PyDREAM公司 swMATH ID: 34672 软件作者： 艾琳·M·肖克利、贾斯珀·A·弗鲁特、卡洛斯·F·洛佩兹 描述： PyDREAM：python中生物模型的高维参数推断：生物模型包含许多参数，这些参数的值很难通过实验直接测量，因此需要根据实验数据进行校准。马尔可夫链蒙特卡罗（MCMC）方法适用于估计多元后验模型参数分布，但这些方法在高维搜索空间中可能表现出缓慢或过早的收敛。在这里，我们介绍了PyDREAM，它是由Vrugt和ter Braak（2008）以及Laloy和Vrugt（2012）开发的（Multiple-Try）差分进化自适应都市[DREAM（ZS）]算法的Python实现。PyDREAM在复杂、参数丰富的模型中取得了优异的性能，并充分利用了分布式计算资源，方便了CPU密集型生物模型的参数推断和不确定性估计。可用性和实现：PyDREAM在GNU GPLv3许可下可从Lopez lab GitHub存储库免费获得，网址为http://github.com/LoLab-VU/PyDREAM。 主页： https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5860607/ 源代码： https://github.com/LoLab-VU/PyDREAM网站 依赖项： 蟒蛇 相关软件： LPL软件;达斯克;被烧焦的;MEIGO公司;日晷;碲;规则投标人;TRuML公司;libRoadRunner网站;生物网络适配;科帕西;生物净发电;PyBioNet适配 引用于： 1文件 3位作者引用 1 卢卡斯·艾因克默 1 卡洛斯·洛佩兹（Carlos F.Lopez）。 1 玛蒂娜·普鲁格 连载1篇 1 计算物理学杂志 在3个字段中引用 1 线性代数和多线性代数；矩阵理论（15-XX） 1 数值分析（65-XX） 1 生物学和其他自然科学（92-XX） 按年份列出的引文