Good enough practices in scientific computing

doi:10.1371/journal.pcbi.1005510

.2017年6月22日；13（6）：e1005510。

doi:10.1371/journal.pcbi.1005510。 eCollection 2017年6月。

科学计算方面足够好的实践

格雷格威尔逊¹, 珍妮弗·布莱恩², 凯伦·克兰斯顿^三, 贾斯汀·基茨⁴, 莱克斯·内德布拉格特⁵, 特蕾西·科特尔⁶

附属公司

¹软件木工基金会，美国德克萨斯州奥斯汀。
²加拿大不列颠哥伦比亚省温哥华市不列颠颠哥伦比亚大学统计系和研究室。
^三美国北卡罗来纳州达勒姆杜克大学生物系。
⁴美国加利福尼亚州伯克利市加利福尼亚大学能源与资源集团。
⁵挪威奥斯陆奥斯陆大学生态与进化综合中心。
⁶Data Carpentry，美国加利福尼亚州戴维斯。

PMID： 28640806
预防性维修识别码：下午5480810
内政部： 10.1371/日记.pcbi.1005510

科学计算方面足够好的实践

格雷格威尔逊等。公共科学图书馆计算生物学. 2017.

.2017年6月22日；13（6）：e1005510。

doi:10.1371/journal.pcbi.1005510。 eCollection 2017年6月。

作者

格雷格威尔逊¹, 珍妮弗·布莱恩², 凯伦·克兰斯顿^三, 贾斯汀·基茨⁴, 莱克斯·内德布拉格特⁵, 特蕾西·科特尔⁶

附属公司

¹软件木工基金会，美国德克萨斯州奥斯汀。
²加拿大不列颠哥伦比亚省温哥华市不列颠颠哥伦比亚大学统计系和研究室。
^三美国北卡罗来纳州达勒姆杜克大学生物系。
⁴美国加利福尼亚州伯克利市加利福尼亚大学能源与资源集团。
⁵挪威奥斯陆奥斯陆大学生态与进化综合中心。
⁶Data Carpentry，美国加利福尼亚州戴维斯。

PMID： 28640806
预防性维修识别码： PMC5480810型
内政部： 10.1371/日记.pcbi.1005510

摘要

计算机现在在所有科学分支中都是必不可少的，但大多数研究人员从未被教授与研究计算同等的基本实验室技能。因此，数据可能会丢失，分析可能需要更长的时间，研究人员对软件和数据的使用效率有限。计算工作流程需要遵循与实验室项目和笔记本相同的实践，有组织的数据、记录的步骤，以及为再现性而构建的项目，但新接触计算的研究人员通常不知道从哪里开始。本文介绍了一组好的计算实践，每个研究人员都可以采用，无论他们当前的计算技能水平如何。这些实践包括数据管理、编程、与同事合作、组织项目、跟踪工作和撰写手稿，这些实践来自于我们日常生活中的各种出版来源，也来自于我们与志愿者组织的合作，自2010年以来，这些组织为11000多人提供了研讨会。

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1. 威克姆H.潮汐数据。统计软件杂志。2014;59(1):1–23. 数字对象标识：10.18637/jss.v059.i10-内政部-公共医学

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[1] Wilson G、Aruliah DA、Brown CT、Hong NPC、Davis M、Guy RT等。科学计算最佳实践。《公共科学图书馆·生物》。2014;12（1）：e1001745 doi:10.1371/期刊.pbio.1001745-内政部-项目管理咨询公司-公共医学

[2] Wilson G、Aruliah DA、Brown CT、Hong NPC、Davis M、Guy RT等。科学计算最佳实践。《公共科学图书馆·生物》。2014;12（1）：e1001745 doi:10.1371/期刊.pbio.1001745-内政部-项目管理咨询公司-公共医学

[3] Gentzkow M，Shapiro JM，《社会科学的代码和数据：从业者指南》；2014.https://web.stanford.edu/~gentzkow/research/CodeAndData.pdf.

[4] Gentzkow M，Shapiro JM，《社会科学的代码和数据：从业者指南》；2014.https://web.stanford.edu/~gentzkow/research/CodeAndData.pdf.

[5] Noble WS。组织计算生物学项目的快速指南。公共科学图书馆计算生物学。2009;5(7). 数字对象标识：10.1371/日记.pcbi.1000424-内政部-项目管理咨询公司-公共医学

[6] Noble WS。组织计算生物学项目的快速指南。公共科学图书馆计算生物学。2009;5(7). 数字对象标识：10.1371/日记.pcbi.1000424-内政部-项目管理咨询公司-公共医学

[7] 如何发展可持续的软件开发过程；2015http://象牙。田园诗。org/blog/2015成长中的可持续软件开发。。。.

[8] 如何发展可持续的软件开发过程；2015http://象牙。田园诗。org/blog/2015成长中的可持续软件开发。。。.

[9] 威克姆H.潮汐数据。统计软件杂志。2014;59(1):1–23. 数字对象标识：10.18637/jss.v059.i10-内政部-公共医学

[10] 威克姆H.潮汐数据。统计软件杂志。2014;59(1):1–23. 数字对象标识：10.18637/jss.v059.i10-内政部-公共医学

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