正确看待糖

由Colin Batchelor编写。

你可能不这么认为,但你很擅长绘制二维图形,并在脑海中将其转换为三维形状。不,真的,你是。

透视半乳糖

图1。透视图中的半乳糖

以图1中的半乳糖为例。即使你不是化学家,你也能分辨出戒指的哪些部位在前面和后面,哪些键指向上,哪些键向下。如果你真的是一名化学家,你已经被训练应用这种几何直觉来计算五个立体中心中的每一个中心发生了什么。

然而,如果你问InChI算法关于这个分子的立体化学,它会说那里没有立体化学,你看到的是对哪个原子与哪个原子相连的无立体描述。由于我们使用InChI算法来判断两个记录是否描述同一个分子,这让我们陷入了困惑,ChemSpider中有数千个条目都来自这样的绘图,因此缺乏立体化学。

我一直在开发算法,以获取这些所谓的平面图,并以这样的方式进行渲染,即InChI和其他算法可以识别立体化学,并将上面的侧面视图转换为图2中的鹰眼视图。

上面的半乳糖

图2。上面的半乳糖

目前,我们可以将椅子糖和霍沃斯投影糖标准化,这正在被纳入CVSP公司。更多关于我们的方法以及我们将要使用它们做什么的信息,尤其是很快就会整理出错误的ChemSpider条目!