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.2017年6月27日;12(6):e0179446。
doi:10.1371/journal.pone.0179446。 2017年电子收集。

影响来自1000个基因组项目样本的淋巴母细胞系EBV拷贝数的遗传因素

附属公司

影响来自1000个基因组项目样本的淋巴母细胞系EBV拷贝数的遗传因素

Rajendra命令等。 公共科学图书馆一号. .

勘误表in

摘要

爱泼斯坦·巴尔病毒(EBV)是人类疱疹病毒4型,通常与传染性单核细胞增多症、多发性硬化症和几种癌症有关。其中许多疾病在流行率方面表现出明显的地域差异,这表明存在潜在的遗传和/或环境因素。这些因素可能包括不同人群对EBV感染的敏感性和病毒拷贝数。由于EBV通常用于将B细胞转化为淋巴母细胞系(LCL),我们假设单个LCL中EBV拷贝数的差异可能反映了对EBV感染的不同敏感性。为了验证这一假设,我们从全球19个群体的1753份LCL样本中检索了EBV全基因组测序图谱读数,这些样本是在1000基因组项目的背景下测序的。开发了一种电子方法来估计LCL中EBV拷贝数,并通过实时PCR验证了这些估计。在实验证实EBV相对拷贝数在细胞传代过程中保持稳定后,我们进行了全基因组关联分析(GWAS),以尝试检测可能与EBV拷贝数相关的宿主遗传变异。我们的GWAS产生了几个与LCL中每个细胞的EBV基因组数量相关的基因组区域,揭示了有希望的候选基因,如已知的EBV复制抑制剂CAND1。虽然该GWAS并没有明确确定个体的遗传组成在多大程度上决定了其衍生LCL中的病毒水平,因此需要更大的样本量,但它潜在地强调了影响EBV相关过程的人类基因,这是EBV相关病理学背景下后续研究的有趣候选者。

PubMed免责声明

利益冲突声明

竞争利益:提交人声明,不存在相互竞争的利益。

数字

图1
图1。LCL样本中EBV拷贝数的分布。
箱线图显示了EBV拷贝数在1000个基因组项目群体的LCL中的分布。(人口首字母缩写词如表1所示)。
图2
图2。的验证生物信息学EBV拷贝数估计和EBV随时间的稳定性。
实时PCR(X轴)测定的13个LCL样本的EBV拷贝数与电子版(Y轴)(A).培养6代的7个LCL(以不同颜色显示)中EBV拷贝数的相对实时PCR测量。与株间变异相比,病毒拷贝数在一个LCL内趋于稳定(B).
图3
图3。GWAS结果曼哈顿阴谋。
曼哈顿的亚裔、非裔美国人和欧洲人口子集图显示了各大洲的热门人口。蓝线表示p值为10−5红线表示p值为10−8.
图4
图4。区域关联图。
亚洲区域关联图(A),欧洲(B),美国(C)和非洲人口(D)由基因座缩放生成的子集显示了每个群体子集(紫色)中的顶级SNP以及LD(r)着色区域中的周围SNP2)与顶级SNP合作。下部面板显示了该区域内注释的基因。蓝色实线表示重组率。

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引用人

工具书类

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