EVLncRNAs 2.0: an updated database of manually curated functional long non-coding RNAs validated by low-throughput experiments

doi:10.1093/nar/gkaa1076

.2021年1月8日；49（D1）：D86-D91。

doi:10.1093/nar/gkaa1076。

EVLncRNAs 2.0：一个经低通量实验验证的人工筛选功能性长非编码RNA的更新数据库

周百灵¹, 宝华记^1 2, Kui Liu（刘奎）¹, 胡国栋¹, 王飞（音译）¹, 陈清帅¹, 如玉¹, 黄平平¹, 景仁¹, 郭振刚¹, 赵慧颖^三, 张红梅^1 4, 赵东波¹, 李志伟⁵, 曾强成^1 4, 余家峰¹, 边云强¹, 曹赞霞¹, 徐世才¹, 杨跃东⁶, 周耀琪^1 7, 王继华¹

附属公司

¹山东省生物物理重点实验室，德州大学生物物理研究所，德州253023。
²德州大学物理与电子信息学院，德州253023，中国。
^三中山大学中山纪念医院，广州510120，中国。
⁴德州大学生命科学学院，德州253023，中国。
⁵德州市医院普外科，德州253012，中国。
⁶中山大学数据与计算机学院，广州510275，中国。
⁷澳大利亚昆士兰州4222黄金海岸格里菲斯大学糖组学和信息与通信技术学院。

PMID： 33221906
预防性维修识别码： PMC7778902号
内政部： 10.1093/nar/gkaa1076年10月10日

EVLncRNAs 2.0：一个经低通量实验验证的人工筛选功能性长非编码RNA的更新数据库

周百灵等。核酸研究. 2021.

.2021年1月8日；49（D1）：D86-D91。

doi:10.1093/nar/gkaa1076。

作者

周百灵¹, 宝华记^1 2, Kui Liu（刘奎）¹, 胡国栋¹, 王飞（音译）¹, 陈清帅¹, 如玉¹, 黄平平¹, 景仁¹, 郭成钢（Chengang Guo）¹, 赵慧颖^三, 张红梅^1 4, 赵东波¹, 李志伟⁵, 曾强成^1 4, 余家峰¹, 卞云强¹, 曹赞霞¹, 徐世才¹, 杨跃东⁶, 周耀琪^1 7, 王继华¹

附属公司

¹山东省生物物理重点实验室，德州大学生物物理研究所，德州253023。
²德州大学物理与电子信息学院，德州253023，中国。
^三中山大学孙中山纪念医院，广州510120。
⁴德州大学生命科学学院，德州253023，中国。
⁵德州市立医院普通外科，中国德州253012。
⁶中山大学数据与计算机学院，广州510275，中国。
⁷澳大利亚昆士兰州4222黄金海岸格里菲斯大学糖组学和信息与通信技术学院。

PMID： 33221906
预防性维修识别码： PMC7778902号
内政部： 10.1093/nar/gkaa1076年

摘要

长非编码RNA（lncRNAs）在许多不同的生物过程中发挥着重要的功能作用。然而，并非所有表达的lncRNA都具有功能。因此，有必要手动收集所有经实验验证的功能性lncRNA（EVlncRNA）及其序列、结构和功能，并在中央数据库中进行注释。该数据库（EVLncRNAs）的首次发布是在2016年5月1日之前使用文献进行的。自那时起（至2020年5月15日），发表了19245篇与lncRNAs相关的文章。在EVLncRNAs 2.0中，对这些文章进行了手动检查，以了解所收集数据的主要扩展。具体而言，注释的EVlncRNAs、相关疾病、lncRNA-疾病关联和相互作用记录的数量分别增加了260%、320%、484%和537%。此外，该数据库还增加了几个新类别：8个lncRNA结构、33个外体lncRNA、188个环状RNA和1079个耐药、耐化学和耐应激lncRNA。所有记录都已检查过已知的撤回和假冒物品。该版本还提供了一个高度交互式的视觉交互网络，方便用户跟踪lncRNA、miRNAs、蛋白质、基因和其他功能元件之间的潜在关系。此外，它还提供了四个新的生物信息学工具的链接，这些工具具有改进的数据浏览和搜索功能。EVLncRNAs 2.0可在https://www.sdklab-biophysics-dzu.net/EVLncRNAs2/。

©作者2020。由牛津大学出版社代表核酸研究出版。

PubMed免责声明

数字

**图1。**
(A类)EVLncRNA和HTLncRNA的数量作为年份的函数（取自NONCODE（用于HTLncRNA）、lncRNAdb和EVLncRNAs（用于EVLncRNA）数据库的历史数据）。(B类)1990年至2020年8月，每年lncRNA的发表数量（数据来自PubMed）。

**图2。**
两个版本的数据库中实验验证的lncRNAs数量排名前20的物种。

**图3。**
EVLncRNAs2的用户界面。(A类)主页。(**地下一层**)浏览页面。(**地下二层**)点击“交互目标”按钮后的交互网络图。(C类)点击“详细信息”按钮后的详细信息。(**第1页**)lncRNAs与生物分子和相关疾病的高度交互视觉交互网络。(**D2类**)肝癌相关lncRNA的图示。(**第3页**)lncRNA与微小RNA miR-124相互作用的展示。(**第4章**)MALAT1相关疾病和相互作用生物分子的可视化。

请参阅PMC中的此图像和版权信息

类似文章

EVLncRNAs 3.0：一个更新的综合数据库，用于通过低通量实验验证的手动策划的功能性长非编码RNA。
周B、季B、沈C、张X、于X、黄鹏、于R、张H、窦X、陈Q、曾Q、王X、曹Z、胡G、徐S、赵H、杨Y、周Y、王J。周波等。《核酸研究》2024年1月5日；52（D1）：D98-D106。doi:10.1093/nar/gkad1057。核酸研究2024。 PMID：37953349 免费PMC文章。
EVLncRNAs：一个人工管理的数据库，用于通过低吞吐量实验验证的长非编码RNA。
周B，赵H，于J，郭C，窦X，宋F，胡G，曹Z，曲Y，杨Y，周Y，王J。周波等。核酸研究2018年1月4日；46（D1）：D100-D105。doi:10.1093/nar/gkx677。 2018年核酸研究。 PMID：28985416 免费PMC文章。
EVLncRNAs数据库中经实验验证的植物lncRNAs。
周B，赵H，于J，郭C，窦X，宋F，胡G，曹Z，曲Y，杨Y，周Y，王J。周波等。方法分子生物学。2019;1933:431-437. doi:10.1007/978-1-4939-9045-027。方法分子生物学。2019 PMID：30945202
乳腺癌中外显体非编码RNA的聚焦：一项鉴定潜在lncRNA/circRNA-miRNA-靶轴的硅内分析。
Ashekyan O、Abdallah S、Shoukari AA、Chamandi G、Choubassy H、Itani ARS、Alwan N、Nasr R。 Ashekyan O等人。国际分子科学杂志。2022年7月28日；23(15):8351. doi:10.3390/ijms2158351。国际分子科学杂志。2022 PMID：35955480 免费PMC文章。审查。
肿瘤中外体长非编码RNA的生物学功能和临床应用。
王毅、张明、周飞。王毅等。《细胞分子医学杂志》，2020年10月；24(20):11656-11666. doi:10.1111/jcmm.15873。Epub 2020年9月14日。细胞分子医学杂志，2020年。 PMID：32924276 免费PMC文章。审查。

查看所有类似文章

引用人

植物基因组组合中基于DNABERT的可解释lncRNA鉴定。
Danilevicz MF、Gill M、Fernandez CGT、Petereit J、Upadhyaya SR、Batley J、Bennamoun M、Edwards D、Bayer PE。 Danilevicz MF等人。计算结构生物技术杂志2023年11月17日；21:5676-5685. doi:10.1016/j.csbj.2023.11.025。eCollection 2023年。计算结构生物技术杂志2023。 PMID：38058296 免费PMC文章。
LncSEA 2.0：一个用于长非编码RNA相关集合和富集分析的更新平台。
张G、宋C、樊S、尹M、王X、张Y、黄X、李Y、尚D、李C、王Q。 Zhang G等人。《核酸研究》2024年1月5日；52（D1）：D919-D928。doi:10.1093/nar/gkad1008。核酸研究2024。 PMID：37986229 免费PMC文章。
EVLncRNAs 3.0：一个更新的综合数据库，用于通过低吞吐量实验验证的手动管理功能性长非编码RNA。
周B、季B、沈C、张X、于X、黄鹏、于R、张H、窦X、陈Q、曾Q、王X、曹Z、胡G、徐S、赵H、杨Y、周Y、王J。周波等。《核酸研究》2024年1月5日；52（D1）：D98-D106。doi:10.1093/nar/gkad1057。核酸研究2024。 PMID：37953349 免费PMC文章。
探索分析长非编码RNA的工具和资源的前景。
Ballarino M、Pepe G、Helmer-Citterich M、Palma A。 Ballarino M等人。《计算结构生物技术杂志》2023年9月29日；21:4706-4716. doi:10.1016/j.csbj.2023.09.041。eCollection 2023年。计算结构生物技术杂志2023。 PMID：37841333 免费PMC文章。审查。
长的非编码RNA及其对IBD和Johne病的“离散”贡献——当前图片中突出的是什么？全面回顾。
三叶草KA。三尖叶藻KA。国际分子科学杂志。2023年9月1日；24(17):13566. doi:10.3390/ijms241713566。国际分子科学杂志。2023 PMID：37686376 免费PMC文章。审查。

查看所有“被引用”文章

工具书类

1. Djebali S.、Davis C.A.、Merkel A.、Dobin A.、Lassmann T.、Mortazavi A.、Tanzer A.、Ragarde J.、Lin W.、Schlesinger F.等人。。人类细胞中转录的景观。自然。2012; 489:101–108.-项目管理咨询公司-公共医学
1. Davis C.A.、Hitz B.C.、Sloan C.A.、Chan E.T.、Davidson J.M.、Gabdank I.、Hilton J.A.、Jain K.、Baymuradov U.K.、Narayanan A.K.等人。。DNA元素百科全书（ENCODE）：数据门户更新。2018年核酸研究报告；46:D794–D801。-项目管理咨询公司-公共医学
1. Uchida S.、Dimmeler S.。心血管疾病中的长非编码RNA。循环。2015年决议；116:737–750.-公共医学
1. Kung J.T.Y.，Colognori D.，Lee J.T.。长非编码RNA：过去、现在和未来。遗传学。2013; 193:651–669.-项目管理咨询公司-公共医学
1. Dong D.，Bao Z.，Zhou Y.，Huang Z.，Cui Q.，Yang Z.LncRNADisease 2.0：长非编码RNA相关疾病的更新数据库。2019年《核酸研究》；47:D1034–D1037。-项目管理咨询公司-公共医学

出版物类型

行动

MeSH术语

行动
行动
行动
行动
行动
行动
行动
行动
行动
行动
行动
行动
行动
行动
行动
行动
行动
行动

物质

行动
行动

LinkOut-更多资源

全文源

[1] Djebali S.、Davis C.A.、Merkel A.、Dobin A.、Lassmann T.、Mortazavi A.、Tanzer A.、Ragarde J.、Lin W.、Schlesinger F.等人。。人类细胞中转录的景观。自然。2012; 489:101–108.-项目管理咨询公司-公共医学

[2] Djebali S.、Davis C.A.、Merkel A.、Dobin A.、Lassmann T.、Mortazavi A.、Tanzer A.、Ragarde J.、Lin W.、Schlesinger F.等人。。人类细胞中转录的景观。自然。2012; 489:101–108.-项目管理咨询公司-公共医学

[3] Davis C.A.、Hitz B.C.、Sloan C.A.、Chan E.T.、Davidson J.M.、Gabdank I.、Hilton J.A.、Jain K.、Baymuradov U.K.、Narayanan A.K.等人。。DNA元素百科全书（ENCODE）：数据门户更新。2018年核酸研究报告；46:D794–D801。-项目管理咨询公司-公共医学

[4] Davis C.A.、Hitz B.C.、Sloan C.A.、Chan E.T.、Davidson J.M.、Gabdank I.、Hilton J.A.、Jain K.、Baymuradov U.K.、Narayanan A.K.等人。。DNA元素百科全书（ENCODE）：数据门户更新。2018年核酸研究报告；46:D794–D801。-项目管理咨询公司-公共医学

[5] Uchida S.、Dimmeler S.。心血管疾病中的长非编码RNA。循环。2015年决议；116:737–750.-公共医学

[6] Uchida S.、Dimmeler S.。心血管疾病中的长非编码RNA。循环。2015年决议；116:737–750.-公共医学

[7] Kung J.T.Y.，Colognori D.，Lee J.T.。长非编码RNA：过去、现在和未来。遗传学。2013; 193:651–669.-项目管理咨询公司-公共医学

[8] Kung J.T.Y.，Colognori D.，Lee J.T.。长非编码RNA：过去、现在和未来。遗传学。2013; 193:651–669.-项目管理咨询公司-公共医学

[9] Dong D.，Bao Z.，Zhou Y.，Huang Z.，Cui Q.，Yang Z.LncRNADisease 2.0：长非编码RNA相关疾病的更新数据库。2019年《核酸研究》；47:D1034–D1037。-项目管理咨询公司-公共医学

[10] Dong D.，Bao Z.，Zhou Y.，Huang Z.，Cui Q.，Yang Z.LncRNADisease 2.0：长非编码RNA相关疾病的更新数据库。2019年《核酸研究》；47:D1034–D1037。-项目管理咨询公司-公共医学

将引文保存到文件

电子邮件引文

添加到集合

添加到我的书目

您保存的搜索

为外部引文管理软件创建文件

您的RSS源

EVLncRNAs 2.0：一个经低通量实验验证的人工筛选功能性长非编码RNA的更新数据库

附属公司

EVLncRNAs 2.0：一个经低通量实验验证的人工筛选功能性长非编码RNA的更新数据库

作者

附属公司

摘要

数字

类似文章

引用人

工具书类

出版物类型

MeSH术语

物质

LinkOut-更多资源

全文源

摘要

数字

类似文章

引用人

工具书类

出版物类型

MeSH术语

物质

相关信息

LinkOut-更多资源

全文源