Wolfram解决方案 生物信息学
Wolfram Edge公司 Wolfram的比较 关键功能
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模拟生物系统 使用Wolfram System Modeler -
快速搜索 人类基因组 -
生成序列对齐 以可计算的形式 -
快速可视化 大规模序列比对 -
快速比较 基因结构 -
可视化生物反应网络 使用Wolfram System Modeler -
生成 使用集成的蛋白质结构、元素和颜色数据进行精确的蛋白质渲染 -
即时可视化 蛋白质序列比对 -
使用 内置蛋白质结构数据以生成Ramachandran图,可视化蛋白质折叠等 -
可视化 基因相互作用网络 -
快速发展 和测试算法 -
易于集成 在强大的计算环境中使用现成的基因组和蛋白质数据的遗留数据 -
构建交互式应用程序 并立即用Wolfram Player部署它们
自由形式的语言输入无需语法即可产生即时结果
Wolfram技术独有 内置管理的基因组和蛋白质组数据,无需预处理即可使用
Wolfram技术独有 高级语言和自动化界面构建,用于快速原型化应用程序
BioPerl、BioJava和BioPython需要大量编程才能实现交互式应用程序原型 强大的集成统计和图形工具,用于分析基因组、蛋白质组和其他数据
像Bioconductor这样的R项目只关注基因组数据 内置高级计算和自动报告生成
BioPerl、BioJava和BioPython不包括自动生成报告 易于使用的并行计算功能,用于解决多核计算机上的计算或数据密集型问题
在所有其他系统中并行化进程需要进行大量编程 符号功能体系结构支持的完整高级工作流
R没有内置符号功能
内置访问标准人类基因组的持续更新数据 » 所有参考人类蛋白质的综合负荷需求数据 » 人类基因组序列的快速精确匹配搜索 » 基因结构信息、基因功能元数据和本体的集成访问 内置染色体和带信息 轻松导入Affymetrix、GenBank、EDF、FASTA、NEXUS、PDB和其他数据格式 » 连续和非连续公共子序列的函数 »
使用局部或全局方法(如Smith–Waterman、Needleman–Wunsch等)进行序列比对 » 使用聚类分析、最近邻居等对数据进行分区 » 自由形式的语言输入无需语法即可产生即时结果 » 用于确定最短路径、图同构等的内置图论函数 与数据库、Java、C和的广泛链接和连接功能。 NET代码 » 高级字符串和常规列表操作,包括正则表达式表示法 » 自动将可编译的Wolfram语言程序转换为C代码,以便独立使用或与其他系统集成
使用内置的BioChem库对生物系统建模 » 导入和导出系统生物学标记语言(SBML)模型 » 可视化生物反应网络 » 与Mathematica无缝连接,实现最终的集成建模、仿真和分析工作流