E·契坦三世 :
生物分子模拟数据索引和共享的数据模型、字典和需求。 4 佩德罗·佛朗哥 , 努里亚·波塔 , 约翰·霍利迪 , 彼得·威利特 :
使用2D指纹方法支持孤儿药物立法中的结构相似性评估。 5 斯文·科希曼 :
铍属 10 :创建和管理集团安全数据表的免费简单工具。 6 大卫·霍克萨 , 彼得·斯科达 , 米兰·沃西拉克 , 丹尼尔·斯沃齐尔 :
Molpher:用于系统化化学空间探索的软件框架。 7 塞缪尔·韦伯 , 蒂埃里·汉瑟 , 布伦丹·J·豪林 , 保罗克劳斯 , 乔纳森·维西 :
用于解释统计机器学习模型的特征组合网络:应用于Ames诱变性。 8 安德烈斯·卡斯蒂略 , 安德烈斯·伯纳尔 , 吕克·帕蒂尼 , 朱利安·威斯特 :
一种新的比较方法 1 基于光谱树相似性的核磁共振氢谱预测因子。 9 达姆扬·克斯塔季奇 , 卢波米尔·布图罗维奇 , 大卫·E·莱希 , 西蒙·托马斯 :
选择和评估回归和分类模型时的交叉验证陷阱。 10 拉贾什·古哈 , 何塞·梅迪纳·弗兰科 :
关于活动景观的有效性与效用:所有活动悬崖在统计上都有显著意义吗? 11 斯特凡·比茨 , 萨沙·乌尔巴切克 , 本杰明·舒尔茨 , 马蒂亚斯·拉里 :
神族:预测蛋白质-甘氨酸复合体中互变异构体和质子化状态的整体方法。 12 金龙如 , 李鹏 , 济南王 , Wei Zhou公司 , 李伯慧 , 朝皇 , 李皮东 , 郭子虎 , 陶卫阳 , 杨银峰 , 薛旭 , 阎丽 , 王永华 , 凌阳 :
TCMSP:从草药中发现药物的系统药理学数据库。 13 胡炳杰 , 马库斯·里尔 :
PharmDock:基于药效团的对接程序。 14 雅库布·加尔戈内克 , 杰里·冯德拉塞克 :
InChI和评估交叉参考链接的质量。 15 巴拉斯·斯里尼瓦桑 , 周弘毅 , 朱莉娅·库班克 , 杰弗里·斯科尔尼克 :
对八种蛋白质的FINDSITEcomb虚拟配体筛选结果的实验验证产生了新的纳米和微米结合物。 16 Safaa Eltyeb公司 , 内奥米·萨利姆 :
化学命名实体识别:方法和应用综述。 17 马克·博尔库姆 , 杰里米·弗雷 :
支持化学研究的语义Web技术和技术的使用和应用。 18 阿里·艾哈迈德 , 费萨尔·赛义德 , 内奥米·萨利姆 , 阿马尔·阿卜多 :
Condorcet和borda计数融合方法用于基于配体的虚拟筛选。 19 斯维特拉娜·奥夫钦尼科娃 , 阿塞尼亚·拜科夫 , 于阿斯兰(Aslan Yu)。 齐瓦泽 , 叶夫根尼·迪亚奇科夫 , 娜塔莉亚·基列娃 :
化学造影方法的监督扩展:化学责任评估的案例研究。 20 蒂埃里·汉瑟 , 奎斯·巴博尔 , 爱德华·罗瑟 , 乔纳森·维西 , 塞缪尔·韦伯 , 圣埃芬·沃纳 :
自组织假设网络:一种表示和构建SAR知识的新方法。 21 马修·德克拉索夫斯基 , 肖恩·埃金斯 :
利用化学信息学预测“设计药物”对其目前可用的免疫测定的交叉反应性。 22 弗朗索瓦·贝伦格 , 阿诺特·R·D·沃特 , 李小茵 , Kam Y.J.Zhang先生 :
部分电荷的旋转-平移不变分子描述符及其在基于配体的虚拟筛选中的应用。 23 安东尼诺·菲安纳卡 , 马西莫·拉罗萨 , 朱塞佩·迪法塔 , 萨尔瓦托尔·加利奥 , 里卡多·里佐 , 阿方索·乌尔索 :
BioDICE Taverna插件,用于生物数据的聚类和可视化:分子化合物探索的工作流。 24 维尔卢·鲁斯曼 , 苏列夫·希尔德 , Uko Maran公司 :
QSAR数据库-一种QSAR模型信息的数字组织和存档方法。 25 Jing Lu公司 , 彭建龙 , 济南王 , 千城沈 , 一笔 , 李坤宫 , 郑明月 , 罗晓敏 , 朱伟良 , 蒋华良 , 陈凯贤 :
使用局部懒惰学习评估大鼠急性经口毒性。 26 拉尔斯·鲁迪基特 , 马亨德拉·阿维尔 , 让·路易斯·雷蒙 :
扩大香料化学空间进行虚拟筛选。 27 王霞(Xia Wang) , 陈海鹏 , 冯扬(音) , 嘉峪宫 , 李世良 , 裴建峰 , 刘晓峰 , 姜华良 , 吕华莱 , 李洪林 :
iDrug:一个可上网的交互式药物发现和设计平台。 28 乔纳森·迪扎克 , 哈姆塞·Y·穆萨 , 马克·J·威廉姆森 , 约翰·柯奇马尔 , 罗伯特·C·格伦 :
使用GPU加速概率分类器从2D拓扑指纹预测细胞色素P450代谢位点。 29 马丁·博格丹 , 多米尼克·布鲁格 , 沃尔夫冈·罗森斯蒂尔 , 伯恩德·斯佩塞 :
通过支持向量和高斯过程回归估计伏安信号的扩散系数。 30 铃木正木 , 长本浩史 , 阿克苏Tatsuya Akutsu :
给定路径频率的单圈化学图的有效计数。 31 拉法尔·库尔扎布 , 萨宾娜·斯穆斯 , 安德烈·博贾尔斯基(Andrzej J.Bojarski) :
负训练集大小对基于机器学习的虚拟筛选的影响。 32 西安柳 , 袁旭 , 李珊珊 , 王玉兰 , 彭建龙 , 程洛 , 罗晓敏 , 郑明月 , 陈开贤 , 姜华良 :
在硅靶捕鱼中:通过基于配体的相似性排序和数据融合解决“大数据”问题。 33 罗伯特·克拉克 , 梁文科(Wenkel Liang) , 亚当·C·李 , 迈克尔·S·劳利斯 , 罗伯特·弗拉奇基维奇 , 马文·沃尔德曼 :
使用贝塔二项式估计集合模型的分类不确定性。 34 伊西德罗·科尔特斯·西里亚诺 , 杰拉德·J·P·范·韦斯顿 , 艾尔克·B·伦塞林克 , 丹尼尔·穆雷尔 , 安德烈亚斯·本德 , 塞雷斯·马利亚文 :
贝叶斯框架中的蛋白质化学建模。 35 钱章 , 张伟(音译) , 李友勇 , 王俊美 , 张健(Jian Zhang) , 侯廷君 :
MORT:一个强大的计算生物学和CADD基础库。 36 保罗·托斯科 , 尼古拉斯·施蒂费尔 , 格雷戈里·兰德鲁姆 :
将MMFF力场引入RDKit:实现和验证。 37 亚历克斯·M·克拉克 , 马拉比卡·萨克 , 肖恩·埃金斯 :
新的目标预测和可视化工具结合了TB Mobile 2.0的开源分子指纹。 38 马特奥·弗洛里斯 , 阿尔贝托·曼加纳罗 , 奥拉齐奥·尼科洛蒂 , 里卡多·梅达 , 朱塞佩·费利斯·曼加塔尔迪 , 埃米利奥·本菲纳蒂 :
可读交叉化学相似性的一般定义。 39 乔治·帕帕达托斯 , 杰拉德·J·P·范·韦斯顿 , 塞缪尔·克罗塞特 , 丽塔·桑托斯 , 西蒙·特鲁比安 , 约翰·奥弗林顿 :
在ChEMBL语料库上训练的药物化学出版物的文档分类器。 40 马丁·居特林 , 安德烈亚斯·卡瓦特 , 斯特凡·克莱默 :
CheS Mapper 2.0,用于(Q)SAR模型的视觉验证。 41 索林·I·阿夫拉姆 , 西蒙娜·福纳尔·蒂莫菲 , 阿娜·博罗塔 , Sridhar Chennamaneni公司 , 阿尼尔·曼查拉 , 索雷尔·穆雷桑 :
农药发现中类农药的定量评估。 42 乔恩·钱伯斯 , 马克·戴维斯 , 安娜·高尔顿 , 乔治·帕帕达托斯 , 安妮·赫西 , 约翰·奥弗林顿 :
UniChem:将基于InChI的化合物映射扩展到盐、连接性和立体化学层。 43 Ctibor Skuta公司 , 彼得·巴图内克 , 丹尼尔·斯沃齐尔 :
InCHlib-用于web应用程序的交互式群集热映射。 44 安德烈亚斯·特鲁斯科夫斯基 , 米尔科·丹尼尔 , 休伯特·库恩 , 斯特凡·诺依曼 , 克里斯托夫·斯坦贝克 , 阿希姆·齐勒斯尼 , 马蒂亚斯·埃普尔 :
介观模拟的分子碎片化学信息学路线图。 45 艾伦·沙玛 , 普拉森·杜塔 , 曼尼什·夏尔马 , 内拉杰·拉吉普特 , 巴夫娜·多迪亚 , 约翰·杰里奇 , 特鲁普蒂·科利亚 , Anshu Bhardwaj公司 :
BioPhytMol:抗分枝杆菌植物分子和植物提取物的药物发现社区资源。 46 德西雷·鲍曼 , 克努特·鲍曼 :
使用双重交叉验证对模型不确定性下QSAR模型的预测误差进行可靠估计。 47 尤里·苏什科 , Sergii Novotarskyi公司 , 罗伯特·科纳 , 约阿希姆·沃格特 , 艾哈迈德·阿卜杜拉齐兹 , 伊戈尔·特特科 :
预测驱动匹配分子对来解释QSAR并帮助分子优化过程。 48
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