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案例报告
。2020年3月；579(7798):265-269.
doi:10.1038/s41586-020-2008-3。 Epub 2020年2月3日。

中国一种与人类呼吸道疾病相关的新型冠状病毒

范武 # 1, 苏昭 # 2, 余斌（Bin Yu） # 三, 陈燕梅 # 1, 王文（Wen Wang） # 4, 志刚歌 # 1, 易虎 # 2, 赵武涛 2, 田俊华 三, 袁元培 1, 明立元 2, 张玉玲 1, 发慧代 1, 刘毅（音） 1, 王琦敏（Qi-Min Wang） 1, 交交正 1, 林旭 1, 爱德华·C·福尔摩斯 1 5, 张永贞 6 7 8
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案例报告

中国一种与人类呼吸道疾病相关的新型冠状病毒

范武等。 自然。 2020年3月。

勘误表in

  • 作者更正：中国与人类呼吸道疾病相关的一种新冠状病毒。
    Wu F、Zhao S、Yu B、Chen YM、Wang W、Song ZG、Hu Y、Tao ZW、Tian JH、Pei YY、Yuan ML、Zhang YL、Dai FH、Liu Y、Wang QM、Zheng JJ、Xu L、Holmes EC、ZhangYZ。 Wu F等人。 自然。2020年4月；580（7803）：E7。doi:10.1038/s41586-020-2202-3。 自然。2020 PMID：32296181 免费PMC文章。

摘要

新出现的传染病，如严重急性呼吸综合征（SARS）和寨卡病毒病，对公众健康构成了重大威胁1-3。尽管进行了大量的研究工作，但新疾病是如何、何时、何地出现的仍然是一个相当不确定的因素。中国湖北省武汉市最近报告了一种严重的呼吸道疾病。截至2020年1月25日，自第一名患者于2019年12月12日住院以来，至少报告了1975例病例。流行病学调查表明，疫情与武汉的一个海鲜市场有关。在这里，我们研究了一名患者，他是市场上的一名工人，于2019年12月26日住进武汉中央医院，当时患有严重的呼吸道综合征，包括发烧、头晕和咳嗽。元基因组RNA测序4从患者的支气管肺泡灌洗液样本中鉴定出冠状病毒科的一种新RNA病毒株，在这里被命名为“WH-Human 1”冠状病毒（也被称为“2019-nCoV”）。对完整病毒基因组（29903个核苷酸）的系统发育分析表明，该病毒与一组SARS样冠状病毒（Betacoronavirus属，Sarbecovirus亚属）关系最密切（核苷酸相似性为89.1%），这些冠状病毒以前在中国蝙蝠中发现5此次疫情突显了病毒从动物中持续溢出，导致人类严重疾病的能力。

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作者声明没有相互竞争的利益。

数字

图1
图1。SARS和SARS-like CoV的基因组组织。
WHCV、bat SL-CoVZC45和SARS-CoV Tor2基因的组织。
图2
图2。基因核苷酸序列的最大似然系统发育树ORF1a公司,ORF1b型,E类和M（M）WHCV和相关冠状病毒的基因。
一，的系统发育树ORF1a公司。b条，的系统发育树ORF1b型。c（c），的系统发育树E类。天，的系统发育树M（M）EriCoV、Erinaceus冠状病毒。分支上方或下方的数字（>70）表示关联节点的引导值百分比。这些树的根部在中点，只是为了清楚起见。比例尺表示每个站点的替换数量。
图3
图3。可能的重组事件S公司sarbecovirus基因。
一，序列相似图显示了两个假定的重组断点（黑色虚线），其位置显示在底部。该图显示了S公司将WHCV基因（query）与SARS-CoV Tor2和蝙蝠SARS-like CoV WIV1、Rf1和CoVZC45的序列进行比较。b条，主要亲本区域（1–1028和1653–3804）和次要亲本区域的系统发育（1029–1652）。系统发育采用最大似然法进行估计，仅为清晰起见，系统发育为中点根。分支上方或下方的数字表示引导值的百分比。比例尺表示每个站点的替换数量。
扩展数据图1
扩展数据图1。患者的胸片。
一–天在入院当天（发病后第6天）进行胸部电脑断层扫描。双侧病灶实变、肺叶实变和斑片状实变清晰可见，尤其是下肺。e（电子），入院后第5天（发病后第11天）拍摄胸片。观察到双侧弥漫性斑片状和模糊阴影。
扩展数据图2
扩展数据图2。实时RT-PCR未在BALF样本中检测到其他呼吸道病原体。
一–e（电子），BALF样本检测是否存在甲型流感病毒(一)B型流感病毒的维多利亚血统(b条)B型流感病毒的山形血统(c（c）)，人腺病毒(天)以及肺炎衣原体(e（电子）). 样本1是患者的BALF样本，用水作为阴性（NEG）对照，阳性（POS）对照样本包括覆盖甲型流感Taqman引物和探针区域的质粒、B型流感病毒的维多利亚和山形血统、人类腺病毒和肺炎衣原体。
扩展数据图3
扩展数据图3。WHCV基因组的映射读取计数图。
直方图显示了WHCV基因组每个碱基的覆盖深度。WHCV基因组的平均测序深度为604.21 nt。
扩展数据图4
扩展数据图4。通过实时RT-PCR定量临床样本中的WHCV。
一，WHCV引物的特异性评估。测试样本包括对以下病毒中的至少一种呈阳性的临床样本：甲型流感病毒（09H1N1和H3N2）、乙型流感病毒、人类腺病毒、呼吸道合胞病毒、鼻病毒、1-4型副流感病毒、人类博卡病毒、人偏肺病毒、冠状病毒OC43、冠状病毒NL63，冠状病毒229E和冠状病毒HKU1。只有WHCV的标准质粒（pLB载体中的WHCV 15704–16846 bp）导致正扩增（棕色曲线）。b条WHCV的DNA标准扩增曲线。从左到右，DNA浓度为1.8×108, 1.8 × 107, 1.8 × 106, 1.8 × 105, 1.8 × 104和1.8×10三。c（c），的线性拟合曲线C类吨WHCV DNA标准浓度值。天，通过实时RT-PCR定量BALF样品中的WHCV。WHCV DNA标准品作为阳性对照（POS），水（NEG）和空白作为阴性对照。BALF样品的放大曲线以绿色显示。
扩展数据图5
扩展数据图5。全基因组核苷酸序列的最大似然系统发育树，以及S公司和N个WHCV和相关冠状病毒的基因。
分支上方或下方的数字（>70）表示引导值的百分比。这些树是中点生根的，只是为了清楚起见。比例尺表示每个站点的替换数量。
扩展数据图6
扩展数据图6。基因核苷酸序列的最大似然系统发育树3CL公司,卢比,赫尔,外显子N,NendoU公司和O-MT公司WHCV和相关冠状病毒的基因。
分支上方或下方的数字（>70）表示引导值的百分比。这些树的根部在中点，只是为了清楚起见。比例尺表示每个站点的替换数量。
扩展数据图7
扩展数据图7。WHCV冠状病毒刺突蛋白RBD的分析。
一，SARS-like CoV RBD序列的氨基酸序列比对。三种蝙蝠SARS-like CoV能够有效地利用人类ACE2作为受体，其RBD序列大小与SARS-CoV相似。WHCV包含单个Val470插入。与人类ACE2相互作用的关键氨基酸残基用橙色方块标记。相比之下，与SARS-CoV.11相比，五种蝙蝠SARS-like CoV，包括之前发现不与ACE2结合的Rp3，在两个基序（氨基酸433-437和460-472，用红色方框突出显示）中有氨基酸缺失b条SARS-CoV与人ACE2受体（PDB 2AJF）复合物中尖峰蛋白RBD的晶体结构中，两个基序（氨基酸433–437和460–472）以红色显示。人类ACE2显示为蓝色，SARS-CoV尖峰蛋白的RBD显示为绿色。人类ACE2中与SARS-CoV尖峰蛋白RBD相互作用的重要残基被标记。c（c），基于SWISS-MODEL服务器上使用ProMod3的目标-模板对齐，预测WHCV尖峰蛋白RBD的蛋白质结构。天，预测SARS-like CoV Rs4874穗蛋白RBD的结构。e（电子），预测SARS-like CoV Rp3棘突蛋白RBD的结构。（f），SARS-CoV（绿色）穗蛋白RBD的晶体结构（PDB 2GHV）。SARS-CoV尖峰蛋白的类似氨基酸433-437和460-472的基序以红色显示。
扩展数据图8
扩展数据图8。穗蛋白N末端结构域的氨基酸序列比较。
可以与唾液酸结合的WHCV、牛冠状病毒（BCoV）、小鼠肝炎病毒（MHV）和人冠状病毒（HCoV OC43和HKU1）以及不能与唾液酸结合的SARS冠状病毒（SZ3、WH20、BJ0和Tor2）的刺突蛋白N端结构域的氨基酸序列比较。唾液酸与BCoV、MHV、HCoV OC43和HKU1结合的关键残基用橙色方框突出显示。
扩展数据图9
扩展数据图9
WHCV中的重组事件。WHCV、SARS样CoV和bat SARS样COV的序列相似性图揭示了推测的重组事件。
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