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引用CPTAC分析门户时,请包括以下声明
我们要感谢美国国家癌症研究所的临床蛋白质组肿瘤分析联盟(CPTAC)检测门户网站(assays.cance.gov)用于开发分析并建立本出版物中所述分析的标准。

概述数据来源:UniProt

官方基因符号 其他别名
CA2公司 不适用
序列长度(AA) 分子量(Da)
260 29246
蛋白质名称
碳酸酐酶2
来源
UniProt公司
磷化SitePlus®
基因卡
人类蛋白质阿特拉斯

蛋白质序列悬停以查看完整序列

10 20 30 40 50
MSHHWGYGKH公司 NGPEHWHKDF公司 PIAKGERQSP公司 VDIDTHTAKY公司 DPSLKPLSVS公司
60 70 80 90 100
YDQATSLRIL公司 NNGHAFNVEF公司 DDSQDKAVLK公司 L(左)D类T型Y(Y)R(右)L(左) IQFHFHWGSL公司
110 120 130 140 150
DGQGSEHTVD公司 KKKYAAELHL公司 VHWNTKYGDF公司 GKAVQQPDGL公司 AVLGIFLK公司V(V)
160 170 180 190 200
S公司A类K(K)L(左)K(K)V(V)V(V) D类V(V)L(左)D类S公司K(K)TKG公司 K(K)S公司A类D类F类T型N个F类D类 R(右)GLLPESLDY公司 WTYPGSLTTP公司
210 220 230 240 250
PLLECVTWIV公司 LKEPISVSSE公司 QVLKFRKLNF公司 恩盖佩尔姆 VDNWRPAQPL公司
260
KNRQIKASFK公司

数据来源:UniProt


蛋白质图谱 折叠蛋白图

靶向肽分析细胞相对于SNPs、异构体和PTM的位置

Uniprot公司数据库登录 磷网站+®

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磷酸化 乙酰化 泛素化 其他

加载

装载机

CPTAC-178的含量测定细节 折叠分析详细信息

数据来源:全景

官方基因符号
CA2公司
顺序
SADFTNFDPR公司
修改类型
未修改的
蛋白质-修饰位点
不适用
肽-修饰位点
不适用
肽开始
172
肽末端
181
CPTAC标识
CPTAC-178型
肽分子质量
1,168.5149
物种
人类 智者 (人类)
分析类型
直接MRM
矩阵
细胞系裂解物池
提交实验室
弗雷德·哈钦森癌症研究中心
提交实验室PI
阿曼达·保罗维奇

出版物

查看详细信息 (在新窗口中打开)

证明大规模开发标准化分析以量化人类蛋白质的可行性。Kennedy JJ、Abbatiello SE、Kim K、Yan P、Whiteaker JR、Lin C、Kim JS、Zhang Y、Wang X、Ivey RG、Zhao L、Min H、Lee Y、Yu MH、Yang EG、Lee C、Wang P、Rodriguez H、Kim Y、Carr SA、Paulovich AG。Nat方法2014年2月;11(2):149-55. doi:10.1038/nmeth.2763。Epub 2013年12月8日。PMID:24317253


分析参数 折叠分析参数

数据来源:全景

仪器
5500个QTRAP(ABSCIEX)
内部标准
肽标准纯度
>95%
肽标准标签类型
13C和15N R
信用证
nanoLC-Ultra 2D,cHiPLC-nanoflex(Eksigent)
色谱柱填料
ChromXP C18-CL,3微米,120A
立柱尺寸
150 x 0.075毫米
流速
500 nL/分钟

色谱图

数据来源:全景


响应曲线

数据来源:全景

检索数据

装载机

可重复性

数据来源:全景

  平均内部CV
(CV日内)
平均层间CV
(日间CV)
总CV
方程式
n个=
碎片/过渡 医学 医学 医学 医学
8岁(1+) 6.1 9.7 6.9 13.3 13 10 14.6 16.2 12.1 15 25 15
y6(1+) 6.8 7.6 7.6 9.2 9.7 8.1 11.4 12.3 11.1 15 25 15
y5(1+) 9.2 9 7.3 10.7 10 9.8 14.1 13.5 12.2 15 25 15
总和 4.6 6.8 5.5 7.4 8.7 4.9 8.7 11 7.4 15 25 15


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评论

CPTAC-177的分析细节 折叠分析详细信息

数据来源:全景

官方基因符号
CA2公司
顺序
VVDVLDSIK公司
修改类型
未修改的
蛋白质-修饰位点
不适用
肽-修饰位点
不适用
肽开始
159
肽末端
167
CPTAC标识
CPTAC-177型
肽分子质量
986.5648
物种
人类 智者 (人类)
分析类型
直接MRM
矩阵
细胞系裂解物池
提交实验室
弗雷德·哈钦森癌症研究中心
提交实验室PI
阿曼达·保罗维奇

出版物

查看详细信息 (在新窗口中打开)

证明大规模开发标准化分析以量化人类蛋白质的可行性。Kennedy JJ、Abbatiello SE、Kim K、Yan P、Whiteaker JR、Lin C、Kim JS、Zhang Y、Wang X、Ivey RG、Zhao L、Min H、Lee Y、Yu MH、Yang EG、Lee C、Wang P、Rodriguez H、Kim Y、Carr SA、Paulovich AG。Nat方法2014年2月;11(2):149-55. doi:10.1038/nmeth.2763。Epub 2013年12月8日。PMID:24317253


分析参数 折叠分析参数

数据来源:全景

仪器
5500个QTRAP(ABSCIEX)
内部标准
肽标准纯度
>95%
肽标准标签类型
13C和15N K
信用证
nanoLC-Ultra 2D,cHiPLC-nanoflex(Eksigent)
色谱柱填料
ChromXP C18-CL,3微米,120A
立柱尺寸
150 x 0.075毫米
流速
500 nL/分钟

色谱图

数据来源:全景


响应曲线

数据来源:全景

检索数据

装载机

可重复性

数据来源:全景

  平均内部CV
(CV日内)
平均层间CV
(日间CV)
总CV
方程式
n个=
碎片/过渡 医学 医学 医学 医学
7岁(1+) 9.5 13.6 9.9 19 21.2 24 21.2 25.2 26 15 25 15
y6(1+) 16.6 16.3 9.9 16.1 17.5 9.8 23.1 23.9 13.9 15 25 15
y5(1+) 10 10.5 13.6 7.9 12.3 12.3 12.7 16.2 18.3 15 25 15
总和 7.7 11.3 7.7 14.8 16.4 17.7 16.7 19.9 19.3 15 25 15


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非CPTAC-3365的分析细节 折叠分析详细信息

数据来源:全景

官方基因符号
碳酸钙
顺序
GGPLSDYR公司
修改类型
未修改的
蛋白质-修饰位点
不适用
肽-修饰位点
不适用
肽开始
81
肽末端
89
CPTAC标识
非CPTAC-3365
肽分子质量
950.4458
物种
穆斯 肌肉 (鼠标)
分析类型
直接MRM
矩阵
等离子
提交实验室
UVic-Genome BC蛋白质组学中心
提交实验室PI
克里斯托夫·博切尔斯

分析参数 折叠分析参数

数据来源:全景

仪器
安捷伦6490/6495 QQQ
内部标准
合成肽
肽标准纯度
>95%
肽标准标签类型
C端子R处的13C和15N
信用证
1290 LC(安捷伦)
色谱柱填料
Zorbax Eclipse Plus C18,1.8µm
立柱尺寸
2.1 x 150毫米
流速
400微升/分钟

色谱图

数据来源:全景


响应曲线

数据来源:全景

检索数据

装载机

可重复性

数据来源:全景

  平均内部CV
(CV日内)
平均层间CV
(日间CV)
总CV
方程式
n个=
碎片/过渡 医学 医学 医学 医学
b3(1+) 4.9 8 4.9 10.2 9.1 8.5 11.3 12.1 9.8 15 15 15
7岁(2+) 6.9 4.1 3.6 12 7.7 6.9 13.8 8.7 7.8 15 15 15
y3(1+) 5.8 4.8 3.9 14.4 8.9 4.4 15.5 10.1 5.9 15 15 15
y4(1+) 7.8 5.2 6.9 12.3 10 9.7 14.6 11.3 11.9 15 15 15
y5(1+) 3.2 3.6 5.5 12.6 9.8 9.4 13 10.4 10.9 15 15 15
总和 3.1 2.5 2.1 11.3 7.1 5.9 11.7 7.5 6.3 15 15 15


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非CPTAC-3303的分析细节 折叠分析详细信息

数据来源:全景

官方基因符号
碳酸钙
顺序
IGPASQGLQK标准
修改类型
未修改的
蛋白质-修饰位点
不适用
肽-修饰位点
不适用
肽开始
149
肽末端
158
CPTAC标识
非CPTAC-3303
肽分子质量
997.5556
物种
穆斯 肌肉 (鼠标)
分析类型
直接MRM
矩阵
等离子
提交实验室
UVic-Genome BC蛋白质组学中心
提交实验室PI
克里斯托夫·博切尔斯

出版物

查看详细信息 (在新窗口中打开)

使用500多反应监测质谱血浆分析对实验室小鼠菌株进行分子表型分析。Michaud SA、Sinclair NJ、PetrošováH、Palmer AL、Pistawka AJ、Zhang S、Hardie DB、Mohammed Y Eshghi A1、Richard VR、Sickmann A、Borchers CH.Commun Biol。2018年6月27日;1:78. doi:10.1038/s42003-018-0087-6。2018年eCollection。


分析参数 折叠分析参数

数据来源:全景

仪器
安捷伦6490/6495 QQQ
内部标准
合成肽
肽标准纯度
>95%
肽标准标签类型
C端子K处的13C和15N
信用证
1290 LC(安捷伦)
色谱柱填料
Zorbax Eclipse Plus C18,1.8µm
立柱尺寸
2.1 x 150毫米
流速
400微升/分钟

色谱图

数据来源:全景


响应曲线

数据来源:全景

检索数据

装载机

可重复性

数据来源:全景

  平均内部CV
(CV日内)
平均层间CV
(日间CV)
总CV
方程式
n个=
碎片/过渡 医学 医学 医学 医学
9岁(1+) 9.9 5.1 6.9 14.5 9.1 7 17.6 10.4 9.8 15 15 15
y6(1+) 11 6.6 4.4 27.5 8.7 5.6 29.6 10.9 7.1 15 15 15
7岁(1+) 9.7 5.7 6.2 11.5 6.6 5.7 15 8.7 8.4 15 15 15
9岁(2+) 13.8 6.8 4.1 15.4 9.5 5 20.7 11.7 6.5 15 15 15
8岁(2+) 5.6 5.1 5.8 19.1 7.2 6.4 19.9 8.8 8.6 15 15 15
总和 3.7 3.6 14.2 6.4 4.3 14.7 7.1 5.6 15 15 15


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