提示和技巧:从结构生成机器可读的结构数据

有兴趣让你的文章更容易被发现和使用吗?作为读者,你可能花了很多时间从PDF格式的图像中重新绘制结构,或者很难找到所有相关的文章,因为您感兴趣的化合物在不同的文章中使用不同的名称(IUPAC名称、平凡名称、注册号、药物开发ID、通用名称、品牌名称、修改过的平凡名称等)。

如果您已经在为准备提交的文章绘制结构,则只需几秒钟即可生成机器可读的mol文件或结构标识符,如微笑InChI公司。在文章或补充信息中包含这些文件或标识符有助于使文章可索引和结构可搜索,这是使文章脱颖而出的好方法。

另存为MOL文件另存为mol文件

 

所有主要结构绘图包都可以将结构保存为MOL文件。它们通常遵循相同的步骤:

从顶部菜单中选择文件>另存为,或按Ctrl+Shift+S。

在下拉列表中选择“MDL Molfile”、“MDL SDFile”或“.mol”或“.sdf”。

请注意:下拉列表中可能列出了多个molfile格式。如果有多个选项,请注意V2000 mol格式更常见,并且所有化学信息学软件包都支持。V3000 mol文件有一些额外的功能,但不受普遍支持,因此建议您使用V2000 mol格式以确保最大程度的互操作性。


复制为微笑InChI公司

首先选择要复制为SMILES或InChI的结构。

阿伏加德罗

抄送:阿伏加德罗

从顶部菜单中,选择编辑>复制为>SMILES或InChI

化学涂鸦

复制为-chemdoodle

从顶部菜单中,选择编辑>复制为>日光笑脸或IUPAC InChI

要复制为SMILES,请按Ctrl+Alt+C

ChemDraw公司

复制为InChI

从顶部菜单中,选择编辑>复制为>SMILES或InChI

右键单击,然后选择Molecule>Copy As>SMILES或InChI

要复制为SMILES,请按Alt+Ctrl+C

化学素描

机器可读副本as-chemsketch

从顶部菜单中,选择工具>生成>SMILES符号或InChI for Structure

马尔文素描

抄送:Marvin

按Ctrl+K,然后从复制为弹出窗口中选择SMILES或InChI

从顶部菜单中,选择编辑>复制为,然后从弹出窗口中选择SMILES或InChI

要复制为SMILES,请按Ctrl+L

最后,将SMILES或InChI粘贴到文档或电子表格中。


我们花在从pdf重新绘制结构上的时间越少,我们就可以花更多的时间从事科学研究。幸运的是,通过包含机器可读的结构文件或标识符来提高文章的可发现性和可重用性真的是再快也不容易了。让我们一起努力,使化学文章更容易找到和使用。