pyGenomeTracks: reproducible plots for multivariate genomic datasets

doi:10.1093/bioinformatics/btaa692

.2021年4月20日；37(3):422-423.

doi:10.1093/bioinformatics/btaa692。

pyGenomeTracks：多变量基因组数据集的可复制图

露西尔·洛佩兹·德利斯勒¹, 莱利·拉巴尼², 业务全球总裁胡佐谦^三, 维维克·巴德瓦吉², 罗尔夫·巴科芬^三 4, 比约恩·格林^三, 菲德尔·拉米雷斯², 托马斯·曼克²

附属公司

¹UPDUB，生命科学学院ISREC系，EPFL，1015 Lausanne，瑞士。
²德国弗莱堡马克斯·普朗克免疫生物学和表观遗传学研究所生物信息学小组，79108。
^三德国弗莱堡79110弗莱堡大学计算机科学系生物信息学组。
⁴德国弗莱堡79104弗莱堡大学信号研究中心BIOSS和CIBSS。

PMID： 32745185
PMCID公司： PMC8058774号
内政部： 10.1093/生物信息学/btaa692

pyGenomeTracks：多变量基因组数据集的可复制图

露西尔·洛佩兹·德利斯勒等。生物信息学. 2021.

.2021年4月20日；37(3):422-423.

doi:10.1093/bioinformatics/btaa692。

作者

附属公司

¹UPDUB，瑞士洛桑1015号EPFL生命科学学院ISREC系。
²德国弗莱堡马克斯·普朗克免疫生物学和表观遗传学研究所生物信息学小组，79108。
^三德国弗莱堡79110弗莱堡大学计算机科学系生物信息学组。
⁴德国弗莱堡79104弗莱堡大学信号研究中心BIOSS和CIBSS。

PMID： 32745185
PMCID公司： PMC8058774号
内政部： 10.1093/生物信息学/btaa692

摘要

动机：生成用于显示多个基因组轨迹的出版就绪图可能会带来严重挑战。制作理想而准确的数字需要相当大的努力。这通常是通过手工或使用矢量图形软件完成的。

结果：pyGenomeTracks（PGT）是一种模块化绘图工具，可以轻松组合多个轨迹。它可以生成可重复且标准化的高度可定制且可发布的图像。

可用性和实施：PGT可通过上的图形界面获得https://usegalaxy.eu并通过命令行。它通过bioconda通道在conda上提供，在pip上提供，并在github上公开开发：https://github.com/deeptools/pyGenomeTracks。

补充信息：补充数据可在生物信息学网站上获得。

©作者2020。牛津大学出版社出版。

PubMed免责声明

数字

**图1。**
PGT在上生成的示例图*黑腹果蝇*（dm3）数据，Kc167细胞系。从顶部开始的第一条轨迹显示基因组位点（染色体2L 8.05–8.31 Mb）。第二首曲目展示了Hi-C矩阵曲目（Li等。（2015年）通过HiCExplorer和CP190 ChIP的覆盖情况覆盖其检测到的TAD。矩阵采用HiCExplorer h5格式，TAD以床文件的形式给出，床文件是HiCExp洛rer的hicFindTAD的直接输出，ChIP-Seq配置文件以bigwig文件的形式提供。接下来的轨迹显示染色质状态，以床文件的形式提供，其中使用的颜色如床文件第九字段中所定义。下一个轨迹显示TAD分离分数，数据以HiCExplorer hicFindTAD的病历矩阵文件格式显示。绿色轨迹显示了来自H3K36me3组蛋白标记的数据的填充曲线表示，作为一个大文件提供，以及一条额外的水平阈值线和一个指示两个不同峰值之间距离的比例尺。蓝色弧线显示了人工创建的链接，这些链接可能是不同CP190峰值之间的接触。最后，最后一个轨迹是dm3的基因轨迹，以床的形式提供。配置文件见补充章节S3

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[9] Kerpedjiev P.等人（2018）HiGlass:基于网络的基因组相互作用图可视化探索和分析。基因组生物学。，19, 1–12.-项目管理咨询公司-公共医学

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