The Whole Transcriptome Involved in Denervated Muscle Atrophy Following Peripheral Nerve Injury

doi:10.3389/fnmol.2018.00069

.2018年3月7日11:69。

doi:10.3389/fnmol.2018.00069。 2018年eCollection。

外周神经损伤后失神经肌肉萎缩的全转录组研究

Jian Weng（建翁）¹, 张培勋¹, 尹晓凤¹, 姜保国¹

附属公司

PMID： 29563865
预防性维修识别码：项目经理5845901
内政部： 10.3389/fnmol.2018.00069

外周神经损伤后失神经肌肉萎缩的全转录组研究

Jian Weng（建翁）等。前臼齿神经科学. 2018.

.2018年3月7日11:69。

doi:10.3389/fnmol.2018.00069。 2018年eCollection。

作者

Jian Weng（建翁）¹, 张培勋¹, 尹晓凤¹, 姜保国¹

附属

¹北京大学人民医院骨伤科，北京，中国。

PMID： 29563865
预防性维修识别码：项目经理5845901
内政部： 10.3389/fnmol.2018.00069

摘要

周围神经损伤（PNI）通常会导致进行性肌肉萎缩和功能恢复不良。先前的研究表明，非编码核糖核酸（ncRNA）是肌肉萎缩的关键调节因子，对PNI的治疗有益。我们旨在分析PNI后失神经肌肉萎缩的整个转录组。在损伤后0周（对照组）、1周、2周、4周和8周评估坐骨神经损伤动物模型。在每个时间点使用RNA测序分析腓肠肌整个转录组中的表达模式，并与对照组中获得的表达模式进行比较。损伤后共有664个长非编码RNA、671个小RNA、236个环状RNA和12768个信使RNA（mRNAs）差异表达（DE）。使用定量聚合酶链反应验证了一些DE-ncRNA和mRNA的变化。基因本体论和Kyoko基因百科全书和基因组分析揭示了DE-ncRNAs和mRNAs的潜在功能和相互关系。据我们所知，这是首次阐明失神经肌肉萎缩涉及的整个转录组的研究，并为进一步针对非编码RNA的研究提供了理论基础。

关键词：失神经肌肉萎缩；非编码RNA；周围神经损伤；测序；整个转录组。

PubMed免责声明

数字

图2
关于数据质量和相关性的一般信息。**（A）**每个样本的干净读数占原始读数的百分比。**（B）**皮尔逊相关分析结果。

图3
火山图显示了各损伤组和对照组之间DE-ncRNAs和mRNAs的比较。**（A）**DE lncRNA，**（B）**DE miRNA，**（C）**DE circRNAs，以及**（D）**DE mRNA。

图4
DE ncRNAs和mRNAs的维恩图和热图。**（A）**DE-ncRNAs和mRNAs在每个时间点重叠的文氏图。**（B）**热图显示了每个时间点的DE-ncRNA和mRNA的分级聚类（红色表示上调，蓝色表示下调）。

图5
每个时间点的ncRNAs和mRNAs的交点。**（A）**上调lncRNAs的靶mRNAs、下调lncRNA的靶mRNA、上调mRNA和下调mRNA之间的重叠。**（B）**DE-miRNAs和DE-mRNAs的靶mRNAs重叠。**（C）**DE-circRNAs和DE-mRNAs的靶mRNAs重叠。

图6
通过qPCR验证DE-ncRNAs和mRNAs。结果证实，损伤后ENSMUSG00000087523.1、LNC_000280、mmu-miR-34c-5p、mmu-miR-142a-3p、mmu _ circ_0001068、novel_circ_0011051、Myl4和Myom3的相对表达水平受到显著调控。^∗*P（P）*与对照组相比<0.05。CON，控制；INJ受伤。

图7
每个时间点lncRNA的基因本体（GO）分析。DAG显示显著的BP、CC和MF。直方图显示每个GO项中的基因数量(A类：1周vs 0周，B：2周vs 0周，C：4周vs 0周，D类：8周vs 0周）。

图8
每个时间点miRNAs的基因本体分析。DAG显示显著的BP、CC和MF。直方图显示每个GO项的基因数量(A类：1周vs 0周，B：2周vs 0周，C：4周vs 0周，D类：8周vs 0周）。

图9
每个时间点circRNAs的基因本体分析。DAG显示显著的BP、CC和MF。柱状图显示每个GO术语的基因数量(A类：1周vs 0周，B：2周vs 0周，C：4周vs 0周，D类：8周vs 0周）。

**图10**
每个时间点mRNA的基因本体分析。DAG显示显著的BP、CC和MF。直方图显示每个GO项的基因数量(A类：1周vs 0周，B：2周vs 0周，C：4周vs 0周，D类：8周vs 0周）。

**图11**
每个时间点的Kyoko基因和基因组百科全书（KEGG）路径分析。散点图显示KEGG中lncRNA-miRNA-mRNA富集途径。(A类：1周vs 0周，B：2周vs 0周，C：4周vs 0周，D类：8周vs 0周）。

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