BLink帮助文档 2004年6月5日修订
公共医学 Entrez公司 爆炸 OMIM公司 分类学 结构

  1. 概述
  2. 显示选项
  3. 其他选项

概述 返回顶部

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BLink(“BLAST Link”)显示对Entrez蛋白质类数据域。

要访问它,请按照Entrez Proteins搜索结果中任何命中项旁边显示的BLink链接进行操作。

与Entrez的“相关序列”功能(列出相似序列的标题)不同,BLink根据蛋白质非冗余(nr)数据库显示预先计算的blastp结果的图形输出。输出包括查询序列、分数和对齐上最多200次BLAST点击的位置。(查看人类MLH1蛋白的样本BLink输出.)

BLink提供多种显示选项,包括按分类分组的命中分布、对每个有机体的最佳命中、查询序列中的蛋白质域、具有已知三维结构的类似序列,等等。

其他选项允许您指定要排除的分类,增加或减少BLAST截止分数,或筛选BLAST点击,以仅显示特定源数据库中的那些分类,例如RefSeq或Swiss-Prot。单击下面的显示选项以获取有关它的其他信息。

可以用BLink回答的示例问题 返回顶部

  1. 哪些蛋白质序列与感兴趣的Entrez蛋白质序列相似,每个命中的位置和BLAST得分是多少?(请参见全圣时期精选)

  2. 序列被击中的所有生物体是什么?向每个有机体展示最佳效果?(请参见最佳点击数)

  3. 显示生物体X的所有点击(请参阅最佳点击数)

  4. 我所关注的生物体的分类树结构是什么?从分类单元Y中删除点击(请参阅公用树)

  5. 我的序列中与哪些生物关系最密切、距离最远?(请参见按分类接近度排序)

  6. 哪些具有已知三维结构的蛋白质序列与查询序列相似?(请参见3D结构)

  7. 查询序列中存在哪些域?(请参见客户尽职调查搜索)

  8. 如何以FASTA格式显示和保存BLAST点击?(请参见GI列表)

显示选项 返回顶部

BLink显示的标题提供了许多选项。点击下面感兴趣的选项,了解更多信息。

66个BLAST命中19个独特物种 按分类接近度排序
仅保留

使用默认的BLAST参数,针对蛋白质非冗余(nr)数据库显示多达200个通过blastp搜索发现的类似蛋白质序列。BLAST命中率按分数排序。点击任何命中的分数显示命中和查询序列之间的成对对齐,基于BLAST 2序列。单击GI编号任何点击都会显示一个使用该序列作为查询的BLink报告。

显示BLAST结果中表示的每个有机体的最高点击数。最佳点击数显示还显示了每个有机体的点击数。单击数字,只查看对该有机体的点击。

显示BLAST命中的生物体在分类树中的位置。如果需要,可以在此显示中删除分类。按下“返回”按钮,然后返回BLAST结果的图形显示;但是,您删除的分类群中的序列将不再显示。

链接到分类BLAST(TaxBLAST)报告可通过NCBI的BLAST页面获得。显示(1)一个生物体报告,该报告根据物种对BLAST点击进行排序;(2)一个谱系报告,根据分类数据库中的分类,该报告给出了生物体之间关系的简化视图;(3)一个分类报告,其中显示了BLAST命中列表中发现的所有生物体之间关系的更多细节。

仅显示与分子建模数据库中已知三维结构相关的蛋白质序列的点击(MMDB公司). 点击蓝色球任何点击都会打开一个新页面,允许您启动Cn3D公司结构查看器(按“查看结构”按钮)。然后,Cn3D将显示结构以及查询序列和结构的蛋白质序列之间的对齐。请注意,Cn3D查看器必须安装并将其设置为浏览器的辅助应用程序,以便查看三维蛋白质结构。

根据该序列与保守域数据库的比较,显示查询蛋白序列中的域(客户尽职调查). 简介描述可在NCBI站点地图上找到CDD的。这个CDD帮助文档提供了详细信息。

显示当前显示中显示的BLAST点击的标题。标题显示在Entrez蛋白质类,从而允许您将记录保存在所需的格式。例如,序列可以保存在美国金融服务贸易协会用于分析软件的格式,如多序列比对程序。

其他选项 返回顶部

按分类接近度对BLAST命中进行排序 返回顶部

“Sort by Taxonomy Proximity”选项根据分类树显示BLAST点击,从与查询序列的源有机体关系最密切的有机体开始。在一个物种中,BLAST命中率是按分数排序的。

按主要分类组筛选BLAST点击 返回顶部

BLink允许您显示或排除上述主要分类组中的BLAST点击。

单击某一分类单元的名称,将从BLAST结果显示中排除该分类单元中的所有生物体。再次单击该名称会将这些点击返回显示。在上面的例子中,细菌和真菌被排除在外。

每个分类单元左侧的框显示了该分类组的点击次数。单击该框将显示该组的所有点击。

按源数据库或BLAST截止分数筛选BLAST命中 返回顶部

仅保留

仅保留“选项允许您显示感兴趣的源数据库中的BLAST点击。例如,您可以选择只显示对参考序列记录,或仅是属于COG(重心)。要查看选项,请打开上面的弹出菜单。

这个截止选项允许您指定高于或低于默认值100的BLAST截止分数。

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