核苷酸BLAST：使用核苷酸查询搜索GenBank程序集GCA_005444595.1数据库
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家犬（dog）GenBank组件GCA_005444595.1核苷酸BLAST
BLASTN程序使用核苷酸查询搜索GenBank汇编GCA_005444595.1数据库。更多。。。
输入查询序列
在文本区域中输入查询序列。它自动确定输入的格式。为了实现此功能，需要对标识符的输入进行某些约定。更多。。。

输入的坐标子范围的查询序列。BLAST搜索仅适用于残留物在范围内。序列坐标来自1到序列长度。范围包括这个收件人坐标。更多。。。

帮助

使用浏览按钮从本地磁盘上载文件。文件可能包含单个序列或序列列表。该数据可以是数据库登录号的列表，NCBI gi编号或FASTA格式的序列。


输入BLAST搜索的描述性标题 帮助

此标题显示在所有BLAST结果和保存的搜索中。

输入主题序列
用于BLAST搜索的主题序列应粘贴在文本区域。它自动确定格式或输入。在那里允许此功能是关于标识符的输入所需要的某些约定。更多。。。

输入的坐标子范围的主题序列。BLAST搜索仅适用于残留物在范围内。序列坐标来自1到序列长度。范围包括这个收件人坐标。更多。。。

 
帮助

使用浏览按钮从本地磁盘上载文件。文件可能包含单个序列或序列列表。该数据可以是数据库登录号的列表，NCBI gi编号或FASTA格式的序列。

♦数据库序列非默认值 UMICH_Zoey_3.1 GenBank组件[GCA_005444595.1] 帮助


输入Entrez查询以限制搜索 帮助

您可以使用Entrez查询语法搜索所选BLAST数据库的子集。这有助于将搜索限制在分子类型、序列长度或排除有机体。更多。。。

程序选择
选择BLAST算法 帮助
  • Megablast用于将查询与密切相关的序列进行比较，效果最佳如果目标百分比标识为95%或更高，但速度非常快。
  • 不连续巨胚细胞使用忽略某些碱基的初始种子（允许不匹配）并且用于跨物种比较。
  • BlastN速度较慢，但允许单词大小降到七个碱基。
更多。。。

帮助

输入PHI模式以开始搜索。PHI-BLAST可能比简单模式搜索执行得更好，因为它筛选出假阳性（可能是随机且不表示同源性）。

选择BLAST算法 帮助
  • QuickBLASTP是BLASTP的一个加速版本，速度非常快，如果目标百分比标识为50%或更多，则效果最佳。
  • BlastP只是将蛋白质查询与蛋白质数据库进行比较。
  • PSI-BLAST允许用户使用第一次BlastP运行的结果构建PSSM（位置特定评分矩阵）。
  • PHI-BLAST执行搜索，但将对齐限制为与查询中的模式匹配的对齐。
  • DELTA-BLAST使用保留域数据库搜索的结果构造PSSM，并搜索序列数据库。
搜索 使用 超级爆炸 （针对高度相似的序列进行优化）
注：与默认值不同的参数值以黄色突出显示，并用标记♦签名