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伊莉莎·克登库夫;阿默里·兰伯特;纪尧姆·阿查兹

使用最大连锁不平衡块测试人口下降。 （英语） Zbl 1516.92030号

西奥。大众。生物。 134, 171-181 (2020).
摘要：只有6%的已知物种具有保护状态。评估保护状态的方法通常基于个体数量，因此过于繁琐，无法推广到所有物种。推断过去种群规模变化的种群基因组学方法很容易使用，但仅限于相对遥远的过去。在这里，我们提出了一种种群基因组学方法，用于测试最近的种群数量下降，并可用于评估物种保护状态。更具体地说，我们研究了最大无重组（MRF）区块，这是从共同祖先遗传而来的序列比对片段，没有重组。小种群的MRF区块相对较长。我们使用MRF块长度的分布按其平均值重新调整，以测试最近的人口下降。然而，由于MRF区块很难检测，我们也考虑了最大连锁不平衡（MLD）区块，这是与单个树兼容的单核苷酸多态性。我们开发了一种新的方法，能够根据重新标定的MLD块长度推断最近的下降（例如，对于大小减半到（N），（0.05倍N）代之前的种群，检测能力为50%）。我们的框架可以作为定量工具的基础，以评估各种物种的保护状况。

MSC公司：

92D10型 遗传学和表观遗传学
92D15型 与进化有关的问题
62页第10页 统计学在生物学和医学中的应用；元分析

关键词：

合并理论;复合;人口统计学;保护生物学

软件：

叮当声
PDF格式BibTeX公司 XML格式引用
\textit{E.Kerdoncuff}等人，Theor。大众。生物134171--181（2020；Zbl 1516.92030）
全文： 内政部 内政部
OA许可证

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