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分析生物大数据的未满足需求:对704名NSF主要研究人员的调查

附属公司

分析生物大数据的未满足需求:对704名NSF主要研究人员的调查

林赛·巴龙等。 公共科学图书馆计算生物学. .

勘误表in

摘要

在2016年对704名国家科学基金会(NSF)生物科学理事会首席研究员(BIO-PI)的调查中,近90%的人表示他们目前或即将分析大型数据集。BIO PI认为一系列对其工作很重要的计算需求,包括高性能计算(HPC)、生物信息学支持、多步骤工作流、更新的分析软件以及存储、共享和发布数据的能力。美国和加拿大以前的研究强调了基础设施需求。然而,BIO PI表示,尚未满足的最紧迫需求是为HPC提供数据集成、数据管理和缩放分析方面的培训,承认需要数据科学技能来加深对生活的理解。这预示着生物学中的数据知识差距越来越大,并要求机构和资助机构加倍支持生物计算培训。

PubMed免责声明

利益冲突声明

提交人声明,不存在相互竞争的利益。

数字

图1
图1。国家科学基金会(NSF)生物科学理事会(BIO)主要研究人员(PI)使用的主要数据类型。
图2
图2。国家科学基金会(NSF)生物科学理事会(BIO)主要研究人员(PI)当前(灰色)和未来(蓝色)数据分析需求(肯定回答的百分比,387≤n个≤ 551).
图3
图3。国家科学基金会(NSF)生物科学理事会(BIO)主要研究人员(PI)未满足的数据分析需求(消极响应百分比,318≤n个≤ 510).

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工具书类

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    1. Wetterstrand K.DNA测序成本:数据。国家人类基因组研究所(NHGRI)。2016年。有效期至:https://www.genome.gov/sequencingcostsdata网站/
    1. 序列读取存档。国家生物技术信息中心。2017年。可从以下网址获得:https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?view=公告
    1. Stephens Z、Lee S、Faghri F、Campbell R、Zhai C、Efron M等人。大数据:天文学还是基因组学?《公共科学图书馆·生物》。2015; 13(7):e1002195数字对象标识代码:10.1371/journal.pbio.1002195-DOI程序-项目管理咨询公司-公共医学

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