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.2024年5月2日:S0092-8674(24)00408-2。
doi:10.1016/j.cell.2024.04.013。 打印前在线。

利用单细胞转录组学和蛋白质组成像绘制人类骨髓生态位的细胞生物地理学

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利用单细胞转录组学和蛋白质组成像绘制人类骨髓生态位的细胞生物地理学

Shovik Bandyopadhyay公司等。 单元格. .
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摘要

非造血细胞是造血的重要贡献者。然而,人类骨髓中这些细胞的异质性和空间组织在很大程度上仍然没有特征。我们使用单细胞RNA测序(scRNA-seq)分析了29325个非造血细胞,发现了9个不同的转录亚型。我们同时分析了53417个造血细胞,并预测了它们与非造血亚群的相互作用。我们采用索引联合检测(CODEX)对120多万个细胞进行空间分析。我们整合了scRNA-seq和CODEX数据,将预测的细胞信号与空间邻近性联系起来。我们的分析揭示了早期骨髓生成的动脉-内皮邻域,以及早期造血干细胞和祖细胞(HSPCs)的脂肪细胞定位。我们使用CODEX图谱对新图像进行注释,并发现急性髓性白血病(AML)患者样本中的间充质基质细胞(MSC)扩增和空间邻域共同富集白血病母细胞和MSC。这张空间分辨率的人类骨髓多组学图谱为研究驱动造血的细胞相互作用提供了参考。

关键词:CODEX;骨髓;造血;白血病;间充质;微环境;邻里;信号;单细胞;空间组学。

PubMed免责声明

利益冲突声明

利益声明Maillard:Garuda Therapeutics:实体董事会或咨询委员会成员;Regeneron:研究资助;基因技术:研究基金。卡罗尔:制图生物学:实体董事会或咨询委员会成员;杨森制药:咨询。

的更新

  • 使用单细胞转录组学和蛋白质组成像绘制人类骨髓生态位的细胞生物地理图。
    Bandyopadhyay S、Duffy M、Ahn KJ、Pang M、Smith D、Duncan G、Sussman J、Zhang I、Huang J、Lin Y、Xiong B、Imtiaz T、Chen CH、Thadi A、Chen C、Xu J、Reichart M、Pillai V、Snaith O、Oldridge D、Bhattacharyya S、Maillard I、Carroll M、Nelson C、Qin L、Tan K。 Bandyopadhyay S等人。 bioRxiv[预印本]。2024年3月16日2024.03.14.585083。doi:10.1101/2024.03.14.585083。 生物Rxiv。2024 PMID:38559168 免费PMC文章。 已更新。 预打印。

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