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PyBioNet适配

swMATH ID: 34668
软件作者: 密特拉,ED;苏德曼,R。;科尔文,J。;艾伦科夫。;胡,A。;索罗,HM;RG波斯纳;拉瓦切克,WS
描述: PyBioNetFit(PyBNF)是一个通用程序,用于参数化使用BioNetGen基于规则的建模语言(BNGL)或系统生物学标记语言(SBML)指定的生物模型。PyBioNetFit提供了一套用于参数优化的并行元启发式算法(差分进化、粒子群优化、分散搜索)。除了模型参数化之外,PyBNF还支持通过引导或贝叶斯方法进行不确定性量化,以及模型检查。PyBNF包括生物特性规范语言(BPSL),用于定义用于参数化或检查的定性数据。它在大多数Linux和macOS工作站以及计算集群上运行。
主页: https://pybnf.readthedocs.io/en/latest/
源代码: https://github.com/lanl/PyBNF
关键词: 定量方法;arXiv_q-bio.QM;分类数据;正式验证;并行计算;参数识别;基于规则的建模;生物模型
相关软件: 科帕西;阿米戈;;MEIGO公司;生物净发电;数据2Dynamics;皮佩斯托;香蒜酱;PEtab公司;日晷;短语SED-ML;CellML手机;R(右);pyABC公司;SBtab(SBtab);;蟒蛇;达克;PyDREAM公司;被烧焦的
引用于: 1出版物

标准条款

1出版物描述软件 年份
PyBioNetFit与生物特性规范语言
Eshan D.Mitra、Ryan Suderman、Joshua Colvin、Alexander Ionkov、Andrew Hu、Herbert M.Sauro、Richard G.Posner、William S.Hlavacek
2019

按年份列出的引文