wwPDB 2024新闻
目录
09/17/2024
2024年11月1日FTP文件下载协议的废除
多年来，用于文件下载的FTP协议越来越不受欢迎，取而代之的是HTTP/S。HTTP/S有许多优点，包括速度、无状态、安全性（HTTPS）和更好的支持。重要的是，在过去2-3年中，主要的web浏览器（Chrome和Firefox）已经放弃了对FTP协议的支持，这实际上已经停止了对非技术用户的FTP协议。
鉴于互联网上的大多数文件下载活动已转向HTTP/S，wwPDB计划于2024年11月1日否决FTP下载协议(参见之前的公告）.
将继续维护对RSYNC协议的支持，该协议提供了额外的功能。
如前所述，wwPDB支持特定于协议的DNS名称：
- http://files.wwpdb.org用于HTTP/S
- rsync://rsync.wwpdb.org对于RSYNC
- ftp的ftp.wwpdb.org；将于2024年11月1日弃用。请注意，此DNS名称不接受HTTP/S流量。
请联系info@wwpdb.org有任何问题。
08/28/2024
生物馆馆长里程碑：处理了10000笔以上的存款
祝贺生物验证器Irina Persikova博士处理了10000多个PDB沉积。她是wwPDB中第七位达到这一里程碑的生物化学家。
Irina接受了固态物理学博士培训，并为RCSB PDB提供了20多年的服务。她以作者或合著者的身份为17种出版物和一个图书章节做出了贡献。
她已成为一名高素质的专业人士，对科学数据和各种实验技术有着深刻的理解，并致力于高质量的数据管理。她深厚的数据管理专业知识和对卓越的承诺为科学界的高质量数据存档做出了贡献。我们祝贺伊琳娜取得了这一激动人心的成就，并期待她的未来成功。
伊琳娜·佩西科娃
08/14/2024
PDB档案服务于由集成和混合方法（IHM）确定的结构
PDB存档中可用的集成结构由综合和混合结构确定方法（IHM）确定的结构现在与PDB档案中的实验结构一起提供。这些结构被沉积到PDB Dev系统中并由PDB Dev系统处理。每个IHM结构都有一个PDB ID，在_database_2类别中的PDBx/mmCIF文件中报告，“综合”方法起源在_struct.PDBx_structure_determination_methodology中捕获。用户可以访问和下载IHM结构和相关数据，网址为文件.wwpdb.org/pub/pdb_ihm/.
目前，提供了JSON格式的保存文件、PDF格式的验证报告（摘要和完整报告）以及PDBx/mmCIF格式的模型文件。
- /pdb_ihm/holdings/（当前持有，已发布结构上次修改日期，未发布条目）
- /pdb_ihm/data/entrys/hash/｛pdb_id｝/validation_reports/（包括摘要和完整验证报告）
- /pdb_ihm/data/entries/hash/{pdb_id}/strustructures/（模型文件的最新版本）
- 例如，https://files.wwpdb.org/pub/pdb_ihm/data/entries/zz/8zz1/structures/8zz1.cif.gz
未来可能会根据社区需求扩展数据。在不久的将来，IHM数据还将通过wwPDB DOI登录页和wwPDP合作伙伴网站提供。
问题或反馈？联系人deposit-help@mail.wwpdb.org或pdb-dev@mail.wwpdb.org.
06/18/2024
发布新的PDBx/mmCIF用户指南
PDBx/mmCIF生态系统的好处我们很兴奋地宣布PDBx/mmCIF文件格式用户指南.
蛋白质数据库交换大分子结晶信息框架是跨多种实验技术存储、注释和存档结构数据的基础(PDBx/毫米到岸价)代表蛋白质数据库的主格式。我们的用户友好指南提供了PDBx/mmCIF基本记录的详细说明和示例，旨在帮助存款人和用户顺利过渡到这种格式。
wwPDB预计到2028年，所有四个字符的PDB ID都将用完，之后将发布12个字符的PD ID。具有扩展PDB ID的条目将与传统PDB文件格式不兼容，并且只能以PDBx/mmCIF格式提供。wwPDB鼓励用户尽快转换为PDBx/mmCIF格式。
12个字符的PDB ID的PDBx/mmCIF记录示例我们邀请所有用户参与简要调查（可从PDBx/mmCIF文件格式用户指南)在2024年12月15日之前分享对本指南的反馈。您的反馈将大大有助于未来的发展。
06/11/2024
论文发表在NextGen档案馆
一篇新的论文描述了最近宣布的NextGen存档提供对PDB数据的集成注释和丰富结构信息的集中访问：
NextGen档案：全球蛋白质数据库集中访问综合注释和丰富的结构信息
Preeti Choudhary、Zukang Feng、John Berrisford、Henry Chao、Yasuyo Ikegawa、Ezra Peisach、Dennis W.Piehl、James Smith、Ahsan Tanweer、Mihaly Varadi、John D.Westbrook、Jasmine Y.Young、Ardan Patwardhan、Kyle L.Morris、Jeffrey C.Hoch、Genji Kurisu、Sameer Velankar、Stephen K.Burley
数据库（2024）2024:baae041https://doi.org/10.1093/database/baae041
这个PDB NextGen存档除了PDB主存档中的结构模型文件中提供的内容外，还提供了来自UniProt、SCOP2和Pfam等外部资源的序列注释。UniProtKB编号的加入方便了实验和预测蛋白质模型之间的结构比较。这些PDBx/mmCIF文件与各种数据可视化工具直接兼容，简化了三维结构视图上注释的显示。
06/06/2024
生物馆馆长里程碑：处理了10000笔以上的存款
祝贺RCSB PDB的Yuhe Liang处理了10000多份PDB沉积。他是第六位在wwPDB中达到这一里程碑的生物化学家。
梁博士获得了中国北京大学生物物理博士学位，拥有大分子晶体学专业知识，并在匹兹堡大学医学院接受了与人类健康相关的重要蛋白质结构和功能研究的博士后培训后加入了PDB。
梁玉禾在RCSB PDB的10年职业生涯中，他致力于丰富的科学知识和深厚的数据管理技能，为蛋白质数据库提供卓越的数据管理服务。他的奉献精神和精力为科学界的利益和进步，为高质量的数据存档做出了重大贡献。我们祝贺梁博士取得这一激动人心的成就，并期待着他在职业生涯中取得进一步的成功。
04/30/2024
即将到来：PDB中蛋白质修饰的注释
蛋白质修饰处理的标准化确保有一种单一的正确方法来处理PDB档案中发生的每个蛋白质修饰。然而，有许多现有的PDB条目包含不遵循这些处理约定的蛋白质修饰。
作为蛋白质修饰修复项目的一部分，正在重新发布包含蛋白质修饰的所有模型坐标文件，以添加新的蛋白质修饰数据类别。此新类别将在条目中列出所有观察到的PCM/PTM，以及它们的类型和类别，以便更好地查找。
一个新的类别也将被添加到化学成分定义（CCD）文件中。它将说明CCD是否是已知的PCM，其类型和类别，以及预计在氨基酸和多肽中的哪些位置观察到。如果此PCM也是已知的PTM，它将具有Uniprot通用PTM登录ID。
最后，PDB条目中处理不一致的任何蛋白质修改都将被修改，以确保在PDB档案中一致处理给定的修改。
有关这项工作的详细信息可以从GitHub获得，包括PDBx/mmCIF字典扩展和一组示例文件，以及附加注释的完整文档.
问题或反馈？联系人deposit-help@mail.wwpdb.org。
蛋白质化学修饰（PCM）和翻译后修饰（PTM）修复项目是wwPDB合作项目，主要由PDBe公司在EMBL-EBI公司由BBSRC拨款BB/V018779/1资助。
04/08/2024
CASP16目标呼吁
CASP（蛋白质结构预测的关键评估）正在寻找靶点。CASP（蛋白质结构预测的关键评估）实验每两年进行一次。由于引入了深度学习方法，最近几轮的建模精度大幅提高：2018年，大多数蛋白质的折叠首次得到正确计算[1]；2020年，许多计算的蛋白质结构的准确性与相应的实验结构相媲美[2]；2022年，蛋白质复合物的准确性大幅提高[3]。
我们已经看到了深层学习方法在结构生物学中可能取得的成就。除了进一步提高蛋白质复合物的准确性外，正在开发RNA结构、有机配体-蛋白质复合物以及超越单个大分子结构计算构象集成的方法。准确的计算方法和实验数据也为探索以前无法进入的生物系统提供了前景。CASP扩大了其范围，在所有这些领域提供关键评估。
只有在实验结构生物学团体的慷慨参与下，CASP才有可能提供合适的靶点：在前几轮CASP中，共获得1100多个靶点。我们现在要求2024年CASP16实验的目标。我们需要在以下领域实现挑战目标：
单蛋白结构：2020年和2022年的CASP表明，到目前为止，Alphafold2及其周围构建的方法是最准确的[4]。但也有局限性，特别是对于一些只有浅序列比对的蛋白质和非常大的蛋白质（超过1000个氨基酸）。最好的结果还需要大量的计算资源，远远超出了AlphaFold2的默认设置。许多新方法正在不断出现，这些可能会消除一些剩余的困难。所有类型的蛋白质靶点都是必需的，尤其是那些具有浅序列比对、没有结构模板和大蛋白的靶点。
蛋白质复合物：在2022年的CASP15中，先进的深度学习方法首次应用于蛋白质复合物[5]。结果是，与经典对接方法相比，精确度有了巨大提高。但总的来说，结果还没有达到单个蛋白质的水平。因此，在CASP16中，我们需要这方面的各种目标，以便确定自那时以来的进展。我们特别需要蛋白质-蛋白质界面上没有进化信息的复合物，例如抗体-抗原复合物。（这一CASP类别是与我们在CAPRI的同事密切合作进行的——蛋白质相互作用的关键评估[6]）。
核酸结构和配合物：由于认识到核酸结构和络合物在生物学中的主要作用，CASP现在包括这类靶点。已经发表了许多论文，声称使用深度学习方法成功计算RNA结构，但那些参与2022年CASP RNA类别的论文表现不如经典方法好，并且没有任何方法能够有效处理包括的两种RNA蛋白复合物[7]。CASP需要多种RNA、DNA和复合物作为靶点，以观察这种情况是否已经改变。（该CASP类别是与RNA谜题密切合作进行的[8]）。
有机配体-蛋白质复合物：这一领域对计算机辅助药物发现至关重要。早些时候，已经有社区实验来评估方法的准确性，特别是SAMPL、CSAR、D3R和一种新方法，隐藏物，最近才开始。这些挑战吸引了学术界和工业界研究人员的国际参与。在这里，也出现了一些有希望的深度学习论文，但在2022年CASP15试验中，经典方法仍然优于[9]。因此，我们需要制定适当的目标，看看自那时以来是否取得了进展。理想情况下，这些应该是药物发现项目中的一组三维蛋白-甘氨酸复合物，但单个靶点也值得赞赏。此外，如果可用，我们将评估非结构量，如亲和力或亲和力排名，以及其他可用的药物特性（小分子pKs和DMPK相关特性）。
大分子构象的集合：现在人们普遍认为，蛋白质和核酸通常采用多种构象来支撑其功能。在这些情况下，仅考虑单个蛋白质或RNA构象可能是一个重大的过于简单化。2022年CASP15包括一项初步实验，以评估计算多种构象的方法，结果令人鼓舞[10]，但受可用实验数据的限制。2024年，我们不仅寻求同一大分子的多个实验三维结构的案例，还寻求其他类型的数据，这些数据可能用于评估计算的构象集合，例如低温EM、NMR、X射线晶体学、SAXS和/或交联数据。
集成建模：更强大的计算方法为结合稀疏或低分辨率实验数据研究以前无法访问的生物结构和机器开辟了新的可能性。CASP对探索这些可能性很感兴趣，因此要求在已经获得结构的情况下使用实验困难的目标。在适当的情况下，我们希望能够与其他实验小组合作，提供NMR、交联或SAXS的适当数据。
有三种途径可以为CASP贡献目标：
- （首选）通过我们的网络接口直接提交给CASP（需要快速登记如果您在我们这里没有账户）。
- 电子邮件至targets@predictioncenter.org提出目标建议或讨论任何问题。
- 将您的结构提交给PDB（保留），并通过PDB的提交界面将其指定为CASP目标。
2024年CASP的时间表要求从现在开始直到7月1日提交目标。如果您对其他目标来源有合适的建议或建议，我们希望尽快收到您的来信。为了保持精确性，在收集计算结构之前，不得公开目标的实验数据。为了进行评估，CASP要求在8月15日之前提供实验数据，但在此之后数据可以保密。邀请目标提供商为CASP期刊的特刊投稿[11-15]蛋白质.
CASP组织者：John Moult、Krzysztof Fidelis、Andriy Kryshtafovych、Torsten Schwede、Maya Topf
- Kryshtafovych A，Schwede T，Topf M，Fidelis K，Moult J.蛋白质结构预测（CASP）方法的关键评估-第十三轮。蛋白质2019；87(12):1011-1020.
- Kryshtafovych A，Schwede T，Topf M，Fidelis K，Moult J.蛋白质结构预测（CASP）方法的关键评估-第十四轮。蛋白质2021；89(12):1607-1617.
- Kryshtafovych A，Schwede T，Topf M，Fidelis K，Moult J.蛋白质结构预测（CASP）方法的关键评估-第十五轮。蛋白质2023；91(12):1539-1549.
- Simpkin AJ、Mesdaghi S、Sanchez Rodriguez F、Elliott L、Murphy DL、Kryshtafovych A、Keegan RM、Rigden DJ。CASP15第三纪结构评估。蛋白质2023；91(12):1616-1635.
- Ozden B，Kryshtafovych A，Karaca E.基于人工智能的建模对蛋白质组装预测准确性的影响：来自CASP15的见解。蛋白质2023；91(12):1636-1657.
- Lensink MF、Brysbaert G、Raouraoua N、Bates PA、Giulini M、Honorato RV、van Noort C、Teixeira JMC、Bonvin A、Kong R、Shi H、Lu X、Chang S、Liu J、Guo Z、Chen X、Morehead A、Roy RS、Wu T、Giri N、Quadir F、Chen C、Cheng J、Del Carpio CA、Ichiishi E、Rodriguez-Lumpreras LA、Fernandez-Recio J、Harmalkar A、Chu LS、Canner S、Smanta R、Gray JJ、Li H、，Lin P、He J、Tao H、Huang SY、Roel Touris J、Jimenez Garcia B、Christoffer CW、Jain AJ、Kagaya Y、Kannan H、Nakamura T、Terashi G、Verburgt JC、Zhang Y、Zhang Z、Fujuta H、Sekijima M、Kihara D、Khan O、Kotelnikov S、Ghani U、Padhorny D、Beglov D、Vajda S、Kozakov D、Negi SS、Ricciardelli T、Barradas Bautista D、Cao Z、Chawla M、Cavallo L、Oliva R，Yin R、Cheung M、Guest JD、Lee J、Pierce BG、Shor B、Cohen T、Halfon M、Schneidman-Duhovny D、Zhu S、Yin R，Sun Y、Shen Y、Maszota-Zieleniak M、Bojarski KK、Lubecka EA、Marcisz M、Danielsson A、Dziadek L、Gaardlos M、Gieldon A、Liwo A、Samsonov SA、Slusarz R、Zieba K、Sieradzan AK、Czaplewski C、Kobayashi S、Miyakawa Y、Kiyota Y、Takeda西塔卡M，Olechnovic K、Valancauskas L、Dapkunas J、Venclovas C、Wallner B、Yang L、Hou C、He X、Guo S、Jiang S、Ma X、Duan R、Qui L、Xu X、Zou X、Velankar S、Wodak SJ。AlphaFold对蛋白质复合物结构预测的影响：CASP15-CAPRI实验。蛋白质2023；91(12):1658-1683.
- Das R、Kretsch RC、Simpkin AJ、Mulvaney T、Pham P、Rangan R、Bu F、Keegan RM、Topf M、Rigden DJ、Miao Z、Westhof E。CASP15中三维RNA结构预测的评估。蛋白质2023；91(12):1747-1770.
- Magnus M、Antczak M、Zok T、Wiedemann J、Lukasiak P、Cao Y、Bujnicki JM、Westhof E、Szachniuk M、Miao Z.RNA-Puzzles工具包：RNA 3D结构基准数据集的计算资源、结构操纵和评估工具。核酸研究2020；48(2):576-588.
- Robin X、Studer G、Durairaj J、Eberhardt J、Schwede T、Walters WP。评估CASP15中的蛋白-甘氨酸复合物。蛋白质2023；91(12):1811-1821.
- Kryshtafovych A、Montelione GT、Rigden DJ、Mesdaghi S、Karaca E、Moult J.打破构象集成障碍：CASP15中的集成结构建模挑战。蛋白质2023；91(12):1903-1911.
- Kretsch RC、Andersen ES、Bujnicki JM、Chiu W、Das R、Luo B、Masquida B、McRae EKS、Schroeder GM、Su Z、Wedekind JE、Xu L、Zhang K、Zheludev IN、Moult J、Kryshtafovych A.CASP15中的RNA目标亮点：结构提供者对预测模型的评估。蛋白质2023；91(12):1600-1615.
- Alexander LT、Durairaj J、Kryshtafovych A、Abriata LA、Bayo Y、Bhabha G、Breyton C、Caulton SG、Chen J、Degreux S、Ekiert DC、Erlandsen BS、Freddolino PL、Gilzer D、Greening C、Grimes JM、Grinter R、Gurusaran M、Hartmann MD、Hitchman CJ、Keown JR、Kropp A、Kursula P、Lovering AL、Lemaitre B、Lia A、Liu S、Logotheti M、Lu S、Markusson S、Miller MD、，Minasov G、Niemann HH、Opazo F、Phillips GN，Jr.、Davies OR、Rommelaere S、Rosas-Lemus M、Roversi P、Satchell K、Smith N、Wilson MA、Wu KL、Xia X、Xiao H、Zhang W、Zhou ZH、Fidelis K、Topf M、Moult J、Schwede T。CASP15中蛋白质靶点突出显示：由结构提供者分析模型。蛋白质2023；91(12):1571-1599.
- Alexander LT、Lepore R、Kryshtafovych A、Adamopoulos A、Alahuhta M、Arvin AM、Bomble YJ、Bottcher B、Breyton C、Chiarini V、Chinnam NB、Chiu W、Fidelis K、Grinter R、Gupta GD、Hartmann MD、Hayes CS、Heidebrecht T、Ilari A、Joachimiak A、Kim Y、Linares R、Lovering AL、Lunin VV、Lupas AN、Makbul C、Michalska K、Moult J、Mukherjee PK、Nutt WS、，Oliver SL、Perrakis A、Stols L、Tainer JA、Topf M、Tsutakawa SE、Valdivia-Delgado M、Schwede T。《CASP14：结构提供商的模型分析》中的目标重点。蛋白质2021；89(12):1647-1672.
- Lepore R、Kryshtafovich A、Alahuhta M、Veraszto HA、Bomble YJ、Bufton JC、Bullock AN、Caba C、Cao H、Davies OR、Desfosses A、Dunne M、Fidelis K、Goulding CW、Gurusaran M、Gutsche I、Harding CJ、Hartmann MD、Hayes CS、Joachimiak A、Leiman PG、Loppnau P、Lovering AL、Lunin VV、Michalska K、Mir Sanchis I、Mitra AK、Moult J、Phillips GN，Jr。，Pinkas DM、Rice PA、Tong Y、Topf M、Walton JD、Schwede T。CASP13中的目标亮点：作者眼中的实验目标结构。蛋白质2019；87(12):1037-1057.
- Kryshtafovych A、Albrecht R、Basle A、Bule P、Caputo AT、Carvalho AL、Chao KL、Diskin R、Fidelis K、Fontes C、Fredslund F、Gilbert HJ、Goulding CW、Hartmann MD、Hayes CS、Herzberg O、Hill JC、Joachimiak A、Kohring GW、Koning RI、Lo Leggio L、Mangiagalli M、Michalska K、Moult J、Najmudin S、Nardini M、Nardone V、Ndeh D、Nguyen TH、Pintacuda G、，Postel S、van Raaij MJ、Roversi P、Shimon A、Singh AK、Sundberg EJ、Tars K、Zitzmann N、Schwede T。第一次PSI后CASP实验的目标亮点（CASP12，2016年5月至8月）。蛋白质2018；86补充1（补充1）：27-50。
03/21/2024
发表于核磁共振抑制验证的论文
我们很高兴地宣布这份手稿的发表，解决了根据约束数据验证实验生物分子NMR结构的挑战。
NMR交换（NEF）和NMR-STAR格式为表示常用的NMR约束提供了一种标准化方法。利用这些约束格式，开发了一个标准化验证系统，用于评估生物聚合物的结构模型，并在wwPDB OneDep数据采集系统中实现。
产生的wwPDB约束违反报告提供了使用距离和二面体约束确定的生物分子结构的模型与数据评估，并扩展到当前正在实施的其他约束类型。这些工具有助于评估核磁共振模型，以及评估基于距离约束的生物分子结构预测。
我们介绍了wwPDB对模型vs数据约束进行验证的基本原理，以及已开发的NMR距离和二面体约束验证工具和报告的总结，这些工具和报告在wwPDB验证管道中实施，并由wwPDB-NMR-VTF委员会推荐。
蛋白质数据库中NMR测定的生物分子结构的抑制验证
库马兰·巴斯卡兰、伊丽莎·普洛斯科恩、罗伯托·特杰罗、Masashi Yokochi、黛博拉·哈鲁斯、梁玉和、埃兹拉·佩萨奇、伊琳娜·波斯科娃、特蕾莎·拉梅洛、莫妮卡·塞哈兰、詹姆斯·托尔查德、约翰·德韦斯特布鲁克、本杰明·巴迪奥、查尔斯·施维特斯、阿尔丹·帕特沃德汉、萨米尔·维兰卡、斯蒂芬·K·伯利、根吉·库里苏、杰弗里·霍奇、盖塔诺·T·蒙特利昂、，Geerten W Vuister、Jasmine Y Young
(2024)结构32，1-14:doi:2016年10月10日/j.str.2024.02.011
wwPDB计划通过提供基于社区推荐的其他类型约束的模型与数据质量评估，进一步增强验证报告，并改进具有多种构象状态的结构的数据表示。
03/12/2024
CryoEM存档和验证建议上发表的论文
2020年1月，EMBL-EBI（英国欣克斯顿）举办了一次研讨会，讨论低温电磁结构沉积和验证的数据要求，重点是单粒子分析和制定社区建议。此次会议的结果现已发表在这份手稿中，其中重点介绍了wwPDB在3DEM验证领域取得的最新成就以及未来的社区建议。其中一些建议已经实施，例如由验证分析（VA）管道支持的三层策略，用于传播验证信息并确保VA可以由外部应用程序运行。
关于低温EM数据存档和验证的社区建议
杰拉德·J·克莱维特（Gerard J.Kleywegt）、保罗·D·亚当斯（Paul D.Adams）、莎拉·J·布彻（Sarah J.Butcher）、凯西·劳森（Cathy Lawson）、亚历克西斯·罗侯（Alexis Rohou）、彼得·B·罗森塔尔（Peter B.Rosenthal）、斯里拉姆·苏布拉曼尼亚（Sriram Subramaniam）、玛雅·托夫（Maya Topf）、桑贾·阿伯特（Sanja Abbott）、菲利普·鲍德温（Philip R.Baldwin）、约翰·M·贝里斯福德，Juha T.Huiskonen、Andrei Istrate、Takayuki Kato、Gabriel C.Lander、Shee-Mei Lok、Steven J.Ludtke、Garib N.Murshudov、Ryan Pye、Grigore D.Pintile、Jane S.Richardson、Carsten Sachse、Osman Salih、Sjors H.W.Scheres、Gunnar F.Schroeder、Carlos Oscar S.Sorzano、Scott M.Stagg、Zhe Wang、Rangana Warshamanage、John D.Westbrook、Martyn D.Winn、，Jasmine Y.Young、Stephen K.Burley、Jeffrey C.Hoch、Genji Kurisu、Kyle Morris、Ardan Patwardhan、Sameer Velankar
(2024)IUCrJ大学11: 140–151https://doi.org/10.107/S2052252524001246
图形摘要
02/27/2024
EMDB的最新发展
本文介绍了3DEM数据归档的最新发展以及EMDB的未来计划。电子显微镜领域的迅速普及与新技术和软件解决方案相结合，共同推动了每年沉积量的指数增长，沉积数据分辨率的提高，以及与3DEM数据相关的分子模型的准确性。随着EMDB的不断发展，它仍致力于提供符合公平原则的世界级存档。此外，我们认识到方便和开放地访问准确管理的数据对于档案的不同用户的重要性，我们计划继续推动和加强这一进程。
EMDB-电子显微镜数据库
wwPDB联盟
核酸研究（2024）52:D456–D465https://doi.org/10.1093/nar/gkad1019
02/11/2024
生物馆馆长里程碑：处理了10000笔以上的存款
祝贺生物化学家陈敏宇处理了10000多个PDB沉积。她是PDBj中第二位达到这一里程碑的生物化学家，也是wwPDB中的第五位。Yumiko Kengaku于2021年4月达到这一里程碑.
Minyu获得大阪大学环境工程博士学位，在大阪国家大脑和心血管中心工作后加入PDB。她于2007年加入PDB，目前在大阪蛋白质研究基金会PDBj的分公司工作。她已成为一名高素质的专业人士，对科学数据和各种实验技术有着深刻的理解，并致力于高质量的数据管理。她深厚的数据管理专业知识和对卓越的承诺为科学界的高质量数据存档做出了贡献。我们祝贺敏玉取得了这一激动人心的成就，并期待她的未来成功。
蛋白质研究基金会主席Toshiharu Hase教授和Minyu Chen博士。
里程碑不倒翁。
02/05/2024
核磁共振约束验证预印本
图形摘要这份手稿解决了根据限制数据验证实验生物分子NMR结构的挑战。NMR交换（NEF）和NMR-STAR格式为表示常用的NMR约束提供了一种标准化方法。利用这些约束格式，开发了一个标准化验证系统，用于评估生物聚合物的结构模型，并在wwPDB OneDep数据采集系统中实现。产生的wwPDB约束违反报告提供了使用距离和二面体约束确定的生物分子结构的模型与数据评估，并扩展到当前正在实施的其他约束类型。这些工具有助于评估核磁共振模型，以及评估基于距离约束的生物分子结构预测。我们介绍了wwPDB对模型vs数据约束进行验证的基本原理，以及已开发的NMR距离和二面体约束验证工具和报告的总结，这些工具和报告在wwPDB验证管道中实施，并由wwPDB-NMR-VTF委员会推荐。
蛋白质数据库中NMR测定的生物分子结构的抑制验证
库马兰·巴斯卡兰、伊丽莎·普洛斯科恩、罗伯托·特杰罗、Masashi Yokochi、黛博拉·哈鲁斯、梁玉和、埃兹拉·佩萨奇、伊琳娜·波斯科娃、特蕾莎·拉梅洛、莫妮卡·塞哈兰、詹姆斯·托尔查德、约翰·德韦斯特布鲁克、本杰明·巴迪奥、查尔斯·施维特斯、阿尔丹·帕特沃德汉、萨米尔·维兰卡、斯蒂芬·K·伯利、根吉·库里苏、杰弗里·霍奇、盖塔诺·T·蒙特利昂、，Geerten W Vuister、Jasmine Y Young
(2024)生物Rxiv2024.01.15.575520; 数字对象标识：10.1101/2024.01.15.575520
wwPDB计划通过提供基于社区推荐的其他类型约束的模型vs数据质量评估，进一步增强验证报告，并改进多构象状态结构的数据表示。
02/01/2024
CryoEM存档和验证建议上发布的预打印
每年在多个解析箱中发布的EMDB条目数，来自2010年至2023年12月2020年1月，EMBL-EBI（英国Hinxton）举办了一次研讨会，讨论低温电磁结构沉积和验证的数据要求，重点是单粒子分析，并提出社区建议。
关于低温EM数据存档和验证的社区建议
杰拉德·J·克莱维特（Gerard J.Kleywegt）、保罗·D·亚当斯（Paul D.Adams）、莎拉·J·布彻（Sarah J.Butcher）、凯西·劳森（Cathy Lawson）、亚历克西斯·罗侯（Alexis Rohou）、彼得·B·罗森塔尔（Peter B.Rosenthal）、斯里拉姆·苏布拉曼尼亚（Sriram Subramaniam）、玛雅·托夫（Maya Topf）、桑贾·阿伯特（Sanja Abbott）、菲利普·鲍德温（Philip R.Baldwin）、约翰·M·贝里斯福德，Juha T.Huiskonen、Andrei Istrate、Takayuki Kato、Gabriel C.Lander、Shee-Mei Lok、Steven J.Ludtke、Garib N.Murshudov、Ryan Pye、Grigore D.Pintile、Jane S.Richardson、Carsten Sachse、Osman Salih、Sjors H.W.Scheres、Gunnar F.Schroeder、Carlos Oscar S.Sorzano、Scott M.Stagg、Zhe Wang、Rangana Warshamanage、John D.Westbrook、Martyn D.Winn、，Jasmine Y.Young、Stephen K.Burley、Jeffrey C.Hoch、Genji Kurisu、Kyle Morris、Ardan Patwardhan、Sameer Velankar
(2023)arXiv公司数字对象标识：10.48550/arXiv.2311.17640
该研讨会的几个社区建议已纳入wwPDB验证报告，包括地图分析、FSC验证和使用Q-score的地图模型适合度。下一步，wwPDB计划提供地图模型适合度的总体质量百分位数，与wwPDB验证报告中的其他PDB条目进行比较。
01/29/2024
NextGen存档上发布的预打印
一篇新的论文描述了最近宣布的NextGen存档提供对PDB数据的集成注释和丰富结构信息的集中访问：
NextGen档案：全球蛋白质数据库集中访问综合注释和丰富的结构信息
Preeti Choudhary、Zukang Feng、John Berrisford、Henry Chao、Yasuyo Ikegawa、Ezra Peisach、Dennis W.Piehl、James Smith、Ahsan Tanweer、Mihaly Varadi、John D.Westbrook、Jasmine Y.Young、Ardan Patwardhan、Kyle L.Morris、Jeffrey C.Hoch、Genji Kurisu、Sameer Velankar、Stephen K.Burley
(2023)生物Rxiv数字对象标识：10.1101/2023.10.24.563739
这个PDB NextGen存档除了PDB主存档中的结构模型文件中提供的内容外，还提供了来自UniProt、SCOP2和Pfam等外部资源的序列注释。UniProtKB编号的加入方便了实验和预测蛋白质模型之间的结构比较。这些PDBx/mmCIF文件与各种数据可视化工具直接兼容，简化了三维结构视图上注释的显示。
01/28/2024
日本生物物理学会会议获奖
wwPDB基金会在2023年日本生物物理学会会议（11月14日至16日，日本名古屋）.
Keisuke Kasahara公司Fv-增压抗体-抗原相互作用的热力学分析和相互作用参数的控制
Keisuke Kasahara（1）、Daisuke Kuroda（2）、Jose Caaveiro（3）、Satoru Nagatoishi（4）、Kouhei Tsumoto（1,4）
1） 生物工程部。，毕业生。附表。东京大学工程师；2） Res.Ctr.公司。药物疫苗开发，NIID；3） 梯度。附表。药学。，Kyusyu Univ.，4）医学发展注册研究中心。，毕业生。附表。东京大学工程师
凯尔·伊恩·彼得·勒胡雷利用机器学习和高通量分子动力学模拟的能力预测蛋白质-脂质相互作用Kyle Ian Peter Le Huray（1、2）、Frank Sobott（1）、He Wang（3）、Antreas Kalli（2）
1） 英国利兹大学生物科学学院分子与细胞生物学学院；2） 英国利兹大学医学院利兹心血管和代谢医学研究所；3） 英国利兹大学计算学院
南美胜彦复制依赖性组蛋白（Repli-Histo）标记显示染色质运动可以决定DNA复制时间
胜彦南弥（1,2）、佐藤义德（1,2
1） 国家遗传学研究所；2） SOKENDAI高等研究院
非常感谢会议组织者和奖项评委为这些奖项的颁发做出了贡献。
wwPDB基金会成立于2010年，旨在筹集资金支持世界卫生大会的推广活动。基金会筹集资金，帮助支持PDB50活动、研讨会和教育出版物。该基金会被特许为501（c）（3）实体，专门用于科学、文学、慈善和教育目的。
考虑支持PDB未来50年的开放、合作和教育精神向wwPDB基金会捐款.
01/08/2024
支持扩展PDB ID格式的资源（PDB_00001abc）
wwPDB预计到2029年将使用所有四个字符的PDB登录代码（PDB ID）。
随着PDB档案的不断增长，wwPDB修改了PDB登录代码格式，扩展了其长度并在前面加上了“PDB”（例如，“1abc”将变为“PDB_00001abc）。该过程将实现对已发布文献中PDB条目的文本挖掘检测，并允许更具信息性和透明的修订数据文件交付。
一旦使用了四个字符的PDB ID，具有扩展PDB ID（12个字符）的条目将与传统PDB文件格式不兼容。wwPDB鼓励科学期刊、PDB社区和用户尽快过渡到使用PDBx/mmCIF格式和扩展的PDB ID格式。
通过wwPDB资源门户页面（具有12个字符的扩展PDB ID）。此页面链接到用于处理此更改的有用资源，包括PDB ID扩展常见问题解答、资料以了解有关PDBx/mmCIF格式的更多信息，以及其他PDBx/mmCIF资源和软件工具的链接。随着过渡阶段的进展，更多培训资源将添加到此页面。
此外，将在2026年的过渡阶段提供PDB“测试版”档案。此“beta”存档的目录结构将反映PDB版本存档以…的形式https://files-beta.org/pub/pdb/data/entries/双字母散列/pdb附加代码/条目数据文件名。两个字母的散列将基于n-2和n-3字符。例如，PDB条目PDB_12345678将位于/67/之下。这将与当前PDB存档保持一致，例如PDB条目1abc位于/ab之下。
一旦使用了所有四个字符的PDB登录代码，此PDB“beta”存档将成为PDB主存档，当前的PDB存档将被删除。
下载包含扩展PDB ID的示例文件，以便采用软件来自GitHub.
wwPDB最近宣布，PDB三字符化学成分ID已被使用。OneDep系统现在发布CCD ID的五个字符的字母数字登录码。
如需更多信息，请联系我们info@wwpdb.org.
扩展PDB ID示例