KnockTF: a comprehensive human gene expression profile database with knockdown/knockout of transcription factors

doi:10.1093/nar/gkz881

.2020年1月8日；48（D1）：D93-D100。

doi:10.1093/nar/gkz881。

KnockTF：一个具有转录因子敲除/敲除功能的综合人类基因表达谱数据库

冯晨晨¹, 赵松², 刘月娟¹, 冯翠倩¹, 于高¹, 紫玉宁¹, 王秋雨¹, 永江¹, 李彦宇¹, 孟莉¹, 陈嘉欣¹, 张健（Jian Zhang）¹, 李春泉¹

附属公司

PMID： 31598675
预防性维修识别码：第5943067页
内政部： 10.1093/nar/gkz881

KnockTF：一个具有转录因子敲除/敲除功能的综合人类基因表达谱数据库

冯晨晨等。核酸研究. 2020.

.2020年1月8日；48（D1）：D93-D100。

doi:10.1093/nar/gkz881。

作者

冯晨晨¹, 赵松², 刘跃娟¹, 冯翠倩¹, 于高¹, 紫玉宁¹, 王秋雨¹, 永江¹, 李彦宇¹, 孟莉¹, 陈嘉欣¹, 张健（Jian Zhang）¹, 李春泉¹

附属公司

¹哈尔滨医科大学大庆校区医学信息学院，大庆163319，中国。
²哈尔滨医科大学大庆校区药理学系，大庆163319，中国。

PMID： 31598675
预防性维修识别码： PMC6943067型
内政部： 10.1093/nar/gkz881

摘要

转录因子及其靶基因在人类疾病和生物过程中具有重要作用。敲除或敲除前后的基因表达谱分析是获得TF靶基因和探索TF功能的重要策略之一。TF敲除和敲除的人类基因表达谱数据集正在迅速积累。基于全面有效收集和处理这些数据的迫切需要，我们开发了KnockTF(http://www.licpathway.net/KnockTF/index.html)，一个关于TF敲除和敲除的综合人类基因表达谱数据库。KnockTF为与TF敲除和敲除相关的人类基因表达谱数据集提供了大量资源，并以组织/细胞类型特异的方式注释TF及其靶基因。当前版本的KnockTF有570个手动管理的RNA-seq和微阵列数据集，与308个TF相关，这些TF被不同的敲除和敲除技术以及跨多种组织/细胞类型破坏。KnockTF收集TF的上游通路信息和下游靶基因的功能注释结果。它提供了TF与靶基因启动子、超增强子和典型增强子结合的详细信息。KnockTF构建TF差异表达基因网络，并对感兴趣的基因进行网络分析。KnockTF将帮助阐明TF相关功能和潜在的生物效应。

©作者2019。由牛津大学出版社代表核酸研究出版。

PubMed免责声明

数字

**图1。**
数据库内容和结构。KnockTF拥有大量手动管理的TF敲除和敲除人类基因表达谱数据集，以及一个用户友好的界面，可以查询、浏览、分析和下载这些数据集的详细信息。

**图2。**
KnockTF的主要功能和用途。(A类)有四种查询模式。(B类)搜索结果表，包括数据集ID、TF、Knock-Method、生物样本类型、组织类型、生物样本名称、配置文件ID、平台和幼犬ID(C类)TF淘汰/淘汰数据集概述。(D类)目标基因信息的详细交互表。(E类)相关TF上游通路的详细信息以及下游靶基因的各种功能注释和分析。(F类)有关感兴趣基因的详细描述的交互式表格。(**G公司**)浏览TF淘汰/淘汰数据集的详细信息。(**H（H）**)TF靶基因网络分析的在线工具。(我)TF击倒/击倒数据集的定量统计。

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