doi:10.1016/j.meth.2019.07.014。
Epub 2019年7月26日。
4C-seq从头到尾：样品制备和数据分析的详细协议
附属公司
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- 1Oncode研究所、Hubrecht研究所-KNAW和荷兰乌得勒支大学医学中心。
- 2Oncode研究所、Hubrecht研究所-KNAW和荷兰乌得勒支大学医学中心。电子地址：w.delaat@hubrecht.eu。
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4C-seq从头到尾：样品制备和数据分析的详细协议
彼得·H·L·克里杰等。
方法.
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doi:10.1016/j.meth.2019.07.014。
Epub 2019年7月26日。
附属公司
- 1Oncode研究所、Hubrecht研究所-KNAW和荷兰乌得勒支大学医学中心。
- 2Oncode研究所、Hubrecht研究所-KNAW和荷兰乌得勒支大学医学中心。电子地址：w.delaat@hubrecht.eu。
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摘要
染色体构象捕获（3C）方法基于核邻近连接测量DNA接触频率，以揭示体内基因组折叠模式。4C-seq是一种衍生的3C方法，旨在在基因组中搜索与感兴趣的选定基因组位点接触的序列。4C-seq利用逆转录聚合酶链反应和下一代测序技术扩增、鉴定和量化其邻近连接性DNA片段。它基于有限数量的测序读取为选定的基因组位点生成高分辨率接触图谱。4C-seq可用于研究基因组组织的多个方面。它主要用于识别单个调控DNA模块之间的特定长距离DNA接触，例如在增强子和启动子之间形成调控染色质环，或在凝集素和CTCF相关的域边界之间形成结构染色质环。此外，4C-seq接触剖面可以显示接触域的轮廓，并可以识别共同占据同一核隔间的结构域。在这里，我们提出了一种改进的样品制备和4C-seq测序文库生成的分步方案，包括优化的PCR和4C模板纯化策略。此外，还提供了一条数据处理管道，该管道直接处理来自FASTQ文件的多路4C-seq读取，并生成与标准基因组浏览器兼容的文件，以便对数据进行可视化和进一步统计分析，例如使用峰值C进行峰值调用。提出的协议和管道应便于任何人生成、可视化和解释自己的高分辨率4C接触数据集。
关键词：4C-seq；4D核素；染色质折叠；染色体构象捕获（3C）；基因组结构。
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