iDNA4mC: identifying DNA N4-methylcytosine sites based on nucleotide chemical properties

doi:10.1093/bioinformatics/btx479

.2017年11月15日；33(22):3518-3523.

doi:10.1093/bioinformatics/btx479。

iDNA4mC：基于核苷酸化学性质识别DNA N4-甲基胞嘧啶位点

魏晨¹, 惠阳², 彭面峰^三, 慧鼎², 郝琳²

附属公司

¹华北科技大学科学院物理系、基因组学与计算生物学中心，唐山063000。
²中国电子科技大学信息生物学中心生命科学与技术学院教育部神经信息重点实验室，成都610054。
^三华北科技大学公共卫生学院煤炭工业职业健康安全河北省重点实验室，唐山063000。

PMID： 28961687
内政部： 10.1093/生物信息学/btx479

iDNA4mC：基于核苷酸化学性质识别DNA N4-甲基胞嘧啶位点

魏晨等。生物信息学. 2017.

.2017年11月15日；33(22):3518-3523.

doi:10.1093/生物信息学/btx479。

作者

魏晨¹, 惠阳², 彭面峰^三, 慧鼎², 郝琳²

附属公司

¹华北科技大学科学院物理系、基因组学与计算生物学中心，唐山063000。
²中国电子科技大学信息生物学中心生命科学与技术学院教育部神经信息重点实验室，成都610054。
^三华北科技大学公共卫生学院煤炭工业职业健康安全河北省重点实验室，唐山063000。

PMID： 28961687
内政部： 10.1093/生物信息学/btx479

摘要

动机：DNA N4-甲基胞嘧啶（4mC）是一种表观遗传修饰。了解4mC的分布有助于理解其生物学功能。尽管已经提出了检测4mC位点的实验方法，但进行全基因组检测的成本很高。因此，有必要开发预测4mC位点的计算方法。

结果：在这项工作中，我们开发了iDNA4mC，这是第一个识别4mC位点的网络服务器，其中的DNA序列编码有核苷酸化学性质和核苷酸频率。严格的刀切试验和跨物种试验的预测结果表明，iDNA4mC的性能非常有希望，并有很大潜力成为识别4mC位点的有用工具。

可用性和实施：用户友好的网络服务器iDNA4mC可通过以下网址免费访问：http://lin.uestc.edu.cn/server/iDNA4mC。

联系人：chenweimu@gmail.com或hlin@uestc.edu.cn。

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