BMC系统生物学，第11卷-补充
第11卷，第S-1号，2017年2月
安杰拉·罗迪克 
, 博贾娜·布拉戈耶维奇 , 叶夫根尼·兹多布诺夫 , 马格达莱娜·乔德耶维奇（Magdalena Djordjevic） , 马尔科·乔尔杰维奇 :
通过定量建模了解细菌抑制-修饰系统的关键特征。 1-15 列奥尼德·奥梅利扬楚克 , Alina F.Munzarova女士 :
用于FRAP曲线解释的有丝分裂纺锤体微管生长的理论模型。 17-26 奥尔加·A·波德科洛德纳亚 , 纳塔利亚·特维尔多克勒布 , 尼古拉·波德科洛德尼 :
细胞自主哺乳动物昼夜节律振荡器的计算模型。 27-42
第11卷，编号S-22017年3月
巴维思拉·巴拉苏布拉曼尼亚 , 阿南德·巴卢普里 , Hee-Young Kang（希英康） , Seung Joo Cho先生 :
受体导向的3D-QSAR研究、Btk激酶抑制剂的分子动力学模拟和自由能计算。 6:1-6:11 乔柳（音译） , 甘明信 , 蒋瑞 :
使用随机森林预测监管变量影响的基于序列的方法。 7:1-7:9 陈伟奇 , 刘静（音译） , 单和 :
先验知识引导的主动模块识别：一种综合的多目标方法。 8:1-8:12 Zhanzhan Cheng先生 , 黄凯（Kai Huang） , 杨旺（Yang Wang） , 刘慧（音） , 关纪宏 , 水耕洲 :
选择高质量的阴性样本以有效预测蛋白-RNA相互作用。 9:1-9:11 纪焕文 , 林桑洙（Sangsoo Lim） , Kyuri Jo公司 , 桑森·李 , Seokjun Seo先生 , 孙金 :
PINTnet：通过计算加权PPI上的最短路径来构建条件特异性路径交互网络。 15:1-15:13 Daesik Choi公司 , Byungkyu公园 , Hanju Chae公司 , 胡克·李 , Kyungsook Han先生 :
使用核苷酸图谱和组成预测RNA中的蛋白结合区域。 16:1-16:12
2017年3月第11卷第3期
阿明·佐兰瓦里 , 吉尔·阿尔特罗维茨 :
SNP通过SNP通过环境相互作用网络酗酒。 19:1-19:11 Hyundoo Jeong先生 , Byung-Jun Yoon先生 :
红杉：通过上下文敏感随机游走和最小化网络电导，显著增强网络查询。 20:1-20:11 陈明翰 , 费力 , Shuo Wang（王朔） , 小曹 :
反应扩散系统的Hill函数动力学随机建模与仿真。 21:1-21:11 王一杰 , 钱晓宁 :
寻找具有密集相互作用的低电导集（FLCD）以更好地预测蛋白质复合物。 22:1-22:11 刘晓霞 , 杨志浩 , 林鸿飞 , 迈克尔·西蒙斯 , 卢志勇 :
DIGNiFI：利用蛋白质相互作用网络发现孤儿疾病的致病基因。 23:1-23:11
第11卷，编号S-4，2017年9月
甘明信 , 李文然 , 曾万文 , 王晓健 , 瑞江 :
Mimvec：分析人类现象的深度学习方法。 3-16 博天 , 灿照 , 顾飞扬 , 何增友 :
从AP-MS数据推断直接蛋白质相互作用网络的两步框架。 17-25 张泽华 , 郭克诚 , 潘高峰 , 唐吉军 , 郭飞 :
改进系统发育方法以分析成分异质性。 27-33 昌河府 , 苏登 , 金光绪 , 王新欣（Xinxin Wang） , 祖果玉 :
通过整合蛋白质相互作用和遗传相互作用数据来识别途径的贝叶斯网络模型。 35-42 刘飞 , 孙德顺 , 村上龙郎 , 松野浩史 :
果蝇大肠中Delta-Notch依赖性边界形成的建模和分析。 43-60 孙端晨 , 刘银亮（音） , 张向孙 , 吴凌云 :
NetGen：一种新的基于网络的基因集功能富集分析概率生成模型。 61-74 史晓飞 , 王瑞琪 :
Notch1信号通路中Dll1-Jag1-Fringe介导的胶质瘤细胞命运决定。 75-84 王勇（音） , 张向孙 , 陈洛南 :
通过数据透镜了解生物系统。 77:1-77:2 静和 , 周舟 , 麦克里德 , 安德烈亚·卡里瓦诺 :
基因网络逆向工程的加速并行算法。 85-97 郭玉珍 , 陶凤英 , 吴子恺 , 王勇（音） :
在3D晶格上求解HP模型并探测氨基酸突变后蛋白质稳定性的混合方法。 99-111 高洁 , 王康（音译） , 陶丁 , Shanshan Zhu先生 :
使用蛋白质动力学网络生物标记预测甲型流感大流行疫情。 113-119
第11卷，编号S-5，2017年10月
吴浩阳 , 伊丽莎·米勒 , 德尼西·维杰古纳瓦德纳 , 凯利·里根 , 菲利普·佩恩 , 李福海 :
MD Miner：一种基于网络的个性化药物重新定位方法。 86:1-86:8 孙敬春 , 强伟（Qiang Wei） , 周玉波 , 王京琦 , 齐柳 , 华旭 :
FDA批准的抗癌药物的系统分析。 87:1-87:17 W.Jim Zheng先生 , 阮建华 , 华旭 , 赵忠明 , 刘章东 :
2016年智能生物学与医学国际会议：让系统生物学发挥作用。 88:1-88:3 金丽 , 杨旺（Yang Wang） , 西饶 , 王悦（Yue Wang） , 魏兴峰 , 洪亮 , 刘云龙 :
选择性剪接在调节转录调控中的作用。 89:1-89:12 李彪 , 阿曼达·塞拉 , 胡安·何塞·德德罗 , 法提赫·塞梅尔西 , 安德鲁·莱特曼 , 基梅尔 , 米尔贾娜·马莱蒂奇·萨瓦蒂奇 :
多型Bellman-Harris分支模型提供了成年海马神经发生早期阶段的生物学预测因子。 90:1-90:16 李如东 , 王殷（音） , Hui Cheng（程辉） , 刘刚（Gang Liu） , 陶成 , 刘云龙 , 刘雷（Lei Liu） :
系统建模揭示了白血病下Maff和Egr3介导的HSC细胞周期改变的分子机制。 91:1-91:12 西南·霍利·杨 , 方明堂 , Jisu Shin公司 , 约翰·坎宁安 :
结合基因组、转录组学和临床数据：高危神经母细胞瘤的预后和干细胞样MYC和PRC失衡。 92:1-92:17 突厥语突厥语 , 志伟 :
癌症药物敏感性预测的链接预测方法。 94:1-94:14
第11卷第6期，2017年12月
邹全（音） , 石香丸 , 曾向祥 , 湛山（山姆）马 :
并行重建大规模序列的进化树。 15-21 文章（Wen Zhang） , 项悦 , 刘峰（音） , 陈燕林 , 石奎图 , 张西宁 :
使用线性邻域相似性预测药物副作用的统一框架。 23-34 齐丽 , 永义宫 :
果蝇胚胎轮廓提取的几何方法。 35-44 郝江 , Wai-Ki Ching公司 , 玉山邱 , 程晓青（Xiaoqing Cheng） :
通过Logdet散度和扰动von-Neumann散度确定最优投影方法。 45-61 刘进兴 , 王冬琴 , 郑春厚 , 高英联 , 沙沙乌 , 尚俊良 :
基于L2，1-综合惩罚矩阵分解识别药物途径关联对。 63-73 欧伟 , 郭宗浩 , 云妞 , 廖文元 :
概率基因调控网络的模型检验最优有限时域控制。 75-88 莫特扎·齐哈亚特 , 海达尔·达沃迪 , 安爱君 :
挖掘显著的高效用基因调控序列模式。 109:1-109:14
2017年12月第11卷第S-7号
马利春 , 杰正 :
人类疾病中基于多项式的细胞命运预测模型。 15-27 黄凯瑶 , 张子豪 , Jhih-Hua Jhong先生 , 余洪志（Yu-Hsiang Chi） , 李文池 , 詹前隆 , K.Robert赖 , 李宗毅 :
通过台湾乌龙茶高通量转录组数据的宏基因组和超转录组分析鉴定细菌中的天然抗菌肽。 29-44 应旭 , Jiangen Zhou先生 , 水耕洲 , 关纪宏 :
CPredictor3.0：利用表达数据和功能注释检测PPI网络中的蛋白质复合物。 45-56 Cong-Doan Truong公司 , 容坤权（Yung-Keun Kwon） :
研究信号网络中边缘去除突变引起的模块性和鲁棒性的变化。 57-68 Min-Gang Su公司 , 朱莉娅·子亚翁 , 徐伯凯（Justin Bo-Kai Hsu） , 黄凯瑶 , 余洪志（Yu-Hsiang Chi） , 李宗毅 :
研究和鉴定与药物结合和蛋白质相互作用相关的功能翻译后修饰位点。 69-80 丹尼尔·特雷乔·巴尼奥斯 , 波琳·特雷布勒 , 穆罕默德·埃拉蒂 :
将转录活性整合到基因组规模的代谢模型中。 81-90 李慧鹏 , 拉克希米·文卡特拉曼 , Balakrishnan Chakrapani Narmada公司 , 雅各布·K·怀特 , Hanry Yu（余汉瑞） , 丽莎·塔克-凯洛格 :
计算分析揭示了TGF-β1激活模型中双稳态与反馈回路符号之间的耦合。 91-99 莫利达·马扎亚 , 洪宽翠 , 容坤权（Yung-Keun Kwon） :
基于布尔模型的基因动力学影响网络的构建和分析。 101-111 刘清平 , 王佳浩 , 闫珠 , 何永群 :
以本体论为基础的抗风湿中药系统表征与分析。 113-125 志伟记 , 王兵（Bing Wang） , 柯燕 , 李刚东 , 孟冠民 , 雷氏 :
线性规划计算框架集成了磷蛋白质组学和先验知识来预测药物疗效。 127:1-127:13 会聚考 , 顺龙翁 , 黄凯瑶 , 弗吉·乔安达·卡昂 , 贾斯汀·博凯许 , 黄建勋 , 李宗毅 :
MDD-carb：识别蛋白质羰基化位点与底物基序的组合模型。 127-140 张本功（Ben-gong Zhang） , 微博Li , 雅州市 , 刘晓平 , 陈洛南 :
基于拓扑等价吸引子预测从短时间序列数据中检测因果关系。 141-150 顺浅见 , 基加大辅 , 小奈明彦（Akihiko Konagaya） :
基于约束的扰动分析与聚类牛顿法：伊立替康全身生理学药代动力学模型个性化参数估计的案例研究。 151-162 郝江 , Wai-Ki Ching公司 , 张伟顺 , 侯文品（Wenpin Hou） , 洪寅 :
Hadamard Kernel SVM在乳腺癌预后预测中的应用。 163-174
