.2024年6月17日：S0092-8674（24）00583-X。
doi:10.1016/j.cell.2024.05.039。
打印前在线。
泛癌蛋白基因组学拓展了治疗靶点的前景
萨拉·萨维奇 1, 易信培（Xinpei Yi） 1, 乔纳森·特雷 1, 博文 1, 赵宏伟 2, 廖玉兴 1, 埃里克·杰尼格 1, 劳伦·K·萨默斯 三, 保罗·沙弗 三, 托比·D·李 4, 自乐福 2, 窦永超 1, 致奥石 1, 大明高 5, 瓦伦蒂娜·霍约斯 6, 羌高 7, 张冰（Bing Zhang） 8
附属机构
附属机构
- 1美国德克萨斯州休斯顿贝勒医学院莱斯特和苏·史密斯乳腺中心，邮编77030；美国德克萨斯州休斯顿贝勒医学院分子与人类遗传学系，邮编77030。
- 2复旦大学中山医院肝癌研究所肝外科与移植科，中国肿瘤发生与肿瘤侵袭部重点实验室，上海市枫林路180号，邮编200032。
- 三美国德克萨斯州休斯顿贝勒医学院细胞与基因治疗中心，邮编77030。
- 4莱斯特和苏·史密斯乳腺中心，贝勒医学院，休斯顿，德克萨斯州77030，美国。
- 5中国科学院分子细胞科学卓越中心上海生物化学与细胞生物学研究所多细胞系统重点实验室，上海200031，中国。
- 6美国德克萨斯州休斯顿贝勒医学院莱斯特和苏·史密斯乳腺中心，邮编77030；美国德克萨斯州休斯顿贝勒医学院细胞与基因治疗中心，邮编77030。
- 7复旦大学中山医院肝癌研究所肝外科与移植科，中国肿瘤发生与肿瘤侵袭部重点实验室，上海市枫林路180号，邮编200032。电子地址：gao.qiang@zs-hospital.sh.cn。
- 8美国德克萨斯州休斯顿贝勒医学院莱斯特和苏·史密斯乳腺中心，邮编77030；美国德克萨斯州休斯顿贝勒医学院分子与人类遗传学系，邮编77030。电子地址：bing.zhang@bcm.edu。
剪贴板中的项目
泛癌蛋白基因组学扩大了治疗靶点的范围
萨拉·萨维奇等。
单元格.
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.2024年6月17日：S0092-8674（24）00583-X。
doi:10.1016/j.cell.2024.05.039。
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作者
萨拉·萨维奇 1, 易信培（Xinpei Yi） 1, 乔纳森·特雷 1, 博文 1, 赵宏伟 2, 廖玉兴 1, 埃里克·杰尼格 1, 劳伦·萨默斯 三, 保罗·沙弗 三, 托比·D·李 4, 子乐府 2, 窦永超 1, 致奥石 1, 大明高 5, 瓦伦蒂娜·霍约斯 6, 羌高 7, 张冰（Bing Zhang） 8
附属机构
- 1美国德克萨斯州休斯顿贝勒医学院莱斯特和苏·史密斯乳腺中心，邮编77030；美国德克萨斯州休斯顿贝勒医学院分子与人类遗传学系，邮编77030。
- 2复旦大学中山医院肝癌研究所肝外科与移植科，中国肿瘤发生与肿瘤侵袭部重点实验室，上海市枫林路180号，邮编200032。
- 三美国德克萨斯州休斯顿贝勒医学院细胞与基因治疗中心，邮编77030。
- 4莱斯特和苏·史密斯乳腺中心，贝勒医学院，休斯顿，德克萨斯州77030，美国。
- 5中国科学院分子细胞科学卓越中心上海生物化学与细胞生物学研究所多细胞系统重点实验室，上海200031，中国。
- 6美国德克萨斯州休斯顿贝勒医学院莱斯特和苏·史密斯乳腺中心，邮编77030；美国德克萨斯州休斯敦贝勒医学院细胞与基因治疗中心，邮编77030。
- 7复旦大学中山医院肝癌研究所肝外科与移植科，中国肿瘤发生与肿瘤侵袭部重点实验室，上海市枫林路180号，邮编200032。电子地址：gao.qiang@zs-hospital.sh.cn。
- 8美国德克萨斯州休斯顿贝勒医学院莱斯特和苏·史密斯乳腺中心，邮编77030；美国德克萨斯州休斯顿贝勒医学院分子与人类遗传学系，邮编77030。电子地址：bing.zhang@bcm.edu。
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摘要
食品和药物管理局（FDA）批准的抗癌药物针对的蛋白质不到200种。我们将来自10种癌症类型的1043名患者的临床蛋白质组肿瘤分析联盟（CPTAC）蛋白质组学数据与其他公共数据集进行整合，以确定潜在的治疗靶点。对2863种药物蛋白的泛癌分析揭示了广泛的丰度范围，并确定了影响mRNA-蛋白相关性的生物因素。将来自肿瘤的蛋白质组数据与来自细胞系的基因筛查数据相结合，确定蛋白质过度表达或过度激活驱动的药物依赖性，从而准确预测有效药物靶点。合成致死性的蛋白质组学鉴定为靶向肿瘤抑制基因丢失提供了一种策略。结合蛋白质组学分析和MHC结合预测，将突变KRAS肽优先作为有前景的公共新抗原。共享肿瘤相关抗原的计算机识别，然后进行实验验证，指定肽作为免疫治疗靶点。这些分析总结于https://targets.linkedomics.org网站形成蛋白质和肽靶点的综合景观，用于辅助诊断、药物再利用和治疗开发。
关键词：泛癌、蛋白质基因组学、药物靶点、蛋白质组学、合成致死性、新抗原、肿瘤抗原、数据集成。
版权所有©2024 The Authors。爱思唯尔公司出版。保留所有权利。
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利益声明V.H.拥有Marker Therapeutics和Allovir的股票。B.Z.收到阿斯利康的咨询费。
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