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多米尼克·巴迪;Sigrid Leyendecker公司;范登·贝德姆，亨利

几何分析表征了通用和非通用蛋白质结构中的分子刚性。 （英语） Zbl 1321.74004号

J.机械。物理学。固体 83, 36-47 (2015).
概述：蛋白质通过在崎岖的自由能环境中构象整体的功能亚状态之间的动态交换与伴侣进行操作和相互作用。理解这些子状态如何通过协调的集体运动联系起来，需要探索高维空间，这仍然是一个巨大的挑战。虽然分子动力学模拟可以提供对动力学的原子详细了解，但对大型生物分子及其复合物的构象集合进行充分采样的计算需求通常需要巨大的资源。运动模型可以通过降低搜索空间的维数，对分子动力学无法触及的构象集合和分子刚性提供高层次的见解。在这里，我们将蛋白质建模为一个运动链，并提出一种新的几何方法来从约束流形（Q）及其切线空间（mathcal T_{mathbf{Q}}Q）表征当前构型下的分子刚性q个与基于组合约束计数的方法相比，我们的方法对泛型和非泛型都有效，例如奇异配置。重要的是，我们的几何方法为沿松驰模式的集体运动提供了明确的基础，从而形成了一个探测构象空间的有效程序。协调集体运动的原子详细结构特征将允许我们通过选择性稳定构象来设计或变构调节生物分子，这些构象增强或抑制功能，对人类健康具有广泛影响。

MSC公司：

74A05型 变形运动学
74英尺10英寸 流固相互作用（包括气动和水弹性、孔隙度等）
70B99型 运动学

关键词：

蛋白质;刚性;空空格;奇异构型;蛋白质集体运动;构象取样
PDF格式BibTeX公司 XML格式引用
\textit{D.Budday}等人，J.Mech。物理学。固体83，36-47（2015；Zbl 1321.74004）
全文： 内政部 链接

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