Multi-contact 4C: long-molecule sequencing of complex proximity ligation products to uncover local cooperative and competitive chromatin topologies

doi:10.1038/s41596-019-0242-7

.2020年2月；15(2):364-397.

doi:10.1038/s41596-019-0242-7。 Epub 2020年1月13日。

多对照4C：复杂邻近连接产物的长分子测序，以揭示局部合作和竞争染色质拓扑

附属公司

¹Oncode研究所、Hubrecht研究所-KNAW和荷兰乌得勒支大学医学中心。
²荷兰乌得勒支乌得勒支特大学医学中心分子医学中心Oncode研究所。
^三荷兰乌得勒支乌得勒支特大学医学中心分子医学中心Oncode研究所。j.deridder-4@umcutrecht.nl。
⁴Oncode研究所、Hubrecht研究所-KNAW和荷兰乌得勒支大学医学中心。w.delaat@hubrecht.eu。

^#贡献均等。

PMID： 31932773
内政部： 10.1038/s41596-019-0242-7

多对照4C：复杂邻近连接产物的长分子测序，以揭示局部合作和竞争染色质拓扑

卡洛·弗默伦等。 Nat协议. 2020年2月.

.2020年2月；15(2):364-397.

doi:10.1038/s41596-019-0242-7。 Epub 2020年1月13日。

附属公司

¹Oncode研究所、Hubrecht研究所-KNAW和荷兰乌得勒支大学医学中心。
²荷兰乌得勒支乌得勒支特大学医学中心分子医学中心Oncode研究所。
^三荷兰乌得勒支乌得勒支特大学医学中心分子医学中心Oncode研究所。j.deridder-4@umcutrecht.nl。
⁴Oncode研究所、Hubrecht研究所-KNAW和荷兰乌得勒支大学医学中心。w.delaat@hubrecht.eu。

^#贡献均等。

PMID： 31932773
内政部： 10.1038/s41596-019-0242-7

摘要

我们提出了多接触4C（MC-4C）的实验方案和数据分析工具箱，这是一种新的邻近连接方法，专门用于研究选定基因组位点的高阶染色质接触模式。传统的染色质构象捕获（3C）方法利用片段近接连接产物高效分析成对DNA接触。相比之下，MC-4C设计用于保存和收集邻近连接性片段的大串联，以便在牛津纳米孔或太平洋生物科学平台上进行长分子测序。邻近连接产物的每个串联代表不同单个等位基因的快照拓扑，揭示其多向染色质相互作用。通过使用对感兴趣片段特异的引物进行反向PCR（观点）和DNA大小选择，测序被选择性地靶向包含这种观点的数千种不同的复杂相互作用。定制的统计分析工具箱能够从同一数据集生成背景模型和三向交互配置文件。这些图谱可用于区分两个以上调控序列之间的接触是相互排斥的，还是同时发生在染色质中心。整个过程可以在2周内完成，需要标准的分子生物学和数据分析技能和设备，以及第三代测序平台。

PubMed免责声明

类似文章

用Micro-Capture-C测定染色质结构。
哈姆利JC、李H、丹尼N、唐斯D、戴维斯JOJ。 Hamley JC等人。国家协议。2023年6月；18(6):1687-1711. doi:10.1038/s41596-023-00817-8。Epub 2023年3月29日。国家协议。2023 PMID：36991220 审查。
4C-seq从头到尾：样品制备和数据分析的详细协议。
Krijger PHL、Geeven G、Bianchi V、Hilvering CRE、de Laat W。 Krijger PHL等人。方法。2020年1月1日；170:17-32. doi:10.1016/j.meth.2019.07.014。Epub 2019年7月26日。方法。2020 PMID：31351925
从单等位基因拓扑确定的增强子中枢和环路碰撞。
Allahyar A、Vermeulen C、Bouwman BAM、Krijger PHL、Verstegen MJAM、Geeven G、van Kranenburg M、Pieterse M、Straver R、Haaruis JHI、Jalink K、Teunissen H、Renkens IJ、Kloosterman WP、Rowland BD、de Wit E、de Ridder J、de Laat W。 Allahyar A等人。自然遗传学。2018年8月；50(8):1151-1160. doi:10.1038/s41588-018-0161-5。Epub 2018年7月9日。自然遗传学。2018 PMID：29988121
大规模染色质组织：好的，令人惊讶的，仍然令人困惑。
贝尔蒙特公司。贝尔蒙特公司。当前操作细胞生物学。2014年2月；26:69-78. doi:10.1016/j.ceb.2013.10.002。Epub 2013年11月13日。当前操作细胞生物学。2014 PMID：24529248 免费PMC文章。审查。
使用染色体构象捕获测序（4C-seq）方法检测长程染色质相互作用。
Gheldof N、Leleu M、Noordermeer D、Rougemont J、Reymond A。 Gheldof N等人。方法分子生物学。2012;786:211-25. doi:10.1007/978-1-61779-292-2_13。方法分子生物学。2012 PMID：21938629

查看所有类似文章

引用人

NF-κB活化后3D染色质重塑对转录和选择性剪接的基因-基因协调调控。
Marie P、Bazire M、Ladet J、Ameur LB、Chahar S、Fontrodona N、Sexton T、Auboeuf D、Bourgeois CF、Mortreux F。 Marie P等人。《核酸研究》2024年2月28日；52(4):1527-1543. doi:10.1093/nar/gkae015。核酸研究2024。 PMID：38272542 免费PMC文章。
三向接触分析表征了Tcra基因座的高阶组织。
Dai R、Zhu Y、Li Z、Qin L、Liu N、Liao S、Hao B。 Dai R等。《核酸研究》2023年9月22日；51(17):8987-9000. doi:10.1093/nar/gkad641。核酸研究2023。 PMID：37534534 免费PMC文章。
超越组装：单分子测序技术越来越灵活。
吊钩PW，Timp W。 Hook PW等人。 Nat Rev基因。2023年9月；24(9):627-641. doi:10.1038/s41576-023-00600-1。Epub 2023 5月9日。 Nat Rev基因。2023 PMID：37161088 免费PMC文章。审查。
跨长度尺度捕获染色体构象。
Yang L、Akgol Oksuz B、Dekker J、Gibcus JH。 Yang L等人。《J Vis Exp.2023》，1月20日；(191):10.3791/64001. doi:10.3791/64001。 2023年展望杂志。 PMID：36744801 免费PMC文章。
通过纳米孔测序进行修饰映射。
White LK，Hesselberth JR公司。 White LK等人。前发电机。2022年10月28日；13:1037134. doi:10.3389/fgene.2022.1037134。2022年电子采集。前发电机。2022. PMID：36386798 免费PMC文章。审查。

查看所有“被引用”文章

工具书类

1. Dekker，J.、Rippe，K.、Dekker、M.和Kleckner，N.捕获染色体构象。《科学》2951306-1311（2002）。-内政部
1. Denker，A.&de Laat，W。3C技术的第二个十年：对核组织的详细见解。《基因发育》第30期，1357–1382页（2016年）。-内政部
1. Brant，L.等人。利用自然力捕获哺乳动物细胞核中的染色体构象。摩尔系统。《生物学》第12卷，第891页（2016年）。-内政部
1. Lieberman-Aiden，E.等人。长程相互作用的综合绘图揭示了人类基因组的折叠原理。《科学》326289-293（2009）。-内政部
1. Simonis，M.等人。通过染色体构象捕获（4C）发现的活性和非活性染色质域的核组织。自然遗传学。38, 1348–1354 (2006).-内政部

出版物类型

行动
行动

MeSH术语

行动
行动
行动
行动
行动
行动

物质

行动

LinkOut-更多资源

全文源
- 自然出版集团

[1] Dekker，J.、Rippe，K.、Dekker、M.和Kleckner，N.捕获染色体构象。《科学》2951306-1311（2002）。-内政部

[2] Dekker，J.、Rippe，K.、Dekker、M.和Kleckner，N.捕获染色体构象。《科学》2951306-1311（2002）。-内政部

[3] Denker，A.&de Laat，W。3C技术的第二个十年：对核组织的详细见解。《基因发育》第30期，1357–1382页（2016年）。-内政部

[4] Denker，A.&de Laat，W。3C技术的第二个十年：对核组织的详细见解。《基因发育》第30期，1357–1382页（2016年）。-内政部

[5] Brant，L.等人。利用自然力捕获哺乳动物细胞核中的染色体构象。摩尔系统。《生物学》第12卷，第891页（2016年）。-内政部

[6] Brant，L.等人。利用自然力捕获哺乳动物细胞核中的染色体构象。摩尔系统。《生物学》第12卷，第891页（2016年）。-内政部

[7] Lieberman-Aiden，E.等人。长程相互作用的综合绘图揭示了人类基因组的折叠原理。《科学》326289-293（2009）。-内政部

[8] Lieberman-Aiden，E.等人。长程相互作用的综合绘图揭示了人类基因组的折叠原理。《科学》326289-293（2009）。-内政部

[9] Simonis，M.等人。通过染色体构象捕获（4C）发现的活性和非活性染色质域的核组织。自然遗传学。38, 1348–1354 (2006).-内政部

[10] Simonis，M.等人。通过染色体构象捕获（4C）发现的活性和非活性染色质域的核组织。自然遗传学。38, 1348–1354 (2006).-内政部

将引文保存到文件

电子邮件引文

添加到集合

添加到我的书目

您保存的搜索

为外部引文管理软件创建文件

您的RSS源

多对照4C：复杂邻近连接产物的长分子测序，以揭示局部合作和竞争染色质拓扑

附属公司

多对照4C：复杂邻近连接产物的长分子测序，以揭示局部合作和竞争染色质拓扑

作者

附属公司

摘要

类似文章

引用人

工具书类

出版物类型

MeSH术语

物质

LinkOut-更多资源

全文源