Establishment of an eHAP1 human haploid cell line hybrid reference genome assembled from short and long reads

doi:10.1016/j.ygeno.2020.01.009

.2020年5月；112(3):2379-2384.

doi:10.1016/j.ygeno.2020.01.009。 Epub 2020年1月18日。

用短阅读和长阅读构建eHAP1人单倍体细胞系杂交参考基因组

威廉·D·劳¹, 雷内·沃伦², 安德鲁·麦卡利恩^三

附属公司

¹美国马里兰州巴尔的摩约翰霍普金斯大学医学院麦库西克·纳桑遗传医学系，邮编：21205。电子地址：wlaw4@jhmi.edu。
²加拿大BC V5Z 4S6温哥华BC癌症基因组科学中心。电子地址：rwarren@bcgsc.ca。
^三美国马里兰州巴尔的摩市约翰斯·霍普金斯大学医学院McKusick-Nathans基因医学系，邮编21205；美国马里兰州巴尔的摩约翰霍普金斯大学医学院分子和比较病理生物学系，邮编21205；美国马里兰州巴尔的摩约翰霍普金斯大学医学院医学系，邮编：21287。电子地址：andy@jhmi.edu。

PMID： 31962144
预防性维修识别码：项目编号10298834
内政部： 2016年10月10日/j.ygeno.2020.01.009

用短阅读和长阅读构建eHAP1人单倍体细胞系杂交参考基因组

威廉·D·劳等人。基因组学. 2020年5月.

.2020年5月；112(3):2379-2384.

doi:10.1016/j.ygeno.2020.01.009。 Epub 2020年1月18日。

作者

威廉·D·劳¹, 雷内·沃伦², 安德鲁·麦卡利恩^三

附属公司

¹美国马里兰州巴尔的摩约翰霍普金斯大学医学院麦库西克·纳桑遗传医学系，邮编：21205。电子地址：wlaw4@jhmi.edu。
²加拿大BC V5Z 4S6温哥华BC癌症基因组科学中心。电子地址：rwarren@bcgsc.ca。
^三美国马里兰州巴尔的摩约翰霍普金斯大学医学院麦库西克·纳桑遗传医学系，邮编：21205；美国马里兰州巴尔的摩约翰霍普金斯大学医学院分子和比较病理生物学系，邮编21205；美国马里兰州巴尔的摩约翰霍普金斯大学医学院医学系，邮编：21287。电子地址：andy@jhmi.edu。

PMID： 31962144
预防性维修识别码：项目编号10298834
内政部： 2016年10月10日/j.ygeno.2020.01.009

摘要

单倍体细胞系是一种有价值的研究工具，广泛适用于遗传分析。因此，全单倍体人类细胞系eHAP1已用于广泛的研究。然而，该细胞系缺乏相应的参考基因组序列，限制了其在依赖可用序列的实验中更广泛应用的潜力，如捕获克隆方法。我们从十个GridION流细胞中生成了约15×覆盖范围的纳米孔长读数，并利用这些数据使用minimap和miniasm重新组装基因组草图，然后使用Racon进行抛光。使用Pilon和ntEdit使用先前生成的低覆盖率Illumina短读数对该组件进行了进一步抛光。这导致混合eHAP1组件的BUSCO得分超过90%。我们使用嗅探器进一步评估了eHAP1长阅读数据中的结构变异，并确定了各种重排，包括之前确定的费城易位。最后，我们展示了这些变体如何重叠开放染色质区域，从而可能影响调控区域。通过整合长读数和短读数，我们为eHAP1细胞生成了高质量的参考组件。长读和短读的结合证明了结合测序平台仅从低覆盖率数据从头生成高质量参考基因组的实用性。我们希望由此产生的eHAP1基因组组装能够提供一种有用的资源，以便在这个重要的模型细胞系中实现新的实验应用。

PubMed免责声明

利益冲突声明

竞争利益声明作者声明，他们没有可能影响本文所报道工作的竞争性财务利益或个人关系。

数字

图1： — **图1:。抛光eHAP1参考基因组.**
(A类)合并的十个ONT GridION流细胞覆盖率相对于人类基因组的直方图（hg19）。超过30次读取被压缩到一个箱子中，红线表示平均覆盖率。经过五轮Racon[26]抛光后，计算出BUSCO[27，28]分数(B类)和三轮Pilon[29](C). 左侧表示每个程序的轮数，条形图显示BUSCO符号。(D类)ntEdit[30]使用5x Racon/3x Pilon（仅eHAP1）抛光组件上的eHAP1-短读取，然后使用eHAP1-HAP1（eHAP1-HAP1）或HAP1，然后使用e HAP1-（HAP1-eHAP1。每轮之后计算BUSCO疼痛。(E类)计算了三个ntEdit抛光组件的ABySS[31]邻接统计数据。

图2： — **图2:。eHAP1细胞系的结构变异分析.**
(A类)Sniffles[32]从eHAP1细胞系鉴定的结构变体（SV）类型的分解。X轴是指支持SV所需的最小读取次数。使用IGV基因组浏览器[45]对删除进行可视化(B类)或插入(C)DNaseI超敏位点（DNaseI）[34,35]和转录因子结合位点（TF-ChIP）[34,16]。SV中的数字表示碱基对的大小。(D类)说明重叠TF ChIP或DNaseI位点的SV数量的维恩图。(E类)eHAP1的木星图[37]仅针对人类基因组抛光组装（GRCh38）。GRCh38染色体在左侧从1（底部，红色）到Y（顶部，紫红色）递增显示，而支架（灰色，黑色轮廓）显示在边缘的右侧。突出显示的线表示潜在的易位。黑线表示使用Sniffles未发现的潜在易位。绿线表示潜在的染色体易位，嗅觉也表示两条染色体之间的易位。红线表示费城的中转站，由这里和Sniffles识别。

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1. 李伟等，利用单倍体胚胎干细胞对大鼠进行基因改造和筛选。《细胞干细胞》，2014年。14（3）：第404-14页。-公共医学
1. Leeb M和Wutz A，小鼠胚胎单倍体胚胎干细胞的衍生。《自然》，2011年。479（7371）：第131-4页。-项目管理咨询公司-公共医学
1. Elling U等人，通过单倍体小鼠胚胎干细胞的衍生实现正向和反向遗传学。《细胞干细胞》，2011年。9（6）：第563-74页。-项目管理咨询公司-公共医学
1. Yang H，等，从束状猕猴单倍体胚胎干细胞的产生。Cell Res，2013年。23（10）：第1187-200页。-项目管理咨询公司-公共医学

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[9] Yang H，等，从束状猕猴单倍体胚胎干细胞的产生。Cell Res，2013年。23（10）：第1187-200页。-项目管理咨询公司-公共医学

[10] Yang H，等，从束状猕猴单倍体胚胎干细胞的产生。Cell Res，2013年。23（10）：第1187-200页。-项目管理咨询公司-公共医学

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