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艾米丽·阿勒特;约阿希姆·尼伦;克里斯蒂安·维萨里

计算线性方程组的差分抽象。 （英语） Zbl 1518.92070号

西奥。计算。科学。 893, 72-104 (2021).
摘要：提出了用系统生物学中的部分动力学信息预测反应网络变化的抽象解释。这需要计算非线性约束下线性方程组的差分抽象集。我们提出了第一个能够精确计算线性方程组差分抽象的实用算法。我们还提出了一种新的启发式方法，该方法基于过度逼近差异抽象集的最小支持后果。我们的算法依赖于基本模式、一阶定义和有限域约束编程。我们实现了我们的算法，并将其应用于系统生物学中的变化预测。实验证明，新的启发式算法在实践中通常是精确的，而优于精确算法。

MSC公司：

92立方厘米 系统生物学、网络
92C40型 生物化学、分子生物学
92C45型 生化问题中的动力学（药代动力学、酶动力学等）

关键词：

抽象解释;约束编程;线性规划;基本模式;一阶定义;基因敲除预测;反应网络;系统生物学;合成生物学;代谢网络;布尔抽象

软件：

轻轨系统;生物CHAM;科帕西;efm工具;迷你锌
PDF格式BibTeX公司 XML格式引用
\textit{E.Allart}等人，Theor。计算。科学。893，72-104（2021；Zbl 1518.92070）
全文： 内政部 哈尔

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