wwPDB常见问题

WWPDB的愿景和使命是什么？

愿景：维持生物大分子结构数据和元数据的可自由访问、互操作的核心档案，作为一种持久的公共利益，以促进科学领域的基础和应用研究与教育。

使命：

• 根据公平原则，将wwPDB核心档案作为公共物品进行管理。
• 免费向全球数据管理员提供专家沉积、验证、生物化和修复服务。
• 确保公共领域结构生物学数据的普遍开放访问，不受使用限制。
• 为全球结构生物学数据的存档和交换制定并推广社区认可的数据标准。

什么是PDB档案？

“PDB存档”是PDBx/mmCIF格式的平面文件的集合，如果可能，还包括传统的PDB文件格式。每个wwPDB站点都分发相同的PDB存档。

如何访问蛋白质数据库档案？

RCSB PDB、PDBe和PDBj用作沉积、数据处理和PDB档案的分发站点。每个wwPDB站点都提供其拥有主数据的视图，从而提供各种工具和为全球社会提供资源。

PDB档案是如何管理的？

wwPDB成员同意RCSB将是“档案保管人”，将对PDB具有唯一的写入权限归档和控制目录结构和内容。档案管理员向所有人分发新的PDB标识符沉积位置。的成员wwPDB将承诺使用协议中规定的PDB 4字母代码。四个字母的PDB标识符当前包括后面跟着3个字母或数字的数字（0-9）。

存档的PDB文件将与保留的pdb格式的常规名称条目id.ent，其中条目id是PDB的4字母代码，例如pdb1abc.ent，用于PDB格式条目；第页条目idsf.ent，例如r1abcsf.ent，用于X射线实验数据；条目id.mr，例如1abc.mr，用于NMR实验/约束；条目id.cif，例如1abc.cif，用于mmCIF格式条目；和条目id.xml，例如1abc.xml，用于规范的XML格式条目。

为什么会形成wwPDB？

wwPDB将PDB的国际性正式化确保存档保持单一和统一。wwPDB的成立将对储户透明。三个现场将继续接受PDB沉积看起来和现在没有什么不同。数据将是在所有wwPDB网站上进行了同样良好的验证和注释。

通过提供标准化PDB数据展示、软件开发人员和用户这些数据将保证数据的一致性。同时，它希望这项协议将允许个人创造如何呈现数据并使其可用于社区。

wwPDB的资金来源如何？

RCSB PDB得到了国家科学基金会、国家卫生研究院和能源部的支持。

PDBe得到了欧洲分子生物学实验室、威康信托基金会、生物技术和生物科学研究理事会、国家卫生研究院和欧盟的支持。

PDBj由国家生物科学数据库中心-日本科技署提供支持。

BMRB得到了美国国家普通医学科学研究所的支持。

EMDB由威康信托和EMBL-EBI

NSF向RCSB PDB和英国生物技术和生物研究委员会向PDBe提供的其他资金奖励共同支持下一代PDB档案（DBI-2019297，PI:S.K.Burley；BB/V004247/1，PI:Sameer Velankar）和新Mol*特征（DBI-2129634，PI:S.K.Burrey；BB/W017970/1，PI:Simeer Velandkar）的开发。