勘误表in
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更正:影响来自1000基因组项目样本的淋巴母细胞系中EBV拷贝数的遗传因素。
Mandage R、Telford M、Rodríguez JA、FarréX、Laayouni H、Marigorta UM、Cundiff C、Heredia Genestar JM、Navarro A、Santpere G。
Mandage R等人。
公共科学图书馆一号。2018年4月30日;13(4):e0196623。doi:10.1371/journal.pone.0196623。2018年eCollection。
公共科学图书馆一号。2018
PMID:29709034
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摘要
爱泼斯坦·巴尔病毒(EBV)是人类疱疹病毒4型,通常与传染性单核细胞增多症、多发性硬化症和几种癌症有关。其中许多疾病在流行率方面表现出明显的地域差异,这表明存在潜在的遗传和/或环境因素。这些因素可能包括不同人群对EBV感染的敏感性和病毒拷贝数。由于EBV通常用于将B细胞转化为淋巴母细胞系(LCL),我们假设单个LCL中EBV拷贝数的差异可能反映了对EBV感染的不同敏感性。为了验证这一假设,我们从全球19个群体的1753份LCL样本中检索了EBV全基因组测序图谱读数,这些样本是在1000基因组项目的背景下测序的。开发了一种电子方法来估计LCL中EBV拷贝数,并通过实时PCR验证了这些估计。在实验证实EBV相对拷贝数在细胞传代过程中保持稳定后,我们进行了全基因组关联分析(GWAS),以尝试检测可能与EBV拷贝数相关的宿主遗传变异。我们的GWAS产生了几个与LCL中每个细胞的EBV基因组数量相关的基因组区域,揭示了有希望的候选基因,如已知的EBV复制抑制剂CAND1。虽然该GWAS并没有明确确定个体的遗传组成在多大程度上决定了其衍生LCL中的病毒水平,因此需要更大的样本量,但它潜在地强调了影响EBV相关过程的人类基因,这是EBV相关病理学背景下后续研究的有趣候选者。
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赠款和资金
这项工作得到卡洛斯三世研究所(ES)(RD07/0060)的支持;西班牙政府拨款(BFU2012-38236);加泰罗尼亚综合大学第一企业大学创新系(2014SGR1311);卡洛斯三世研究所(PT13/0001/0026);FEDER(欧洲地区基金会)/FSE(欧洲社会基金会)。资助者在研究设计、数据收集和分析、决定出版或编写手稿方面没有任何作用。