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Gad M.兰道。;巴鲁克·希伯;米查尔·齐夫·尤克尔森

稀疏LCS公共子串对齐。 （英语） Zbl 1178.68186号

信息处理。莱特。 88，第6期，259-270（2003）.
摘要：“通用基板对齐”问题定义如下。输入由一组字符串\（S_｛1｝，S_｛2｝\dots，Sc\）和目标字符串\（T\）组成，其中每个字符串中至少出现一次公共子字符串。其目的是计算所有字符串（Si）与（T）的相似性，而无需反复计算公共子字符串的部分。本文考虑LCS（最长公共子序列）相似度量的公共子串对齐问题。我们的算法通过利用LCS问题固有的稀疏性来提高效率。设\（Y）是公共子串，\（n）是比较序列的大小，\（L_Y）是（T）和（Y）的LCS的长度，表示为\（|LCS[T，Y]|\），\（L）是\（max\{|LCS[P，Si]|\}\）。我们的算法包括对每个公共子串执行一次的“O（nL_y）”时间编码阶段和对每个源字符串中公共子串的每个外观执行一次“O（L）”时间对齐阶段。额外的运行时间仅取决于字符串中不在任何公共子字符串中的部分的长度。

引用于8文件

理学硕士：

68页第10页 搜索和排序
68周05 非数值算法

关键词：

公共子串对齐;稀疏;LCS公司;算法
PDF格式BibTeX公司 XML格式引用
\textit{G.M.Landau}等人，《信息处理》。莱特。88，第6号，259--270（2003；Zbl 1178.68186）
全文： 内政部

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