Will the chemical probes please stand up?

doi:10.1039/d1md00138h

.2021年7月16日；12(8):1428-1441.

doi:10.1039/d1md00138h。 eCollection 2021年8月18日。

请把化学探针竖起来好吗？

克蒂博尔·什库塔¹, 克里斯托弗·索桑², 彼得·巴特¹

附属机构

¹CZ-OPENSCREEN，捷克科学院分子遗传学研究所国家化学生物学基础设施，邮编：1083 142 20 Prague 4 Czech Republicctibor.skuta@img.cas.cz。
²英国爱丁堡大学EH8 9XD生物医学学院。

PMID： 34447939
预防性维修识别码： PMC8372204号
DOI（操作界面）： 10.1039/d1md00138小时

请化学探针站起来好吗？

克蒂博尔·什库塔等。 RSC药物化学. 2021.

.2021年7月16日；12(8):1428-1441.

doi:10.1039/d1md00138h。 eCollection 2021年8月18日。

作者

克蒂博尔·什库塔¹, 克里斯托弗·索桑², 彼得·巴特¹

附属机构

¹CZ-OPENSCREEN，捷克科学院分子遗传学研究所国家化学生物学基础设施，邮编：1083 142 20 Prague 4 Czech Republicctibor.skuta@img.cas.cz。
²英国爱丁堡大学EH8 9XD生物医学学院。

PMID： 34447939
预防性维修识别码： PMC8372204号
DOI（操作界面）： 10.1039/d1md00138小时

摘要

2005年，NIH分子库项目（MLP）进行了工具化合物的鉴定，以扩大生物洞察力，现称为小分子化学探针。这激励了其他组织从2010年起发起类似的努力。作为探针与药物门户网站（P&D）的中心关注点，我们对从12个不同来源获得的申报探针化合物进行了标准化、集成和比较。事实证明，这很有挑战性，并揭示了意想不到的异常情况。这项工作的成果解决了关键问题，包括：；a）个体和总结构计数，b）来源之间重叠，c）与选定PubChem来源的比较，d）调查药物靶点的探针覆盖率。此外，我们开发了新的高级评分方案，将集合过滤到更高质量的探针。这产生了548个高质量化学探针（HQCP），覆盖447个不同的蛋白质靶点。HQCP收集的数据已添加到P&D门户，并将随着现有数据源的扩展和新数据源的发布定期更新。

本期刊©皇家化学学会。

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利益冲突声明

没有需要声明的冲突。

数字

图1。理化性质分布（顶部：分子量，中部：计算对数*P（P）*，底部：TPSA），用于实验探针（蓝色）、计算探针（橙色）和ChEMBL的小分子批准药物集（绿色）(x个：属性范围，年：化合物百分比）。属性由RDKit计算。

图2。探针相关靶点数量（蓝色）和ChEMBL（绿色）设定的小分子批准药物(x个：目标轴数，年：化合物百分比）。只有具有至少一个相关靶点的化合物包括4257个探针和2005年批准的药物。

图3。条形图分别显示所有（绿色）、实验（蓝色）和计算（橙色）探针的目标系列分布(x个：目标系列，年：目标数量）。作业基于ChEMBL和药理学目标分类指南。

**图4。针对选定人类UniProt交叉参考和两个Pharos TDL的P&D目标的文氏图。**

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[1] 2010年，贝塞斯达（马里兰州）国家生物技术信息中心NIH分子图书馆项目的探测报告-公共医学

[2] 2010年，贝塞斯达（马里兰州）国家生物技术信息中心NIH分子图书馆项目的探测报告-公共医学

[3] 麦卡锡A.化学。生物.2010；17:549–550. doi:10.1016/j.chembiol.2010.06.005。-内政部-公共医学

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[9] Schreiber S.L.Kotz J.D.Li M.AubéJ.Austin C.P.Reed J.C.Rosen H.White E.L.Sklar L.A.Lindsley C.W.Alexander B.R.Bittker J.A.Clemons P.A.de Souza A.Foley M.A.Palmer M.Shamji A.F.Wawer M.J.McManus O.Wu M.Zou B.Yu H.Golden J.E.Schoenen F.J.Simeonov A.Jadhav A.Jackson M.R.Pinkerton A.B。Griffin P.R.Cravatt B.F.Hodder P.S.Roush W.R.Roberts E.Chung D.-H.Jonsson C.B.Noah J.W.Severson W.E.Ananthan S.Edwards B.Oprea T.I.Conn P.J.Hopkins C.R.Wood M.R.Stauffer S.R.Emmitte K.A.NIH分子库项目团队单元。2015;161:1252–1265. doi:10.1016/j.cell.2015.05.023。-内政部-项目管理咨询公司-公共医学

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