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引用CPTAC分析门户时,请包括以下声明
我们要感谢美国国家癌症研究所的临床蛋白质组肿瘤分析联盟(CPTAC)检测门户网站(assays.cance.gov)用于开发分析并建立本出版物中所述分析的标准。

概述数据来源:UniProt

官方基因符号 其他别名
最有价值球员 轻轨列车
序列长度(AA) 分子量(Da)
893 99327
蛋白质名称
主穹窿蛋白
来源
UniProt公司
磷化SitePlus®
基因卡
人类蛋白质阿特拉斯

蛋白质序列悬停以查看完整序列

10 20 30 40 50
马蒂菲里 聚丙烯(PPYHYIHVLD) QNSNVSRVEVE公司 GPKTYIRQDN公司 ERVLFAPMRM公司
60 70 80 90 100
VTVPPRHYCT公司 VANPVSRDAQ公司 GLVLFDVTGQ公司 VRLRHADLEI公司 R(右)一个D类P(P)F类P(P)Y(Y)
110 120 130 140 150
P(P)G公司E类V(V)E类KDIT公司 PLQVVLPNTA公司 LHLKALLDFE公司 DKDGDKVVAG公司 DEWLFEGPGT公司
160 170 180 190 200
伊普列科夫 EIIQATIIRQ公司 NQALRRARK公司 ECWDRDGKER公司 VTGEEWLVTT公司
210 220 230 240 250
VGAYLPAVFE公司 EVLDLVDAVI公司 LTEKTALHLR公司 阿伦弗雷格 VSRRTGEEWL公司
260 270 280 290 300
VTVQDTEAHV公司 PDVHEEVLGV车辆 VPITTLGPHN公司 YCVILDPVGP公司 DGKNQLGQKR公司
310 320 330 340 350
VVKGEKSFFL公司 QPGEQLEQGI公司 QDVYVLSEQQ公司 GLLLRALQPL公司 EEGEDEEKVS公司
360 370 380 390 400
HQAGDHWLIR公司 GPLEYVPSAK公司 VEVVEERQAI公司 PLDENEGIYV公司 QDVKTGKVRA公司
410 420 430 440 450
VIGSTYMLTQ公司 DEVLWEKELP公司 PGVEELLNKG公司 QDPLADRGEK公司 DTAKSLQPLA公司
460 470 480 490 500
PRNKTRVVSY公司 R(右)V(V)P(P)H(H)N个一个一个V(V)V(V) Y(Y)D类Y(Y)R(右)EKRARV公司 VFGPELVSLG公司 速度
510 520 530 540 550
SAGRPKRPHA公司 RRALCLLGP公司 DFFTDVITIE公司 塔达尔QLQ LAYNWHFEVN公司
560 570 580 590 600
图纸PQETAK LFSVPDFVGD公司 ACKAIASRVR公司 GAVASVTFDD公司 FHKNSARIIR公司
610 620 630 640 650
TAVFGFETSE公司 AKGPDGMALP公司 RPRDQAVFPQ项目 NGLVVSSVDV病毒 QSVEPVDQRT公司
660 670 680 690 700
RDALQRSVQL公司 aieittnsque公司 AAAKHEAQRL公司 均衡器 QKILDQSEAE公司
710 720 730 740 750
卡凯列尔 阿尔斯马韦斯特格 高AEAESRA EAARIEGEGS公司 VLQAKLKAQA公司
760 770 780 790 800
LAIETEAELQ公司 RVQK继电器 VYARAQLEL公司 VSKAQQLAEV公司 EVKKFKQMTE公司
810 820 830 840 850
AIGPSTIRDL公司 AVAGPEMQVK公司 LLQSLGLKST公司 利特吉斯坦 LFNTAFGLG公司
860 870 880 890 893
MGPEGQPLGR公司 RVASGPSPGE公司 GISPQSAQAP公司 QAPGDNHVVP公司 极低频率

数据来源:UniProt


蛋白质图谱 折叠蛋白图

靶向肽分析物相对于SNP、异构体和PTM的位置

Uniprot公司数据库登录 磷网站+®

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查看下面的详细分析信息
所有其他点链接到 UniProt公司



磷酸化 乙酰化 泛素化 其他

加载

装载机

CPTAC-95的分析细节 折叠分析详细信息

数据来源:全景

官方基因符号
最有价值球员
顺序
LAQDPFPLYPGEVLEK公司
修改类型
未修改的
蛋白质-修饰位点
不适用
肽-修饰位点
不适用
肽开始
92
肽末端
107
CPTAC标识
CPTAC-95型
肽分子质量
1,814.9455
物种
人类 智者 (人类)
分析类型
直接MRM
矩阵
细胞系裂解液池
提交实验室
弗雷德·哈钦森癌症研究中心
提交实验室PI
阿曼达·保罗维奇

出版物

查看详细信息 (在新窗口中打开)

证明大规模开发标准化分析以量化人类蛋白质的可行性。Kennedy JJ、Abbatiello SE、Kim K、Yan P、Whiteaker JR、Lin C、Kim JS、Zhang Y、Wang X、Ivey RG、Zhao L、Min H、Lee Y、Yu MH、Yang EG、Lee C、Wang P、Rodriguez H、Kim Y、Carr SA、Paulovich AG。Nat方法2014年2月;11(2):149-55. doi:10.1038/nmeth.2763。Epub 2013年12月8日。PMID:24317253


分析参数 塌陷分析参数

数据来源:全景

仪器
5500个QTRAP(ABSCIEX)
内部标准
肽标准纯度
>95%
肽标准标签类型
13摄氏度,15牛顿度
信用证
nanoLC-Ultra 2D,cHiPLC-nanoflex(Eksigent)
色谱柱填料
ChromXP C18-CL,3微米,120A
立柱尺寸
150 x 0.075毫米
流量
500 nL/分钟

色谱图

数据来源:全景


响应曲线

数据来源:全景

检索数据

装载机

可重复性

数据来源:全景

  平均内部CV
(CV日内)
平均层间CV
(日间CV)
总CV
方程式
n个=
碎片/过渡 医学 医学 医学 医学
y10(1+) 8.8 8.2 6.6 23.8 11.7 13.7 25.4 14.3 15.2 15 25 15
9岁(1+) 33.8 27.2 32.6 33.3 28 49.3 47.4 39 59.1 15 25 15
8岁(1+) 13.8 14.5 7.9 23.5 21.5 23.1 27.3 25.9 24.4 15 25 15
总和 8.3 9.3 5.8 22.9 14 9.6 24.4 16.8 11.2 15 25 15

选择性

数据来源:全景

单元格线的曲线拟合斜率
碎片_离子 HCC1187型 HCC1419公司 HCC1954年 HCC70型 MCF12A型 MDAMB175VII型 ZR751号 ZR7530号
8岁(1+) -13.78 -4 -0.45 -0.15 -1.14 -1.9 -1.37 -1.55
y10(1+) -20.11 -6.8 -0.39 -0.15 -0.93 -2.33 -1.13 -1.31
9岁(1+) -24.78 -3.24 -0.62 -0.14 -1 -2月22日 -1.33 -2.11
总和 -17.05 -5.62 -0.41 -0.15 -0.98 -2.23 -1.18 -1.35

稳定性

数据来源:全景

碎片/过渡 控制_输入_确认 实际_温度_转换_电流 冻结_intra_CV FTx1_intra_CV FTx2入轨电流
9岁(1+) 34.3 26 19.3 不适用 31.2
y10(1+) 7.3 4 5.3 不适用 3.3
8岁(1+) 15.2 18.4 10.4 不适用 8.7
总和 9.2 7.8 4.9 不适用 2.1
碎片/过渡 全部_内Tra _ CV 所有中间_CV
9岁(1+) 27.4 32.2
y10(1+) 4.8 6.4
8岁(1+) 14.3 10
总和 6.4 5.8

内源性

数据来源:全景

碎片/过渡 CV内 中间_CV 总计CV
y10(1+) 8.1 11.7 14.2
9岁(1+) 25.6 31.3 40.4
8岁(1+) 14.9 25.6 29.6
总和 9.2 15 17.6

其他资源和评论

评论

CPTAC-96的分析细节 折叠分析详细信息

数据来源:全景

官方基因符号
最有价值球员
顺序
VPHNAAVQVYDYR公司
修改类型
未修改的
蛋白质-修饰位点
不适用
肽-修饰位点
不适用
肽开始
462
肽末端
474
CPTAC标识
CPTAC-96型
肽分子质量
1,530.7579
物种
人类 智者 (人类)
分析类型
直接MRM
矩阵
细胞系裂解液池
提交实验室
弗雷德·哈钦森癌症研究中心
提交实验室PI
阿曼达·保罗维奇

出版物

查看详细信息 (在新窗口中打开)

证明大规模开发标准化分析以量化人类蛋白质的可行性。Kennedy JJ、Abbatiello SE、Kim K、Yan P、Whiteaker JR、Lin C、Kim JS、Zhang Y、Wang X、Ivey RG、Zhao L、Min H、Lee Y、Yu MH、Yang EG、Lee C、Wang P、Rodriguez H、Kim Y、Carr SA、Paulovich AG。Nat方法2014年2月;11(2):149-55. doi:10.1038/nmeth.2763。Epub 2013年12月8日。PMID:24317253


分析参数 塌陷分析参数

数据来源:全景

仪器
5500个QTRAP(ABSCIEX)
内部标准
肽标准纯度
>95%
肽标准标签类型
13摄氏度,15牛顿度
信用证
nanoLC-Ultra 2D,cHiPLC-nanoflex(Eksigent)
色谱柱填料
ChromXP C18-CL,3微米,120A
立柱尺寸
150 x 0.075毫米
流量
500 nL/分钟

色谱图

数据来源:全景


响应曲线

数据来源:全景

检索数据

装载机

可重复性

数据来源:全景

  平均内部CV
(CV日内)
平均层间CV
(日间CV)
总CV
方程式
n个=
碎片/过渡 医学 医学 医学 医学
y6(1+) 29.7 25.1 12.7 56 38.5 49 63.4 46 50.6 15 25 15
y5(1+) 13.7 8.3 5.4 11.5 11.2 8.6 17.9 13.9 10.2 15 25 15
y4(1+) 20.1 8.1 4.8 27.4 10.5 6.5 34 13.3 8.1 15 25 15
总和 12.7 6.1 3.1 16.4 9.3 4.8 20.7 11.1 5.7 15 25 15


稳定性

数据来源:全景

碎片/过渡 控制_输入_确认 实际_温度_转换_电流 冻结_intra_CV FTx1_intra_CV FTx2入轨电流
碎片/过渡 全部_内Tra _ CV 所有中间_CV

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